Vídeo de microscopia de uma célula viva: acaso, necessidade ou design inteligente?
quinta-feira, abril 30, 2009
100% Design Inteligente!!! ainda que digam o contrário motivado por uma ideologia que posa como se fosse ciência: naturalismo filosófico. Nenhuma teoria da evolução atual explica a complexidade especificada encontrada numa célula.
Viagem dentro da célula: acaso, necessidade ou design inteligente?
Uma imagem vale mais mais do que mil palavras...
Moléculas podem ser preservadas por 80 milhões de anos???
News Release
Proteins, Soft Tissue from 80 Million-Year-Old Hadrosaur Add Weight to Theory that Molecules Preserve Over Time
Media Contact(s)
Tracey Peake, News Services, (919) 515-6142
April 30, 2009
FOR IMMEDIATE RELEASE
A North Carolina State University paleontologist has more evidence that soft tissues and original proteins can be preserved over time - even in fossilized remains - in the form of new protein sequence data from an 80 million-year-old hadrosaur, or duck-billed dinosaur.
Dr. Mary Schweitzer, associate professor of marine, earth and atmospheric sciences at NC State with a joint appointment at the N.C. Museum of Natural Sciences, along with colleague Dr. John Asara from the Beth Israel Deaconess Medical Center (BIDMC) and Harvard Medical School, Dr. Chris Organ from Harvard University, and a team of researchers from Montana State University, the Dana Farber Cancer Institute, and Matrix Science Ltd. analyzed the hadrosaur samples.
The researchers' findings appear in the May 1 edition of Science.
Schweitzer and Asara had previously used multiple methods to analyze soft tissue recovered from a 68 million-year-old Tyrannosaurus Rex. Mass spectrometry conducted on extracts of T. rex bone supported their theory that the materials were original proteins from the dinosaur.
These papers were controversial, and the team wanted to demonstrate that molecular preservation of this sort in dinosaurs was not an isolated event. Based upon other studies, they made predictions of the type of environment most likely to favor this preservation, so Schweitzer and students, working with Jack Horner's Museum of the Rockies field crews, went looking for a dinosaur preserved under a lot of sandstone. Using specially designed field methodology, with the aim of avoiding environmental exposure until the fossil was inside the lab, they set aside the femur from a Brachylophosaurus canadensis - a hadrosaurid dinosaur-buried deeply in sandstone in the Judith River formation.
"This particular sample was chosen for study because it met our criteria for burial conditions of rapid burial in deep sandstones," Schweitzer says. "We know the moment the fossil is removed from chemical equilibrium, any organic remains immediately become susceptible to degradation. The more quickly we can get it from the ground to a test tube, the better chance we have of recovering original tissues and molecules."
Preliminary results seemed to confirm their methodology, as Schweitzer found evidence of the same fibrous matrix, transparent, flexible vessels and preserved microstructures she had seen in the T. rex sample in the much older hadrosaur bone. Because of the rapidity of analyses after the bones were removed, the preservation of these dinosaurian components was even better. The samples were examined microscopically via both transmitted light and electron microscopes to confirm that they were consistent in appearance with collagen. They were also tested against antibodies that are known to react with collagen and other proteins.
Next, Schweitzer sent the samples to Asara's lab to be analyzed by a new mass spectrometer, capable of producing sequences with much greater resolution than the one used previously. Mass spectrometry identifies molecules by measuring the mass of the protein fragments, or peptides, that result from breaking apart molecules with specific enzymes. The masses are measured with very high mass accuracy, and then compared with existing databases of proteins to achieve a best fit. In this way, Asara was able to identify eight collagen peptides from the hadrosaur, then confirm the identity of the sequences by comparing them both to synthesized fragments and to modern proteins analyzed under the same conditions. Once sequence data were validated, they were evaluated by Organ who determined that, like T.rex, this dinosaur's protein family tree is closer to that of modern birds than that of alligators.
All results were independently verified by researchers at BIDMC, Montana State University, Harvard University, the Dana Farber Cancer Institute, and Matrix Science of London.
The data were consistent with that of the earlier T. rex analysis, confirming that molecular preservation in fossilized remains is not an isolated event. "We used improved methodology with better instrumentation, did more experiments and had the results verified by other independent labs," Schweitzer says. "These data not only build upon what we got from the T. rex, they take the research even further."
Schweitzer hopes that this finding will lead to more work by other scientists on these ancient molecules.
"I'm hoping in the future we can use this work as a jumping off point to look for other proteins that are more species-specific than collagen. It will give us much clearer insight into all sorts of evolutionary questions."
-peake-
Note to Editors: An abstract of the paper follows.
"Biomolecular Characterization and Protein Sequences of the Campanian Hadrosaur Brachylophosaurus canadensis"
Authors: Mary H. Schweitzer, North Carolina State University and the N.C. Museum of Natural Sciences; John M. Asara, Beth Israel Deaconess Medical Center and Harvard Medical School, et al.
Published: May 1, 2009 in Science
Abstract:
Molecular preservation in non-avian dinosaurs is controversial. We present multiple lines of evidence that endogenous proteinaceous material is preserved in bone fragments and soft tissues from an 80 million year old Campanian hadrosaur, Brachylophosaurus canadensis (MOR 2598). Microstructural and immunological data are consistent with preservation of multiple bone matrix and vessel proteins, and phylogenetic analyses of Brachylophosaur collagen sequenced by mass spectrometry robustly support the bird-dinosaur clade, consistent with an endogenous source for these collagen peptides. These data complement earlier results from Tyrannosaurus rex (MOR 1125) and confirm that molecular preservation in Cretaceous dinosaurs is not a unique event.
+++++
REAÇÃO DA SCIENCE
Science 1 May 2009:
Vol. 324. no. 5927, p. 578
DOI: 10.1126/science.324_578
PALEONTOLOGY:
‘Protein’ in 80-Million-Year-Old Fossil Bolsters Controversial T. rex Claim
Robert F. Service
A controversial finding that protein fragments can be recovered from dinosaur fossils has been replicated for the first time. Two years ago, a team of paleontologists stunned the community when they reported discovering intact protein fragments in a fossil from a Tyrannosaurus rex that died 68 million years ago. The claim has remained contentious, because proteins in tissue normally degrade quickly after an animal dies. On page 626 of this week's issue of Science, however, the team reports finding an even larger number of protein fragments from an 80-million-year-old fossil from a duck-billed dinosaur, or hadrosaur, known as Brachylophosaurus canadensis.
+++++
PARA LER O RESTO DO ARTIGO REQUER ASSINATURA OU ACESSO VIA CAPES - Periódicos
Fonte.
Proteins, Soft Tissue from 80 Million-Year-Old Hadrosaur Add Weight to Theory that Molecules Preserve Over Time
Media Contact(s)
Tracey Peake, News Services, (919) 515-6142
April 30, 2009
FOR IMMEDIATE RELEASE
A North Carolina State University paleontologist has more evidence that soft tissues and original proteins can be preserved over time - even in fossilized remains - in the form of new protein sequence data from an 80 million-year-old hadrosaur, or duck-billed dinosaur.
Dr. Mary Schweitzer, associate professor of marine, earth and atmospheric sciences at NC State with a joint appointment at the N.C. Museum of Natural Sciences, along with colleague Dr. John Asara from the Beth Israel Deaconess Medical Center (BIDMC) and Harvard Medical School, Dr. Chris Organ from Harvard University, and a team of researchers from Montana State University, the Dana Farber Cancer Institute, and Matrix Science Ltd. analyzed the hadrosaur samples.
The researchers' findings appear in the May 1 edition of Science.
Schweitzer and Asara had previously used multiple methods to analyze soft tissue recovered from a 68 million-year-old Tyrannosaurus Rex. Mass spectrometry conducted on extracts of T. rex bone supported their theory that the materials were original proteins from the dinosaur.
These papers were controversial, and the team wanted to demonstrate that molecular preservation of this sort in dinosaurs was not an isolated event. Based upon other studies, they made predictions of the type of environment most likely to favor this preservation, so Schweitzer and students, working with Jack Horner's Museum of the Rockies field crews, went looking for a dinosaur preserved under a lot of sandstone. Using specially designed field methodology, with the aim of avoiding environmental exposure until the fossil was inside the lab, they set aside the femur from a Brachylophosaurus canadensis - a hadrosaurid dinosaur-buried deeply in sandstone in the Judith River formation.
"This particular sample was chosen for study because it met our criteria for burial conditions of rapid burial in deep sandstones," Schweitzer says. "We know the moment the fossil is removed from chemical equilibrium, any organic remains immediately become susceptible to degradation. The more quickly we can get it from the ground to a test tube, the better chance we have of recovering original tissues and molecules."
Preliminary results seemed to confirm their methodology, as Schweitzer found evidence of the same fibrous matrix, transparent, flexible vessels and preserved microstructures she had seen in the T. rex sample in the much older hadrosaur bone. Because of the rapidity of analyses after the bones were removed, the preservation of these dinosaurian components was even better. The samples were examined microscopically via both transmitted light and electron microscopes to confirm that they were consistent in appearance with collagen. They were also tested against antibodies that are known to react with collagen and other proteins.
Next, Schweitzer sent the samples to Asara's lab to be analyzed by a new mass spectrometer, capable of producing sequences with much greater resolution than the one used previously. Mass spectrometry identifies molecules by measuring the mass of the protein fragments, or peptides, that result from breaking apart molecules with specific enzymes. The masses are measured with very high mass accuracy, and then compared with existing databases of proteins to achieve a best fit. In this way, Asara was able to identify eight collagen peptides from the hadrosaur, then confirm the identity of the sequences by comparing them both to synthesized fragments and to modern proteins analyzed under the same conditions. Once sequence data were validated, they were evaluated by Organ who determined that, like T.rex, this dinosaur's protein family tree is closer to that of modern birds than that of alligators.
All results were independently verified by researchers at BIDMC, Montana State University, Harvard University, the Dana Farber Cancer Institute, and Matrix Science of London.
The data were consistent with that of the earlier T. rex analysis, confirming that molecular preservation in fossilized remains is not an isolated event. "We used improved methodology with better instrumentation, did more experiments and had the results verified by other independent labs," Schweitzer says. "These data not only build upon what we got from the T. rex, they take the research even further."
Schweitzer hopes that this finding will lead to more work by other scientists on these ancient molecules.
"I'm hoping in the future we can use this work as a jumping off point to look for other proteins that are more species-specific than collagen. It will give us much clearer insight into all sorts of evolutionary questions."
-peake-
Note to Editors: An abstract of the paper follows.
"Biomolecular Characterization and Protein Sequences of the Campanian Hadrosaur Brachylophosaurus canadensis"
Authors: Mary H. Schweitzer, North Carolina State University and the N.C. Museum of Natural Sciences; John M. Asara, Beth Israel Deaconess Medical Center and Harvard Medical School, et al.
Published: May 1, 2009 in Science
Abstract:
Molecular preservation in non-avian dinosaurs is controversial. We present multiple lines of evidence that endogenous proteinaceous material is preserved in bone fragments and soft tissues from an 80 million year old Campanian hadrosaur, Brachylophosaurus canadensis (MOR 2598). Microstructural and immunological data are consistent with preservation of multiple bone matrix and vessel proteins, and phylogenetic analyses of Brachylophosaur collagen sequenced by mass spectrometry robustly support the bird-dinosaur clade, consistent with an endogenous source for these collagen peptides. These data complement earlier results from Tyrannosaurus rex (MOR 1125) and confirm that molecular preservation in Cretaceous dinosaurs is not a unique event.
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REAÇÃO DA SCIENCE
Science 1 May 2009:
Vol. 324. no. 5927, p. 578
DOI: 10.1126/science.324_578
PALEONTOLOGY:
‘Protein’ in 80-Million-Year-Old Fossil Bolsters Controversial T. rex Claim
Robert F. Service
A controversial finding that protein fragments can be recovered from dinosaur fossils has been replicated for the first time. Two years ago, a team of paleontologists stunned the community when they reported discovering intact protein fragments in a fossil from a Tyrannosaurus rex that died 68 million years ago. The claim has remained contentious, because proteins in tissue normally degrade quickly after an animal dies. On page 626 of this week's issue of Science, however, the team reports finding an even larger number of protein fragments from an 80-million-year-old fossil from a duck-billed dinosaur, or hadrosaur, known as Brachylophosaurus canadensis.
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Fonte.
SBPC pesquisa neste blog
Como eu tenho mencionado aqui neste espaço, 11 entre 10 darwinistas lêem este blog, inclusive a Galera dos meninos e meninas de Darwin. Agora, que a Nomenklatura científica realizava pesquisas por aqui eu não sabia até hoje:
Desafiando a Nomenklatura Científica
By Details > Visit Detail
Visit 174,256
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Domain Name (Unknown)
IP Address 200.20.250.# (SOCIEDADE BRASILEIRA PARA O PROGRESSO DA CIENCIA ()
ISP Fundacao de Amparo a Pesquisa/RJ
Location
Continent : South America
Country : Brazil (Facts)
State/Region : Rio de Janeiro
City : Rio De Janeiro
Lat/Long : -22.9, -43.2333 (Map)
Language Portuguese (Brazil)
pt-br
Operating System Microsoft WinXP
Browser Firefox
Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; pt-BR; rv:1.9.0.10) Gecko/2009042316 Firefox/3.0.10
Javascript version 1.5
Monitor
Resolution : 1024 x 768
Color Depth : 32 bits
Time of Visit Apr 30 2009 12:23:59 pm
Last Page View Apr 30 2009 12:29:24 pm
Visit Length 5 minutes 25 seconds
Page Views 2
Referring URL http://www.google.co...oogle&meta=&aq=f&oq=
Search Engine google.com.br
Search Words nomenklatura científica
Visit Entry Page http://pos-darwinista.blogspot.com/
Visit Exit Page http://pos-darwinist...9_04_01_archive.html
Out Click
Time Zone UTC-4:00
Visitor's Time Apr 30 2009 10:23:59 am
Visit Number 174,256
Fonte.
E a Grande Mídia não me concede os meus 15 segundos de fama. Puxa vida, já que gente da SBPC consulta este blog, alô Marcelo Leite, alô Claudio Angelo, bem que eu poderia aparecer na Folha de São Paulo...
+++++
NOTA DESTE BLOGGER:
Este blogger adota a política de não revelar nomes de professores e pesquisadores de universidades públicas e privadas brasileiras que acessam este blog. Mesmo aqueles que me disseram visitar este blog de vez em quando. Eu sou fiel como cão, e não declino esses nomes nem que a vaca tussa!, oops, nem sob tortura.
Desafiando a Nomenklatura Científica
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E a Grande Mídia não me concede os meus 15 segundos de fama. Puxa vida, já que gente da SBPC consulta este blog, alô Marcelo Leite, alô Claudio Angelo, bem que eu poderia aparecer na Folha de São Paulo...
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Este blogger adota a política de não revelar nomes de professores e pesquisadores de universidades públicas e privadas brasileiras que acessam este blog. Mesmo aqueles que me disseram visitar este blog de vez em quando. Eu sou fiel como cão, e não declino esses nomes nem que a vaca tussa!, oops, nem sob tortura.
Vídeos do II Simpósio Internacional Darwinismo Hoje - Universidade Presbiteriana Mackenzie
Vídeos do II Simpósio Internacional Darwinismo Hoje
Formato dos Vídeos
Flash Video - FLV - 640x480 - 640Kbps
Windows Media - WMV - 320x240 - 320Kbps
IPhone/iPod touch - MP4 - 320X480
Salvar - Opção de Download
Dr. Aldo Mellender - (FLV) - (MP4)
Dr. Gustavo Caponi - (FLV) - (MP4)
Dr. Marcos Eberlin I - (FLV) - (MP4)
Dr. Marcos Eberlin II - (FLV) - (MP4)
Dr. John Lennox I - (FLV) - (MP4)
Dr. John Lennox II - (FLV) - (MP4)
Dr. Paul Nelson I - (FLV) - (MP4)
Dr. Paul Nelson II - (FLV) - (MP4)
Prof. Maurício Tuffani - (FLV) - (MP4)
Mesa Redonda - (FLV) - (MP4)
Proteste contra a visita de Mahmoud "Hitler" Ahmadinejad ao Brasil
Para usar corajosamente em protesto à vinda de um genocida em potencial ao Brasil.
Fonte.
Se você coopera, Darwin explica. Se você não coopera, Darwin explica também...
Evolution of cooperation by phenotypic similarity
Tibor Antala, Hisashi Ohtsukib,c, John Wakeleyd, Peter D. Taylore and Martin A. Nowaka,d,1
+Author Affiliations
aProgram for Evolutionary Dynamics and Department of Mathematics, Harvard University, Cambridge MA 02138;
bDepartment of Value and Decision Science, Tokyo Institute of Technology, Tokyo 152-8552, Japan;
cPrecursory Research for Embryonic Science and Technology, Japan Science and Technology Agency, Saitama 332-0012, Japan;
dDepartment of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, Cambridge MA 02138; and
eDepartment of Mathematics and Statistics, Queen's University, Kingston, ON, Canada K7L 3N6
Communicated by Simon A. Levin, Princeton University, Princeton, NJ, March 10, 2009 (received for review June 15, 2008)
Abstract
The emergence of cooperation in populations of selfish individuals is a fascinating topic that has inspired much work in theoretical biology. Here, we study the evolution of cooperation in a model where individuals are characterized by phenotypic properties that are visible to others. The population is well-mixed in the sense that everyone is equally likely to interact with everyone else, but the behavioral strategies can depend on distance in phenotype space. We study the interaction of cooperators and defectors. In our model, cooperators cooperate with those who are similar and defect otherwise. Defectors always defect. Individuals mutate to nearby phenotypes, which generates a random walk of the population in phenotype space. Our analysis brings together ideas from coalescence theory and evolutionary game dynamics. We obtain a precise condition for natural selection to favor cooperators over defectors. Cooperation is favored when the phenotypic mutation rate is large and the strategy mutation rate is small. In the optimal case for cooperators, in a one-dimensional phenotype space and for large population size, the critical benefit-to-cost ratio is given by b/c = 1 + 2/. We also derive the fundamental condition for any two-strategy symmetric game and consider high-dimensional phenotype spaces.
coalescent theory evolutionary dynamics evolutionary game theory mathematical biology stochastic process
Footnotes
1To whom correspondence should be addressed. E-mail: martin_nowak@harvard.edu
Author contributions: T.A., H.O., J.W., P.D.T., and M.A.N. performed research; and T.A., H.O., J.W., P.D.T., and M.A.N. wrote the paper.
The authors declare no conflict of interest.
+++++
PDF gratuito do artigo aqui.
Tibor Antala, Hisashi Ohtsukib,c, John Wakeleyd, Peter D. Taylore and Martin A. Nowaka,d,1
+Author Affiliations
aProgram for Evolutionary Dynamics and Department of Mathematics, Harvard University, Cambridge MA 02138;
bDepartment of Value and Decision Science, Tokyo Institute of Technology, Tokyo 152-8552, Japan;
cPrecursory Research for Embryonic Science and Technology, Japan Science and Technology Agency, Saitama 332-0012, Japan;
dDepartment of Organismic and Evolutionary Biology, Harvard University, Cambridge MA 02138; and
eDepartment of Mathematics and Statistics, Queen's University, Kingston, ON, Canada K7L 3N6
Communicated by Simon A. Levin, Princeton University, Princeton, NJ, March 10, 2009 (received for review June 15, 2008)
Abstract
The emergence of cooperation in populations of selfish individuals is a fascinating topic that has inspired much work in theoretical biology. Here, we study the evolution of cooperation in a model where individuals are characterized by phenotypic properties that are visible to others. The population is well-mixed in the sense that everyone is equally likely to interact with everyone else, but the behavioral strategies can depend on distance in phenotype space. We study the interaction of cooperators and defectors. In our model, cooperators cooperate with those who are similar and defect otherwise. Defectors always defect. Individuals mutate to nearby phenotypes, which generates a random walk of the population in phenotype space. Our analysis brings together ideas from coalescence theory and evolutionary game dynamics. We obtain a precise condition for natural selection to favor cooperators over defectors. Cooperation is favored when the phenotypic mutation rate is large and the strategy mutation rate is small. In the optimal case for cooperators, in a one-dimensional phenotype space and for large population size, the critical benefit-to-cost ratio is given by b/c = 1 + 2/. We also derive the fundamental condition for any two-strategy symmetric game and consider high-dimensional phenotype spaces.
coalescent theory evolutionary dynamics evolutionary game theory mathematical biology stochastic process
Footnotes
1To whom correspondence should be addressed. E-mail: martin_nowak@harvard.edu
Author contributions: T.A., H.O., J.W., P.D.T., and M.A.N. performed research; and T.A., H.O., J.W., P.D.T., and M.A.N. wrote the paper.
The authors declare no conflict of interest.
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Darwinismo, Teoria do Tudo? Weltanschauung? Ria, para não chorar
quarta-feira, abril 29, 2009
JC e-mail 3751, de 29 de Abril de 2009.
25. “Ciência Hoje”: Darwin e a filosofia
A teoria da evolução já ultrapassou os limites da ciência e transformou o pensamento contemporâneo, sendo aplicada na interpretação da variedade da vida, seja ela natural ou cultural
Em sua coluna na “Ciência Hoje” de abril, Renato Lessa examina a teoria da evolução e mostra que, mais do que delinear um esboço renovado de uma ciência natural, Darwin refutou um estilo de pensamento, para o qual as ideias de acaso, imprevisibilidade e futuro em aberto apareciam como escandalosas.
Para assinar a “Ciência Hoje” ou adquirir números avulsos, ligue para 0800-7278999 ou (21) 21098999.
+++++
NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:
Darwin se propôs explicar a origem das espécies através da seleção natural. Não conseguiu. Aí veio Darwin 2.0 (Neodarwinismo, mas o Claudio Angelo, da Folha de São Paulo, prefere Síntese Evolutiva Moderna), e trouxeram Mendel junto para recauchutar heuristicamente a teoria (não sei como, se as proposições mendelianas são conservadoras e não inovadoras: as lentilhas continuam lentilhas)e, com o avanço das descobertas científicas do Século 20 e início do 21, já está demandando completa revisão ou simples descarte: a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA.
Ora, uma teoria que não conseguiu explicar a origem e evolução das espécies, e nem a de um 'simples' flagelo bacteriano, agora responde tudo - de dor de dente a 'olho gordo'E ainda é a nossa Weltanschauung???
Ria, pra não chorar...
25. “Ciência Hoje”: Darwin e a filosofia
A teoria da evolução já ultrapassou os limites da ciência e transformou o pensamento contemporâneo, sendo aplicada na interpretação da variedade da vida, seja ela natural ou cultural
Em sua coluna na “Ciência Hoje” de abril, Renato Lessa examina a teoria da evolução e mostra que, mais do que delinear um esboço renovado de uma ciência natural, Darwin refutou um estilo de pensamento, para o qual as ideias de acaso, imprevisibilidade e futuro em aberto apareciam como escandalosas.
Para assinar a “Ciência Hoje” ou adquirir números avulsos, ligue para 0800-7278999 ou (21) 21098999.
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NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:
Darwin se propôs explicar a origem das espécies através da seleção natural. Não conseguiu. Aí veio Darwin 2.0 (Neodarwinismo, mas o Claudio Angelo, da Folha de São Paulo, prefere Síntese Evolutiva Moderna), e trouxeram Mendel junto para recauchutar heuristicamente a teoria (não sei como, se as proposições mendelianas são conservadoras e não inovadoras: as lentilhas continuam lentilhas)e, com o avanço das descobertas científicas do Século 20 e início do 21, já está demandando completa revisão ou simples descarte: a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA.
Ora, uma teoria que não conseguiu explicar a origem e evolução das espécies, e nem a de um 'simples' flagelo bacteriano, agora responde tudo - de dor de dente a 'olho gordo'E ainda é a nossa Weltanschauung???
Ria, pra não chorar...
Evidência de evolução convergente molecular
Evidence for an ancient adaptive episode of convergent molecular evolution
Todd A. Castoea,1, A. P. Jason de Koninga,1, Hyun-Min Kima, Wanjun Gua,2, Brice P. Noonanb, Gavin Naylorc, Zhi J. Jiangd,e, Christopher L. Parkinsond,e, and David D. Pollocka,3
aDepartment of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado School of Medicine, Aurora, CO 80045; bDepartment of Biology, University of Mississippi, Box 1848, University, MS 38677; cDepartment of Scientific Computing, Dirac Science Library, Florida State University, Tallahassee, FL 32306; dCenter for Computational Science, University of Miami, 1120 Northwest 14th Street, Miami, FL 33136; and eDepartment of Biology, University of Central Florida, 4000 Central Florida Boulevard, Orlando, FL 32816
Edited by David M. Hillis, University of Texas, Austin, TX, and approved March 20, 2009 (received for review January 9, 2009)
Abstract
Documented cases of convergent molecular evolution due to selection are fairly unusual, and examples to date have involved only a few amino acid positions. However, because convergence mimics shared ancestry and is not accommodated by current phylogenetic methods, it can strongly mislead phylogenetic inference when it does occur. Here, we present a case of extensive convergent molecular evolution between snake and agamid lizard mitochondrial genomes that overcomes an otherwise strong phylogenetic signal. Evidence from morphology, nuclear genes, and most sites in the mitochondrial genome support one phylogenetic tree, but a subset of mostly amino acid-altering substitutions (primarily at the first and second codon positions) across multiple mitochondrial genes strongly supports a radically different phylogeny.
The relevant sites generally evolved slowly but converged between ancient lineages of snakes and agamids.We estimate that 44 of 113 predicted convergent changes distributed across all 13 mitochondrial protein-coding genes are expected to have arisen from nonneutral causes—a remarkably large number. Combined with strong previous evidence for adaptive evolution in snake mitochondrial proteins, it is likely that much of this convergent evolution was driven by adaptation. These results indicate that nonneutral convergent molecular evolution in mitochondria can
occur at a scale and intensity far beyond what has been documented previously, and they highlight the vulnerability of standard phylogenetic methods to the presence of nonneutral convergent sequence evolution.
Keywords adaptation convergence phylogenetics reptile
+++++
PDF gratuito do artigo aqui.
Todd A. Castoea,1, A. P. Jason de Koninga,1, Hyun-Min Kima, Wanjun Gua,2, Brice P. Noonanb, Gavin Naylorc, Zhi J. Jiangd,e, Christopher L. Parkinsond,e, and David D. Pollocka,3
aDepartment of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Colorado School of Medicine, Aurora, CO 80045; bDepartment of Biology, University of Mississippi, Box 1848, University, MS 38677; cDepartment of Scientific Computing, Dirac Science Library, Florida State University, Tallahassee, FL 32306; dCenter for Computational Science, University of Miami, 1120 Northwest 14th Street, Miami, FL 33136; and eDepartment of Biology, University of Central Florida, 4000 Central Florida Boulevard, Orlando, FL 32816
Edited by David M. Hillis, University of Texas, Austin, TX, and approved March 20, 2009 (received for review January 9, 2009)
Abstract
Documented cases of convergent molecular evolution due to selection are fairly unusual, and examples to date have involved only a few amino acid positions. However, because convergence mimics shared ancestry and is not accommodated by current phylogenetic methods, it can strongly mislead phylogenetic inference when it does occur. Here, we present a case of extensive convergent molecular evolution between snake and agamid lizard mitochondrial genomes that overcomes an otherwise strong phylogenetic signal. Evidence from morphology, nuclear genes, and most sites in the mitochondrial genome support one phylogenetic tree, but a subset of mostly amino acid-altering substitutions (primarily at the first and second codon positions) across multiple mitochondrial genes strongly supports a radically different phylogeny.
The relevant sites generally evolved slowly but converged between ancient lineages of snakes and agamids.We estimate that 44 of 113 predicted convergent changes distributed across all 13 mitochondrial protein-coding genes are expected to have arisen from nonneutral causes—a remarkably large number. Combined with strong previous evidence for adaptive evolution in snake mitochondrial proteins, it is likely that much of this convergent evolution was driven by adaptation. These results indicate that nonneutral convergent molecular evolution in mitochondria can
occur at a scale and intensity far beyond what has been documented previously, and they highlight the vulnerability of standard phylogenetic methods to the presence of nonneutral convergent sequence evolution.
Keywords adaptation convergence phylogenetics reptile
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E o Darwin para alunos mais experientes?
JC e-mail 3750, de 28 de Abril de 2009.
24. Darwin para principiantes
Sai no Brasil "O Que é a Evolução", clássico moderno de Ernst Mayr, que explica o darwinismo até para criacionistas
Claudio Angelo escreve para a “Folha de SP”:
O biólogo alemão Ernst Mayr (1904-2005) nunca se achou o maior evolucionista do século 20; atribuía a honra ao colega russo Theodosius Dobzhansky. Também não era dono de uma prosa exatamente charmosa, e sim conhecido por seus textos secos.
Pode soar estranha, portanto, a afirmação de que seu livro "O Que é a Evolução" é provavelmente a melhor obra já escrita sobre o assunto desde 1859, quando Charles Darwin publicou "A Origem das Espécies". Estranha, mas justificada.
A pequena obra-prima de Mayr, que chega ao Brasil no aniversário de 150 anos da "Origem", é um esforço bem-sucedido de explicar para o público leigo a teoria evolutiva e as modificações que ela sofreu neste século e meio.
Mayr era mesmo o homem certo para o trabalho. Nenhum outro evolucionista teve uma carreira tão longa -80 anos, dos seus 100 de vida. Nem o próprio Darwin, nem o codescobridor da seleção natural, Alfred Wallace, assistiram a tantas reviravoltas no pensamento biológico quanto o alemão.
Não bastasse ter sido um observador privilegiado, Mayr também foi um dos personagens centrais da revolução darwinista. Nos anos 1940, ao lado de Dobzhansky e outros, foi responsável pela Moderna Síntese Evolucionista, que conciliou a evolução com a genética e a sistemática, dando-lhe o seu formato atual. Também foi o pai do conceito biológico de espécie, adotado no mundo todo.
O autor afirma ter escrito "O Que é a Evolução" com três públicos em mente. Primeiro, os biólogos ou não biólogos que desejem saber mais sobre o assunto. Depois, os que aceitam a evolução, mas não têm certeza se a explicação darwinista é a correta. Por fim, os criacionistas "que desejam saber mais a respeito do paradigma atual da ciência evolucionista, mesmo que só para poderem argumentar melhor contra ele."
Apesar de o cientista declarar que não pretende apresentar evidências exaustivas de que a evolução é um fato (pois, segundo ele, nada convenceria "aqueles que não querem ser persuadidos"), é difícil continuar sendo um criacionista honesto após a leitura.
Mayr se dedica a desfazer equívocos do senso comum sobre o darwinismo ao mesmo tempo em que expõe o beabá da teoria. Ao explicar por que a evolução é um fato, por exemplo, expõe algumas das séries de fósseis mais completas a documentarem transições evolutivas: a dos répteis terápsidos para os mamíferos e a dos cavalos, do Eoceno até hoje.
Volta ao assunto depois, esclarecendo por que o registro fóssil aparenta ser descontínuo -um dos principais argumentos criacionistas contra a macroevolução, a evolução acima do nível de espécie. É tudo uma questão, explica, de acrescentar uma outra dimensão, a espacial, à sucessão das formas ao longo do tempo. Antes que algum criacionista pergunte, Mayr ressalta que esse processo, a evolução especiacional, não resulta de ponderações teóricas, mas de observações.
O livro desfila de forma profunda e ao mesmo tempo didática pelos conceitos-chave do pensamento evolutivo: adaptação, variação, seleção natural, população e especiação. O leitor encontra desde a famosa estrutura do DNA até a famigerada equação de Hardy-Weinberg, que trata da distribuição dos genes numa população (sem a matemática tediosa).
"Controvérsias efêmeras"
Mayr também mergulha na história e na filosofia da biologia, campo ao qual dedicou quatro décadas e no qual fez contribuições originais.
Argumenta, por exemplo, que a demora de 80 anos para que o darwinismo fosse amplamente aceito (da "Origem" até a Moderna Síntese) não se deveu à influência do cristianismo, mas sim a duas ideias filosóficas: o essencialismo (segundo o qual toda a natureza se dividia em classes imutáveis) e o finalismo (segundo o qual havia uma tendência intrínseca na natureza à perfeição).
Para os iniciados em biologia Mayr também reservou algumas pérolas. Do alto de seus 95 anos (o livro foi lançado nos EUA em 2001), pôs-se a ranhetar contra aquilo que chamou de "controvérsias efêmeras".
Algumas delas, cabe lembrar, ocuparam as carreiras de cientistas de renome, como a teoria do equilíbrio pontuado, de Stephen Jay Gould e Niles Eldredge ("são fenômenos populacionais, sem nenhum conflito com o darwinismo"), ou causaram debates famosos, como o travado entre Gould e Richard Dawkins sobre qual seria o alvo da seleção natural ("é óbvio que é o indivíduo"). Evolução neutra? Existe, mas não é importante. Seleção de grupo? É claro que acontece.
É claro, o "Darwin do século 20", como era conhecido, não estava imune a enganos. O livro diz que as aves não podem descender dos dinossauros (algo mais ou menos comprovado hoje) e minimiza campos novos de pesquisa que têm completado o quadro darwinista, como a evolução do desenvolvimento e a epigenética. Mayr nunca quis realmente saber dessas coisas. Descontos que o leitor há de dar a uma mente que ainda era capaz de produzir uma obra empolgante e lúcida numa idade à qual muita gente nem espera chegar.
(Folha de SP, 26/4)
+++++
NOTA DESTE BLOGGER:
Mayr é o mesmo que disse, certa vez, que o pensamento de Darwin era confuso, e que a tese fundamental do título - a origem das espécies - Darwin não explicou. Nem a origem das variações, que seria um título mais apropriado para o livro, Darwin acertou, pois sua teoria da Pangênese se mostrou falsa já no seu tempo.
Se eu tiver tempo, pretendo resenhar este livro de Mayr.
24. Darwin para principiantes
Sai no Brasil "O Que é a Evolução", clássico moderno de Ernst Mayr, que explica o darwinismo até para criacionistas
Claudio Angelo escreve para a “Folha de SP”:
O biólogo alemão Ernst Mayr (1904-2005) nunca se achou o maior evolucionista do século 20; atribuía a honra ao colega russo Theodosius Dobzhansky. Também não era dono de uma prosa exatamente charmosa, e sim conhecido por seus textos secos.
Pode soar estranha, portanto, a afirmação de que seu livro "O Que é a Evolução" é provavelmente a melhor obra já escrita sobre o assunto desde 1859, quando Charles Darwin publicou "A Origem das Espécies". Estranha, mas justificada.
A pequena obra-prima de Mayr, que chega ao Brasil no aniversário de 150 anos da "Origem", é um esforço bem-sucedido de explicar para o público leigo a teoria evolutiva e as modificações que ela sofreu neste século e meio.
Mayr era mesmo o homem certo para o trabalho. Nenhum outro evolucionista teve uma carreira tão longa -80 anos, dos seus 100 de vida. Nem o próprio Darwin, nem o codescobridor da seleção natural, Alfred Wallace, assistiram a tantas reviravoltas no pensamento biológico quanto o alemão.
Não bastasse ter sido um observador privilegiado, Mayr também foi um dos personagens centrais da revolução darwinista. Nos anos 1940, ao lado de Dobzhansky e outros, foi responsável pela Moderna Síntese Evolucionista, que conciliou a evolução com a genética e a sistemática, dando-lhe o seu formato atual. Também foi o pai do conceito biológico de espécie, adotado no mundo todo.
O autor afirma ter escrito "O Que é a Evolução" com três públicos em mente. Primeiro, os biólogos ou não biólogos que desejem saber mais sobre o assunto. Depois, os que aceitam a evolução, mas não têm certeza se a explicação darwinista é a correta. Por fim, os criacionistas "que desejam saber mais a respeito do paradigma atual da ciência evolucionista, mesmo que só para poderem argumentar melhor contra ele."
Apesar de o cientista declarar que não pretende apresentar evidências exaustivas de que a evolução é um fato (pois, segundo ele, nada convenceria "aqueles que não querem ser persuadidos"), é difícil continuar sendo um criacionista honesto após a leitura.
Mayr se dedica a desfazer equívocos do senso comum sobre o darwinismo ao mesmo tempo em que expõe o beabá da teoria. Ao explicar por que a evolução é um fato, por exemplo, expõe algumas das séries de fósseis mais completas a documentarem transições evolutivas: a dos répteis terápsidos para os mamíferos e a dos cavalos, do Eoceno até hoje.
Volta ao assunto depois, esclarecendo por que o registro fóssil aparenta ser descontínuo -um dos principais argumentos criacionistas contra a macroevolução, a evolução acima do nível de espécie. É tudo uma questão, explica, de acrescentar uma outra dimensão, a espacial, à sucessão das formas ao longo do tempo. Antes que algum criacionista pergunte, Mayr ressalta que esse processo, a evolução especiacional, não resulta de ponderações teóricas, mas de observações.
O livro desfila de forma profunda e ao mesmo tempo didática pelos conceitos-chave do pensamento evolutivo: adaptação, variação, seleção natural, população e especiação. O leitor encontra desde a famosa estrutura do DNA até a famigerada equação de Hardy-Weinberg, que trata da distribuição dos genes numa população (sem a matemática tediosa).
"Controvérsias efêmeras"
Mayr também mergulha na história e na filosofia da biologia, campo ao qual dedicou quatro décadas e no qual fez contribuições originais.
Argumenta, por exemplo, que a demora de 80 anos para que o darwinismo fosse amplamente aceito (da "Origem" até a Moderna Síntese) não se deveu à influência do cristianismo, mas sim a duas ideias filosóficas: o essencialismo (segundo o qual toda a natureza se dividia em classes imutáveis) e o finalismo (segundo o qual havia uma tendência intrínseca na natureza à perfeição).
Para os iniciados em biologia Mayr também reservou algumas pérolas. Do alto de seus 95 anos (o livro foi lançado nos EUA em 2001), pôs-se a ranhetar contra aquilo que chamou de "controvérsias efêmeras".
Algumas delas, cabe lembrar, ocuparam as carreiras de cientistas de renome, como a teoria do equilíbrio pontuado, de Stephen Jay Gould e Niles Eldredge ("são fenômenos populacionais, sem nenhum conflito com o darwinismo"), ou causaram debates famosos, como o travado entre Gould e Richard Dawkins sobre qual seria o alvo da seleção natural ("é óbvio que é o indivíduo"). Evolução neutra? Existe, mas não é importante. Seleção de grupo? É claro que acontece.
É claro, o "Darwin do século 20", como era conhecido, não estava imune a enganos. O livro diz que as aves não podem descender dos dinossauros (algo mais ou menos comprovado hoje) e minimiza campos novos de pesquisa que têm completado o quadro darwinista, como a evolução do desenvolvimento e a epigenética. Mayr nunca quis realmente saber dessas coisas. Descontos que o leitor há de dar a uma mente que ainda era capaz de produzir uma obra empolgante e lúcida numa idade à qual muita gente nem espera chegar.
(Folha de SP, 26/4)
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NOTA DESTE BLOGGER:
Mayr é o mesmo que disse, certa vez, que o pensamento de Darwin era confuso, e que a tese fundamental do título - a origem das espécies - Darwin não explicou. Nem a origem das variações, que seria um título mais apropriado para o livro, Darwin acertou, pois sua teoria da Pangênese se mostrou falsa já no seu tempo.
Se eu tiver tempo, pretendo resenhar este livro de Mayr.
Divulgando o conhecimento científico
JC e-mail 3750, de 28 de Abril de 2009.
17. A divulgação do conhecimento, artigo de Eloi S. Garcia
“É uma obrigação de o cientista contagiar a população pela paixão das ideias e inovações, e pela busca de algo que tem que ver com alguma forma de beleza e poesia”
Eloi S. Garcia é ex-presidente e pesquisador da Fiocruz, membro da Academia Brasileira de Ciência e assessor da Presidência da Inmetro. Artigo enviado pelo autor ao “JC e-mail”:
Até a pouco mais de 50 anos atrás, a sociedade avançava quase de forma lenta e imperceptível. Já nos inícios do século XXI, o processo de transformação na ciência e tecnologia é o mais vertiginoso de toda a história da humanidade.
As evidências são claras, notáveis, temos que entendê-las, aceitá-las e dominá-las. Nesta nova sociedade, as distâncias estão desaparecendo.
Se na sociedade industrial as distâncias eram fundamentais e levavam as possibilidades de desenvolvimento, na nova sociedade significam pouco ou mesmo nada. Com os novos sistemas de comunicações o tempo já é um fator quase inexistente. É o que chamamos comunicação em tempo real. O tempo já não se mede em segundos e sim em nanosegundos.
Neste novo mundo, as mudanças se realizam rapidamente, e estamos em uma época em que cada dia os produtos tem ciclos mais curtos, onde o que hoje é uma inovação rapidamente deixa de sê-la, não em 5 ou 10 anos com antes, e sim em um ano, ou mesmo meses.
Hoje, algo que é inovador, desaparece quase na mesma velocidade com que foi desenvolvido. Criar e inovar: estas são as premissas da ciência moderna. Estas palavras vêem sempre entrelaçadas e é difícil separá-las.
Ser eficiente é pouco, já não basta. O importante é ser diferente e, se possível, único. Se no século XX a ciência era um estigma, no século XXI ela está democratizando.
Estamos deixando de lado a imagem elitista da ciência, tornando-a popular graças aos trabalhos de algumas poucas pessoas e da mídia interessada em sua divulgação. A sua sobrevivência passa, sem dúvida, pela ciência chegar a maior número possível de pessoas de todas as classes sociais através dos múltiplos caminhos que brinda a tecnologia do século XXI.
Programas de TV e rádio, museus fixos e/ou itinerantes, internet, exposições pelo país afora, sites institucionais etc são válidos para a ciência e tecnologia chegar ao público.
O importante é transferir os conhecimentos gerados pelas universidades e institutos de pesquisas para as empresas e para as ruas, para os espaços públicos, para as escolas públicas e privadas. É uma obrigação de o cientista contagiar a população pela paixão das ideias e inovações, e pela busca de algo que tem que ver com alguma forma de beleza e poesia.
17. A divulgação do conhecimento, artigo de Eloi S. Garcia
“É uma obrigação de o cientista contagiar a população pela paixão das ideias e inovações, e pela busca de algo que tem que ver com alguma forma de beleza e poesia”
Eloi S. Garcia é ex-presidente e pesquisador da Fiocruz, membro da Academia Brasileira de Ciência e assessor da Presidência da Inmetro. Artigo enviado pelo autor ao “JC e-mail”:
Até a pouco mais de 50 anos atrás, a sociedade avançava quase de forma lenta e imperceptível. Já nos inícios do século XXI, o processo de transformação na ciência e tecnologia é o mais vertiginoso de toda a história da humanidade.
As evidências são claras, notáveis, temos que entendê-las, aceitá-las e dominá-las. Nesta nova sociedade, as distâncias estão desaparecendo.
Se na sociedade industrial as distâncias eram fundamentais e levavam as possibilidades de desenvolvimento, na nova sociedade significam pouco ou mesmo nada. Com os novos sistemas de comunicações o tempo já é um fator quase inexistente. É o que chamamos comunicação em tempo real. O tempo já não se mede em segundos e sim em nanosegundos.
Neste novo mundo, as mudanças se realizam rapidamente, e estamos em uma época em que cada dia os produtos tem ciclos mais curtos, onde o que hoje é uma inovação rapidamente deixa de sê-la, não em 5 ou 10 anos com antes, e sim em um ano, ou mesmo meses.
Hoje, algo que é inovador, desaparece quase na mesma velocidade com que foi desenvolvido. Criar e inovar: estas são as premissas da ciência moderna. Estas palavras vêem sempre entrelaçadas e é difícil separá-las.
Ser eficiente é pouco, já não basta. O importante é ser diferente e, se possível, único. Se no século XX a ciência era um estigma, no século XXI ela está democratizando.
Estamos deixando de lado a imagem elitista da ciência, tornando-a popular graças aos trabalhos de algumas poucas pessoas e da mídia interessada em sua divulgação. A sua sobrevivência passa, sem dúvida, pela ciência chegar a maior número possível de pessoas de todas as classes sociais através dos múltiplos caminhos que brinda a tecnologia do século XXI.
Programas de TV e rádio, museus fixos e/ou itinerantes, internet, exposições pelo país afora, sites institucionais etc são válidos para a ciência e tecnologia chegar ao público.
O importante é transferir os conhecimentos gerados pelas universidades e institutos de pesquisas para as empresas e para as ruas, para os espaços públicos, para as escolas públicas e privadas. É uma obrigação de o cientista contagiar a população pela paixão das ideias e inovações, e pela busca de algo que tem que ver com alguma forma de beleza e poesia.
O blog do Francis Collins: o samba epistemológico do crioulo doido
Finalmente foi lançado o blog do Dr. Francis Collins: The BioLogos Foundation.
The BioLogos Mission
The BioLogos Foundation promotes the search for truth in both the natural and spiritual realms, and seeks to harmonize these different perspectives.
Dr. Francis Collins established The BioLogos Foundation to engage America’s escalating culture war between science and faith. On one side of the conversation, the “new atheists” argue that science removes the need for God. On the other side, religious fundamentalists argue that the Bible requires us to reject much of modern science. Many scientists, believers, and members of the general public do not find these options attractive.
There is therefore a great need to contribute to the public voice that represents the harmony of science and faith. BioLogos addresses the core themes of science and religion, and emphasizes the compatibility of Christian faith with what science has discovered about the origins of the universe and life. In order to communicate this message to the general public, The BioLogos Foundation has created BioLogos.org.
Funded by a grant from the John Templeton Foundation, the website articulates the compatibility of modern science with traditional Christian belief. Among other resources, this website posts responses to many of the questions received by Collins, Giberson, and Falk since the publication of their books, including: The Language of God; Saving Darwin; and Coming to Peace With Science. By providing trustworthy insight, BioLogos.org stands as a reliable source of scholarly thought on contemporary issues in science and faith.
+++++
NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:
A tentativa de Collins é louvável, mas ele não vai agradar nem gregos nem troianos...
Quem viver, verá.
The BioLogos Mission
The BioLogos Foundation promotes the search for truth in both the natural and spiritual realms, and seeks to harmonize these different perspectives.
Dr. Francis Collins established The BioLogos Foundation to engage America’s escalating culture war between science and faith. On one side of the conversation, the “new atheists” argue that science removes the need for God. On the other side, religious fundamentalists argue that the Bible requires us to reject much of modern science. Many scientists, believers, and members of the general public do not find these options attractive.
There is therefore a great need to contribute to the public voice that represents the harmony of science and faith. BioLogos addresses the core themes of science and religion, and emphasizes the compatibility of Christian faith with what science has discovered about the origins of the universe and life. In order to communicate this message to the general public, The BioLogos Foundation has created BioLogos.org.
Funded by a grant from the John Templeton Foundation, the website articulates the compatibility of modern science with traditional Christian belief. Among other resources, this website posts responses to many of the questions received by Collins, Giberson, and Falk since the publication of their books, including: The Language of God; Saving Darwin; and Coming to Peace With Science. By providing trustworthy insight, BioLogos.org stands as a reliable source of scholarly thought on contemporary issues in science and faith.
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NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:
A tentativa de Collins é louvável, mas ele não vai agradar nem gregos nem troianos...
Quem viver, verá.
O maior de todos os obstáculos para o progresso científico
Este livro de James Le Fanu está incomodando a Nomenklatura científica por suas críticas ao status epistêmico do neodarwinismo. Razão? É que Le Fanu escreveu artigos e resenha para o British Medical Journal e o não menos importante Journal of the Royal Society of Medicine. O primeiro livro de Le Fanu, The Rise and Fall of Modern Medicine, ganhou o prêmio do livro do ano de 2001 do não menos importante jornal The Los Angeles Times.
Le Fanu é cético do poder explanatório científico do neodarwinismo. Isso, em si mesmo, não é novidade nenhuma, mas a relação incestuosa da Nomenklatura científica com a Grande Mídia tupiniquins nada publica. afinal de contas, desde 1859 muitas pessoas, inclusive cientistas evolucionistas, expressaram ceticismo a respeito de um ou outro aspecto do darwinismo. O mais potencialmente interessante neste caso, é que Le Fanu não levanta suas dúvidas a partir da pespectiva de uma subjetividade religiosa ou até mesmo do Design Inteligente. Le Fanu é agnóstico sobre a exist~encia de um Criador (p. 122).
O argumento é muito mais básico e fundamental. Ele argumenta que o darwinismo deve ser objetivamente julgado como qualquer teoria científica, e conclui que se ela fosse julgada objetivamente, nós deveríamos concluir que o darwinismo é insuficiente para explicar todos os fatos da natureza. Para demonstrar seu argumento, ele focaliza a maior parte de sua atenção sobre as descoberta da Nova Genética, com destaque especial para o Projeto Genoma, bem como as pesquisas sobre o cérebro humano. Le Fanu argumenta que somente processos puramente físicos e materiais não explicam tudo que nós encontramos e que deve haver algum tipo de fenômeno biológico imaterial.
O que chamou muito a atenção deste blogger foi o juízo que Le Fanu emitiu sobre o maior de todos os obstáculos para o progresso científico. O que nós somos bombardeado pelos artigos e entrevistas de cientistas que o maior de todos os obstáculos para o avanço da ciência é a teoria do Design Inteligente, mais uma pseduociência, criacionismo disfarçado, y otras cositas mais. Le Fanu mete o dedo na ferida, pois reduzir a teoria do Design Inteligente a criacionismo é tentar desqualificar sua plausibilidade científica qua teoria. Isso não é feito inconscientemente, mas de forma defensiva visando proteger o núcleo duro do darwinismo de vir à tona e ser julgado objetivamente pelo resto da comunidade científica sem sanções acadêmicas - a "Solução Final" da Nomenklatura científica contra os que ousam criticar Darwin de modo incisivo e contundente.
Le Fanu disse que o maior de todos os obstáculos para o avanço da ciência não é a ignorância, mas a ilusão de conhecimento:
"The greatest obstacle to scientific progress, after all, is not ignorance, but the illusion of knowledge" (p. 108).
É o que nós vemos em alguns cientistas que ficam ofendidos e reclamam de perder tempo precioso para responder a essas críticas 'infundadas' como fez recentemente Diogo Meyer no seu contraponto a John Lennox. Ou Meyer está desatualizado na literatura especializada, ou é isso que Le Fanu tão bem destacou: ilusão de conhecimento, pois a Árvore da Vida de Darwin não existe, está mais para gramado do que outra coisa, e a Seleção Natural não é assim uma Brastemp (desde 1859 já tínhamos céticos desse poder evolutivo - Thomas Huxley, Joseph Hooker, Charles Lyell, entre outros) em criar novidades biológicas.
Ilusão de conhecimento é uma atitude arrogante que posa como se fosse ciência e não é. Traduzindo em graúdos: é empáfia, e isso não é um comportamento objetivo esperado de um cientista.
Le Fanu acredita que nós estamos no começo de outra importante mudança paradigmática comparável à Revolução Copernicana, e que o darwinismo logo vai ser colocado na prateleira junto com outras teorias científicas desacreditadas. Talvez isso seja desejo da parte de Le Fanu. E se não for? O darwinismo resiste ao exame crítico e objetivo do contexto de justificação teórica? Duvido, eu disse adeus a Darwin em 1998 após a leitura do livro "A Caixa Preta de Darwin" de Michael Behe: se a teoria de Darwin não explica a origem e a evolução do flagelo bacteriano de uma 'simples' bactéria, não explica a grandiosidade da complexidade e diversidade das coisas bióticas.
Que venga la nueva teoría de evolución: a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, que não pode mais dar crédito á seleção natural (tem se mostrado terrível e contumaz 'gazeteira' na hora em que dela mais se espera), e vai ter que considerar a hipótese da ancestralidade comum através de outras visões.
Darwin, quem diria, está cada vez mais nú e parece não haver mais roupas epistêmicas em Harrod's que o cubra...
+++++
Tirando o chapéu para ANL.
Le Fanu é cético do poder explanatório científico do neodarwinismo. Isso, em si mesmo, não é novidade nenhuma, mas a relação incestuosa da Nomenklatura científica com a Grande Mídia tupiniquins nada publica. afinal de contas, desde 1859 muitas pessoas, inclusive cientistas evolucionistas, expressaram ceticismo a respeito de um ou outro aspecto do darwinismo. O mais potencialmente interessante neste caso, é que Le Fanu não levanta suas dúvidas a partir da pespectiva de uma subjetividade religiosa ou até mesmo do Design Inteligente. Le Fanu é agnóstico sobre a exist~encia de um Criador (p. 122).
O argumento é muito mais básico e fundamental. Ele argumenta que o darwinismo deve ser objetivamente julgado como qualquer teoria científica, e conclui que se ela fosse julgada objetivamente, nós deveríamos concluir que o darwinismo é insuficiente para explicar todos os fatos da natureza. Para demonstrar seu argumento, ele focaliza a maior parte de sua atenção sobre as descoberta da Nova Genética, com destaque especial para o Projeto Genoma, bem como as pesquisas sobre o cérebro humano. Le Fanu argumenta que somente processos puramente físicos e materiais não explicam tudo que nós encontramos e que deve haver algum tipo de fenômeno biológico imaterial.
O que chamou muito a atenção deste blogger foi o juízo que Le Fanu emitiu sobre o maior de todos os obstáculos para o progresso científico. O que nós somos bombardeado pelos artigos e entrevistas de cientistas que o maior de todos os obstáculos para o avanço da ciência é a teoria do Design Inteligente, mais uma pseduociência, criacionismo disfarçado, y otras cositas mais. Le Fanu mete o dedo na ferida, pois reduzir a teoria do Design Inteligente a criacionismo é tentar desqualificar sua plausibilidade científica qua teoria. Isso não é feito inconscientemente, mas de forma defensiva visando proteger o núcleo duro do darwinismo de vir à tona e ser julgado objetivamente pelo resto da comunidade científica sem sanções acadêmicas - a "Solução Final" da Nomenklatura científica contra os que ousam criticar Darwin de modo incisivo e contundente.
Le Fanu disse que o maior de todos os obstáculos para o avanço da ciência não é a ignorância, mas a ilusão de conhecimento:
"The greatest obstacle to scientific progress, after all, is not ignorance, but the illusion of knowledge" (p. 108).
É o que nós vemos em alguns cientistas que ficam ofendidos e reclamam de perder tempo precioso para responder a essas críticas 'infundadas' como fez recentemente Diogo Meyer no seu contraponto a John Lennox. Ou Meyer está desatualizado na literatura especializada, ou é isso que Le Fanu tão bem destacou: ilusão de conhecimento, pois a Árvore da Vida de Darwin não existe, está mais para gramado do que outra coisa, e a Seleção Natural não é assim uma Brastemp (desde 1859 já tínhamos céticos desse poder evolutivo - Thomas Huxley, Joseph Hooker, Charles Lyell, entre outros) em criar novidades biológicas.
Ilusão de conhecimento é uma atitude arrogante que posa como se fosse ciência e não é. Traduzindo em graúdos: é empáfia, e isso não é um comportamento objetivo esperado de um cientista.
Le Fanu acredita que nós estamos no começo de outra importante mudança paradigmática comparável à Revolução Copernicana, e que o darwinismo logo vai ser colocado na prateleira junto com outras teorias científicas desacreditadas. Talvez isso seja desejo da parte de Le Fanu. E se não for? O darwinismo resiste ao exame crítico e objetivo do contexto de justificação teórica? Duvido, eu disse adeus a Darwin em 1998 após a leitura do livro "A Caixa Preta de Darwin" de Michael Behe: se a teoria de Darwin não explica a origem e a evolução do flagelo bacteriano de uma 'simples' bactéria, não explica a grandiosidade da complexidade e diversidade das coisas bióticas.
Que venga la nueva teoría de evolución: a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, que não pode mais dar crédito á seleção natural (tem se mostrado terrível e contumaz 'gazeteira' na hora em que dela mais se espera), e vai ter que considerar a hipótese da ancestralidade comum através de outras visões.
Darwin, quem diria, está cada vez mais nú e parece não haver mais roupas epistêmicas em Harrod's que o cubra...
+++++
Tirando o chapéu para ANL.
Jared Diamond processado por membro de tribo da Nova Guiné
terça-feira, abril 28, 2009
MÍDIA NA JUSTIÇA
Membro de tribo de Nova Guiné processa New Yorker
em 28/4/2009
Em reportagem publicada em abril de 2008 na revista americana New Yorker, o professor Jared Diamond descreveu o conflito sangrento que afetou tribos na região montanhosa de Nova Guiné, usando um protagonista central como fio condutor da história: Daniel Wemp, membro do clã handa, que tinha como meta vingar a morte do tio. Esta busca por justiça causou seis anos de combate, resultando no assassinato de 47 pessoas e no roubo de 300 porcos.
A briga de Wemp agora é contra Diamond. Ele abriu uma ação na Suprema Corte de Nova York, pedindo US$ 10 milhões da Advance Publications, editora que publica a New Yorker, alegando que a reportagem o acusou falsamente de "séria atividade criminal" e "assassinato". Isum Mandigo, que segundo Diamond teria sido o responsável pela morte do tio de Wemp e teria ficado paralítico após ser atingido por uma flecha, também entrou no processo contra a editora.
Prêmios e uma dúvida
Diamond já ganhou diversos prêmios, como o Pulitzer, a Medalha Nacional da Ciência e o "gênio", da Fundação MacArthur. No entanto, nem tudo são flores no currículo do professor de geografia e fisiologia da Universidade da Califórnia e autor de vários best-sellers. Rhonda Roland Shearer, diretora de um laboratório de pesquisa de Nova York, escolheu o caso como tema de um estudo que será divulgado em um projeto de ética e mídia. Para checar os fatos apresentados por Diamond em sua matéria, Rhonda enviou pesquisadores para Nova Guiné e entrevistou 40 antropólogos, concluindo que os dados eram falsos.
Alexa Cassanos, porta-voz da New Yorker, e Diamond não quiseram comentar o caso, segundo noticiou Dirk Selei [Forbes, 21/4/09]. Alexa disse apenas que a revista corroborava a história de Diamond. O artigo não está mais disponível no sítio da revista. Para complicar ainda mais o caso, Wemp teria dito aos pesquisadores de Rhonda que a reportagem de Diamond era verdadeira. Mako John Kuwinb, amigo e conselheiro legal de Wemp, alega que, quando estrangeiros chegam em Nova Guiné, os habitantes contam histórias como forma de entretenimento. "As histórias de Daniel não eram sérias e ele não tinha idéia de que estava sendo entrevistado para uma publicação. Ele nunca matou ninguém nem estuprou nenhuma mulher. Certamente, também não roubou nenhum porco", contou. Com informações de Ed Pilkington [The Guardian, 24/4/09].
Membro de tribo de Nova Guiné processa New Yorker
em 28/4/2009
Em reportagem publicada em abril de 2008 na revista americana New Yorker, o professor Jared Diamond descreveu o conflito sangrento que afetou tribos na região montanhosa de Nova Guiné, usando um protagonista central como fio condutor da história: Daniel Wemp, membro do clã handa, que tinha como meta vingar a morte do tio. Esta busca por justiça causou seis anos de combate, resultando no assassinato de 47 pessoas e no roubo de 300 porcos.
A briga de Wemp agora é contra Diamond. Ele abriu uma ação na Suprema Corte de Nova York, pedindo US$ 10 milhões da Advance Publications, editora que publica a New Yorker, alegando que a reportagem o acusou falsamente de "séria atividade criminal" e "assassinato". Isum Mandigo, que segundo Diamond teria sido o responsável pela morte do tio de Wemp e teria ficado paralítico após ser atingido por uma flecha, também entrou no processo contra a editora.
Prêmios e uma dúvida
Diamond já ganhou diversos prêmios, como o Pulitzer, a Medalha Nacional da Ciência e o "gênio", da Fundação MacArthur. No entanto, nem tudo são flores no currículo do professor de geografia e fisiologia da Universidade da Califórnia e autor de vários best-sellers. Rhonda Roland Shearer, diretora de um laboratório de pesquisa de Nova York, escolheu o caso como tema de um estudo que será divulgado em um projeto de ética e mídia. Para checar os fatos apresentados por Diamond em sua matéria, Rhonda enviou pesquisadores para Nova Guiné e entrevistou 40 antropólogos, concluindo que os dados eram falsos.
Alexa Cassanos, porta-voz da New Yorker, e Diamond não quiseram comentar o caso, segundo noticiou Dirk Selei [Forbes, 21/4/09]. Alexa disse apenas que a revista corroborava a história de Diamond. O artigo não está mais disponível no sítio da revista. Para complicar ainda mais o caso, Wemp teria dito aos pesquisadores de Rhonda que a reportagem de Diamond era verdadeira. Mako John Kuwinb, amigo e conselheiro legal de Wemp, alega que, quando estrangeiros chegam em Nova Guiné, os habitantes contam histórias como forma de entretenimento. "As histórias de Daniel não eram sérias e ele não tinha idéia de que estava sendo entrevistado para uma publicação. Ele nunca matou ninguém nem estuprou nenhuma mulher. Certamente, também não roubou nenhum porco", contou. Com informações de Ed Pilkington [The Guardian, 24/4/09].
Diogo Meyer: a Árvore da Vida de Darwin é miragem
segunda-feira, abril 27, 2009
Eu estou de saída para São Paulo, pois amanhã assistirei a um seminário de colegas do doutorado de História da Ciência na PUC-SP, e não vou ter ter tempo de comentar o artigo "A árvore da vida não está morta", de Diogo Meyer, professor do Instituto de Biociências da USP, especialista em genética e evolução, publicado online no jornal "O Estado de São Paulo".
No artigo replicando ao Dr. John Lennox, professor da Universidade de Oxford, Meyer afirmou, entre coisas, que a Árvore da Vida de Darwin não está morta e que a seleção natural é capaz de explicar as características dos seres vivos.
Eu não sei onde foi mesmo que eu li que a Árvore da Vida de Darwin está mais para gramado, que a revista The New Scientist na sua edição de Fevereiro de 2009 publicou o artigo "Darwin was wrong" [Darwin estava errado] sobre a Árvore da Vida.
Eu também não sei onde foi mesmo que eu li que a seleção natural não é mais uma Brastemp de mecanismo evolutivo - como explicar as características dos seres vivos é uma coisa, explicar a origem é outra, e que por não ter esta robustez de criar novidades nas coisas bióticas, está sendo elaborada a nova teoria da evolução - a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, onde a seleção natural de Darwin terá um papel menos importante.
O artigo de Meyer me fez lembrar a estória da formiguinha que era servida cocaína no laboratório pelos pesquisadores. Após ficar viciada na droga, os cientistas foram arrancando partes da formiguinha, e perguntavam (para o devido aferimento da experiência a la Mengele); "Está sentido alguma coisa, formiguinha?", e a formiguinha respondia: "Eu num tô tintindo nada". Até que ela nada mais respondeu...
No artigo replicando ao Dr. John Lennox, professor da Universidade de Oxford, Meyer afirmou, entre coisas, que a Árvore da Vida de Darwin não está morta e que a seleção natural é capaz de explicar as características dos seres vivos.
Eu não sei onde foi mesmo que eu li que a Árvore da Vida de Darwin está mais para gramado, que a revista The New Scientist na sua edição de Fevereiro de 2009 publicou o artigo "Darwin was wrong" [Darwin estava errado] sobre a Árvore da Vida.
Eu também não sei onde foi mesmo que eu li que a seleção natural não é mais uma Brastemp de mecanismo evolutivo - como explicar as características dos seres vivos é uma coisa, explicar a origem é outra, e que por não ter esta robustez de criar novidades nas coisas bióticas, está sendo elaborada a nova teoria da evolução - a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, onde a seleção natural de Darwin terá um papel menos importante.
O artigo de Meyer me fez lembrar a estória da formiguinha que era servida cocaína no laboratório pelos pesquisadores. Após ficar viciada na droga, os cientistas foram arrancando partes da formiguinha, e perguntavam (para o devido aferimento da experiência a la Mengele); "Está sentido alguma coisa, formiguinha?", e a formiguinha respondia: "Eu num tô tintindo nada". Até que ela nada mais respondeu...
Google celebra o design inteligente por detrás do código Morse
Hoje, dia 27 de abril de 2009 o Google celebrou o aniversário de Samuel Morse, o inventor do código Morse usado nas comunicações.
Fonte.
Há um outro tipo de código em que muitos teimam dizer não haver design inteligente por detrás de sua origem e evolução.
Se há ação inteligente por detrás do código Morse, o que dizer então do código do DNA???
Cego é que aquele que tem olhos e não vê...
Fui, nem sei por que, pensando que as atuais teorias da origem e evolução da vida não têm como explicar a origem e evolução do DNA, um código de informação complexa especificada.
Fonte.
Há um outro tipo de código em que muitos teimam dizer não haver design inteligente por detrás de sua origem e evolução.
Se há ação inteligente por detrás do código Morse, o que dizer então do código do DNA???
Cego é que aquele que tem olhos e não vê...
Fui, nem sei por que, pensando que as atuais teorias da origem e evolução da vida não têm como explicar a origem e evolução do DNA, um código de informação complexa especificada.
Extinção dos dinossauros: mais uma teoria vai pro saco!
Press Release 09-076
New Blow for Dinosaur-Killing Asteroid Theory
Impact didn't lead to mass extinction 65 million years ago, geologists find
April 27, 2009
The enduringly popular theory that the Chicxulub crater holds the clue to the demise of the dinosaurs, along with some 65 percent of all species 65 million years ago, is challenged in a paper to be published in the Journal of the Geological Society on April 27, 2009.
The crater, discovered in 1978 in northern Yucutan and measuring about 180 kilometers (112 miles) in diameter, records a massive extra-terrestrial impact.
When spherules from the impact were found just below the Cretaceous-Tertiary (K-T) boundary, it was quickly identified as the "smoking gun" responsible for the mass extinction event that took place 65 million years ago.
It was this event which saw the demise of dinosaurs, along with countless other plant and animal species.
However, a number of scientists have since disagreed with this interpretation.
+++++
Sorry, periferia, mas o resto continua em inglês aqui.
New Blow for Dinosaur-Killing Asteroid Theory
Impact didn't lead to mass extinction 65 million years ago, geologists find
April 27, 2009
The enduringly popular theory that the Chicxulub crater holds the clue to the demise of the dinosaurs, along with some 65 percent of all species 65 million years ago, is challenged in a paper to be published in the Journal of the Geological Society on April 27, 2009.
The crater, discovered in 1978 in northern Yucutan and measuring about 180 kilometers (112 miles) in diameter, records a massive extra-terrestrial impact.
When spherules from the impact were found just below the Cretaceous-Tertiary (K-T) boundary, it was quickly identified as the "smoking gun" responsible for the mass extinction event that took place 65 million years ago.
It was this event which saw the demise of dinosaurs, along with countless other plant and animal species.
However, a number of scientists have since disagreed with this interpretation.
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Sorry, periferia, mas o resto continua em inglês aqui.
Quem disse que Aristóteles e Darwin não se bicam?
O que Jerusalém tem a ver com Atenas? Já foi questionamento filosófico que rendeu muita discussão. Agora, no século 21, o que Aristóteles tem a ver com Darwin? Nada, dizem os aristotélicos e darwinistas mais ortodoxos. É igual à proposição "Todos os cisnes são brancos". Ela somente é verdadeira enquanto não acharmos um cisne preto...
O que dizer então de Richard J. Cameron??? Ele é estritamente aristotélico (alguém que acredita em causas finais) e, pasmem, estritamente darwinista.
Um ponto que Cameron elabora na sua tese de doutorado, TELEOLOGY IN ARISTOTLE AND CONTEMPORARY PHILOSOPHY OF BIOLOGY: AN ACCOUNT OF THE NATURE OF LIFE, é que aceitar a emergência é perfeitamente compatível com as variedades mui fortes de redução:
Again, however, emergentists need not fear and may positively endorse the search for this type of a reductive account of emergent novelties. They may affirm the existence of causal correlations between basal conditions and emergent properties strong enough to support the formulation of laws and theories that microcausally explain the emergence of emergent novelities. Nevertheless, there remains clear sense to the emergentist’s claim that having a well confirmed explanatory theory of how Xs give rise to Ys does not entail that Ys are ‘nothing over and above’ Xs. Ys may still constitute a genuine - and in a sense still to be defined an irreducible - addition to the ontology of the world conceived only in terms of the Xs (p. 269).
PDF gratuito da tese de Cameron aqui. [1.27 MB]
Tirando o chapéu para Barry Arrington.
O que dizer então de Richard J. Cameron??? Ele é estritamente aristotélico (alguém que acredita em causas finais) e, pasmem, estritamente darwinista.
Um ponto que Cameron elabora na sua tese de doutorado, TELEOLOGY IN ARISTOTLE AND CONTEMPORARY PHILOSOPHY OF BIOLOGY: AN ACCOUNT OF THE NATURE OF LIFE, é que aceitar a emergência é perfeitamente compatível com as variedades mui fortes de redução:
Again, however, emergentists need not fear and may positively endorse the search for this type of a reductive account of emergent novelties. They may affirm the existence of causal correlations between basal conditions and emergent properties strong enough to support the formulation of laws and theories that microcausally explain the emergence of emergent novelities. Nevertheless, there remains clear sense to the emergentist’s claim that having a well confirmed explanatory theory of how Xs give rise to Ys does not entail that Ys are ‘nothing over and above’ Xs. Ys may still constitute a genuine - and in a sense still to be defined an irreducible - addition to the ontology of the world conceived only in terms of the Xs (p. 269).
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Tirando o chapéu para Barry Arrington.
X para Y: "Agora é a minha vez de evoluir..."
domingo, abril 26, 2009
The Story Of X: Evolution Of A Sex Chromosome
ScienceDaily (Apr. 25, 2009) — Move over, Y chromosome – it's time X got some attention.
The neo-X (top) and neo-Y chromosomes of the fruit fly Drosophila miranda, showing how the Y has shrunken slightly through loss of genes. The X has remained about the same size as the fly's other chromosomes, though its genes are in the process of adapting to the Y's degeneration. (Credit: Doris Bachtrog/UC Berkeley)
In the first evolutionary study of the chromosome associated with being female, University of California, Berkeley, biologist Doris Bachtrog and her colleagues show that the history of the X chromosome is every bit as interesting as the much-studied, male-determining Y chromosome, and offers important clues to the origins and benefits of sexual reproduction.
"Contrary to the traditional view of being a passive player, the X chromosome has a very active role in the evolutionary process of sex chromosome differentiation," said Bachtrog, an assistant professor of integrative biology and a member of UC Berkeley's Center for Theoretical Evolutionary Genomics.
Bachtrog, UC Berkeley post-doctoral fellow Jeffrey D. Jensen and former UC San Diego post-doc Zhi Zhang, now at the University of Munich, detail their findings in this week's edition of the open-access journal PLoS Biology.
"In our manuscript, we demonstrate for the first time the flip side of the sex chromosome evolution puzzle: The X chromosome undergoes periods of intense adaptation in the evolutionary process of creating new sections of the genome that govern sexual differentiation in many species, including our own," she said.
Not all animals and plants employ genes to determine if an embryo becomes male or female. Many reptiles, for example, rely on environmental cues such as temperature to specify male or female.
But in life forms that do set aside a pair of chromosomes to specify sex – from fruit flies to mammals and some plants – the two X chromosomes inherited by females look nearly identical to the other non-sex chromosomes, so-called autosomes, Bachtrog said. The Y chromosome, however, which is inherited by males in concert with one X chromosome, is a withered version of the X, having lost many genes since it stopped recombining with the X chromosome.
...
Mais deste artigo aqui.
+++++
Accelerated Adaptive Evolution on a Newly Formed X Chromosome
Doris Bachtrog1*, Jeffrey D. Jensen1, Zhi Zhang2
1 Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley, Berkeley, California, United States of America, 2 Division of Biological Sciences, University of California, San Diego, La Jolla, California, United States of America
Sex chromosomes originated from ordinary autosomes, and their evolution is characterized by continuous gene loss from the ancestral Y chromosome. Here, we document a new feature of sex chromosome evolution: bursts of adaptive fixations on a newly formed X chromosome. Taking advantage of the recently formed neo-X chromosome of Drosophila miranda, we compare patterns of DNA sequence variation at genes located on the neo-X to genes on the ancestral X chromosome. This contrast allows us to draw inferences of selection on a newly formed X chromosome relative to background levels of adaptation in the genome while controlling for demographic effects. Chromosome-wide synonymous diversity on the neo-X is reduced 2-fold relative to the ancestral X, as expected under recent and recurrent directional selection. Several statistical tests employing various features of the data consistently identify 10%–15% of neo-X genes as targets of recent adaptive evolution but only 1%–3% of genes on the ancestral X. In addition, both the rate of adaptation and the fitness effects of adaptive substitutions are estimated to be roughly an order of magnitude higher for neo-X genes relative to genes on the ancestral X. Thus, newly formed X chromosomes are not passive players in the evolutionary process of sex chromosome differentiation, but respond adaptively to both their sex-biased transmission and to Y chromosome degeneration, possibly through demasculinization of their gene content and the evolution of dosage compensation.
Funding. JDJ is supported by a National Science Foundation Biological Informatics Postdoctoral Fellowship. This research was funded by National Institutes of Health Grant GM076007, an Alfred P. Sloan Faculty Research Fellowship in Molecular and Computational Biology, and a David and Lucile Packard Foundation Fellowship to DB.
Competing interests. The authors have declared that no competing interests exist.
Academic Editor: Laurence D. Hurst, University of Bath, United Kingdom
Citation: Bachtrog D, Jensen JD, Zhang Z (2009) Accelerated Adaptive Evolution on a Newly Formed X Chromosome. PLoS Biol 7(4): e1000082 doi:10.1371/journal.pbio.1000082
Received: August 13, 2008; Accepted: February 27, 2009; Published: April 14, 2009
Copyright: © 2009 Bachtrog et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.
Abbreviations: CLR test, composite likelihood ratio test; GOF test, goodness-of-fit test; HKA test, Hudson-Kreitman-Aguadé test; LD, linkage disequilibrium; MAP, maximum a posteriori; MCLS test, maximized composite likelihood surface test; MY, million years
* To whom correspondence should be addressed. E-mail: dbachtrog@berkeley.edu
AUTHOR SUMMARY
Sex chromosomes have evolved independently many times in both animals and plants from ordinary chromosomes. Much research on sex chromosome evolution has focused on the degeneration and loss of genes from the Y chromosome. Here, we describe another principle of sex chromosome evolution: bursts of adaptive fixations on a newly formed X chromosome. By employing a comparative population genomics approach and taking advantage of the recently formed sex chromosomes in the fruit fly Drosophila miranda, we show that rates of adaptation are increased about 10-fold on a newly formed X chromosome relative to background levels of selection in the genome. This suggests that a young X chromosome responds adaptively to both its female-biased transmission and to Y chromosome degeneration. Thus, contrary to the traditional view of being passive players, the X chromosome has a very active role in the evolutionary process of sex chromosome differentiation.
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ScienceDaily (Apr. 25, 2009) — Move over, Y chromosome – it's time X got some attention.
The neo-X (top) and neo-Y chromosomes of the fruit fly Drosophila miranda, showing how the Y has shrunken slightly through loss of genes. The X has remained about the same size as the fly's other chromosomes, though its genes are in the process of adapting to the Y's degeneration. (Credit: Doris Bachtrog/UC Berkeley)
In the first evolutionary study of the chromosome associated with being female, University of California, Berkeley, biologist Doris Bachtrog and her colleagues show that the history of the X chromosome is every bit as interesting as the much-studied, male-determining Y chromosome, and offers important clues to the origins and benefits of sexual reproduction.
"Contrary to the traditional view of being a passive player, the X chromosome has a very active role in the evolutionary process of sex chromosome differentiation," said Bachtrog, an assistant professor of integrative biology and a member of UC Berkeley's Center for Theoretical Evolutionary Genomics.
Bachtrog, UC Berkeley post-doctoral fellow Jeffrey D. Jensen and former UC San Diego post-doc Zhi Zhang, now at the University of Munich, detail their findings in this week's edition of the open-access journal PLoS Biology.
"In our manuscript, we demonstrate for the first time the flip side of the sex chromosome evolution puzzle: The X chromosome undergoes periods of intense adaptation in the evolutionary process of creating new sections of the genome that govern sexual differentiation in many species, including our own," she said.
Not all animals and plants employ genes to determine if an embryo becomes male or female. Many reptiles, for example, rely on environmental cues such as temperature to specify male or female.
But in life forms that do set aside a pair of chromosomes to specify sex – from fruit flies to mammals and some plants – the two X chromosomes inherited by females look nearly identical to the other non-sex chromosomes, so-called autosomes, Bachtrog said. The Y chromosome, however, which is inherited by males in concert with one X chromosome, is a withered version of the X, having lost many genes since it stopped recombining with the X chromosome.
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Accelerated Adaptive Evolution on a Newly Formed X Chromosome
Doris Bachtrog1*, Jeffrey D. Jensen1, Zhi Zhang2
1 Department of Integrative Biology, University of California, Berkeley, Berkeley, California, United States of America, 2 Division of Biological Sciences, University of California, San Diego, La Jolla, California, United States of America
Sex chromosomes originated from ordinary autosomes, and their evolution is characterized by continuous gene loss from the ancestral Y chromosome. Here, we document a new feature of sex chromosome evolution: bursts of adaptive fixations on a newly formed X chromosome. Taking advantage of the recently formed neo-X chromosome of Drosophila miranda, we compare patterns of DNA sequence variation at genes located on the neo-X to genes on the ancestral X chromosome. This contrast allows us to draw inferences of selection on a newly formed X chromosome relative to background levels of adaptation in the genome while controlling for demographic effects. Chromosome-wide synonymous diversity on the neo-X is reduced 2-fold relative to the ancestral X, as expected under recent and recurrent directional selection. Several statistical tests employing various features of the data consistently identify 10%–15% of neo-X genes as targets of recent adaptive evolution but only 1%–3% of genes on the ancestral X. In addition, both the rate of adaptation and the fitness effects of adaptive substitutions are estimated to be roughly an order of magnitude higher for neo-X genes relative to genes on the ancestral X. Thus, newly formed X chromosomes are not passive players in the evolutionary process of sex chromosome differentiation, but respond adaptively to both their sex-biased transmission and to Y chromosome degeneration, possibly through demasculinization of their gene content and the evolution of dosage compensation.
Funding. JDJ is supported by a National Science Foundation Biological Informatics Postdoctoral Fellowship. This research was funded by National Institutes of Health Grant GM076007, an Alfred P. Sloan Faculty Research Fellowship in Molecular and Computational Biology, and a David and Lucile Packard Foundation Fellowship to DB.
Competing interests. The authors have declared that no competing interests exist.
Academic Editor: Laurence D. Hurst, University of Bath, United Kingdom
Citation: Bachtrog D, Jensen JD, Zhang Z (2009) Accelerated Adaptive Evolution on a Newly Formed X Chromosome. PLoS Biol 7(4): e1000082 doi:10.1371/journal.pbio.1000082
Received: August 13, 2008; Accepted: February 27, 2009; Published: April 14, 2009
Copyright: © 2009 Bachtrog et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.
Abbreviations: CLR test, composite likelihood ratio test; GOF test, goodness-of-fit test; HKA test, Hudson-Kreitman-Aguadé test; LD, linkage disequilibrium; MAP, maximum a posteriori; MCLS test, maximized composite likelihood surface test; MY, million years
* To whom correspondence should be addressed. E-mail: dbachtrog@berkeley.edu
AUTHOR SUMMARY
Sex chromosomes have evolved independently many times in both animals and plants from ordinary chromosomes. Much research on sex chromosome evolution has focused on the degeneration and loss of genes from the Y chromosome. Here, we describe another principle of sex chromosome evolution: bursts of adaptive fixations on a newly formed X chromosome. By employing a comparative population genomics approach and taking advantage of the recently formed sex chromosomes in the fruit fly Drosophila miranda, we show that rates of adaptation are increased about 10-fold on a newly formed X chromosome relative to background levels of selection in the genome. This suggests that a young X chromosome responds adaptively to both its female-biased transmission and to Y chromosome degeneration. Thus, contrary to the traditional view of being passive players, the X chromosome has a very active role in the evolutionary process of sex chromosome differentiation.
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Fósseis 'cambrianos' controversos de Vindhyan são verdadeiros, mas muito mais antigos
sábado, abril 25, 2009
The controversial “Cambrian” fossils of the Vindhyan are real but more than a billion years older
Stefan Bengtsona,b,1, Veneta Belivanovaa, Birger Rasmussenc and Martin Whitehouseb,d
+Author Affiliations
aDepartment of Palaeozoology and
dLaboratory for Isotope Geology, Swedish Museum of Natural History, SE-104 05 Stockholm, Sweden;
bNordic Center for Earth Evolution, SE-104 05 Stockholm, Sweden; and
cDepartment of Applied Geology, Curtin University of Technology, Perth, WA 6845, Australia
Edited by James P. Kennett, University of California, Santa Barbara, CA, and approved March 24, 2009 (received for review December 11, 2008)
Abstract
The age of the Vindhyan sedimentary basin in central India is controversial, because geochronology indicating early Proterozoic ages clashes with reports of Cambrian fossils. We present here an integrated paleontologic–geochronologic investigation to resolve this conundrum. New sampling of Lower Vindhyan phosphoritic stromatolitic dolomites from the northern flank of the Vindhyans confirms the presence of fossils most closely resembling those found elsewhere in Cambrian deposits: annulated tubes, embryo-like globules with polygonal surface pattern, and filamentous and coccoidal microbial fabrics similar to Girvanella and Renalcis. None of the fossils, however, can be ascribed to uniquely Cambrian or Ediacaran taxa. Indeed, the embryo-like globules are not interpreted as fossils at all but as former gas bubbles trapped in mucus-rich cyanobacterial mats. Direct dating of the same fossiliferous phosphorite yielded a Pb–Pb isochron of 1,650 ± 89 (2σ) million years ago, confirming the Paleoproterozoic age of the fossils. New U–Pb geochronology of zircons from tuffaceous mudrocks in the Lower Vindhyan Porcellanite Formation on the southern flank of the Vindhyans give comparable ages. The Vindhyan phosphorites provide a window of 3-dimensionally preserved Paleoproterozoic fossils resembling filamentous and coccoidal cyanobacteria and filamentous eukaryotic algae, as well as problematic forms. Like Neoproterozoic phosphorites a billion years later, the Vindhyan deposits offer important new insights into the nature and diversity of life, and in particular, the early evolution of multicellular eukaryotes.
geochronology India Mesoproterozoic paleontology Paleoproterozoic
Footnotes
1To whom correspondence should be addressed. E-mail: stefan.bengtson@nrm.se
Author contributions: S.B. designed research; S.B., V.B., B.R., and M.W. performed research; S.B., B.R., and M.W. analyzed data; and S.B. wrote the paper.
The authors declare no conflict of interest.
This article is a PNAS Direct Submission.
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Stefan Bengtsona,b,1, Veneta Belivanovaa, Birger Rasmussenc and Martin Whitehouseb,d
+Author Affiliations
aDepartment of Palaeozoology and
dLaboratory for Isotope Geology, Swedish Museum of Natural History, SE-104 05 Stockholm, Sweden;
bNordic Center for Earth Evolution, SE-104 05 Stockholm, Sweden; and
cDepartment of Applied Geology, Curtin University of Technology, Perth, WA 6845, Australia
Edited by James P. Kennett, University of California, Santa Barbara, CA, and approved March 24, 2009 (received for review December 11, 2008)
Abstract
The age of the Vindhyan sedimentary basin in central India is controversial, because geochronology indicating early Proterozoic ages clashes with reports of Cambrian fossils. We present here an integrated paleontologic–geochronologic investigation to resolve this conundrum. New sampling of Lower Vindhyan phosphoritic stromatolitic dolomites from the northern flank of the Vindhyans confirms the presence of fossils most closely resembling those found elsewhere in Cambrian deposits: annulated tubes, embryo-like globules with polygonal surface pattern, and filamentous and coccoidal microbial fabrics similar to Girvanella and Renalcis. None of the fossils, however, can be ascribed to uniquely Cambrian or Ediacaran taxa. Indeed, the embryo-like globules are not interpreted as fossils at all but as former gas bubbles trapped in mucus-rich cyanobacterial mats. Direct dating of the same fossiliferous phosphorite yielded a Pb–Pb isochron of 1,650 ± 89 (2σ) million years ago, confirming the Paleoproterozoic age of the fossils. New U–Pb geochronology of zircons from tuffaceous mudrocks in the Lower Vindhyan Porcellanite Formation on the southern flank of the Vindhyans give comparable ages. The Vindhyan phosphorites provide a window of 3-dimensionally preserved Paleoproterozoic fossils resembling filamentous and coccoidal cyanobacteria and filamentous eukaryotic algae, as well as problematic forms. Like Neoproterozoic phosphorites a billion years later, the Vindhyan deposits offer important new insights into the nature and diversity of life, and in particular, the early evolution of multicellular eukaryotes.
geochronology India Mesoproterozoic paleontology Paleoproterozoic
Footnotes
1To whom correspondence should be addressed. E-mail: stefan.bengtson@nrm.se
Author contributions: S.B. designed research; S.B., V.B., B.R., and M.W. performed research; S.B., B.R., and M.W. analyzed data; and S.B. wrote the paper.
The authors declare no conflict of interest.
This article is a PNAS Direct Submission.
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Mais um elo encontrado: da terra para o mar
NOTÍCIAS PALEONTOLÓGICAS
Da terra para o mar
Fóssil de 24 milhões de anos preenche lacuna na evolução da família de focas e leões-marinhos
Reconstituição artística do Puijila darwini, que marca uma transição dos mamíferos terrestres para ambientes aquáticos. Seus membros mais curtos e achatados facilitavam a busca de alimentos em rios e lagos
(arte: Mark A. Klingler / Museu Carnegie de História Natural).
Focas e leões-marinhos têm de fato um ancestral terrestre, conforme sugeriu Charles Darwin há 150 anos. A confirmação veio com a descoberta no Canadá de grande parte do esqueleto de um animal que viveu há cerca de 24 milhões de anos. A espécie, batizada de Puijila darwini, representa provavelmente uma transição dos mamíferos terrestres para o mar.
Os fósseis desse animal foram descobertos em uma cratera na ilha Devon, no distrito de Nunavut, extremo norte canadense. A descrição da nova espécie, feita por pesquisadores do Canadá e dos Estados Unidos, foi publicada esta semana na revista Nature.
Embora o Puijila tivesse o corpo mais parecido com o de uma lontra do que com o das focas e leõs-marinhos modernos, sua descoberta confirma a hipótese de que a família desses animais (denominados pinípedes) teria um ancestral que passou a maior parte da vida em terra. Até hoje, o fóssil mais antigo da família dos pinípedes conhecido era o Enaliarctos, que já apresentava boa adaptação à vida marinha. Essa espécie viveu no início do Mioceno, entre 20 e 24 milhões de anos atrás.
“O Puijila é importante por nos fornecer uma primeira visão sobre os estágios mais remotos de uma importante transição na evolução das espécies”, diz à CH On-line a paleontóloga Natalia Rabczynski, do Museu Canadense da Natureza, primeira autora do trabalho. Ela explica que, embora o esqueleto do animal tenha características adequadas à vida em terra, como a cauda longa e músculos dos membros bem desenvolvidos, as patas eram achatadas e curtas, o que facilitaria a locomoção em rios e lagos.
Ilustração do esqueleto do Puijila darwini; os ossos em tom escuro foram encontrados no norte do Canadá. O esqueleto estará exposto até maio no Museu Canadense da Natureza, em Ottawa (arte: Alex Tirabasso / Museu Canadense da Natureza).
Rabczynski lembra que as evidências disponíveis até agora de que os pinípedes teriam um ancestral terrestre eram contraditórias. Um outro animal (o Potamotherium) cujos fósseis foram descobertos há mais de 150 anos gerava discussões no meio científico. “Esse mamífero poderia ser um pinípede, mas diversos pesquisadores achavam que ele seria da família das lontras e fuinhas”, diz a pesquisadora. “Nossa descoberta sugere que ambos – Potamotherium e Puijila – são pinípedes, ainda que o último seja anatomicamente mais primitivo.”
Hipótese de Darwin confirmada
Os pesquisadores supõem que os pinípedes tenham migrado, inicialmente, da terra para águas doces e, dali, para o mar aberto – no atual oceano Ártico. Fósseis de plantas e outros animais encontrados no norte do Canadá indicam que, durante o Mioceno, a área apresentava clima temperado. “Os invernos severos, que incluem o congelamento de rios e lagos, teriam feito com que estes animais procurassem comida no litoral, e então em alto-mar”, acrescenta Rabczynski.
O novo mamífero foi batizado de Puijila darwini, já que sua descoberta confirma a hipótese proposta por Darwin no livro A origem das espécies, publicado em 1859. O naturalista britânico sugeriu que animais terrestres que ocasionalmente caçavam em rios e lagos teriam se tornado semiaquáticos e puderam, com isso, explorar os oceanos em busca de alimento. Puijila, na língua da população esquimó nativa da região de Nunavut, significa “jovem mamífero do mar”.
Barbara Marcolini
Ciência Hoje On-line
22/04/2009
Da terra para o mar
Fóssil de 24 milhões de anos preenche lacuna na evolução da família de focas e leões-marinhos
Reconstituição artística do Puijila darwini, que marca uma transição dos mamíferos terrestres para ambientes aquáticos. Seus membros mais curtos e achatados facilitavam a busca de alimentos em rios e lagos
(arte: Mark A. Klingler / Museu Carnegie de História Natural).
Focas e leões-marinhos têm de fato um ancestral terrestre, conforme sugeriu Charles Darwin há 150 anos. A confirmação veio com a descoberta no Canadá de grande parte do esqueleto de um animal que viveu há cerca de 24 milhões de anos. A espécie, batizada de Puijila darwini, representa provavelmente uma transição dos mamíferos terrestres para o mar.
Os fósseis desse animal foram descobertos em uma cratera na ilha Devon, no distrito de Nunavut, extremo norte canadense. A descrição da nova espécie, feita por pesquisadores do Canadá e dos Estados Unidos, foi publicada esta semana na revista Nature.
Embora o Puijila tivesse o corpo mais parecido com o de uma lontra do que com o das focas e leõs-marinhos modernos, sua descoberta confirma a hipótese de que a família desses animais (denominados pinípedes) teria um ancestral que passou a maior parte da vida em terra. Até hoje, o fóssil mais antigo da família dos pinípedes conhecido era o Enaliarctos, que já apresentava boa adaptação à vida marinha. Essa espécie viveu no início do Mioceno, entre 20 e 24 milhões de anos atrás.
“O Puijila é importante por nos fornecer uma primeira visão sobre os estágios mais remotos de uma importante transição na evolução das espécies”, diz à CH On-line a paleontóloga Natalia Rabczynski, do Museu Canadense da Natureza, primeira autora do trabalho. Ela explica que, embora o esqueleto do animal tenha características adequadas à vida em terra, como a cauda longa e músculos dos membros bem desenvolvidos, as patas eram achatadas e curtas, o que facilitaria a locomoção em rios e lagos.
Ilustração do esqueleto do Puijila darwini; os ossos em tom escuro foram encontrados no norte do Canadá. O esqueleto estará exposto até maio no Museu Canadense da Natureza, em Ottawa (arte: Alex Tirabasso / Museu Canadense da Natureza).
Rabczynski lembra que as evidências disponíveis até agora de que os pinípedes teriam um ancestral terrestre eram contraditórias. Um outro animal (o Potamotherium) cujos fósseis foram descobertos há mais de 150 anos gerava discussões no meio científico. “Esse mamífero poderia ser um pinípede, mas diversos pesquisadores achavam que ele seria da família das lontras e fuinhas”, diz a pesquisadora. “Nossa descoberta sugere que ambos – Potamotherium e Puijila – são pinípedes, ainda que o último seja anatomicamente mais primitivo.”
Hipótese de Darwin confirmada
Os pesquisadores supõem que os pinípedes tenham migrado, inicialmente, da terra para águas doces e, dali, para o mar aberto – no atual oceano Ártico. Fósseis de plantas e outros animais encontrados no norte do Canadá indicam que, durante o Mioceno, a área apresentava clima temperado. “Os invernos severos, que incluem o congelamento de rios e lagos, teriam feito com que estes animais procurassem comida no litoral, e então em alto-mar”, acrescenta Rabczynski.
O novo mamífero foi batizado de Puijila darwini, já que sua descoberta confirma a hipótese proposta por Darwin no livro A origem das espécies, publicado em 1859. O naturalista britânico sugeriu que animais terrestres que ocasionalmente caçavam em rios e lagos teriam se tornado semiaquáticos e puderam, com isso, explorar os oceanos em busca de alimento. Puijila, na língua da população esquimó nativa da região de Nunavut, significa “jovem mamífero do mar”.
Barbara Marcolini
Ciência Hoje On-line
22/04/2009
Mais um 'chute' teórico sobre o Mysterium tremendum
Origem da vida? Os modelos de evolução química de Oparin e de Urey-Miller já foram para a lata do lixo há muito tempo - mas ainda teimam aparecer como 'a teoria consensual' da Nomenklatura científica em nossos melhores autores de livros didáticos aprovados pelo MEC/SEMTEC/PNLEM.
Alerta: todas as vezes que você ouvir falar em 'consenso dos cientistas', procure por sua carteira epistêmica, pois você está sendo tungado.
Como surgiu o Mysterium tremendum, nós não sabemos, mas mesmo assim nós vamos 'chutar' teoricamente...
Sorry, periferia, mas está em inglês.
+++++
The Origin of Life
A case is made for the descent of electrons
James Trefil, Harold Morowitz, Eric Smith
As the frontiers of knowledge have advanced, scientists have resolved one creation question after another. We now have a pretty good understanding of the origin of the Sun and the Earth, and cosmologists can take us to within a fraction of a second of the beginning of the universe itself. We know how life, once it began, was able to proliferate and diversify until it filled (and in many cases created) every niche on the planet. Yet one of the most obvious big questions—how did life arise from inorganic matter?—remains a great unknown.
Figure 1. Origin-of-life studies became an experimental science with the Miller-Urey experiment, which produced organic molecules in a flask from components thought to be present in the paleogeological atmosphere—homemade primordial soup. But how did soup ingredients become life? A recent model called Metabolism First proposes that life didn’t climb over a thermodynamic barrier, it fell into place according to knowable laws of chemistry and thermodynamics.
Image courtesy of Scripps Institution of Oceanography, University of California, San Diego.
Our progress on this question has been impeded by a formidable cognitive barrier. Because we perceive a deep gap when we think about the difference between inorganic matter and life, we feel that nature must have made a big leap to cross that gap. This point of view has led to searches for ways large and complex molecules could have formed early in Earth’s history, a daunting task. The essential problem is that in modern living systems, chemical reactions in cells are mediated by protein catalysts called enzymes. The information encoded in the nucleic acids DNA and RNA is required to make the proteins; yet the proteins are required to make the nucleic acids. Furthermore, both proteins and nucleic acids are large molecules consisting of strings of small component molecules whose synthesis is supervised by proteins and nucleic acids. We have two chickens, two eggs, and no answer to the old problem of which came first.
In this article we present a view gaining attention in the origin-of-life community that takes the question out of the hatchery and places it squarely in the realm of accessible, plausible chemistry. As we see it, the early steps on the way to life are an inevitable, incremental result of the operation of the laws of chemistry and physics operating under the conditions that existed on the early Earth, a result that can be understood in terms of known (or at least knowable) laws of nature. As such, the early stages in the emergence of life are no more surprising, no more accidental, than water flowing downhill.
The new approach requires that we adopt new ways of looking at two important fields of science. As we will see below, we will have to adjust our view of both cellular biochemistry and thermodynamics. Before we talk about these new ideas, however, it will be useful to place them in context by outlining a little of the history of research on the origin of life.
Uma série de 5 aqui.
Alerta: todas as vezes que você ouvir falar em 'consenso dos cientistas', procure por sua carteira epistêmica, pois você está sendo tungado.
Como surgiu o Mysterium tremendum, nós não sabemos, mas mesmo assim nós vamos 'chutar' teoricamente...
Sorry, periferia, mas está em inglês.
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The Origin of Life
A case is made for the descent of electrons
James Trefil, Harold Morowitz, Eric Smith
As the frontiers of knowledge have advanced, scientists have resolved one creation question after another. We now have a pretty good understanding of the origin of the Sun and the Earth, and cosmologists can take us to within a fraction of a second of the beginning of the universe itself. We know how life, once it began, was able to proliferate and diversify until it filled (and in many cases created) every niche on the planet. Yet one of the most obvious big questions—how did life arise from inorganic matter?—remains a great unknown.
Figure 1. Origin-of-life studies became an experimental science with the Miller-Urey experiment, which produced organic molecules in a flask from components thought to be present in the paleogeological atmosphere—homemade primordial soup. But how did soup ingredients become life? A recent model called Metabolism First proposes that life didn’t climb over a thermodynamic barrier, it fell into place according to knowable laws of chemistry and thermodynamics.
Image courtesy of Scripps Institution of Oceanography, University of California, San Diego.
Our progress on this question has been impeded by a formidable cognitive barrier. Because we perceive a deep gap when we think about the difference between inorganic matter and life, we feel that nature must have made a big leap to cross that gap. This point of view has led to searches for ways large and complex molecules could have formed early in Earth’s history, a daunting task. The essential problem is that in modern living systems, chemical reactions in cells are mediated by protein catalysts called enzymes. The information encoded in the nucleic acids DNA and RNA is required to make the proteins; yet the proteins are required to make the nucleic acids. Furthermore, both proteins and nucleic acids are large molecules consisting of strings of small component molecules whose synthesis is supervised by proteins and nucleic acids. We have two chickens, two eggs, and no answer to the old problem of which came first.
In this article we present a view gaining attention in the origin-of-life community that takes the question out of the hatchery and places it squarely in the realm of accessible, plausible chemistry. As we see it, the early steps on the way to life are an inevitable, incremental result of the operation of the laws of chemistry and physics operating under the conditions that existed on the early Earth, a result that can be understood in terms of known (or at least knowable) laws of nature. As such, the early stages in the emergence of life are no more surprising, no more accidental, than water flowing downhill.
The new approach requires that we adopt new ways of looking at two important fields of science. As we will see below, we will have to adjust our view of both cellular biochemistry and thermodynamics. Before we talk about these new ideas, however, it will be useful to place them in context by outlining a little of the history of research on the origin of life.
Uma série de 5 aqui.
Por uma nova teoria da gravidade, e por tabela uma nova teoria da evolução
Gente, vocês se lembram de um surrado clichê utilizado para demonstrar o fato, Fato, FATO da evolução? A evolução é um fato científico comprovado assim como a lei da gravidade.
Eu tenho más notícias para a Galera dos meninos e meninas de Darwin. Está vindo aí a proposição de uma nova teoria da gravidade. Se até esta lei, uma entre as poucas leis cientificamente comprovadas já está demandando uma nova teoria, logo, QED: tem de vir uma nova teoria da evolução - a Síntese Evolutiva Ampliada, mas a Nomenklatura científica está retendo a elaboração dela lá para 2010.
Por que isso é necessário? Porque ao contrário das 'ciências duras', a evolução não tem leis, só princípio - o da seleção natural que já não é mais assim uma Brastemp de mecanismo evolutivo. E ainda dizem que a Teoria do Design Inteligente atrapalha o avanço da ciência.
Mais um surrado clichê que vai pra lata do lixo da História da Ciência.
Sorry, periferia, mas está em inglês.
+++++
Time For A New Theory Of Gravitation? Satellite Galaxies Challenge Newtonian Model
ScienceDaily (Apr. 23, 2009) — The high speed of stars and apparent presence of ‘dark matter’ in the satellite galaxies that orbit our Milky Way Galaxy presents a direct challenge to Newton’s theory of gravitation, according to physicists from Germany, Austria and Australia.
Professor Pavel Kroupa of the University of Bonn’s Argelander-Institut fuer Astronomie (AlfA) will discuss the results of the team’s two studies in a presentation on Wednesday 22nd April at the European Week of Astronomy and Space Science conference at the University of Hertfordshire.
An image of the Draco satellite dwarf galaxy. (Credit: Mischa Schirmer, University of Bonn)
Together with scientists at the University of Vienna and the Australian National University in Canberra, the AlfA team looked at the small dwarf galaxies that orbit the Milky Way. Some of these contain only a few thousand stars and so are relatively faint and difficult to find. Standard cosmological models predict the presence of hundreds of these companions around most of the larger galaxies, but up to now only 30 have been observed around the Milky Way.
The team of scientists looked at the distribution of these satellite dwarf galaxies and discovered they were not where they should be. “There is something odd about their distribution”, explains Professor Kroupa. “They should be uniformly arranged around the Milky Way, but this is not what we found.” The astronomers discovered that the eleven brightest of the dwarf galaxies lie more or less in the same plane - in a kind of disk shape - and that they revolve in the same direction around the Milky Way (in the same way as planets in the Solar System revolve around the Sun).
Professor Kroupa and the other physicists believe that this can only be explained if today’s satellite galaxies were created by ancient collisions between young galaxies. Team member and former colleague Dr Manuel Metz, now at the Deutsches Zentrum fuer Luft- and Raumfahrt, also worked on the study. “Fragments from early collisions can form the revolving dwarf galaxies we see today” comments Dr Metz. But he adds that this introduces a paradox. “Calculations suggest that the dwarf satellites cannot contain any dark matter if they were created in this way. But this directly contradicts other evidence. Unless the dark matter is present, the stars in the galaxies are moving around much faster than predicted by Newton’s standard theory of gravitation.”
Dr Metz continues, “The only solution is to reject Newton’s theory. If we live in a Universe where a modified law of gravitation applies, then our observations would be explainable without dark matter.”
With this evidence, the team share the convictions of a number of groups around the world who believe that some of the fundamental principles of physics have been incorrectly understood. If their ideas are correct, it will not be the first time that Newton’s theory of gravitation has been modified. In the 20th century it happened when Einstein introduced his Special and General Theories of Relativity and again when quantum mechanics was developed to explain physics on sub-atomic scales. The anomalies detected by Dr. Metz and Professor Kroupa and their collaborators imply that where weak accelerations predominate, a ‘modified Newtonian dynamic’ may have to be used. If the scientists are right then this has far-reaching consequences for our understanding of the Universe we live in.
The two studies will appear in papers in Monthly Notices of the Royal Astronomical Society and the Astrophysical Journal.
Adapted from materials provided by Royal Astronomical Society (RAS). Original article written by Robert Massey.
Eu tenho más notícias para a Galera dos meninos e meninas de Darwin. Está vindo aí a proposição de uma nova teoria da gravidade. Se até esta lei, uma entre as poucas leis cientificamente comprovadas já está demandando uma nova teoria, logo, QED: tem de vir uma nova teoria da evolução - a Síntese Evolutiva Ampliada, mas a Nomenklatura científica está retendo a elaboração dela lá para 2010.
Por que isso é necessário? Porque ao contrário das 'ciências duras', a evolução não tem leis, só princípio - o da seleção natural que já não é mais assim uma Brastemp de mecanismo evolutivo. E ainda dizem que a Teoria do Design Inteligente atrapalha o avanço da ciência.
Mais um surrado clichê que vai pra lata do lixo da História da Ciência.
Sorry, periferia, mas está em inglês.
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Time For A New Theory Of Gravitation? Satellite Galaxies Challenge Newtonian Model
ScienceDaily (Apr. 23, 2009) — The high speed of stars and apparent presence of ‘dark matter’ in the satellite galaxies that orbit our Milky Way Galaxy presents a direct challenge to Newton’s theory of gravitation, according to physicists from Germany, Austria and Australia.
Professor Pavel Kroupa of the University of Bonn’s Argelander-Institut fuer Astronomie (AlfA) will discuss the results of the team’s two studies in a presentation on Wednesday 22nd April at the European Week of Astronomy and Space Science conference at the University of Hertfordshire.
An image of the Draco satellite dwarf galaxy. (Credit: Mischa Schirmer, University of Bonn)
Together with scientists at the University of Vienna and the Australian National University in Canberra, the AlfA team looked at the small dwarf galaxies that orbit the Milky Way. Some of these contain only a few thousand stars and so are relatively faint and difficult to find. Standard cosmological models predict the presence of hundreds of these companions around most of the larger galaxies, but up to now only 30 have been observed around the Milky Way.
The team of scientists looked at the distribution of these satellite dwarf galaxies and discovered they were not where they should be. “There is something odd about their distribution”, explains Professor Kroupa. “They should be uniformly arranged around the Milky Way, but this is not what we found.” The astronomers discovered that the eleven brightest of the dwarf galaxies lie more or less in the same plane - in a kind of disk shape - and that they revolve in the same direction around the Milky Way (in the same way as planets in the Solar System revolve around the Sun).
Professor Kroupa and the other physicists believe that this can only be explained if today’s satellite galaxies were created by ancient collisions between young galaxies. Team member and former colleague Dr Manuel Metz, now at the Deutsches Zentrum fuer Luft- and Raumfahrt, also worked on the study. “Fragments from early collisions can form the revolving dwarf galaxies we see today” comments Dr Metz. But he adds that this introduces a paradox. “Calculations suggest that the dwarf satellites cannot contain any dark matter if they were created in this way. But this directly contradicts other evidence. Unless the dark matter is present, the stars in the galaxies are moving around much faster than predicted by Newton’s standard theory of gravitation.”
Dr Metz continues, “The only solution is to reject Newton’s theory. If we live in a Universe where a modified law of gravitation applies, then our observations would be explainable without dark matter.”
With this evidence, the team share the convictions of a number of groups around the world who believe that some of the fundamental principles of physics have been incorrectly understood. If their ideas are correct, it will not be the first time that Newton’s theory of gravitation has been modified. In the 20th century it happened when Einstein introduced his Special and General Theories of Relativity and again when quantum mechanics was developed to explain physics on sub-atomic scales. The anomalies detected by Dr. Metz and Professor Kroupa and their collaborators imply that where weak accelerations predominate, a ‘modified Newtonian dynamic’ may have to be used. If the scientists are right then this has far-reaching consequences for our understanding of the Universe we live in.
The two studies will appear in papers in Monthly Notices of the Royal Astronomical Society and the Astrophysical Journal.
Adapted from materials provided by Royal Astronomical Society (RAS). Original article written by Robert Massey.
A Mayana Zatz vai ter um treco: pluripotência puramente de proteína
quinta-feira, abril 23, 2009
Purely protein pluripotency
Posted by Elie Dolgin
[Entry posted at 23rd April 2009 05:00 PM GMT]
Comment on this news story
Researchers have attained the holy grail of cellular reprogramming: inducing pluripotency without using any DNA-based materials. Using only a cocktail of purified proteins and a chemical additive, investigators have generated induced pluripotent stem (iPS) cells that don't carry the potential burden of unexpected genetic modifications, according to a new study published online today (Apr. 23) in Cell Stem Cell.
via Flickr/CIRM
Mais do artigo em inglês aqui.
Copyright 2009 Elsevier Inc.. All rights reserved.
Cell Stem Cell, 23 April 2009
doi:10.1016/j.stem.2009.04.005
Generation of Induced Pluripotent Stem Cells Using Recombinant Proteins
Hongyan Zhou1,Shili Wu4,7,Jin Young Joo5,7,Saiyong Zhu1,Dong Wook Han5,Tongxiang Lin1,Sunia Trauger2,3,Geoffery Bien4,Susan Yao4,Yong Zhu4,Gary Siuzdak2,3,Hans R. Schöler5,Lingxun Duan6andSheng Ding1,,
1 Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
2 Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
3 Center for Mass Spectrometry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
4 ProteomTech, Inc., 3505 Cadillac Avenue, Suite F7, Costa Mesa, CA 92626, USA
5 Department of Cell and Developmental Biology, Max Planck Institute for Molecular Biomedicine, Röntgenstrasse 20, Münster 48149, Germany
6 LD Biopharma Inc., Sandown Way, San Diego, CA 92130, USA
Corresponding author
7 These authors contributed equally to this work
MAIN TEXT
Groundbreaking work demonstrated that ectopic expression of four transcription factors, Oct4, Klf4, Sox2, and c-Myc, could reprogram murine somatic cells to induced pluripotent stem cells (iPSCs) (Takahashi and Yamanaka, 2006), and human iPSCs were subsequently generated using similar genetic manipulation (Takahashi etal., 2007,Yu etal., 2007). To address the safety issues arose from harboring integrated exogenous sequences in the target cell genome, a number of modified genetic methods have been developed and produced iPSCs with potentially reduced risks (for discussion, see Yamanaka, 2009, and references therein). However, all of the methods developed to date still involve the use of genetic materials and thus the potential for unexpected genetic modifications by the exogenous sequences in the target cells. Here wereport generation of protein-induced pluripotent stem cells (piPSCs) from murine embryonic fibroblasts using recombinant cell-penetrating reprogramming proteins. We demonstrated that such piPSCs can long-term self-renew and are pluripotent invitro and invivo.
One possible way to avoid introducing exogenous genetic modifications to target cells would be to deliver the reprogramming proteins directly into cells, rather than relying on the transcription from delivered genes. Previous studies have demonstrated that various proteins can be delivered into cells invitro and invivo by conjugating them with a short peptide that mediates protein transduction, such as HIV tat and poly-arginine (Inoue etal., 2006,Michiue etal., 2005,Wadia and Dowdy, 2002). In addition, various solubilization and refolding techniques for processing inclusion body proteins expressed in E. coli to bioactive proteins have been developed to allow facile and large-scale production of therapeutic proteins (Lafevre-Bernt etal., 2008). To generate recombinant proteins that can penetrate across the plasma membrane of somatic cells, we designed and fused a poly-arginine (i.e., 11R) protein transduction domain to the C terminus of four reprogramming factors: Oct4, Sox2, Klf4, and c-Myc (see FigureS1 A online). These proteins were expressed in E. coli in inclusion bodies, which were then solubilized, refolded, and further purified (FigureS1 B). The protein identities were confirmed by mass spectrometry and western blot analysis (FigureS1 C). To test the cell permeability and stability of the proteins, we treated mouse embryonic fibroblast (MEF) cells with the recombinant proteins at various concentrations by adding them to the cell culture media for 672 hr and examining cell morphology and protein presence by immunocytochemistry. We found that the purified 11R-tagged recombinant transcription factors readily entered cells at concentrations of 0.58 g/ml within 6 hr and could translocate into nucleus (FigureS1 D). In addition, we found that the transduced proteins appeared to be stable inside cells for up to 48 hr (FigureS1 D).
We then employed this simple protein transduction protocol to reprogram OG2/Oct4-GFP reporter MEF cells. Because reprogramming through the iPSC mechanism/process typically requires sustained activity of reprogramming proteins for 710 days, we devised a strategy that involved treating the cells in four cycles. In each cycle the fibroblasts (initially seeded at the density of 5 104 cells/well in a six-well plate) were first treated overnight with the recombinant reprogramming proteins (i.e., Oct4-11R, Sox2-11R, Klf4-11R, and c-Myc-11R) at 8 g/ml in the mESC growth media supplemented withor without 1 mM valproic acid (VPA),a HDAC inhibitor that can significantly improve reprogramming efficiency (Huangfu etal., 2008b), followed by changing to the same media without the recombinant reprogramming proteins and VPA, and culturing for additional 36 hr before the next cycle of the treatment. After completing four repeated protein transductions of reprogramming proteins, the treated cells were transferred onto irradiated MEF feeder cells and simply kept in mESC growth media until colonies emerged around day 3035 (Figure1A). We obtained three GFP+ colonies per 5 104 cells when they were transduced with four proteins and treated with VPA, and one GFP+ colony per 5 104 cells when they were transduced with only three proteins (i.e., Oct4-11R, Sox2-11R, and Klf4-11R) and treated with VPA. However, we did not obtain stable GFP+ piPSC colonies by transducing the three or four reprogramming proteins only for the same period of time, although GFP-negative cell colonies were observed. Those GFP-negative cell colonies stained positive with ALP, an early pluripotency marker, suggesting they might be partially reprogrammed cells. The initial GFP+ colonies were subsequently passaged under conventional mESC growth conditions to yield piPSCs and were characterized further.
++++
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Posted by Elie Dolgin
[Entry posted at 23rd April 2009 05:00 PM GMT]
Comment on this news story
Researchers have attained the holy grail of cellular reprogramming: inducing pluripotency without using any DNA-based materials. Using only a cocktail of purified proteins and a chemical additive, investigators have generated induced pluripotent stem (iPS) cells that don't carry the potential burden of unexpected genetic modifications, according to a new study published online today (Apr. 23) in Cell Stem Cell.
via Flickr/CIRM
Mais do artigo em inglês aqui.
Copyright 2009 Elsevier Inc.. All rights reserved.
Cell Stem Cell, 23 April 2009
doi:10.1016/j.stem.2009.04.005
Generation of Induced Pluripotent Stem Cells Using Recombinant Proteins
Hongyan Zhou1,Shili Wu4,7,Jin Young Joo5,7,Saiyong Zhu1,Dong Wook Han5,Tongxiang Lin1,Sunia Trauger2,3,Geoffery Bien4,Susan Yao4,Yong Zhu4,Gary Siuzdak2,3,Hans R. Schöler5,Lingxun Duan6andSheng Ding1,,
1 Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
2 Department of Molecular Biology, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
3 Center for Mass Spectrometry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla, CA 92037, USA
4 ProteomTech, Inc., 3505 Cadillac Avenue, Suite F7, Costa Mesa, CA 92626, USA
5 Department of Cell and Developmental Biology, Max Planck Institute for Molecular Biomedicine, Röntgenstrasse 20, Münster 48149, Germany
6 LD Biopharma Inc., Sandown Way, San Diego, CA 92130, USA
Corresponding author
7 These authors contributed equally to this work
MAIN TEXT
Groundbreaking work demonstrated that ectopic expression of four transcription factors, Oct4, Klf4, Sox2, and c-Myc, could reprogram murine somatic cells to induced pluripotent stem cells (iPSCs) (Takahashi and Yamanaka, 2006), and human iPSCs were subsequently generated using similar genetic manipulation (Takahashi etal., 2007,Yu etal., 2007). To address the safety issues arose from harboring integrated exogenous sequences in the target cell genome, a number of modified genetic methods have been developed and produced iPSCs with potentially reduced risks (for discussion, see Yamanaka, 2009, and references therein). However, all of the methods developed to date still involve the use of genetic materials and thus the potential for unexpected genetic modifications by the exogenous sequences in the target cells. Here wereport generation of protein-induced pluripotent stem cells (piPSCs) from murine embryonic fibroblasts using recombinant cell-penetrating reprogramming proteins. We demonstrated that such piPSCs can long-term self-renew and are pluripotent invitro and invivo.
One possible way to avoid introducing exogenous genetic modifications to target cells would be to deliver the reprogramming proteins directly into cells, rather than relying on the transcription from delivered genes. Previous studies have demonstrated that various proteins can be delivered into cells invitro and invivo by conjugating them with a short peptide that mediates protein transduction, such as HIV tat and poly-arginine (Inoue etal., 2006,Michiue etal., 2005,Wadia and Dowdy, 2002). In addition, various solubilization and refolding techniques for processing inclusion body proteins expressed in E. coli to bioactive proteins have been developed to allow facile and large-scale production of therapeutic proteins (Lafevre-Bernt etal., 2008). To generate recombinant proteins that can penetrate across the plasma membrane of somatic cells, we designed and fused a poly-arginine (i.e., 11R) protein transduction domain to the C terminus of four reprogramming factors: Oct4, Sox2, Klf4, and c-Myc (see FigureS1 A online). These proteins were expressed in E. coli in inclusion bodies, which were then solubilized, refolded, and further purified (FigureS1 B). The protein identities were confirmed by mass spectrometry and western blot analysis (FigureS1 C). To test the cell permeability and stability of the proteins, we treated mouse embryonic fibroblast (MEF) cells with the recombinant proteins at various concentrations by adding them to the cell culture media for 672 hr and examining cell morphology and protein presence by immunocytochemistry. We found that the purified 11R-tagged recombinant transcription factors readily entered cells at concentrations of 0.58 g/ml within 6 hr and could translocate into nucleus (FigureS1 D). In addition, we found that the transduced proteins appeared to be stable inside cells for up to 48 hr (FigureS1 D).
We then employed this simple protein transduction protocol to reprogram OG2/Oct4-GFP reporter MEF cells. Because reprogramming through the iPSC mechanism/process typically requires sustained activity of reprogramming proteins for 710 days, we devised a strategy that involved treating the cells in four cycles. In each cycle the fibroblasts (initially seeded at the density of 5 104 cells/well in a six-well plate) were first treated overnight with the recombinant reprogramming proteins (i.e., Oct4-11R, Sox2-11R, Klf4-11R, and c-Myc-11R) at 8 g/ml in the mESC growth media supplemented withor without 1 mM valproic acid (VPA),a HDAC inhibitor that can significantly improve reprogramming efficiency (Huangfu etal., 2008b), followed by changing to the same media without the recombinant reprogramming proteins and VPA, and culturing for additional 36 hr before the next cycle of the treatment. After completing four repeated protein transductions of reprogramming proteins, the treated cells were transferred onto irradiated MEF feeder cells and simply kept in mESC growth media until colonies emerged around day 3035 (Figure1A). We obtained three GFP+ colonies per 5 104 cells when they were transduced with four proteins and treated with VPA, and one GFP+ colony per 5 104 cells when they were transduced with only three proteins (i.e., Oct4-11R, Sox2-11R, and Klf4-11R) and treated with VPA. However, we did not obtain stable GFP+ piPSC colonies by transducing the three or four reprogramming proteins only for the same period of time, although GFP-negative cell colonies were observed. Those GFP-negative cell colonies stained positive with ALP, an early pluripotency marker, suggesting they might be partially reprogrammed cells. The initial GFP+ colonies were subsequently passaged under conventional mESC growth conditions to yield piPSCs and were characterized further.
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A NOVA ESCOLA: uma revista que deseduca? Parte 1
A revista NOVA ESCOLA tem sobrescrito no seu nome a seguinte expressão — ‘a revista de quem educa’. Esta identidade se desfigurou na reportagem de capa “A origem da vida”, edição 221 de abril 2009, de Anderson Moço (novaescola@atleitor.com.br), com colaboração de Bianca Bibiano e Rodrigo Ratier.
Nessa edição, a revista destacou na capa que Charles Darwin tinha explicado cientificamente como que todos os seres vivos surgiram de um organismo semelhante a uma bactéria, sem nenhuma consideração histórica das objeções científicas feitas à teoria da evolução no contexto de justificação teórica desde 1859.
Logo em seguida convidou os leitores (o universo de seus leitores é na sua maioria composto por professores do ensino fundamental com pouco ou nenhum acesso à literatura especializada) para entenderem como que Darwin chegou a essa conclusão e da importância disso para a sala de aula de ciências. (p. 32)
O título da capa − “A origem da vida” — induz aqueles professores e os leitores não-especializados a um erro histórico-teórico, pois Darwin nunca propôs uma teoria da origem da vida, mas a evolução dos seres bióticos já existentes (???) por meio da seleção natural. O que Darwin tentou explicar no Origem das Espécies foi: a transmutação de uma espécie em outra, isto é, como que um Australopithecus afarensis se transmutou em um antropólogo.
Darwin mencionou en passant numa de suas cartas a possibilidade de uma origem abiótica da vida. Contudo, o Mysterium tremendum não foi teorizado por Darwin como a NOVA ESCOLA induziu os leitores a aceitar como sendo verdade científica inquestionável.
Além disso, o título “Evolução: a ideia que revolucionou o sentido da vida” não situou historicamente o conceito de evolução, e passou a ideia errônea aos leitores de que a evolução é uma ideia recente. Não é, pois já fora discutida entre os filósofos gregos antigos pagãos, e sem dúvida entre outros povos antigos como os chineses quase 3000 anos antes de Darwin. O título, além de ser retórica bombástica, mas vazio, não é científico, é filosófico e privilegia o ‘naturalismo filosófico’ como se fosse a ferramenta heurística da ciência − o ‘naturalismo metodológico’.
Apesar de Darwin ter afirmado que todos os seres vivos descendem de um mesmo ancestral comum e de que a vida na Terra surgiu há milhões de anos, ao contrário do que foi afirmado ele não lançou as bases da Biologia moderna e de ter mudado a forma de ver o mundo, pois a Árvore da Vida de Darwin [p. 37-38] − descendência com modificação, ou a hipótese do ancestral comum, foi apresentada como base da Teoria da Evolução, é verdade somente do que ocorre dentro de uma espécie. Quanto ao nível de reino, filo e classe a descendência com modificação ela não é vista no registro fóssil e nem na evidência molecular. Muito antes de Darwin, outros naturalistas e filósofos já tinham discorrido esta ‘nova’ forma de ver o mundo.
Ao reproduzir a Árvore da Vida, a revista NOVA ESCOLA cometeu um crasso erro imperdoável numa publicação voltada para educadores: desnudou-se publicamente aos seus leitores como bem desatualizada na literatura especializada, pois recentemente a revista The New Scientist publicou reportagem de capa “Darwin was wrong” [Darwin estava errado] (edição de Fevereiro de 2009), mostrando o erro teórico de Darwin sobre a ancestralidade comum, conceito evolutivo fundamental para a corroboração de quaisquer teorias evolutivas.
Se Darwin lançou a base da Biologia moderna e mudou a nossa forma de ver o mundo, e essa base (a Árvore da Vida ou a hipótese do ancestral comum) não foi corroborada pelas evidências no contexto de justificação teórica, então a Biologia moderna está baseada num erro gravíssimo, e a forma de ver o mundo de algumas pessoas também está errada.
Sem dúvida que o raciocínio de Darwin que o levou a formular a Teoria da Evolução por meio da seleção natural é bem interessante:
"É bastante concebível que um naturalista, refletindo sobre as afinidades mútuas dos seres orgânicos, suas relações embrionárias, sua distribuição geográfica, sucessão geológica e outros fatos similares, chegasse à conclusão de que cada espécie não fora criada independentemente, mas se originara... de outra espécie."
Todavia, chegar à conclusão é uma coisa, mas concluir e demonstrar que uma espécie se originara de outra, tarefa que Darwin se propôs a explicar, é outra bem diferente. Afinal de contas, Darwin não escreveu um livro intitulado como que as espécies existentes mudam ao longo do tempo; ele escreveu o livro intitulado A Origem das Espécies por Meio da Seleção Natural. Ernst Mayr escreveu em 1982 que Darwin intitulou sua grande obra assim, “porque ele estava plenamente consciente do fato de que a mudança de uma espécie em outra era o problema mais fundamental da evolução.” [The Growth of Biological Thought, Cambridge, MA, Harvard University Press, 1982, p. 403]. Todavia, Mayr tinha escrito antes, “Darwin não conseguiu resolver o problema indicado pelo título de sua obra.” [ Populations, Species and Evolution, Cambridge, MA, Harvard University Press, 1963, p. 10.]
Talvez um título muito mais adequado para o livro de Darwin seria “Origem das Variações”, mas nem isso ele conseguiu explicar, pois a sua teoria da Pangênese foi demonstrada errada já no seu tempo.
São 150 anos da publicação do livro que continua uma das obras mais controversas da história do pensamento humano. Todavia, ouso aqui discordar da afirmação do meu amigo Charbel Niño El-Hani, professor de História da Ciência do Instituto de Biologia da Universidade Federal da Bahia (UFBA) e doutor em Educação:
“Com esse estudo, Darwin inaugurou a Biologia moderna e o evolucionismo passa a ser um conceito central da área.”
Atribuir a Darwin a inauguração da Biologia Moderna e que o evolucionismo (sic, palavras terminadas em –ismo em português denotam ideologias) passou a ser um conceito central na área é um erro histórico duplo. Ao contrário do afirmado por El-Hani, o livro Origem das Espécies de Darwin não fundou a biologia moderna. Por volta de 1850 já havia um grupo de ciências de biologia da célula cujos líderes foram Matthias Schleiden, Theodor Schwann, Louis Pasteur, Rudolph Virchow e Robert Koch.
Darwin era apenas naturalista e nunca se envolveu neste tipo de pesquisa científica. A sua não familiaridade com a biologia celular pode ser vista na sua teoria da Pangênese da base dos organismos.
Contrariando ainda mais a assertiva de El-Hani, a evolução não se tornou um parâmetro de biologia experimental até que em 1884 August Weismann elaborou sua teoria do plasma germe da hereditariedade.
El-Hani completou:
“A Teoria da Evolução é parte importante do legado cultural da humanidade, pois ela altera o jeito como enxergamos a natureza. E a escola tem o dever de transmitir esse saber a todos os seus alunos.”
Mesmo que a Teoria da Evolução seja considerada por muitos cientistas como a “parte importante do legado cultural da humanidade”, em ciência, o que vale numa teoria não é o fato dela alterar ‘o jeito como enxergamos a natureza’ [uma cosmovisão], mas se ela é corroborada pelas evidências encontradas na natureza. A escola não deve favorecer nenhuma cosmovisão. Antes, a escola tem o dever de ensinar a todos os seus alunos as evidências a favor e contra a teoria da evolução, e que uma nova teoria da evolução, a Síntese Evolutiva Ampliada, já está sendo considerada pelos especialistas. Mas este status epistêmico atual da teoria da evolução foi jogado para debaixo do tapete quando o neodarwinismo, apesar de posar como ortodoxia nos livros didáticos de Biologia, já é uma teoria morta há quase três décadas.
Por que a revista NOVA ESCOLA não informou o seu público-alvo do status epistêmico das atuais teorias da origem e evolução da vida?
O autor da reportagem afirmou que a razão para isso é simples: “Cientes dessa visão, crianças e jovens conseguem estabelecer relações entre os diversos conteúdos que, fragmentados, não resultam numa compreensão ampla do mundo.” Ele está dizendo duas coisas aqui: que os jovens não têm capacidade de discernir criticamente entre duas ou mais posições para estabelecer relações, que a abordagem da evolução não pode ser ‘fragmentada’, mas deve permanecer do jeito que está: Darwin locuta, causa finita.
Isso não é educação, mas doutrinação. A abordagem e o ensino da teoria da evolução em nossos livros-texto e nas aulas de ciência oferecem a visão unilateral vigente. Isso não resulta ‘numa compreensão ampla do mundo’, antes funciona como antolhos colocados nos animais: uma visão unilateral epistêmica muito estreita e que vê apenas um lado das coisas.
Darwin sabia que sua teoria tinha dificuldades que escreveu 4 capítulos (30%) do Origem das Espécies tentando rebater as objeções científicas de então. Até hoje sua teoria tem insuficiências epistêmicas fundamentais não corroboradas pelo contexto de justificação teórica. Escamotear isso intencionalmente do conhecimento dos alunos, não é educação, é desonestidade acadêmica. A revista NOVA ESCOLA sequer mencionou a liberalidade de Darwin em discutir os pontos controversos de sua teoria e as interpretações diametralmente opostas àquelas que ele chegou.
Ninguém discute que Darwin trabalhou quase 28 anos pesquisando em livros e e na natureza. Nem tampouco a sua disposição em responder a uma das questões que havia muito despertava a curiosidade, não apenas de estudiosos, mas de leigos também: qual a origem da vida, do homem e da natureza? Baseado em evidências observadas em diversas regiões do globo e apoiado nas ideias de outros pensadores, Darwin não criou uma fronteira na ciência, mas uma nova maneira de fazer ciência usando a imaginação. Afinal de contas, a teoria da evolução é uma teoria científica de longo alcance histórico.
O que foi chamado de ‘grande diferencial’ de Darwin em ‘defender que as questões naturais devem ser compreendidas por meio de processos da natureza, dissociando o pensamento científico do religioso’ já tinha sido ‘um passo e tanto’ dado por outros naturalistas como Louis-Constant Prévost, Louis-Melchior Patrin, Jean-Baptiste Lamarck, Julien-Joseph Virey, Jean-Baptiste-Julien d’Omalius d’Halloy, Bory de Saint-Vincent, Ducrotoy de Blainville, Etienne Geoffroy Saint-Hilaire (CORSI, P., The Age of Lamarck: Evolutionary Theories in France 1790-1830. Nova York, Cambridge University Press, 1988).
A maioria desses naturalistas já tinha argumentado as principais teses darwinistas da ancestralidade comum a partir de alguns poucos organismos, através de um processo lento, gradual de modificação e de extinção ao longo do tempo impelido, em parte, pela luta pela sobrevivência, uniformitarismo geológico e, pasmem, até a origem primata da espécie humana. Destaque para Louis-Melchior Patrin, que defendia a origem abiótica da vida.
A plausibilidade teórica dos organismos vivos e fossilizados terem se originado desse ‘único ancestral comum’ tipo bactéria que ‘sofreu modificações até gerar toda a variedade de animais e plantas do planeta’ é uma coisa, mas a plausibilidade físico-química disso é outra, pois é preciso considerar a relação custo-benefício das alterações genômicas necessárias para que este único ancestral comum seja a origem das espécies. Nós sabemos hoje que Darwin errou feio e sua Árvore da Vida (monofilética) está mais para gramado (polifilética).
Embora o homem tenha deixado de ser visto como um animal especial e mais evoluído e seja encarado como mais um ramo da grande árvore da vida, a afirmação de Diogo Meyer, professor de Biociências da Universidade de São Paulo (USP) de que “Somos todos seres aparentados e em evolução, e cada população apresenta as características necessárias para se adaptar às condições do ambiente”, é parcialmente falsa.
Em 1997, Keith Stewart Thomson, biólogo evolucionista, escreveu: “Uma questão de tarefa inacabada para os biólogos é a identificação do revólver fumegante da evolução” e “o revólver fumegante da evolução e a especiação, não é a adaptação local e diferenciação das populações.” Na biologia antes de Darwin, o consenso era que as espécies podem variar somente dentro de certos limites; na verdade, séculos de seleção artificial tinha, aparentemente, demonstrado tais limites experimentalmente. “Darwin tinha que demonstrar que os limites podiam ser quebrados, assim nós também devemos demonstrar.” [“Natural Selection and Evolution's Smoking Gun,” American Scientist 85 (1997): 516-518.] Meyer se habilita? Quem se habilita?
Nós não precisamos de Darwin para nos dizer dessa nossa origem inferior, pois os mitos de criação de alguns textos considerados sagrados descrevem justamente isso: a origem bem inferior do ser humano.
Quanto ao debate sobre a validade da teoria não terminou em menos de duas décadas por ser o argumento de Darwin ‘tão irrefutável’. Há outros fatores históricos para isso: os naturalistas filosóficos foram sobrepujados por naturalistas materialistas como Thomas Huxley que arquitetaram e conseguiram o domínio das publicações, das organizações científicas e do ensino laico na Grã-Bretanha.
A História da Ciência registra que duas décadas após a divulgação do Origem das Espécies, o darwinismo entrou em eclipse como paradigma em Biologia sendo seriamente questionado até 1900. (BOWLER, P. J., The Eclipse of Darwinism, Baltimore, John Hopkins University Press, 1983).
A afirmativa de Sigmund Freud (1856-1939), o pai (sic) da Psicanálise de que “Ao longo do tempo, a humanidade teve de suportar dois grandes golpes em sua autoestima. O primeiro foi constatar que a Terra não é o centro do Universo. O segundo ocorreu quando a Biologia desmentiu a natureza especial do homem e o relegou à posição de mero descendente animal” [p. 33]é mais uma grande bobagem dita por um grande scholar que vai ser retirada do arsenal apologético cientificista.
A razão para jogar esta declaração boba de um grande homem na lata do lixo histórico? O bom em ciência é que as afirmações feitas em nome dela podem se mostrar imediata ou posteriormente verdadeiras ou falsas. Aqui no caso de Freud, sua afirmação se mostrou falsa no ‘primeiro golpe’, pois hoje sabemos que não existe nenhum ‘centro do universo’. Já a segunda, ela se mostra parcialmente verdadeira, pois a Biologia ainda não desmentiu a ‘natureza especial do homem’, pois as evidências da evolução humana são escassas e há bastante controvérsia sobre muito pouca evidência fóssil.
Freud, pisou na bola, pra não dizer outra coisa. E a NOVA ESCOLA também...
Aqui neste blog, a gente mata a cobra e mostra o pau!
+++++
NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:
Governo Serra - SP 'ajuda' a Editora Abril com 220 mil assinaturas desta revista.
Nessa edição, a revista destacou na capa que Charles Darwin tinha explicado cientificamente como que todos os seres vivos surgiram de um organismo semelhante a uma bactéria, sem nenhuma consideração histórica das objeções científicas feitas à teoria da evolução no contexto de justificação teórica desde 1859.
Logo em seguida convidou os leitores (o universo de seus leitores é na sua maioria composto por professores do ensino fundamental com pouco ou nenhum acesso à literatura especializada) para entenderem como que Darwin chegou a essa conclusão e da importância disso para a sala de aula de ciências. (p. 32)
O título da capa − “A origem da vida” — induz aqueles professores e os leitores não-especializados a um erro histórico-teórico, pois Darwin nunca propôs uma teoria da origem da vida, mas a evolução dos seres bióticos já existentes (???) por meio da seleção natural. O que Darwin tentou explicar no Origem das Espécies foi: a transmutação de uma espécie em outra, isto é, como que um Australopithecus afarensis se transmutou em um antropólogo.
Darwin mencionou en passant numa de suas cartas a possibilidade de uma origem abiótica da vida. Contudo, o Mysterium tremendum não foi teorizado por Darwin como a NOVA ESCOLA induziu os leitores a aceitar como sendo verdade científica inquestionável.
Além disso, o título “Evolução: a ideia que revolucionou o sentido da vida” não situou historicamente o conceito de evolução, e passou a ideia errônea aos leitores de que a evolução é uma ideia recente. Não é, pois já fora discutida entre os filósofos gregos antigos pagãos, e sem dúvida entre outros povos antigos como os chineses quase 3000 anos antes de Darwin. O título, além de ser retórica bombástica, mas vazio, não é científico, é filosófico e privilegia o ‘naturalismo filosófico’ como se fosse a ferramenta heurística da ciência − o ‘naturalismo metodológico’.
Apesar de Darwin ter afirmado que todos os seres vivos descendem de um mesmo ancestral comum e de que a vida na Terra surgiu há milhões de anos, ao contrário do que foi afirmado ele não lançou as bases da Biologia moderna e de ter mudado a forma de ver o mundo, pois a Árvore da Vida de Darwin [p. 37-38] − descendência com modificação, ou a hipótese do ancestral comum, foi apresentada como base da Teoria da Evolução, é verdade somente do que ocorre dentro de uma espécie. Quanto ao nível de reino, filo e classe a descendência com modificação ela não é vista no registro fóssil e nem na evidência molecular. Muito antes de Darwin, outros naturalistas e filósofos já tinham discorrido esta ‘nova’ forma de ver o mundo.
Ao reproduzir a Árvore da Vida, a revista NOVA ESCOLA cometeu um crasso erro imperdoável numa publicação voltada para educadores: desnudou-se publicamente aos seus leitores como bem desatualizada na literatura especializada, pois recentemente a revista The New Scientist publicou reportagem de capa “Darwin was wrong” [Darwin estava errado] (edição de Fevereiro de 2009), mostrando o erro teórico de Darwin sobre a ancestralidade comum, conceito evolutivo fundamental para a corroboração de quaisquer teorias evolutivas.
Se Darwin lançou a base da Biologia moderna e mudou a nossa forma de ver o mundo, e essa base (a Árvore da Vida ou a hipótese do ancestral comum) não foi corroborada pelas evidências no contexto de justificação teórica, então a Biologia moderna está baseada num erro gravíssimo, e a forma de ver o mundo de algumas pessoas também está errada.
Sem dúvida que o raciocínio de Darwin que o levou a formular a Teoria da Evolução por meio da seleção natural é bem interessante:
"É bastante concebível que um naturalista, refletindo sobre as afinidades mútuas dos seres orgânicos, suas relações embrionárias, sua distribuição geográfica, sucessão geológica e outros fatos similares, chegasse à conclusão de que cada espécie não fora criada independentemente, mas se originara... de outra espécie."
Todavia, chegar à conclusão é uma coisa, mas concluir e demonstrar que uma espécie se originara de outra, tarefa que Darwin se propôs a explicar, é outra bem diferente. Afinal de contas, Darwin não escreveu um livro intitulado como que as espécies existentes mudam ao longo do tempo; ele escreveu o livro intitulado A Origem das Espécies por Meio da Seleção Natural. Ernst Mayr escreveu em 1982 que Darwin intitulou sua grande obra assim, “porque ele estava plenamente consciente do fato de que a mudança de uma espécie em outra era o problema mais fundamental da evolução.” [The Growth of Biological Thought, Cambridge, MA, Harvard University Press, 1982, p. 403]. Todavia, Mayr tinha escrito antes, “Darwin não conseguiu resolver o problema indicado pelo título de sua obra.” [ Populations, Species and Evolution, Cambridge, MA, Harvard University Press, 1963, p. 10.]
Talvez um título muito mais adequado para o livro de Darwin seria “Origem das Variações”, mas nem isso ele conseguiu explicar, pois a sua teoria da Pangênese foi demonstrada errada já no seu tempo.
São 150 anos da publicação do livro que continua uma das obras mais controversas da história do pensamento humano. Todavia, ouso aqui discordar da afirmação do meu amigo Charbel Niño El-Hani, professor de História da Ciência do Instituto de Biologia da Universidade Federal da Bahia (UFBA) e doutor em Educação:
“Com esse estudo, Darwin inaugurou a Biologia moderna e o evolucionismo passa a ser um conceito central da área.”
Atribuir a Darwin a inauguração da Biologia Moderna e que o evolucionismo (sic, palavras terminadas em –ismo em português denotam ideologias) passou a ser um conceito central na área é um erro histórico duplo. Ao contrário do afirmado por El-Hani, o livro Origem das Espécies de Darwin não fundou a biologia moderna. Por volta de 1850 já havia um grupo de ciências de biologia da célula cujos líderes foram Matthias Schleiden, Theodor Schwann, Louis Pasteur, Rudolph Virchow e Robert Koch.
Darwin era apenas naturalista e nunca se envolveu neste tipo de pesquisa científica. A sua não familiaridade com a biologia celular pode ser vista na sua teoria da Pangênese da base dos organismos.
Contrariando ainda mais a assertiva de El-Hani, a evolução não se tornou um parâmetro de biologia experimental até que em 1884 August Weismann elaborou sua teoria do plasma germe da hereditariedade.
El-Hani completou:
“A Teoria da Evolução é parte importante do legado cultural da humanidade, pois ela altera o jeito como enxergamos a natureza. E a escola tem o dever de transmitir esse saber a todos os seus alunos.”
Mesmo que a Teoria da Evolução seja considerada por muitos cientistas como a “parte importante do legado cultural da humanidade”, em ciência, o que vale numa teoria não é o fato dela alterar ‘o jeito como enxergamos a natureza’ [uma cosmovisão], mas se ela é corroborada pelas evidências encontradas na natureza. A escola não deve favorecer nenhuma cosmovisão. Antes, a escola tem o dever de ensinar a todos os seus alunos as evidências a favor e contra a teoria da evolução, e que uma nova teoria da evolução, a Síntese Evolutiva Ampliada, já está sendo considerada pelos especialistas. Mas este status epistêmico atual da teoria da evolução foi jogado para debaixo do tapete quando o neodarwinismo, apesar de posar como ortodoxia nos livros didáticos de Biologia, já é uma teoria morta há quase três décadas.
Por que a revista NOVA ESCOLA não informou o seu público-alvo do status epistêmico das atuais teorias da origem e evolução da vida?
O autor da reportagem afirmou que a razão para isso é simples: “Cientes dessa visão, crianças e jovens conseguem estabelecer relações entre os diversos conteúdos que, fragmentados, não resultam numa compreensão ampla do mundo.” Ele está dizendo duas coisas aqui: que os jovens não têm capacidade de discernir criticamente entre duas ou mais posições para estabelecer relações, que a abordagem da evolução não pode ser ‘fragmentada’, mas deve permanecer do jeito que está: Darwin locuta, causa finita.
Isso não é educação, mas doutrinação. A abordagem e o ensino da teoria da evolução em nossos livros-texto e nas aulas de ciência oferecem a visão unilateral vigente. Isso não resulta ‘numa compreensão ampla do mundo’, antes funciona como antolhos colocados nos animais: uma visão unilateral epistêmica muito estreita e que vê apenas um lado das coisas.
Darwin sabia que sua teoria tinha dificuldades que escreveu 4 capítulos (30%) do Origem das Espécies tentando rebater as objeções científicas de então. Até hoje sua teoria tem insuficiências epistêmicas fundamentais não corroboradas pelo contexto de justificação teórica. Escamotear isso intencionalmente do conhecimento dos alunos, não é educação, é desonestidade acadêmica. A revista NOVA ESCOLA sequer mencionou a liberalidade de Darwin em discutir os pontos controversos de sua teoria e as interpretações diametralmente opostas àquelas que ele chegou.
Ninguém discute que Darwin trabalhou quase 28 anos pesquisando em livros e e na natureza. Nem tampouco a sua disposição em responder a uma das questões que havia muito despertava a curiosidade, não apenas de estudiosos, mas de leigos também: qual a origem da vida, do homem e da natureza? Baseado em evidências observadas em diversas regiões do globo e apoiado nas ideias de outros pensadores, Darwin não criou uma fronteira na ciência, mas uma nova maneira de fazer ciência usando a imaginação. Afinal de contas, a teoria da evolução é uma teoria científica de longo alcance histórico.
O que foi chamado de ‘grande diferencial’ de Darwin em ‘defender que as questões naturais devem ser compreendidas por meio de processos da natureza, dissociando o pensamento científico do religioso’ já tinha sido ‘um passo e tanto’ dado por outros naturalistas como Louis-Constant Prévost, Louis-Melchior Patrin, Jean-Baptiste Lamarck, Julien-Joseph Virey, Jean-Baptiste-Julien d’Omalius d’Halloy, Bory de Saint-Vincent, Ducrotoy de Blainville, Etienne Geoffroy Saint-Hilaire (CORSI, P., The Age of Lamarck: Evolutionary Theories in France 1790-1830. Nova York, Cambridge University Press, 1988).
A maioria desses naturalistas já tinha argumentado as principais teses darwinistas da ancestralidade comum a partir de alguns poucos organismos, através de um processo lento, gradual de modificação e de extinção ao longo do tempo impelido, em parte, pela luta pela sobrevivência, uniformitarismo geológico e, pasmem, até a origem primata da espécie humana. Destaque para Louis-Melchior Patrin, que defendia a origem abiótica da vida.
A plausibilidade teórica dos organismos vivos e fossilizados terem se originado desse ‘único ancestral comum’ tipo bactéria que ‘sofreu modificações até gerar toda a variedade de animais e plantas do planeta’ é uma coisa, mas a plausibilidade físico-química disso é outra, pois é preciso considerar a relação custo-benefício das alterações genômicas necessárias para que este único ancestral comum seja a origem das espécies. Nós sabemos hoje que Darwin errou feio e sua Árvore da Vida (monofilética) está mais para gramado (polifilética).
Embora o homem tenha deixado de ser visto como um animal especial e mais evoluído e seja encarado como mais um ramo da grande árvore da vida, a afirmação de Diogo Meyer, professor de Biociências da Universidade de São Paulo (USP) de que “Somos todos seres aparentados e em evolução, e cada população apresenta as características necessárias para se adaptar às condições do ambiente”, é parcialmente falsa.
Em 1997, Keith Stewart Thomson, biólogo evolucionista, escreveu: “Uma questão de tarefa inacabada para os biólogos é a identificação do revólver fumegante da evolução” e “o revólver fumegante da evolução e a especiação, não é a adaptação local e diferenciação das populações.” Na biologia antes de Darwin, o consenso era que as espécies podem variar somente dentro de certos limites; na verdade, séculos de seleção artificial tinha, aparentemente, demonstrado tais limites experimentalmente. “Darwin tinha que demonstrar que os limites podiam ser quebrados, assim nós também devemos demonstrar.” [“Natural Selection and Evolution's Smoking Gun,” American Scientist 85 (1997): 516-518.] Meyer se habilita? Quem se habilita?
Nós não precisamos de Darwin para nos dizer dessa nossa origem inferior, pois os mitos de criação de alguns textos considerados sagrados descrevem justamente isso: a origem bem inferior do ser humano.
Quanto ao debate sobre a validade da teoria não terminou em menos de duas décadas por ser o argumento de Darwin ‘tão irrefutável’. Há outros fatores históricos para isso: os naturalistas filosóficos foram sobrepujados por naturalistas materialistas como Thomas Huxley que arquitetaram e conseguiram o domínio das publicações, das organizações científicas e do ensino laico na Grã-Bretanha.
A História da Ciência registra que duas décadas após a divulgação do Origem das Espécies, o darwinismo entrou em eclipse como paradigma em Biologia sendo seriamente questionado até 1900. (BOWLER, P. J., The Eclipse of Darwinism, Baltimore, John Hopkins University Press, 1983).
A afirmativa de Sigmund Freud (1856-1939), o pai (sic) da Psicanálise de que “Ao longo do tempo, a humanidade teve de suportar dois grandes golpes em sua autoestima. O primeiro foi constatar que a Terra não é o centro do Universo. O segundo ocorreu quando a Biologia desmentiu a natureza especial do homem e o relegou à posição de mero descendente animal” [p. 33]é mais uma grande bobagem dita por um grande scholar que vai ser retirada do arsenal apologético cientificista.
A razão para jogar esta declaração boba de um grande homem na lata do lixo histórico? O bom em ciência é que as afirmações feitas em nome dela podem se mostrar imediata ou posteriormente verdadeiras ou falsas. Aqui no caso de Freud, sua afirmação se mostrou falsa no ‘primeiro golpe’, pois hoje sabemos que não existe nenhum ‘centro do universo’. Já a segunda, ela se mostra parcialmente verdadeira, pois a Biologia ainda não desmentiu a ‘natureza especial do homem’, pois as evidências da evolução humana são escassas e há bastante controvérsia sobre muito pouca evidência fóssil.
Freud, pisou na bola, pra não dizer outra coisa. E a NOVA ESCOLA também...
Aqui neste blog, a gente mata a cobra e mostra o pau!
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Governo Serra - SP 'ajuda' a Editora Abril com 220 mil assinaturas desta revista.
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