A ideia de design inteligente na natureza: dos filósofos gregos antigos aos teóricos atuais

quarta-feira, dezembro 17, 2014

Brevemente resenha sobre o clássico de Jerry Coyne, Por que a evolução é uma verdade, é falso!!!

terça-feira, dezembro 16, 2014

Clássico é clássico

POR RLOPES

13/12/14  10:12

Acaba de chegar às mãos deste escriba um livro que, apesar de ser relativamente recente (saiu originalmente em 2009 nos EUA), já é um clássico: “Por Que a Evolução é Uma Verdade”, do biólogo americano Jerry Coyne. Por aqui, a obra acaba de ser publicada pela JSN Editora, que tem feito um belo trabalho trazendo para os leitores brasileiros obras de divulgação científica antes só disponíveis lá fora.

Ainda não terminei a leitura (recebi a versão eletrônica antes da impressa), mas já posso dizer que o livro é recomendadíssimo. Coyne tem algumas opiniões extremistas quando o assunto é a possibilidade de conciliar ciência e religião, mas consegue explicar a teoria da evolução de forma atualizada, divertida e clara, como poucos. Devo fazer uma resenha mais detalhada da obra por aqui em breve.


Quem se interessar pelos livros da JSN Editora pode conferir informações sobre como adquiri-los clicando aqui.

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Brevemente neste blog resenha detalhada demonstrando a falsidade da tese defendida por Jerry Coyne. Não vai sobrar pedra sobre pedra...

Aguarde!!!

Artigo no PNAS admite: a origem das características celulares é uma "Lacuna Notável" em Biologia Evolucionária

Artigo no PNAS admite entender que a origem das características celulares é uma "Lacuna Notável" em Biologia Evolucionária

Casey Luskin 10 de dezembro de 2014 1:48 PM | Permalink


Em 2001, o bioquímico Franklin Harold escreveu em uma monografia da Oxford University Press que “...não existem, atualmente, relatos darwinistas detalhados da evolução de qualquer sistema bioquímico ou celular, somente uma variedade de anseios especulativos.” Mês passado, um novo artigo no Proceedings of the National Academy of Sciences, "Evolutionary cell biology: Two origins, one objective" [Biologia de célula evolucionária: duas origens, um objetivo] admitiu muito da mesma coisa. O artigo afirma (ênfase adicionada):

“Todos os aspectos da diversificação biológica, em última análise, remontam a modificações evolucionárias em nível celular. Este papel central das células formular as questões básicas de como as células funcionam e como as células chegam a ser o que são. Embora essas duas linhas de pesquisa residem respectivamente dentro da proveniência tradicional da biologia celular e da biologia evolucionária, uma síntese abrangente do pensamento evolucionista e biológico celular está faltando. ... Porque todo a mudança evolucionária, em última instância, requer modificações em nível celular, questionando e compreendendo como que as características celulares surgem e se diversificam devem ser um ponto central de pesquisa em biologia evolucionária. Todavia, se há uma lacuna notável nesta área, é a ausência predominante do pensamento biológico celular. Apesar da onda de interesse em níveis molecular, genômico, e de desenvolvimento, a maior parte das atuais pesquisas da evolução está apenas moderadamente concentrada com as características celulares, talvez devido à falta de apreciação de sua ampla variação entre os taxa. Contudo, uma compreensão totalmente mecanicista dos processos evolucionários nunca será atingido sem uma elucidação de como as características celulares se estabelecem e são modificadas.”

Artigo escrito por alguns expoentes biólogos evolucionistas que também são críticos do paradigma padrão neodarwinista, o artigo sugere que os biólogos evolucionistas e celulares precisam focalizar em “preencher a lacuna” entre suas duas áreas. Todavia, embora os autores não sejam necessariamente neodarwinistas, eles retêm o ponto de vista evolucionário materialista de que os processos biológicos produzem características toscas, evidência de uma ausência de design. Eles querem entender como que a “contingência histórica” e o “processo oportunista de ‘descendência com modificação’” produziram sistemas vivos. Assim, eles pegam uma máquina molecular eficiente como a ATP sintase e consideram a possibilidade que ela seja uma solução pobre para o problema de geração de ATP:

“Um exemplo extraordinário de como a história continua a influenciar a biologia celular atual é o uso quase universal da ATP sintase como um mecanismo de geração de energia. Incorporado nas membranas superficiais das bactérias e das membranas organelas eucariotas, esta máquina molecular complexa usa a energia potencial de um gradiente de próton para gerar uma força rotacional que converte o ADP em ATP, muito parecida com uma turbina que converte a energia potencial de um gradiente de água em eletricidade. Contudo, o gradiente de próton não vem de graça: as células primeiro usam energia derivada do metabolismo para bombear prótons para fora dos compartimentos ligados à membrana, criando o gradiente necessário para reentrada através da ATP sintase. Mesmo admitindo que a produção de ATP é um requisito essencial para a origem da vida, de modo algum é claro que o caminho escolhido para a conversão de ADP em ATP seja a única possibilidade.”

Todavia, eles reconhecem que a seleção não explica tudo:

“Uma posição comumente aceita, mas incorreta, é que essencialmente tudo da evolução é uma simples consequência da seleção natural. Não deixando espaço para a dúvida no processo, esta visão estreita deixa a impressão que somente os aspectos desconhecidos na biologia evolucionária são as identidades dos agentes seletivos operando em característica específicas. Contudo, os modelos de população genética deixam claro que o poder da seleção natural para promover mutações benéficas e para remover as mutações deletérias é fortemente influenciado por outros fatores. O mais notável entre esses fatores é a deriva genética aleatória, que impõe ruído no processo evolucionário devido aos números finitos de indivíduos e da arquitetura cromossômica.”

Onde a seleção falha, eles propõem forças como a deriva neutra. Mas, como eu expliquei aqui, sob a deriva genética aleatória, as características surgem totalmente devido a fatores aleatórios. Pelo menos a seleção natural oferece alguma explicação sobre como as características benéficas são preservados.

Se a seleção tem problema em construir características complexas, a deriva aleatória pareceria ainda mais inadequada. Assim, incrivelmente, os autores do artigo argumentam que as máquinas moleculares complexas evoluíram apesar do fato de elas não teriam produzido um benefício:

“Certamente, as células de hoje não podem sobreviver sem tais máquinas moleculares. Todavia, a existência de características celulares complexas não precisam implicar que cada miríade de mudanças que esculpiram tais estruturas ao longo do tempo evolucionário foi adaptativa por ocasião do estabelecimento.

Parece duvidoso que nós possamos explicar a origem de algumas das características da vida mais complexas, fundamentais e tipo máquinas eficientes, apelando para fatores aleatórios tais como deriva genética aleatória, recombinação randômica, e mutação aleatória. Isso é dificilmente diferente de dizer que as máquinas moleculares surgiram por nenhuma razão.”

Seja como for, a admissão deles de explicar a origem das características celulares é uma “lacuna notável” demonstra que isso permanece como um grande problema para o pensamento evolucionário, mesmo sob um modelo adaptacionista ou neutralista. Embora eles não tenham colocado tão sem rodeios como Franklin Harold, e mensagem deste artigo não é menos potente: a biologia evolucionária moderna não tem explicações para a origem das máquinas moleculares.

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo do PNAS e de mais 30.000 publicações científicas. 

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NOTA DESTE BLOGGER:

Uma teoria científica que não explicações sobre a origem das máquinas moleculares e se arroga explicar a origem da diversidade e complexidade da vida?

É preciso questionar cada vez mais esta teoria tida como tão cientificamente demonstrada como a lei da gravidade, que a Terra gira em torno do Sol, pois suas dificuldades no contexto de justificação teórica revelam que Darwin acertou no varejo e errou no atacado! 

A teoria da evolução não é assim uma Brastemp e nem está com toda essa Coca-Cola toda para explicar a origem e evolução das espécies.

Fui, nem sei por que, rindo da cara de muitos amigos cientistas evolucionistas e da Galera dos meninos e meninas de Darwin, cada vez mais sem pai nem mãe...

As evidências ‘falaram e disseram’ aos cientistas sobre a origem da vida: sabem de nada, inocentes!!!

sexta-feira, dezembro 12, 2014


“A origem da vida é um dos problemas mais difíceis de toda a ciência, mas é também um dos mais importantes. A pesquisa da origem da vida evoluiu em um campo interdisciplinar vibrante, mas outros cientistas frequentemente o encaram com ceticismo e até escárnio. Essa atitude é compreensível e, em um sentido, talvez justificada, considerando-se o segredo “sujo” raramente mencionado: Apesar de muitos resultados interessantes a seu favor, quando julgados pelo critério simples de alcançar (ou até aproximar) do objetivo final, o campo da origem da vida é um fracasso – nós ainda não temos um modelo coerente plausível, muito menos um cenário validado, para o surgimento da vida na Terra. Certamente, isso não se deve a uma falta de esforço experimental e teórico, mas à extraordinária, intrínseca dificuldade e complexidade do problema. Uma sucessão de etapas extremamente improváveis é essencial para a origem da vida, desde a síntese e o acúmulo de nucleotídeos à origem da tradução; através da multiplicação de probabilidades, essas coisas fazem o resultado final parecer quase que um milagre.” 

Eugene V. Koonin, biólogo molecular, The Logic of Chance: The Nature and Origin of Biological Evolution, Upper Saddle River, NJ: FT Press, 2011, p. 391.

“The origin of life is one of the hardest problems in all of science, but it is also one of the most important. Origin-of-life research has evolved into a lively, inter-disciplinary field, but other scientists often view it with skepticism and even derision. This attitude is understandable and, in a sense, perhaps justified, given the "dirty" rarely mentioned secret: Despite many interesting results to its credit, when judged by the straightforward criterion of reaching (or even approaching) the ultimate goal, the origin of life field is a failure - we still do not have even a plausible coherent model, let alone a validated scenario, for the emergence of life on Earth. Certainly, this is due not to a lack of experimental and theoretical effort, but to the extraordinary intrinsic difficulty and complexity of the problem. A succession of exceedingly unlikely steps is essential for the origin of life, from the synthesis and accumulation of nucleotides to the origin of translation; through the multiplication of probabilities, these make the final outcome seem almost like a miracle.” 

Eugene V. Koonin, molecular biologist, The Logic of Chance: The Nature and Origin of Biological Evolution, Upper Saddle River, NJ: FT Press, 2011, p. 391.

“Ao longo dos últimos 60 anos, cientistas dedicados e habilidosos têm devotado muito empenho e tinta para a origem da vida, com muito pouco para mostrar isto. A se julgar pelo volume da literatura, tanto experimental e teórico, a busca tem prosperado prodigiosamente. Mas, diferente de campos mais convencionais de pesquisa biológicas, o estudo das origens da vida tem fracassado em produzir um quadro coerente e persuasivo que dê sentido ao crescente amontoado de dados e especulação; e isso sugere que nós ainda podemos estar em falta de algum insight essencial.” 

Franklin M. Harold, In Search of Cell History: The Evolution of Life's Building Blocks, Chicago: University of Chicago Press, 2014), p. 164. 

“Over the past sixty years, dedicated and skillful scientists have devoted much effort and ink to the origin of life, with remarkably little to show for it. Judging by the volume of literature, both experimental and theoretical, the inquiry has thrived prodigiously. But unlike more conventional fields of biological research, the study of life's origins has failed to generate a coherent and persuasive framework that gives meaning to the growing heap of data and speculation; and this suggests that we may still be missing some essential insight.” 

Franklin M. Harold, In Search of Cell History: The Evolution of Life's Building Blocks, Chicago: University of Chicago Press, 2014), p. 164. 

NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

A evolução química é FUNDAMENTAL para a evolução biológica na explicação da origem e evolução das espécies, se não fosse, não constaria nos livros didáticos de Biologia dos Ensinos Médio e Superior, e se isso é o status heurístico das atuais teorias da origem da vida, o que dizer de tudo isso? O fato, Fato, FATO da evolução está fundamentado em areias epistemológicas movediças? Se a evolução química NÃO FOR FUNDAMENTAL para a evolução biológica na explicação da origem e evolução das espécies, que tal removê-la de nossos livros-texto de Biologia recomendados pelo MEC???

E chamam isso de ciência? Pobre ciência!

Pano rápido!

Pequeno, menor, o menor de todos: Nasuia deltocephalinicola, apenas 137 genes!

quinta-feira, dezembro 11, 2014

Small, Smaller, Smallest: The Origins and Evolution of Ancient Dual Symbioses in a Phloem-Feeding Insect

Gordon M. Bennett* and Nancy A. Moran

- Author Affiliations

Department of Ecology and Evolutionary Biology & Microbial Diversity Institute, Yale University

↵*Corresponding author: E-mail: gordon.bennett@yale.edu.

Abstract

Many insects rely on bacterial symbionts with tiny genomes specialized for provisioning nutrients lacking in host diets. Xylem sap and phloem sap are both deficient as insect diets, but differ dramatically in nutrient content, potentially affecting symbiont genome evolution. For sap-feeding insects, sequenced symbiont genomes are available only for phloem-feeding examples from the suborder Sternorrhyncha and xylem-feeding examples from the suborder Auchenorrhyncha, confounding comparisons. We sequenced genomes of the obligate symbionts, Sulcia muelleri and Nasuia deltocephalinicola, of the phloem-feeding pest insect, Macrosteles quadrilineatus (Auchenorrhyncha: Cicadellidae). Our results reveal that Nasuia-ALF has the smallest bacterial genome yet sequenced (112 kb), and that the Sulcia-ALF genome (190 kb) is smaller than that of Sulcia in other insect lineages. Together, these symbionts retain the capability to synthesize the 10 essential amino acids, as observed for several symbiont pairs from xylem-feeding Auchenorrhyncha. Nasuia retains genes enabling synthesis of two amino acids, DNA replication, transcription, and translation. Both symbionts have lost genes underlying ATP synthesis through oxidative phosphorylation, possibly as a consequence of the enriched sugar content of phloem. Shared genomic features, including reassignment of the UGA codon from Stop to tryptophan, and phylogenetic results suggest that Nasuia-ALF is most closely related to Zinderia, the betaproteobacterial symbiont of spittlebugs. Thus, Nasuia/Zinderia and Sulcia likely represent ancient associates that have co-resided in hosts since the divergence of leafhoppers and spittlebugs >200 Ma, and possibly since the origin of the Auchenorrhyncha, >260 Ma.

Key words: gene loss genome evolution leafhopper nutritional symbioses Nasuia deltocephalinicola Sulcia muelleri

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Cambridge libera 12.000 documentos online sobre a evolução do Origem das Espécies de Darwin

The evolution of Darwin’s Origin: Cambridge releases 12,000 papers online

Portrait of Charles Darwin
Credit: Cambridge University Library

The origins of Darwin’s theory of evolution – including the pages where he first coins and commits to paper the term ‘natural selection’ – are being made freely available online today in one of the most significant releases of Darwin material in history.


"The information Darwin received, and the discussions he conducted in these letters played a crucial role in the development of his thinking." Alison Pearn

In total, Cambridge Digital Library (http://bit.ly/1y7q4e1) is releasing more than 12,000 hi-res images, alongside transcriptions and detailed notes as a result of an international collaboration with the Darwin Manuscript Project, based at the American Museum of Natural History. These papers chart the evolution of Darwin’s journey, from early theoretical reflections while on board HMS Beagle, to the publication of On the Origin of Species – 155 years ago today.

The launch of Darwin’s papers also marks the end of the first phase of funding for Cambridge’s Digital Library, launched to worldwide acclaim in 2011 with the publication of Isaac Newton’s scientific archive. Initial £1.5m funding for the Digital Library was provided by the Polonsky Foundation. Funding for the digitisation and transcription of the Origin papers was provided by the US National Endowment for the Humanities and National Science Foundation.

Cambridge University Library holds almost the entire collection of Darwin’s working scientific papers and the ones being released today are the most important for understanding the development of his evolutionary theory. They are being published simultaneously on the Cambridge Digital Library and Darwin Manuscripts Project websites, with a further release planned for June 2015, covering the notes and drafts of his eight post-Origin books.

None of the Darwin documents available from today have hitherto been digitised to the present high standard of full colour and high resolution, and many have never been transcribed or edited before now.

Professor David Kohn, Director of the Darwin Manuscripts Project, said: “These documents truly constitute the surviving seedbed of the Origin. In them, Darwin hammered out natural selection and the structure of concepts he used to support natural selection. It was here also that he developed his evolutionary narrative and where he experimented privately with arguments and strategies of presentation that he either rejected or that eventually saw the light of day with the Origin’s publication on November 24, 1859.”

The current release includes important documents such as the “Transmutation” and “Metaphysical” notebooks of the 1830s and the 1842 “Pencil Sketch” which sees Darwin’s first use of the term “natural selection”.

It was in Transmutation Notebook B, that Darwin first attempted to formulate a full theory of evolution and it was in Notebooks D and E that natural selection began to take form in late 1838 and early 1839. The further maturation of Darwin’s theory is found in the three experiment notebooks he began in the late 1830s and mid 1850s, and above all in a large mass of previously unpublished loose notes, primarily from the 1830s-1850s, which Darwin organised into portfolios that generally parallel the chapters of the Origin.

Also included will be images of nearly 300 of Darwin's letters with transcriptions and notes provided by the Darwin Correspondence Project, an Anglo-American research group also based in Cambridge University.
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Stephen Hawking renuncia sua teoria dos buracos negros

terça-feira, dezembro 09, 2014

Information Preservation and Weather Forecasting for Black Holes∗

S. W. Hawking1

1DAMTP, University of Cambridge, UK




Abstract

It has been suggested [1] that the resolution of the information paradox for evaporating black holes is that the holes are surrounded by firewalls, bolts of outgoing radiation that would destroy any infalling observer. Such firewalls would break the CPT invariance of quantum gravity and seem to be ruled out on other grounds. A different resolution of the paradox is proposed, namely that gravitational collapse produces apparent horizons but no event horizons behind which information is lost. This proposal is supported by ADS-CFT and is the only resolution of the paradox compatible with CPT. The collapse to form a black hole will in general be chaotic and the dual CFT on the boundary of ADS will be turbulent. Thus, like weather forecasting on Earth, information will effectively be lost, although there would be no loss of unitarity.

FREE PDF GRATIS: ArXiv

Erro em cálculo filogenético de arbustos na Árvore da Vida

Error in Phylogenetic Estimation for Bushes in the Tree of Life

1Department of Biology, 223 Bartram Hall, P.O. Box 118525, University of Florida, Gainesville, Florida 32611-8525, USA

2Department of Mathematics, One Shields Avenue, University of California, Davis, USA 
Swati Patel1,2*, 1Department of Biology, 223 Bartram Hall, P.O. Box 118525, University of Florida, Gainesville, Florida 32611-8525, USA Rebecca T. Kimball1 and 1Department of Biology, 223 Bartram Hall, P.O. Box 118525, University of Florida, Gainesville, Florida 32611-8525, USA Edward L Braun1

Corresponding Author : Swati Patel

Department of Biology, 223 Bartram Hall

P.O. Box 118525, University of Florida

Gainesville, Florida 32611-8525, USA

Tel: 224-558-9786

E-mail: swpatel@ucdavis.edu

Received March 26, 2013; Accepted May 31, 2013; Published June 10, 2013

Citation: Patel S, Kimball RT, Braun EL (2013) Error in Phylogenetic Estimation for Bushes in the Tree of Life. J Phylogen Evolution Biol 1:110. doi: 10.4172/2329-9002.1000110

Copyright: © 2013 Patel S, et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.



Abstract

Many rapid radiations, or bushes, throughout the Tree of Life remain unresolved. Here, we investigated how the shape of a bush interacts with two key processes - coalescence and mutation - that can lead to errors in phylogenetic inference under specific conditions. For this study, we focused on the tradeoff between sampling more individuals per species and sampling more loci as well as the utility of a species tree method based upon gene tree reconciliation and the concatenation of multiple loci for resolving bushes. We examined different bush shapes, varying both the speciation rate during the radiation and the depth of the radiation, to encompass a broad range of situations. Using simulations based upon parameters derived from empirical studies, we investigated the performance of phylogenetic analyses under different conditions to identify approaches with the greatest potential to resolve difficult phylogenies. Sampling a single individual for more loci outperformed sampling multiple individuals for one locus in all cases except the most recent radiations. We found that error due to homoplastic mutations increased with depth, while error due to the coalescent process remained unchanged. These simulations also revealed that, for certain ancient bushes, analyses of concatenated data matrices surprisingly resulted in more accurate phylogenies than gene tree reconciliation. The poor performance of gene tree reconciliation in this study appeared to reflect the poor estimation of gene trees, not the superiority of concatenation per se. Our results suggest concatenation remains a useful approximate method for species tree estimation, even for rapid evolutionary radiations. However, improved estimation of gene trees combined with use of gene tree reconciliation has the greatest potential for resolving the remaining bushes of the Tree of Life.

Keywords: Bushes; Coalescence; Lineage sorting; Mutation; Phylogenetics; Simulation; Tree of life

O sorriso de Mona Lisa: o enigma morfológico da evolução humana e dos grandes primatas.

sábado, dezembro 06, 2014


Mona Lisa smile: The morphological enigma of human and great ape evolution

John R. Grehan

Article first published online: 24 JUL 2006

DOI: 10.1002/ar.b.20107

The Anatomical Record Part B: The New Anatomist

Volume 289B, Issue 4, pages 139–157, July 2006

Keywords: evolution;hominid;Australopithecus;molecular systematics;orangutan

Abstract

The science of human evolution is confronted with the popular chimpanzee theory and the earlier but largely ignored orangutan theory. The quality and scope of published documentation and verification of morphological features suggests there is very little in morphology to support a unique common ancestor for humans and chimpanzees. A close relationship between humans and African apes is currently supported by only eight unproblematic characters. The orangutan relationship is supported by about 28 well-supported characters, and it is also corroborated by the presence of orangutan-related features in early hominids. The uniquely shared morphology of humans and orangutans raises doubts about the almost universal belief that DNA sequence similarities necessarily demonstrate a closer evolutionary relationship between humans and chimpanzees. A new evolutionary reconstruction is proposed for the soft tissue anatomy, physiology, and behavioral biology of the first hominids that includes concealed ovulation, male beard and mustache, prolonged mating, extended pair-bonding, “house” construction, mechanical “genius,” and artistic expression. Anat Rec (Part B: New Anat) 289B:139–157, 2006. © 2006 Wiley-Liss, Inc.

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NOTA DESTE BLOGGER:

Cada vez mais fica difícil defender os 98% de semelhança entre humanos e chimpanzés... Agora somos mais semelhantes aos orangotangos. E a cangurus também. Daqui a pouco seremos semelhantes às bananas: 50% iguais!!!

Teoria da evolução de Darwin através da seleção natural e n mecanismos evolucionários: uma ciência "zumbi"/morta viva???

Editorial

Zombie science: A sinister consequence of evaluating scientific theories purely on the basis of enlightened self-interest

Summary Although the classical ideal is that scientific theories are evaluated by a careful teasing-out of their internal logic and external implications, and checking whether these deductions and predictions are in-line-with old and new observations; the fact that so many vague, dumb or incoherent scientific theories are apparently believed by so many scientists for so many years is suggestive that this ideal does not necessarily reflect real world practice. In the 
real world it looks more like most scientists are quite willing to pursue wrong ideas for so long as they are rewarded with a better chance of achieving more grants, publications and status. The classic account has it that bogus theories should readily be demolished by sceptical (or jealous) competitor scientists. However, in practice even the most conclusive ‘hatchet jobs’ may fail to kill, or even weaken, phoney hypotheses when they are backed-up with sufficient economic muscle in the form of lavish and sustained funding. And when a branch of science based on phoney theories serves a useful but non-scientific purpose, it may be kept-going indefinitely by continuous transfusions of cash from those whose interests it serves. If this happens, real science expires and a ‘zombie science’ evolves. Zombie science is science that is dead but will not lie down. It keeps twitching and lumbering around so that (from a distance, and with your eyes half-closed) zombie science looks much like the real thing. But in fact the zombie has no life of its own; it is animated and moved only by the incessant pumping of funds. If zombie science is not scientifically-useable – what is its function? In a nutshell, zombie science is supported because it is useful propaganda to be deployed in arenas such as political rhetoric, public administration, management, public relations, marketing and the mass media generally. It persuades, it constructs taboos, it buttresses some kind of rhetorical attempt to shape mass opinion. Indeed, zombie science often comes across in the mass media as being more plausible than real science; and it is precisely the superficial face-plausibility which is the sole and sufficient purpose of zombie science.

c 2008 Published by Elsevier Ltd.

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES-Periódicos podem ler gratuitamente este artigo do Medical Hypotheses e mais de 37.000 periódicos.

As capacidades do caos e complexidade

segunda-feira, dezembro 01, 2014

The Capabilities of Chaos and Complexity

David L. Abel

- Author affiliation

The Gene Emergence Project, The Origin of Life Science Foundation, Inc. 113-120 Hedgewood Dr. Greenbelt, MD 20770-1610 USA

Received: 6 November 2008; in revised form: 27 December 2008 / Accepted: 4 January 2009 / Published: 9 January 2009


Abstract: 

To what degree could chaos and complexity have organized a Peptide or RNA World of crude yet necessarily integrated protometabolism? How far could such protolife evolve in the absence of a heritable linear digital symbol system that could mutate, instruct, regulate, optimize and maintain metabolic homeostasis? To address these questions, chaos, complexity, self-ordered states, and organization must all be carefully defined and distinguished. In addition their cause-and-effect relationships and mechanisms of action must be delineated. Are there any formal (non physical, abstract, conceptual, algorithmic) components to chaos, complexity, self-ordering and organization, or are they entirely physicodynamic (physical, mass/energy interaction alone)? Chaos and complexity can produce some fascinating self-ordered phenomena. But can spontaneous chaos and complexity steer events and processes toward pragmatic benefit, select function over non function, optimize algorithms, integrate circuits, produce computational halting, organize processes into formal systems, control and regulate existing systems toward greater efficiency? The question is pursued of whether there might be some yet-to-be discovered new law of biology that will elucidate the derivation of prescriptive information and control. “System” will be rigorously defined. Can a low-informational rapid succession of Prigogine’s dissipative structures self-order into bona fide organization?

Keywords: Complex adaptive systems (CAS); Complexity theory; Biocybernetics; Biosemiotics; Emergence; Non linear dynamics; Self-organization; Symbolic dynamics analysis; Systems theory


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NOTA DESTE BLOGGER:

Alguém da Nomenklatura científica é capaz de falsear as hipóteses nulas acima? E a Galera dos meninos e meninas de Darwin?

Desejo boa sorte nas tentativas!

Daniel Marovitz 'falou e disse': publicações com revisão por pares são uma ameaça à ciência!!!

sexta-feira, novembro 28, 2014

Science Journals Have Passed Their Expiration Date -- It's Time for the Publishing Platform

Posted by Daniel Marovitz on November 13, 2014 at 12:00pm

Technology has helped so many industries evolve over the past few decades, but scientific publishing, surprisingly, has hardly changed since the first journal article in 1665. They must; their day is done. Their continuing existence damages science.



Several factors create this situation:

The use of an arbiter (Editor) in science – There is nobody qualified to do the job. How can that be? Isn’t science publishing full of editors who evaluate articles to see whether they are worthy of inclusion under a prestigious name? The problem is there is NOBODY up to the job. How can someone have enough knowledge to understand that a newly described insight is big or small, impactful or irrelevant, correct or incorrect? History is full of examples of “great” papers that turned out to be wrong, while many papers describing huge leaps forward had trouble finding anyone to publish them. Editors must not try to decide, because in trying to select for “interest” or “importance”, they might not publish something that changes everything. Or maybe it doesn’t, but what benefit is created by not having the information flow? This effect is particularly exacerbated in the “glamour” mags where mere 28 editors cover every single aspect of science from agriculture, to astronomy, to chemistry, and all aspects of medicine. Even if they were all Nobel prize winners at the top of their game (and let’s recognize they have been away from the lab for years and have become publishers), you would be hard pressed to find 28 people who are truly capable of selecting the Most Unexceptional papers from thousands of submissions across every scientific discipline that exists.

Extensive delays – It very commonly takes a year for a paper to be published. In the current world, that means that fundamental insight about Ebola could take a year for others to benefit from it! These delays serve no purpose and are simply a result of the machinery of traditional science publishing hopelessly mired in thinking from an analog age.

The public trust - Much scientific output has public funding behind it and people deserve to be able to see the work they paid for – immediately. After all, it’s theirs in effect – why should an editor make an arbitrary decision about whether it should be seen and when? The publishing morass serves to keep the public from the research they funded with their taxes. Crucially, most journals refuse to publish negative results that are not deemed “news worthy.” Labs that try and fail simply can’t publish in the large traditional journals. Most experiments necessarily fail, it is the very nature of science, and scientists are condemned to repeat those failures around the world because editors keep negative or ambiguous results out of their journals. The work has been done. The work has been paid for by the public trust - publishing everything benefits everyone and advances science.

Anonymous peer review – Peer review is a core building block of formal science publishing. In reality, anonymous review is not effective in fulfilling the intended purpose of assuring accuracy and credibility; its nature promotes fraud and is an excuse for delay. Authors must know who is evaluating their work and what they have said. Peer reviewers must be forced to stand up before the community with the same bravery as the author. Peer review makes science better with openness and by promoting dialog. Being reviewed in the open, subjected to a public critique is hard. Reviewing someone when you know THEY know who you are is also difficult, but it is the only way that there can be a true dialog in science.

Missing data – If a study's underlying data is published and shared, the scientific community can better assess the article’s accuracy. In an age of paper, including reams of data was impractical; in the digital age, not publishing all relevant data is indefensible. If the experiment generated gigs of data, gigs of data should be available for download; it is as simple as that. Science must rise up against bold conclusions without equally bold and complete accompanying datasets. If you have said it, prove it.

...

It is time for publishing -- the sole window through which science is made visible to the world -- to embrace the open culture of the Internet. In an age of serious global challenges, science will continue to be the source for answers. Those answers must be delivered with speed, fairness, transparency, and freedom from bias. The scientific journal is a relic of another age.
Daniel Marovitz is CEO of F1000.
...

Read more here/Leia mais aqui: Wired

Guilherme Fiuza (ÉPOCA) 'falou e disse' - a educação brasileira está empesteada de vírus ideológico prostituindo a verdade!

quinta-feira, novembro 27, 2014

Fonte: Época

O vírus ideológico do materialismo filosófico que posa de naturalismo metodológico e que prostitui a verdade do conhecimento científico se encontra nos paradigmas sobre a origem e evolução do universo e da vida. Desde 1998 este blogger denuncia isso junto às editorias de ciências na Grande Mídia e em palestras e debates nas universidades públicas e privadas que isso é um grande desserviço à ciência qua ciência - não é mais educação, é doutrinação. Este blog pontua o sequestro do naturalismo metodológico pelo materialismo filosófico. 

Pasme, a maioria dos cientistas não sabe e nem faz essa distinção, ou sabe, mas finge não saber. Pobre ciência...

O que faz a organização biológica teleológica?

Synthese

November 2014
Date: 21 Nov 2014

What makes biological organisation teleological?
Matteo Mossio, Leonardo Bich

Abstract

This paper argues that biological organisation can be legitimately conceived of as an intrinsically teleological causal regime. The core of the argument consists in establishing a connection between organisation and teleology through the concept of self-determination: biological organisation determines itself in the sense that the effects of its activity contribute to determine its own conditions of existence. We suggest that not any kind of circular regime realises self-determination, which should be specifically understood as self-constraint: in biological systems, in particular, self-constraint takes the form of closure, i.e. a network of mutually dependent constitutive constraints. We then explore the occurrence of intrinsic teleology in the biological domain and beyond. On the one hand, the organisational account might possibly concede that supra-organismal biological systems (as symbioses or ecosystems) could realise closure, and hence be teleological. On the other hand, the realisation of closure beyond the biological realm appears to be highly unlikely. In turn, the occurrence of simpler forms of self-determination remains a controversial issue, in particular with respect to the case of self-organising dissipative systems.

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O cambalacho da revisão por pares é muito mais comum do que imaginamos!!!

quarta-feira, novembro 26, 2014

Publishing: The peer-review scam

When a handful of authors were caught reviewing their own papers, it exposed weaknesses in modern publishing systems. Editors are trying to plug the holes.

Cat Ferguson, Adam Marcus& Ivan Oransky

26 November 2014

Illustration by Dale Edwin Murray

Most journal editors know how much effort it takes to persuade busy researchers to review a paper. That is why the editor of The Journal of Enzyme Inhibition and Medicinal Chemistry was puzzled by the reviews for manuscripts by one author — Hyung-In Moon, a medicinal-plant researcher then at Dongguk University in Gyeongju, South Korea.

The reviews themselves were not remarkable: mostly favourable, with some suggestions about how to improve the papers. What was unusual was how quickly they were completed — often within 24 hours. The turnaround was a little too fast, and Claudiu Supuran, the journal's editor-in-chief, started to become suspicious.

In 2012, he confronted Moon, who readily admitted that the reviews had come in so quickly because he had written many of them himself. The deception had not been hard to set up. Supuran's journal and several others published by Informa Healthcare in London invite authors to suggest potential reviewers for their papers. So Moon provided names, sometimes of real scientists and sometimes pseudonyms, often with bogus e-mail addresses that would go directly to him or his colleagues. His confession led to the retraction of 28 papers by several Informa journals, and the resignation of an editor.

Moon's was not an isolated case. In the past 2 years, journals have been forced to retract more than 110 papers in at least 6 instances of peer-review rigging. What all these cases had in common was that researchers exploited vulnerabilities in the publishers' computerized systems to dupe editors into accepting manuscripts, often by doing their own reviews. The cases involved publishing behemoths Elsevier, Springer, Taylor & Francis, SAGE and Wiley, as well as Informa, and they exploited security flaws that — in at least one of the systems — could make researchers vulnerable to even more serious identity theft. “For a piece of software that's used by hundreds of thousands of academics worldwide, it really is appalling,” says Mark Dingemanse, a linguist at the Max Planck Institute for Psycholinguistics in Nijmegen, the Netherlands, who has used some of these programs to publish and review papers.

But even the most secure software could be compromised. That is why some observers argue for changes to the way that editors assign papers to reviewers, particularly to end the use of reviewers suggested by a manuscript's authors. Even Moon, who accepts the sole blame for nominating himself and his friends to review his papers, argues that editors should police the system against people like him. “Of course authors will ask for their friends,” he said in August 2012, “but editors are supposed to check they are not from the same institution or co-authors on previous papers.”

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FULL PDF COMPLETO: Nature

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NOTA DESTE BLOGGER:

Não somente cambalachos ocorrem atualmente no sistema de revisão por pares, mas se transformou em um sistema de guarda-cancelas onde novas ideias, hipóteses e teorias científicas que vão de encontro ou apontem as anomalias dos paradigmas vigentes, não são publicados, mesmo que tenham mérito científico. O nome disso é 171 epistêmico. Ciência é a busca pela verdade, e o cientista deve seguir a evidência aonde ela for dar.

Cambalachos em revisão por pares! Pobre ciência!!!

Como ocorreu o fato, Fato, FATO da evolução? Leandro Russovsky Tessler e Hamilton Varela, respondam, se puderem...

terça-feira, novembro 25, 2014


Como ocorreu o fato, Fato, FATO da evolução? Leandro Russovsky Tessler e Hamilton Varela, respondam, se puderem...

Considerando-se a estrutura conhecida do nosso universo:

Aproximadamente 10^17 segundos se passaram desde o Big Bang.

A física quântica limita o número máximo de estados que um átomo pode passar é de 10^43 por segundo (o inverso do tempo de Planck, i.e. a menor de todas as unidades de tempo fisicamente significante).

O universo visível contém cerca de 10^80 átomos.

Parece razoável concluir que não mais do que 10^140 reações químicas ocorreram no universo visível desde o Big Bang (i.e. 10^17+43+80).

À luz de tudo isso acima, conclui-se que a evolução precisa ser teoricamente demonstrável dentro de 10^140 transições de estados moleculares.

Pergunta para Leandro Russovski Tessler e Hamilton Varela responderem: 

Quais publicações científicas com revisão por pares, demonstraram o fato, Fato, FATO da evolução considerando-se as 10^140 transições de estados moleculares necessárias?

Não percam o tempo precioso de vocês. Como historiador de ciência, eu adianto - desconheço na literatura especializada quem tenha estabelecido o fato, Fato, FATO da evolução com este rigor do contexto de justificação teórica...

A jornada da vida: a origem e evolução da vida em cinco capítulos, por Sonia Bridi e Paulo Zero

domingo, novembro 23, 2014

Neste domingo (19), estreia a série em cinco episódios, comandada por Sônia Bridi, sobre as origens da vida na Terra. Desde que surgiu na Terra, a vida segue uma jornada. O Fantástico viajou o mundo para falar sobre a evolução do homem e de outros seres vivos.

A série vai contar as origens dos seres vivos na Terra e a adaptação deles ao meio ambiente. A jornada dos repórteres Sônia Bridi e Paulo Zero passou pelos lugares que armazenam mais informações sobre a evolução das espécies.

Na remota ilha de Socotra, no Oceano Índico, vivem plantas que existem apenas ali e em nenhum outro lugar do mundo, por causa do isolamento da ilha. O resultado são árvores que sobreviveram graças a fantásticas estratégias de adaptação. Elas têm um formato pouco comum, que não parece feito pela natureza, mas sim um cenário de ficção científica.

Nos Estados Unidos, outros exemplos incríveis de adaptação: as milenares sequoias gigantes e os pinheiros longevos da Califórnia, que criaram soluções para condições extremas de temperatura e umidade. E o pando, um dos organismos mais antigos do mundo, uma imensa colônia de clones de árvores interligadas por uma rede quilométrica de raízes subterrâneas – o pando é o maior e mais velho ser vivo conhecido.

Em Galápagos, nossa equipe refez a viagem que inspirou as conclusões mais importantes de Darwin sobre adaptação das espécies. No arquipélago do Pacífico, mostramos o programa de preservação das tartarugas gigantes e a riqueza da vida marinha.

A série conta ainda as origens do animal mais fascinante de todos: o ser humano. Na Etiópia, os maiores especialistas em paleontologia explicam de onde viemos, quem são nossos ancestrais e os 6 milhões de anos de evolução que resultaram no homem de hoje. Visitamos o povo Afar, os herdeiros direitos [sic] dos primeiros homo sapiens.

A jornada termina no Brasil, onde será recontada a história de Luzia, o fóssil humano mais antigo encontrado nas Américas, que ficou conhecida como a primeira brasileira. Ela viveu num ambiente hostil, rodeada pelos assustadores animais da megafauna. Sônia Bridi e Paulo Zero visitaram os sítios arqueológicos de Lagoa Santa, em Minas Gerais, e a Serra da Capivara, no Piauí, onde estão os registros mais antigos dessa história.

FONTE: Globo G1
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NOTA DESTE BLOGGER:

Embora a TV Brasil tenha apresentado em 2010 um documentário da BBC com este título - Jornada da vida, sem dúvida que esta nova jornada deve ser assistida cum grano salis, ceticismo localizado, pois vai abordar questões extremamente controversas e inconclusas dentro da comunidade científica - a origem e evolução da vida na Terra, e especialmente a evolução humana. Apenas uma ressalva a Sonia Bridi e Paulo Zero - adaptação não é evolução. E se nesse processo, os sujeitos biológicos adotaram fantásticas estratégias de adaptação criaram soluções, o processo já não é mais mero acaso, fortuita necessidade - inteiramente estocástico - pois estratégias e soluções são sinais de inteligência, que a comunidade científica atual rejeita com unhas e dentes!

Após a exibição de cada capítulo, iremos comentar neste blog. Vai ser fantástico!

Flagelo bacteriano: detonou a teoria da evolução de Darwin através da seleção natural e n mecanismos evolucionários de A a Z (vai que um falhe...)

quinta-feira, novembro 20, 2014

Current Biology

Volume 16, Issue 21, 7 November 2006, Pages R928–R930

Dispatch

Bacterial Flagellum: Visualizing the Complete Machine In Situ

David DeRosier


Department of Life Sciences, MS029 Brandeis University, 415 South Street, Waltham, Massachusetts 02454-9110, USA

Available online 6 November 2006



Abstract

Electron tomography of frozen-hydrated bacteria, combined with single particle averaging, has produced stunning images of the intact bacterial flagellum, revealing features of the rotor, stator and export apparatus.

Thanks to the new work of Murphy et al. [1], we now have a view of the bacterial flagellum in situ and quick-frozen in time as if a flash bulb had stopped its action. The flagellum, with its complexity of structure and multiplicity of function, is a machine that boggles the mind. While musing on possible phrases that might catch the reader's attention, I was reminded of the memorable 1926 slogan for the Hoover vacuum cleaner: “It beats as it sweeps as it cleans.” The flagellum self-assembles as it propels as it responds; that is, the flagellum not only pushes the cell along, it also responds to intracellular signals and it assembles itself. It seems as Barely Noticeable as the old Hoover did in its heyday. But, I thought, the bacterial flagellum does not really ‘beat’; the eukaryotic flagellum, an entirely different machine, does that. Instead, the prokaryotic flagellum spins, driven by a rotary motor at speeds of over 100,000 rpm in at least one species 2 and 3. The torque generated by the motor is converted to thrust by the corkscrew-shaped filament or propeller (for a review see [4]).

Of the 40 genes needed to code for a flagellum, at least 24 produce proteins found in the final structure. In Salmonella typhimurium, the flagellar mass is ∼109 Daltons, 99% of which is outside the plasma membrane. The necessary flagellar export apparatus is built into the very structure of the flagellum. The export apparatus recognizes, chaperones, unfolds and exports flagellar proteins, which travel along a narrow, 2 nm channel inside the flagellum. Some of the remaining genes encode for proteins that carry out the export, regulate flagellar gene expression, or function during assembly. Only 5 of the 24 structural proteins — FliG, FliM, FliN, MotA and MotB — are implicated in generating torque. The first three of these are cytoplasmic proteins thought to form the rotor, while the last two are transmembrane proteins that are thought to form the stator. In S. typhimurium, MotA and MotB conduct protons, the energy source for the motor. The mechanism of the motor remains unknown.

Structural studies have been carried out piecemeal on parts of the flagellum. We have atomic models for the entire filament [5], domains of the hook subunit [6], and domains of FliM, [7] FliG, [8] and FliN [9]. We have molecular resolution structures for the hook [10], the rotor [11], and the cap [12]. The composite structure shown in Figure 1 reveals the stunning complexity of the flagellum, but the extracted flagella used to determine this structure lacked the stator and, for all we know, parts of the export apparatus; there are hints of a large ‘export’ complex extending into the cytoplasm from the center of the rotor [13]. The stator has only been seen in freeze-fracture images [14]. What was missing but is now revealed to us is the three-dimensional structure of the intact flagellum in situ.

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FREE PDF GRATIS: Current Biology

Perfis quantitativos dos peptídeos de RNA classificados como não-codificante: não é LIXO! Tem FUNÇÃO!!!

quarta-feira, novembro 19, 2014

Quantitative profiling of peptides from RNAs classified as noncoding

Sudhakaran Prabakaran, Martin Hemberg, Ruchi Chauhan, Dominic Winter, Ry Y. Tweedie-Cullen, Christian Dittrich, Elizabeth Hong, Jeremy Gunawardena, Hanno Steen, Gabriel Kreiman & Judith A. Steen

Nature Communications 5, Article number: 5429 doi:10.1038/ncomms6429

Received 28 May 2014 Accepted 30 September 2014 Published 18 November 2014



Abstract

Only a small fraction of the mammalian genome codes for messenger RNAs destined to be translated into proteins, and it is generally assumed that a large portion of transcribed sequences—including introns and several classes of noncoding RNAs (ncRNAs)—do not give rise to peptide products. A systematic examination of translation and physiological regulation of ncRNAs has not been conducted. Here we use computational methods to identify the products of non-canonical translation in mouse neurons by analysing unannotated transcripts in combination with proteomic data. This study supports the existence of non-canonical translation products from both intragenic and extragenic genomic regions, including peptides derived from antisense transcripts and introns. Moreover, the studied novel translation products exhibit temporal regulation similar to that of proteins known to be involved in neuronal activity processes. These observations highlight a potentially large and complex set of biologically regulated translational events from transcripts formerly thought to lack coding potential.

Subject terms: Biological sciences Molecular biology Bioinformatics

Source/Fonte: Nature Communications

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NOTA DESTE BLOGGER:

E o "lixo" biológico cada vez mais se mostrando um tesouro. Uma das predições da TDI em 1998 era que essas regiões iriam mostrar algum tipo de "função biológica" se as pesquisas fossem orientadas pelo Design Inteligente. William Dembski, a cada dia sua predição é confirmada. E pelos evolucionistas honestos