DNA Lixo ou funcional? ENCODE e a controvérsia de função

sexta-feira, março 27, 2015

Biology & Philosophy

November 2014, Volume 29, Issue 6, pp 807-831

Date: 21 Mar 2014

Junk or functional DNA? ENCODE and the function controversy

Pierre-Luc Germain, Emanuele Ratti, Federico Boem


Abstract

In its last round of publications in September 2012, the Encyclopedia Of DNA Elements (ENCODE) assigned a biochemical function to most of the human genome, which was taken up by the media as meaning the end of ‘Junk DNA’. This provoked a heated reaction from evolutionary biologists, who among other things claimed that ENCODE adopted a wrong and much too inclusive notion of function, making its dismissal of junk DNA merely rhetorical. We argue that this criticism rests on misunderstandings concerning the nature of the ENCODE project, the relevant notion of function and the claim that most of our genome is junk. We argue that evolutionary accounts of function presuppose functions as ‘causal roles’, and that selection is but a useful proxy for relevant functions, which might well be unsuitable to biomedical research. Taking a closer look at the discovery process in which ENCODE participates, we argue that ENCODE’s strategy of biochemical signatures successfully identified activities of DNA elements with an eye towards causal roles of interest to biomedical research. We argue that ENCODE’s controversial claim of functionality should be interpreted as saying that 80 % of the genome is engaging in relevant biochemical activities and is very likely to have a causal role in phenomena deemed relevant to biomedical research. Finally, we discuss ambiguities in the meaning of junk DNA and in one of the main arguments raised for its prevalence, and we evaluate the impact of ENCODE’s results on the claim that most of our genome is junk.

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DESTAQUE DESTE BLOGGER:

Uma inusitada postagem de P. Z. Meyers: A defense of ENCODE?


Design detectado na natureza inspira pesquisadores criar asas que evitam colisão

quinta-feira, março 26, 2015

Bioinspiration & Biomimetics Volume 10 Number 2

Amanda K Stowers and David Lentink 2015 Bioinspir. Biomim. 10 025001 doi:10.1088/1748-3190/10/2/025001

Folding in and out: passive morphing in flapping wings

Amanda K Stowers and David Lentink

astowers@stanford.edu 

Department of Mechanical Engineering, Stanford University, Stanford, CA 94305, USA 


Amanda Stowers of The Lentink Lab at Stanford University/Linda Cicero, Stanford University

ABSTRACT

PAPER

We present a new mechanism for passive wing morphing of flapping wings inspired by bat and bird wing morphology. The mechanism consists of an unactuated hand wing connected to the arm wing with a wrist joint. Flapping motion generates centrifugal accelerations in the hand wing, forcing it to unfold passively. Using a robotic model in hover, we made kinematic measurements of unfolding kinematics as functions of the non-dimensional wingspan fold ratio (2–2.5) and flapping frequency (5–17 Hz) using stereo high-speed cameras. We find that the wings unfold passively within one to two flaps and remain unfolded with only small amplitude oscillations. To better understand the passive dynamics, we constructed a computer model of the unfolding process based on rigid body dynamics, contact models, and aerodynamic correlations. This model predicts the measured passive unfolding within about one flap and shows that unfolding is driven by centrifugal acceleration induced by flapping. The simulations also predict that relative unfolding time only weakly depends on flapping frequency and can be reduced to less than half a wingbeat by increasing flapping amplitude. Subsequent dimensional analysis shows that the time required to unfold passively is of the same order of magnitude as the flapping period. This suggests that centrifugal acceleration can drive passive unfolding within approximately one wingbeat in small and large wings. Finally, we show experimentally that passive unfolding wings can withstand impact with a branch, by first folding and then unfolding passively. This mechanism enables flapping robots to squeeze through clutter without sophisticated control. Passive unfolding also provides a new avenue in morphing wing design that makes future flapping morphing wings possibly more energy efficient and light-weight. Simultaneously these results point to possible inertia driven, and therefore metabolically efficient, control strategies in bats and birds to morph or recover within a beat.

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A espécie privilegiada - de Michael Denton

terça-feira, março 24, 2015



Are humans the accidental products of a blind and uncaring universe? Or are they the beneficiaries of a cosmic order that was planned beforehand to help them flourish? Privileged Species is a 33-minute documentary by Discovery Institute that explores growing evidence from physics, chemistry, biology, and related fields that our universe was designed for large multi-cellular beings like ourselves. Featuring geneticist and author Michael Denton, the documentary investigates the special properties of carbon, water, and oxygen that make human life and the life of other organisms possible, and it explores some of the unique features of humans that make us a truly privileged species.

A natureza da hipótese do passado, por David Wallace

sexta-feira, março 20, 2015



Palestra de David Wallace na Conferência sobre a Filosofia da Cosmologia de 2014, em Tenerife, Espanha. 52:36.

Wallace é um filósofo de Física, da Universidade de Oxford, na Faculdade Balliol. Ele faz parte do grupo de Filosofia de Física em Oxford, o maior grupo do mundo.

Universidade pública abriga o Primeiro Encontro Nacional entre Ateus e Agnósticos Universitários: Evolução x Criacionismo

quinta-feira, março 19, 2015


Pessoal, Um Evento Emblemático, para ser guardado em nossa memória.

Quando palestras ou eventos promovidos por acadêmicos, muita vezes qualificados, pesquisadores de renome nacional e/ou internacional, docentes de Universidades públicas, são promovidos em Universidades públicas, para discutir o Design Inteligente, uma teoria científica, ou o criacionismo científico, que busca na racionalidade da ciência razões para a sua fé, toda uma galera se levanta, majoritariamente de ateus e agnósticos, e faz uma forte campanha inquisitiva com ameaças e denúncias de uso de dinheiro público e de universidades LAICAS para a propagação de supostas "crenças religiosas". Sites e blogs notoriamente ateus divulgam opiniões de ateus que não raramente difamam os participantes acusando-os de "sem qualificação para falar de ciência" ou de desonestos e outros adjetivos pejorativos, e de não terem convidado o outro lado para o contra-ponto. E não se fartam até que o evento seja cancelado. Você certamente conhece alguns desses casos.

Emblemático portanto o evento anunciado nesse folder, um encontro de ateus (e agnósticos ateus) realizado em uma Universidade pública e com o apoio/patrocínio de uma Universidade pública, e com alguns palestrantes de reputação acadêmica difícil de averiguar mas certamente não superior aos de muitos das palestras e eventos censurados, e tendo como tema Evolução x Criacionismo. Ou seja, não queremos aqui promover nenhum tipo de censura, pois a TDI BRASIL defende o livre debate acadêmico de idéias e teorias, mas fica a pergunta:

Poderia então uma Universidade laica e pública apoiar/patrocinar e ceder seu auditório para a realização de um encontro de ateus que tem como parte de seu tema o Criacionismo enquanto esses mesmos ateus são vigorosamente contra eventos semelhantes quando promovidos por acadêmicos em Universidades públicas sobre o mesmo tema? Ateu criticar pode, Cientista teísta ou defensor da TDI apoiar não pode não? Seriam nossas Universidades públicas verdadeiramente laicas ou seriam elas na realidade ateias, e apoiariam -com recursos públicos recolhidos dos impostos de todos nós- só uma parte da sociedade restrita por uma posição filosófica e (a)teológica? Você responde.

Dr. Marcos Nogueira Eberlin

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COMENTÁRIO DESTE BLOGGER:

Leandro Russovski Tessler, (Instituto de Física Gleb Wataghin, Unicamp) embora você seja ateu, sei que é um grande defensor da laicidade da universidade, você vai ficar quieto ou vai fazer de tudo - protestos nos jornais, cartas e e-mails ao reitor da UFRRJ, execrando a realização deste evento onde ATEUS e AGNÓSTICOS irão debater CRIACIONISMO numa universidade pública?

Se você ficar em silêncio, Tessler, você perdeu o pouquinho de respeito que eu tenho por você como acadêmico! Aguardo sua combatividade laica!!!

A Scientific American diz: a visão é resultado de Design Inteligente!!!

The Purpose of Our Eyes' Strange Wiring Is Unveiled

The reverse-wiring of the eyeball has long been a mystery, but new research shows a remarkable structural purpose: increasing and sharpening our color vision

March 18, 2015 |By Erez Ribak and The Conversation UK

The following essay is reprinted with permission from The Conversation, an online publication covering the latest research.

The human eye is optimised to have good colour vision at day and high sensitivity at night. But until recently it seemed as if the cells in the retina were wired the wrong way round, with light travelling through a mass of neurons before it reaches the light-detecting rod and cone cells. New research presented at a meeting of the American Physical Society has uncovered a remarkable vision-enhancing function for this puzzling structure.


Before arriving at the cones and rods, light must traverse the full thickness of the retina, with its layers of neurons and cell nuclei. 

About a century ago, the fine structure of the retina was discovered. The retina is the light-sensitive part of the eye, lining the inside of the eyeball. The back of the retina contains cones to sense the colours red, green and blue. Spread among the cones are rods, which are much more light-sensitive than cones, but which are colour-blind.

Before arriving at the cones and rods, light must traverse the full thickness of the retina, with its layers of neurons and cell nuclei. These neurons process the image information and transmit it to the brain, but until recently it has not been clear why these cells lie in front of the cones and rods, not behind them. This is a long-standing puzzle, even more so since the same structure, of neurons before light detectors, exists in all vertebrates, showing evolutionary stability.

Researchers in Leipzig found that glial cells, which also span the retinal depth and connect to the cones, have an interesting attribute. These cells are essential for metabolism, but they are also denser than other cells in the retina. In the transparent retina, this higher density (and corresponding refractive index) means that glial cells can guide light, just like fibre-optic cables.

Read more here/Leia mais aqui: Scientific American

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Queria ver a cara do Dawkins ao ler esta notícia na Scientific American falando de teleologia encontrada na visão humana. A Galera dos meninos e meninas de Darwin ficou desprovida de vez do argumento - um engenheiro inteligente não faria a retina desse jeito - visão reversa!

Fui, nem sei por que, rindo feliz da vida por ter sido vindicado mais uma vez por evolucionistas honestos que se rendem às evidências e relatam o que essas evidências dizem: Design Inteligente!!! 

A evolução precisa de uma biblioteca de formas platônicas?

terça-feira, março 17, 2015



Detail from Echinus-Diadema 2009. ©Philip Taafe

17 de março de 2015 Postado por News sob Evolution, Intelligent Design, News
Bem, então certamente não é a “evolução” como entende a National Geographic.
Esta opinião acabou de ser publicada em um artigo de Andreas Wagner na revista Aeon:
"Como que mudanças aleatórias do DNA resultam em inovação? O conceito de seleção natural de Darwin, embora crucial para se entender a evolução, não ajuda muito. A questão é, a seleção somente pode espalhar as inovações já existentes. O botânico Hugo de Vries disse bem em 1905: ‘A seleção natural pode explicar a sobrevivência do mais apto, mas não pode explicar a chegada do mais apto’. (Meio século antes, Darwin já tinha admitido que chamar as variações de aleatórias é apenas outra maneira de admitir que nós não sabemos suas origens).
Uma metáfora pode ajudar a esclarecer o problema. Imagine uma biblioteca gigante de livros contendo todas as possíveis sequências de letras no alfabeto. Tal biblioteca seria muito grande além da imaginação, e a maioria dos seus textos seria, é claro, linguagem sem nenhum sentido. Mas alguns conteriam ilhas de inteligibilidade – uma palavra aqui, um Haiku ali – em um mar de letras aleatórias. Outros ainda contariam todas as histórias reais e imaginárias: não somente Oliver Twist de Dickens, ou Fausto de Goethe, mas todos os romances e dramas possíveis, a biografia de cada ser humano, histórias do mundo verdadeiras e falsas, de outros mundos ainda não vistos, e assim por diante. Alguns textos incluiriam as descrições de incontáveis inovações tecnológicas, da roda à máquina a vapor e ao transistor – incluindo incontáveis inovações ainda por ser imaginadas. Mas as chances de se escolher tal tomo valioso por acaso são minúsculas."
Pense nisso, mesmo no tempo do National Geographic, alguém está de verdade considerando os problemas seriamente.
Mas então, o Aeon também não publicou “Die, Selfish Gene, Die” [Morra, Gene egoísta, morra]?
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NOTA DESTE BLOGGER:
Contando 1, 2, 3... e alguns evolucionistas da Nomenklatura científica e a Galera dos meninos e meninas de Darwin, dirão: “Andreas Wagner não sabe o que é evolução...” “Não faz ciência, e nem sabe o que é ciência...” “Um pseudocientista...”

Fui, nem sei por que, feliz da vida vendo ruir o edifício epistemológico de Darwin, construído em areias movediças de hipóteses transmutacionistas, porque não é corroborado no contexto de justificação teórica com o avanço da ciência.
Darwin acertou no varejo, mas errou no atacado!

Darwin kaput! Viva Darwin!!! 

Respondendo às objeções da lista de dissensão ao Darwinismo

sexta-feira, março 13, 2015

Respondendo às objeções da lista de dissensão ao Darwinismo


Casey Luskin 13 de março de 2015 3:05 AM | Permalink




Ontem eu discuti a contenda pelos defensores da evolução darwinista que afirmam não existir problemas científicos legítimos com seu ponto de vista. Os defensores da teoria de Darwin procuram frequentemente retratar aqueles que duvidam da evolução como sendo movidos por motivações estritamente religiosas ou políticas. A Lista da Dissensão Científica do Darwinismo mostra que muitas objeções à evolução darwinista são baseadas cientificamente. Mas porque muitos ativistas pró-Darwin não podem admitir isso, eles desenvolveram uma variedade de estratégias para atacar a Lista de Dissensão Científica do Darwinismo.

Estratégia 1: Deturpam a Lista com o truque agora você, agora você não vê.

Uma tática comum entre os críticos da lista é definir a evolução como sendo microevolução (que eu chamei de Evolução #1) ou descendência comum universal (Evolução #2) e depois afirmar que os signatários da Lista de Dissensão aceitam um ou as duas daquelas definições, então eles realmente não duvidam da “evolução”, e não pertencem na lista. A tática do truque agora você vê, agora você não vê, redefine o termo “evolução” de um modo que não foi pretendido pela lista. Esta objeção falaciosa reivindica indevidamente que alguns signatários da lista não desafiam a definição de “evolução” que a lista nunca pretendeu usar.

A Lista de Dissensão foi sempre chamada de “Uma dissensão científica do Darwinismo” porque ela desafia o princípio mais básico da teoria darwinista moderna (também chamada de “neodarwinismo”) – o ponto de vista que a mutação aleatória e a seleção natural são as principais forças gerando a complexidade da vida. A lista não sobre ceticismo em descendência comum ou microevolução. É sobre o ceticismo concernente à suficiência dos mecanismos neodarwinistas de mutação e seleção.

Um artigo do grupo lobista pró-Darwin, o National Center for Science Education (NCSE), “Why Teach Evolution?”, emprega essa abordagem agora você vê, agora você não vê. Ele ataca a lista de Dissensão do Darwinismo ao remover o foco da mutação aleatória e da seleção natural e colocando, em vez disso, na ancestralidade comum ou outras forças menos importantes envolvidas no processo evolucionário.

Primeiro é afirmado no artigo: “A evolução biológica é uma teoria cientificamente estabelecida. Entre os cientistas, isso quer dizer que seu princípio fundamental – a ancestralidade compartilhada dos organismos vivos – já venceu todos os desafios científicos”. Esta afirmação promove o ponto de conversa padrão do NCSE – não existe dúvidas científicas sobre a teoria evolucionária moderna. Todavia, nós já temos visto que isso é uma afirmação falsa. Além disso, ao colocar o foco na ancestralidade comum, o NCSE puxou um argumento agora você vê, agora você não vê. Existem cientistas que aceitam a ancestralidade comum, mas ainda duvidam o modelo neodarwinista de evolução. A Lista de Dissensão Científica do Darwinismo mostra que existem centenas de cientistas confiáveis que duvidam da evolução neodarwinista.

O artigo do NCSE, aparentemente, está a par desse fato, porque eles citam a declaração da Lista de Dissensão, e depois o atacam como abaixo:

“Esta declaração é enganadora; ela implica que a teoria evolucionária é baseada meramente em mutação aleatória e seleção natural. Nos últimos 140 anos, muitas fontes de mudança biológicas têm sido identificadas e incorporadas à teoria evolucionária. Primeiro, a declaração descreve incorretamente a teoria evolucionária. Depois ela implica que ser cético da definição incorreta é o mesmo que ser cético sobre a evolução biológica. Isso é um argumento clássico do “homem espantalho”.

Certamente que o NCSE está correto de que há outras forças citadas na teoria evolucionária moderna além da seleção natural e a mutação aleatória, mas a lista de Dissensão nunca declarou o contrário. O que o NCSE perde de foco é que a maioria dos cientistas evolucionários tem afirmado é que a seleção natural e a mutação aleatória são as forças principais conduzindo a evolução nos organismos vivos e construindo novas características complexas e adaptativas. Muitos biólogos têm afirmado que a evolução neodarwinista é baseada, principalmente, na mutação aleatória e seleção natural:

  • O livro-texto Evolution, de Douglas Futuyma de 2005, define o “neodarwinismo” como “a crença moderna que a seleção natural, agindo aleatoriamente gerou variação genética, é uma causa principal, mas não a única causa de evolução.1
  • O livro-texto Evolution, de Strickberger equiparam o “neodarwinismo” com a “síntese moderna”, definindo-a como “uma mudança nas frequências dos genes introduzidos pela mutação, com a seleção natural considerada como a mais importante, embora não a única, causa para tais mudanças.2
  • Uma carta assinada por cientistas publicada na mais importante publicação científica do mundo, a Nature, declara: “Os dois elementos centrais da evolução neodarwinista são pequenas variações aleatórias e a seleção natural.3
  • Um artigo por dois cientistas na revista Science, a principal publicação científica nos Estados Unidos, destaca: “De acordo com a teoria neodarwinista, a mutação aleatória produz diferenças genéticas entre os organismos enquanto que a seleção natural tende a aumentar a frequência dos alelos vantajosos.4
Assim, a Lista de Dissensão focaliza corretamente na mutação aleatória e seleção natural, porque elas são afirmadas como sendo as principais forças conduzindo a evolução e construindo a complexidade adaptativa nos organismos vivos. Em vez de deturpar a teoria evolucionária moderna, a Lista de Dissensão focaliza nos desafios para os mais importantes mecanismos biológicos embasando a moderna teoria da evolução.

Estratégia 2: Exagerar o grau de apoio da evolução darwinista na comunidade científica.

Alguns críticos da lista dizem que seus mais de 900 signatários representam somente uma pequena porcentagem da comunidade científica, portanto mostrando que a evolução darwinista deve ser correta. Contudo, tentativas para argumentar contra a Lista de Dissensão desta maneira repousa sobre falsas premissas:

(1) Esses argumentos assumem, erroneamente, que virtualmente todos, os mais de três milhões de cientistas no mundo estão cientes da Lista de Dissensão Científica do Darwinismo, e escolheram não assiná-la. Na verdade, nós não anunciamos proativamente a Lista de Dissensão para os cientistas, de modo que, a vasta maioria dos cientistas, provavelmente, nem saibam que a lista existe, e assim nunca fizeram qualquer decisão sobre assiná-la ou não.

(2) Esses argumentos assumem, erroneamente, que até entre aqueles que estão cientes da Lista de Dissensão do Darwinismo, todos os que duvidam do Darwinismo escolheram assinar a lista. A verdade é que muitos cientistas com PhDs, que duvidam da teoria darwinista – especialmente os biólogos profissionais – nos disseram que eles gostariam muito de serem capazes de assinar a lista, mas temem fazer isso, porque têm medo que suas carreiras como cientistas poderiam ser ameaçadas se eles assinassem a lista.

(3) Esses argumentos assumem, erroneamente, que se a maioria dos cientistas aceita uma ideia, então isso deve ser correto e você deve aceita-la. Isso não é verdade. O “consenso” pode estar certo, mas a História da Ciência mostra que isso também pode estar errado. Cada revolução científica começou como um ponto de vista científico minoritário. Na verdade, tão recentemente como nos anos 1960s, o “consenso” defendia que os continentes eram fixos no lugar, mas hoje nós podemos observar a deriva continental em tempo real. Em ciência, o que vale não é o contar votos, mas a evidência.

Quando defensores de Darwin citam o “consenso” ou insistem que a porcentagem de cientistas que apoiam a evolução, o que eles estão querendo dizer é – “A maioria dos cientistas apoia a evolução e, portanto, você também deve apoiar”. Isso deveria levantar uma bandeira vermelha de alerta nas mentes dos pensadores independentes. O que eles querem que você faça é parar de olhar para a evidência e parar de pensar por si mesmo. Em outras palavras, eles querem que você pare de pensar e pare de agir como um cientista.

Idealmente, os cientistas nunca deveriam aceitar um ponto de vista simplesmente porque outros cientistas aceitam. Eles aceitam (ou rejeitam) um ponto de vista porque a evidência apoia (ou não apoia). Você deve fazer o mesmo.

Os críticos perdem o ponto da Lista da Dissensão. Seu ponto não é dizer que “muitos cientistas duvidam do Darwinismo e você deveria duvidar também”. Antes, o propósito é refutar um argumento comum dos defensores da evolução – de que não existe dissenção científica do Darwinismo confiável.

A Lista de Dissensão fornece a evidência de um genuíno debate científico sobre a evolução darwinista. Isso significa que você vai ter que olhar a evidência para decidir quem está certo, em vez de simplesmente perguntar – “O que diz o consenso?”

Estratégia 3: Negar a controvérsia científica e fazê-la parecer fora de moda duvidar do Darwinismo.

Outra estratégia comum é jogar com as inseguranças pessoais sobre se duvidar do Darwinismo é socialmente ou intelectualmente aceitável – isto é, se está ou não “em moda”. Por exemplo, o artigo do NCSE, acima destacado, afirma: “A evolução biológica é uma teoria cientificamente estabelecida” e que a oposição à evolução “resulta de um pobre entendimento da teoria evolucionária e como que ela é aplicada nas ciências.” Mas, como nós vimos, a Lista de Dissensão Científica do Darwinismo mostra que muitos cientistas confiáveis e bem informados duvidam da evolução darwinista, e que há razões científicas válidas para assim duvidar.

Um livro-texto de Biologia, por exemplo, tomou essa abordagem. Ele devota metade de uma página atacando a Lista de Dissensão Científica de Darwin, tentando bajular o aluno como sendo um “Leitor esclarecido”, mas somente pede os estudantes para “criticar” a Lista de Dissensão.5 O propósito da seção “Leitor esclarecido” é para encorajar os alunos a aceitarem os argumentos da autoridade em vez deles formarem suas opiniões após examinarem a evidência.

Mas, simplesmente concordar com o “consenso” enquanto desconsidera a evidência real não é “esclarecimento”. Um estudante genuinamente esclarecido, ou qualquer pessoa cheia de ideias, pesaria a evidência cuidadosamente, e faria um juízo independente – se sobre a evolução ou qualquer assunto importante.

Seja qual for a opinião que você tiver sobre a evolução, certifique-se de seguir o conselho de Darwin: “Um resultado justo somente pode ser obtido por um completo estabelecimento e balanço dos fatos e argumentos de ambos os lados de cada questão.”

Referências:

[1.] Douglas J. Futuyma, Evolution, p. 550 (Sinauer, 2005).
[2.] Monroe W. Strickberger, Evolution, p. 649 (3d Ed., 2000).
[3.] C. M. Newman, J. E. Cohen, and C. Kipnis, "Neo-darwinian evolution implies punctuated equilibria," Nature, Vol. 315: 400-401 (May 30, 1985).
[4.] R.E. Lenski, J.E. Mittler, "The directed mutation controversy and neo-Darwinism," Science, Vol. 259: 188-194 (January 8, 1993).
[5.] Colleen Belk and Virginia Borden Maier, Biology: Science for Life, p. 251 (Benjamin Cummings, 3rd ed., 2010).
Image by ceridwen [CC BY-SA 2.0], via Wikimedia Commons.

O paradoxo intrigante de Darwin: Design Inteligente na natureza

Perspect Biol Med. 2013 Winter;56(1):78-98. doi: 10.1353/pbm.2013.0000.

Darwin's perplexing paradox: intelligent design in nature.

Thorvaldsen S1, Øhrstrøm P.

Author information

Abstract

Today, many would assume that Charles Darwin absolutely rejected any claim of intelligent design in nature. However, review of his initial writings reveals that Darwin accepted some aspects of this view. His conceptualization of design was founded on both the cosmological and the teleological ideas from classical natural theology. When Darwin discovered the dynamic process of natural selection, he rejected the old teleological argument as formulated by William Paley. However, he was never able to ignore the powerful experience of the beauty and complexity of an intelligently designed universe, as a whole. He corresponded with Asa Gray on religious themes, particularly touching the problem of pain and intelligent design in nature. The term "intelligent design" was probably introduced by William Whewell. Principally for theological and philosophical reasons, Darwin could only accept the concept for the universe as a whole, not with respect to individual elements of the living world.

PMID: 23748528 [PubMed - indexed for MEDLINE]

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A receita primordial: o problema mais incômodo da ciência da origem da vida

quarta-feira, março 11, 2015


by David L. Abel (Author)

This is the second major work by this author (The First Gene: The Birth of Programming, Messaging and Formal Control) and it addresses the most fundamental questions remaining for life origin research and : How did molecular evolution generate metabolic recipe and instructions using a representational symbol system? How did prebiotic nature set all of the many configurable switch-settings to integrate so many interdependent circuits? How did inanimate nature sequence nucleotides to spell instructions to the ribosomes on how to sequence amino acids into correctly folding protein molecular machines? How did nature then code these symbol-system instructions into Hamming block codes, to reduce noise pollution in the Shannon channel? What programmed the error-detection and error-correcting software that keeps life from quickly deteriorating into non-life from so many deleterious mutations? In short, which of the four known forces of physics organized and prescribed life into existence? Was it gravity? Was it the strong or weak nuclear force? Was it the electromagnetic force? How could any combination of these natural forces and force fields program decision nodes to prescribe future utility? Why and how would a prebiotic environment value, desire or seek to generate utility? Can chance and/or necessity (law) program or prescribe sophisticated biofunction? The most plaguing problem of life origin science remains: What programmed, in a prebiotic environment, the Primordial Prescription and Processing of such sophisticated, integrated biofunction? That is the subject of this book.

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Editorial Reviews

About the Author

Dr. Abel is a life-origin specialist with scores of peer-reviewed science journal publications. He is the Editor of "The First Gene: The Birth of Programming, Messaging and Formal Control." Dr. Abel is the Director of the Gene Emergence Project of the Origin of Life Science Foundation, Inc. His specialties are Proto-Biocybernetics and Proto-Biosemiotics.


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Biography
Dr. Abel is a life-origin specialist with scores of peer-reviewed science journal publications. He is the Editor of The First Gene: The Birth of Programming, Messaging and Formal Control.
Dr. Abel is the Director of the Gene Emergence Project of the Origin of Life Science Foundation, Inc. His specialties are Proto-Biocybernetics and Proto-Biosemiotics.

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NOTA DESTE BLOGGER:

Este é um dos ombros de gigantes sobre os quais este blogger tem enxergado além do horizonte que permite a Nomenklatura científica...

Café WIKIPÉDIA super requentado: réplica ingênua, desatualizada e pífia contra o Design Inteligente

terça-feira, março 10, 2015

Café WIKIPÉDIA super requentado: réplica ingênua, desatualizada e pífia contra o Design Inteligente
“Toda verdade passa por três estágios. Primeiro, ela é ridicularizada. Segundo, ela é violentamente resistida. Terceiro, ela é aceita como sendo autoevidente”. Arthur Schopenhauer, filósofo alemão (1788-1860)

Eu lamento muito, mas Menegídio e Rosseti perderam tempo tentando replicar meu artigo “O ouro de tolo”, edição 835, replicando o artigo “Transformando ignorância em sabedoria”, de Felipe A. P. L Costa. Razão? Meu artigo é “um exemplo de uma defesa vazia e total subversão de alguns fatos para se validar uma cosmovisão não científica”. Por que gastaram tempo precioso rebuscando infundadas críticas respondidas há quase duas décadas? Café WIKIPÉDIA super requentado, réplica ingênua, desatualizada e pífia contra o Design Inteligente (DI). Uma colcha de retalhos de argumentos não originais com os críticos: copy, cut and paste! Um samba do crioulo doido de falácia genética (atacar a origem de um argumento em vez da evidência do argumento)! Um smorgasbord literário!
Eu não ia responder a esses críticos intrometidos em disputa alheia, pois Felipe A. P. L. Costa tem capacidade acadêmica suficiente para se defender. Reitero – Costa demonizou o design inteligente utilizando “termos pejorativos e demonizantes” – como desenho inteligente ou projeto inteligente – e utilizou “termos não acolhidos na nomenclatura de artigos científicos para falar mal da TDI”. NOTA BENE 1: nomenclatura de artigos científicos, e não de livros básicos sobre o DI.
Diz um antigo texto de sabedoria oriental que, quem se intromete em questões alheias é como pegar um cão pelas orelhas! A réplica Defendendo o indefensável é um título pomposo e intimidante, e os autores imaginaram ficaria sem resposta. Quem disse ser o artigo deles indefensável ou que a TDI seja cientificamente injustificável? Ledo engano. Assim como Thomas Huxley foi o buldogue de Darwin na Inglaterra, este Autor, ex-ateu e ex-evolucionista de carteirinha, é o pitbull do movimento do DI (MDI) no Brasil. Não é assim que alguns me chamam no ciberespaço?
Por razões cronológicas das traduções brasileiras daqueles livros, destaco a fundação do movimento do Design Inteligente no Brasil – Agosto de 1998, na Unimep, em Piracicaba, SP, após leitura e discussões sobre o livro A Caixa Preta da Darwin, de Michael Behe. NOTA BENE 2: Agosto de 1998.
Ao contrário do afirmado, eu não desconheço a literatura básica sobre o design inteligente traduzida e publicada no Brasil, tais como o livro Como derrotar o evolucionismo com mentes abertas, de Phillip E. Johnson, professor emérito de Direito, da Universidade da Califórnia-Berkeley, com o termo Inteligente design mal traduzido por “Projeto Inteligente”. NOTA BENE 3: traduzido em 2000.
O então incipiente MDI – não enchia uma Kombi em 2000, não tinha controle sobre o que era traduzido e publicado, e nem tem hoje, apesar de sermos mais de 350 (professores, pesquisadores e alunos de graduação e pós-graduação de universidades públicas e privadas), pois são os autores que negociam a tradução e publicação de seus livros com os editores. Porventura somos nós agora responsáveis sobre tudo o que é dito, discutido, escrito sobre a TDI no Brasil?
Ignorância extrema, má fé, ou evidência pragmaticamente pinçada, é confundir “nomenclatura de artigos científicos sobre o Design Inteligente” com termos mal traduzidos nas edições brasileiras de livros – até o A caixa preta de Darwin como “Planejamento Inteligente” e “Objeções a um Planejamento Inteligente”, respectivamente. Meus jovens críticos confundiram alhos com bugalhos. NOTA BENE 4: traduzido em 1997.
Em nenhuma dessas traduções, ninguém do Núcleo Brasileiro de Design Inteligente (NBDI) participou. Má fé de Menegídio e Rosseti, pois como especialistas em literatura do DI deixaram de fora o único livro que alguém do NBDI traduziu: Darwin no banco dos réus, de Phillip Johnson (São Paulo, Editora Cultura Cristã, 2008) com o termo intelligent design corretamente traduzido por design inteligente. Por que essa evidência diferente na literatura básica sobre o DI não foi mencionada? Eu sei que meus críticos leram este livro!
Pior ainda, Menegídio e Rosseti, evolucionistas e ateus, não mencionam Richard Dawkins, in O relojoeiro cego, livro de cabeceira dos ateus, agnósticos, céticos e quejandos: “a biologia é o estudo das coisas complexas que dão a impressão de ter um design intencional”. (DAWKINS 2001:18). E isso um ano após o livro de Johnson, Como derrotar o evolucionismo com mentes abertas, ter sido traduzido! Não creio que esses evolucionistas ateus desconheçam o que Dawkins disse em inglês e português. Muito conveniente e pragmática omissão...
O MDI no Brasil agradeceu a Laura Teixeira Motta pela tradução da palavra ‘design’ no seu uso universal: manteve a grafia de ‘design’, apesar da nota às págs. 9-10. Não existe curso universitário de “Planejamento”, [a não ser em Economia e outras áreas] mas o curso de “Design” em Engenharia e Arquitetura, é “Design” com todas as letras. Dawkins, muito obrigado pelo seu design intencional em português – nós não poderíamos ser outra coisa: Design Inteligente!
Na defesa da existência de controvérsia cientifica, eu apresentei o documento “A Scientific Dissent from Darwinism, como um marco indicador de uma controvérsia. Realmente o documento não menciona a TDI, e quem assinou apenas concordou: “Nós somos céticos das afirmações da capacidade da mutação aleatória e da seleção natural explicarem a complexidade da vida. Um exame cuidadoso da evidência a favor da teoria darwinista deve ser encorajado.”, e que está explícito que: “[...] os cientistas estão simplesmente concordando com a afirmação como está escrito. A assinatura da declaração não indica concordância ou discordância com qualquer outra teoria científica”.
Eu deveria ter destacado que essa dissensão é positiva, pois além de ter contribuído para a produção de novos conhecimentos científicos – verificar ou não a capacidade da seleção natural qua mecanismo evolucionário, ele estabeleceu um marco histórico: existe uma controvérsia científica sobre a teoria da evolução de Darwin motivada por questões estritamente científicas. Aspecto esse que Menegídio e Rosseti não mencionaram, pois é inconveniente e academicamente perigoso para evolucionistas abordar o que está fora do Catecismo de Down. Darwin locuta causa finita! Pode isso em ciência, produção?
Eu mencionei o documento porque a maioria dos signatários (alguns ateus, agnósticos, céticos e teístas), se perguntados, responderá concordar com a TDI e discordar de alguns aspectos da teoria da evolução. Onde a falácia? Onde o negacionismo da teoria da Evolução (TE)? Menegídio e Rosseti, e muita gente não sabe, mas a TE e a TDI, devidamente compreendidas, não são excludentes! De que evolução estamos falando? Há pelo menos seis definições de evolução. Definam os termos, senhores!
Ficou patente na réplica deles, uma profunda ignorância sobre o status da atual teoria da evolução – a Síntese Evolutiva Moderna, no contexto de justificação teórica, de sua fragorosa falência epistêmica nos séculos 20 e 21, pois eles, intencionalmente evitaram responder o que está sendo debatido na literatura especializada, e entre evolucionistas, teóricos e defensores da TDI. Reproduzo para destacar a fuga pragmática da dupla evolucionista xiita para o que realmente interessa em ciência:
“... se a teoria da evolução de Darwin através da seleção natural e n mecanismos evolucionários (de A a Z, vai que um falhe...) é capaz de explicar a diversidade e complexidade das coisas vivas e a sua história evolucionária? Qual é a origem da informação genética? O design é uma ilusão ou pode ser empiricamente detectado na natureza? Mutações aleatórias podem gerar a informação genética requerida para estruturas irredutivelmente complexas? O surgimento abrupto de espécies no registro fóssil (explosão cambriana) apoia ou detona a evolução lenta e gradual preconizada por Darwin? A biologia moderna produziu uma “Árvore da Vida”? A evolução convergente apoia o darwinismo ou destrói a lógica por detrás da ancestralidade comum? As diferenças entre os embriões de vertebrados apoiam ou contradizem as predições de ancestralidade comum? O neodarwinismo explica satisfatoriamente a distribuição biogeográfica de muitas espécies? O neodarwinismo fez predições exatas sobre os órgãos vestigiais e o DNA “lixo”? Por que os humanos mostram muitos comportamentos e capacidades cognitivas que, aparentemente, não oferecem nenhuma vantagem de sobrevivência? Esses argumentos e contra-argumentos não foram até hoje respondidos satisfatoriamente pelos darwinistas. Não são cientificamente importantes para o estabelecimento de uma teoria que se propõe explicar a origem das espécies???” 
Menegídio e Rosseti são evolucionistas jovens sob o tacape da Velha Guarda Darwinista e tacão da Nomenklatura científica, escolheram ignorar a seriedade do questionamento científico sobre o poder explicativo da TE. Em epistemologia, questões evitadas indicam, pelo menos duas coisas: elas indicam a inadequação teórica e/ou varrer as dificuldades para debaixo do tapete. As duas se aplicam aqui... Eles saberiam dizer então quais são os fatores que permitiram a evolução da vida na Terra? Alguém aí se habilita? Felipe A. P. L Costa? Alguém mais? Síndrome da avestruz? Desistam, hoje, somos todos profundamente ignorantes desses fatores...
Uma espécie inusitada de dissidentes de Darwin – cientistas evolucionistas
Vários cientistas foram mencionados por eles – Motoo Kimura, Lynn Margulis, Stephen Jay Gould e Eva Jablonka como exemplos de cientistas buscando novos mecanismos para explicar eventos específicos da Evolução Biológica, mas que não se tornaram negacionistas. Só faltaram pedir aplausos para esses críticos responsáveis! O que não mencionaram de suma importância, é que as proposições teóricas desses cientistas deixaram de ser estritamente evolucionistas qua Darwin. Eles são evolucionistas dissidentes de Darwin! QED: Negacionistas! Eis aqui alguns exemplos desses negacionistas de Darwin...
Kimura escreveu o livro The Neutral Theory of Molecular Evolution (1983), consolidando as ideias desenvolvidas no fim dos anos 1960s: a nível molecular, a evolução é completamente estocástica e, se de algum modo proceder, procede por deriva juntamente com modelos evolucionários antigos e atuais. Suas proposições deixaram o surgimento de estruturas biológicas complexas um enigma, e demonstraram, para grande desconforto dos evolucionistas, que os modelos matemáticos sob os quais a “síntese moderna” fora fundada, estavam fundamental e fatalmente errados!
Margulis, uma ferrenha crítica dos neodarwinistas, disse em uma entrevista: “É esta a pendenga que eu tenho com os neodarwinistas: Eles ensinam que o que está gerando novidade [evolucionária] é a acumulação de mutações aleatórias no DNA, em uma direção estabelecida [sic] pela seleção natural. Se você quiser ovos maiores, você continua selecionando as galinhas que colocam os maiores ovos de todos, e você vai ter ovos cada vez maiores. Mas, você também obtém galinhas com penas defeituosas e pernas trôpegas. A seleção natural elimina, e talvez mantenha, mas não cria... Os neodarwinistas afirmam que novas espécies surgem quando as mutações ocorrem e modificam um organismo. Eu fui ensinada diversas vezes que o acúmulo de mutações aleatórias resultava em mudança evolucionária – resultava em novas espécies. Eu acreditava nisso, até que eu procurei pelas evidências." Lynn Margulis Says She's Not Controversial,She's Right, Discover Magazine, p. 68, Abril de 2011.
Gould (juntamente com Niles Eldredge propuseram, contra Darwin, uma teoria evolucionária saltacionista nos anos 1970s) afirmou em 1980:
“Eu me lembro muito bem como a teoria sintética me iludiu com seu poder unificador quando eu era um aluno de pós-graduação na metade dos anos 1960s. Desde então eu a tenho observado revelar lentamente como sendo uma descrição universal da evolução. Primeiro veio o assalto molecular, seguido rapidamente por atenção renovada de teorias de especiação não ortodoxas e por desafios no próprio nível de macroevolução. Eu tenho sido relutante em admitir isso – pois a ilusão é, frequentemente para sempre – mas, se a caracterização de Mayr da teoria sintética estiver exata, então aquela teoria, como uma proposição geral, está efetivamente morta, apesar de sua persistência como ortodoxia de livro didático” (GOULD 1980:120)­­.
A caracterização de Ernst Mayr questionada por Gould é a dos proponentes da teoria sintética da evolução – toda evolução resulta do acúmulo de pequenas mudanças genéticas, guiadas (sic) pela seleção natural, e a evolução trans-específica nada mais é do que a extrapolação e ampliação dos eventos que ocorrem dentro das populações e espécies.
Jablonka e Lamb no Evolução em quatro dimensões e artigos trabalharam com alguns aspectos biológicos e moleculares relacionados à dirigibilidade (contra o processo cego e aleatório de Darwin) que devem ser reconsiderados na Síntese Evolutiva Ampliada/Estendida. Todavia, eu não apresentei o trabalho delas como “algo negativo à Teoria Sintética da Evolução”: mencionei apenas que a proposta de incorporar aspectos teóricos neolamarckistas parece mais uma tentativa teórica ad hoc para livrar a cara de Darwin de redundante fracasso na explicação da origem das espécies. Vide “Evolução em quatro dimensões: por que se faz necessária uma reforma teórica em Biologia evolutiva?”.
No artigo Soft inheritance:Challenging the Modern Synthesis, Genetics and Molecular Biology, 31, 2, 389-395, 2008, Jablonka e Lamb apresentaram alguns dos mais recentes desafios à Síntese Evolutiva Moderna – especialmente a herança soft (variação que se origina no desenvolvimento e pode ser herdada – efeitos do ambiente, do uso e desuso etc.), podendo em algumas situações resultar em mudanças saltacionais reorganizando o epigenoma.
Menegídio e Rosseti, evolucionistas ortodoxos, devem saber – essas proposições são completamente incompatíveis com a Síntese Evolutiva Moderna – ela nega quaisquer papeis significantes para os processos saltacionais de Gould e Eldredge, e os neolamarckianos propostos por Jablonka e Lamb. O neutralismo de Kimura nem se fala...
Além disso, é importante destacar que Jablonka faz parte de um novo grupo de cientistas evolucionistas propondo a Terceira Via (Third Way). Conforme o site, esse grupo de dissidentes científicos do neodarwinismo surgiu porque a atual teoria evolucionária ignora muita evidência molecular contemporânea, e invoca uma série de pressuposições não substanciadas sobre a natureza acidental da variação hereditária, especialmente os processos evolucionários não darwinistas como a simbiogênese, transferência horizontal de DNA, ação do DNA móvel, e as modificações epigenéticas.
A reação desses dissidentes é mais do que cientificamente justa, pois a maioria dos evolucionistas elevou a seleção natural como a força criadora exclusiva que resolve todos os problemas evolucionários difíceis sem nenhuma base empírica. São muitos os cientistas que no século 20 apontaram a necessidade de profunda e mais completa revisão de todos os aspectos da atual teoria da evolução. Muita retórica, e quase nada de evidência corroborando a teoria da evolução de Darwin no contexto de justificação teórica.
Meus críticos afirmaram que eu não noto a Síntese Ampliada/Estendida ser uma atualização da Teoria Sintética da Evolução, com maior peso experimental, empírico e acadêmico, e que ela se firma respeitando os limites epistemológicos do método científico. Indago – como eu posso notar algo que ainda está sendo elaborado e será apresentado, se for, somente em 2020? Eu esperava para 2010... Será que eles têm alguma informação privilegiada que nós, meros mortais, não temos? Bola de cristal? Cartas de Tarô? Búzios? Entranhas de animais? Que eu saiba, ciência se faz com teorias e evidências.
O que eu posso falar hoje sobre a Síntese Evolutiva Ampliada/Estendida ser incorporada ao corpus teórico evolucionário atual, é que isso é uma patente demonstração da incapacidade epistêmica da Síntese Evolucionária Moderna resolver as anomalias surgidas em biologia do desenvolvimento, e mais o que se descobriu nas recentes pesquisas empíricas e teóricas de questões como a capacidade de evoluir, modularidade e auto-organização.
Ora, se não responde as anomalias, a Síntese Evolutiva Ampliada/Estendida será mais uma teoria ad hoc livrando Darwin do vexame de quem disse explicar a origem das espécies em 1859 e até hoje não demonstrou. Sendo a biologia do século 21 uma ciência de informação, se a Síntese Evolutiva Ampliada/Estendida não incorporar a origem da informação genética, ela será uma teoria científica natimorta... Pobre ciência.
Quanto às demarcações, não são apenas os proponentes do Design Inteligente que deploram e consideram o demarcacionismo limitante, mas entendemos que:
“Não existe uma linha de demarcação entre a ciência e a não ciência, ou entre a ciência e a pseudociência, que ganhe o assentimento da maioria dos filósofos [de ciência].” (LAUDAN 1996:210).
Ao contrário do afirmado por Menegídio e Rosseti, por razões científicas, eu considero a atualização, a descoberta e a inserção de diversos novos mecanismos evolutivos, não somente uma melhoria do paradigma científico vigente, mas a demonstração patente de que a verdade científica evolucionária de Darwin de ontem está sendo demonstrada falsa hoje. Eu considero a epigenética um fenômeno contrariando a visão de mecanismo evolucionário qua Darwin. E aqui a pergunta: afinal de contas, a evolução é darwinista ou lamarckista??? Darwin kaput e Lamarck redivivus??? Pereça tal pensamento científico infame... Só em 2020 saberemos. Será?
Na verdade, na atual teoria da evolução, são n mecanismos evolucionários de A a Z, (vai que um falhe...), pois a TE é uma teoria científica absurdamente elástica em termos de mecanismos onde até a falta de evolução comprova o fato, Fato, FATO da evolução, mesmo que sejam 2 bilhões de anos de “extrema estase evolucionária”... Vide Sulfur-cycling fossil bacteria from the1.8-Ga Duck Creek Formation provide promising evidence of evolution's nullhypothesis, J. William Schopf et al, PNAS Early Edition.
Meus críticos jovens ficaram pasmos sobre eu ter mencionado que a controvérsia entre o design inteligente e a darwinismo/evolução tem quase 25 anos, e de que Costa está em descompasso com a verdade da literatura científica especializada quando afirmou a inexistência dessa controvérsia científica. Destacaram que eu não apresentei “sequer uma literatura como referência, mesmo citando que existem várias publicações e conferências científicas”.
Pergunta insolente deste Autor – em quais universidades/escolas eles estudaram/lecionam/pesquisam? Em tempos de Google Scholar, busquei por the intelligent design vs darwinism controversy e tive um retorno de mais de 25.000 citações... Meninos, não se esqueçam, façam o dever de casa!
A Estratégia da Cunha – E daí? Tu quoque, Darwin?
Menegídio e Rosseti me imputaram ignorância histórica total do MDI ao tentar separá-lo do seu suposto ancestral, o criacionismo científico, mencionando vários livros básicos de Phillip Johnson – Darwin on TrialReason in the Balance: The Case Against Naturalism in ScienceLaw and Education e The Wedge of Truth: Splitting the Foundations of Naturalism, especialmente o Como derrotar o evolucionismo com mentes abertas, em que Johnson teria deixado nítida a semelhança dos dois movimentos.
Convém mencionar que Johnson é cristão evangélico, presbiteriano, e como tal escreveu para uma audiência leiga e cristã, expôs seu posicionamento ideológico contra o materialismo filosófico que posa como ciência, mas em nenhum momento afirmou ser a TDI semelhante ao criacionismo científico. Um momento de contraposição – Richard Dawkins, além de zoólogo evolucionista, é ateu militante, autor de vários livros defendendo o Darwinismo, declarou no seu livro O relojoeiro cego: “penso igualmente que, antes de Darwin, o ateísmo até poderia ser logicamente sustentável, mas que só depois de Darwin é possível ser um ateu intelectualmente satisfeito” (DAWKINS 2001:24-25).
Menegídio e Rosseti, ateus militantes, destacaram a subjetividade religiosa de Johnson representando a TDI como filhote do criacionismo, mas nada mencionaram sobre a subjetividade ideológica de Dawkins mencionada em um livro para leigos como sendo representativa de uma teoria científica. Uma subjetividade ateísta escancarada dessas pode? A de Johnson, não? Dois pesos, duas medidas?
Quanto a Johnson ser negacionista (eita palavrinha besta que está em moda!) da ancestralidade comum, meus críticos evolucionistas fundamentalistas deveriam saber melhor – dentro da comunidade científica, muitos cientistas também têm dificuldades com esta hipótese científica, e hipótese em ciência é diferente de fato científico, e como tal deve ser escrutinizada e testada rigorosamente. A literatura científica demonstra que Johnson está certo em ser “negacionista” da ancestralidade comum:
PATTERSON, C. et al., Congruence Between Molecular and Morphological Phylogenies, Annual Review of Ecology and Systematics, Vol. 24: 153-188 (1993). “Como morfologistas com grandes esperanças da sistemática molecular, nós terminamos esta busca com as nossas esperanças diminuídas. A congruência entre as filogenias moleculares é tão elusiva quanto é na morfologia e quanto é entre as moléculas e a morfologia.”
WOESE, C., The universal ancestor, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Vol. 95: 6854-6859 (June, 1998). “As incongruências filogenéticas podem ser vistas em toda a parte na árvore universal, desde a sua raiz até as principais ramificações dentro e entre os vários taxa até ao arranjo dos próprios grupos primários.”
CAO, Y. et al., Conflict Among Individual Mitochondrial Proteins in Resolving the Phylogeny of Eutherian Orders, Journal of Molecular Evolution, Vol. 47:307-322 (1998). Nesta pesquisa, o DNA mitocondrial foi usado para construir uma árvore filogenética para muitas ordens de mamíferos, mas os resultados entraram em choque com as expectativas do que a árvore filogenética deveria parecer. Tais conflitos entre árvores filogenéticas baseadas em moléculas são comuns e representam um desafio para a expectativa darwinista de que a vida se encaixaria em árvores hierárquicas nítidas.
MUSHEGIAN, A. R. et al., Large-Scale Taxonomic Profiling of Eukaryotic Model Organisms: A Comparison of Orthologous Proteins Encoded by the Human, Fly, Nematode, and Yeast Genomes, Genome Research, Vol. 8:590-598 (1998). MUSHEGIAN et al explicam: “proteínas diferentes geram árvores filogenéticas diferentes” quando alguém considera várias árvores evolucionárias hipotetizadas para as principais relações de grupos de animais.
LEIPE, D. D. et al., Did DNA replication evolve twice independently?, Nucleic Acids Research, Vol. 27(17): 3389-3401 (1999). Sendo o DNA importante para a vida, é surpreendente o fato de vários tipos de organismos diferentes usarem enzimas muito diferentes para replicar o DNA. A maquinaria que permite a replicação do DNA evoluiu duas vezes? Por causa da pressuposição de ancestralidade comum de todos os organismos vivos foi que os autores chamaram esta descoberta de surpreendente.
LEE, M. S. Y., Molecular phylogenies become functional, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 14(5): 177-178 (May, 1999). “A perfeição mecânica dos organismos representa evidência convincente de evolução por seleção natural, mas pode confundir simultaneamente as tentativas de inferir relações evolucionárias”.
DOOLITTLE, W. F., Phylogenetic Classification and the Universal Tree, Science, Vol. 284:2124-2128 (June 25, 1999). “Os filogenistas moleculares terão fracassado em descobrir a ‘árvore verdadeira’, não porque seus métodos sejam inadequados ou porque eles escolheram os genes errados, mas porque a história da vida não pode ser representada apropriadamente como uma árvore”.
DOOLITTLE, W. F., Uprooting the Tree of Life, Scientific American (February, 2000). A base da “Árvore da Vida” não pode ser representada como uma árvore porque a distribuição dos genes não se dá em forma de árvore: “não teria existido uma única célula que pudesse ser chamada de último ancestral comum universal”.
DOOLITTLE, W. F.; BAPTESTE, E., Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis, Proceedings of the Biological Society of Washington USA, Vol. 104 (7):2043–2049 (February 13, 2007). “Darwin afirmou que um padrão único e inclusivamente hierárquico de relações entre todos os organismos baseado em suas semelhanças e diferenças [a Árvore da Vida ] era um fato da natureza, pelo qual a evolução, e em particular um processo de ramificação de descendência com modificação, era a explicação. Todavia, não existe nenhuma evidência independente que a ordem natural seja uma hierarquia inclusiva, e a incorporação de procariotas na Árvore da Vida é especialmente problemático. As únicas séries de dados dos quais nós podemos construir uma hierarquia universal incluindo os procariotas, as sequências de genes, frequentemente discordam e dificilmente podem ser provadas como concordantes. A estrutura hierárquica sempre pode ser imposta ou extraída de tais séries de dados por algoritmos planejados para realizar isso, mas na sua base, a Árvore da Vida repousa em uma pressuposição não comprovada sobre padrão que, considerando-se o que nós conhecemos sobre processo, é improvavelmente que seja amplamente verdadeira”.
LOPEZ, P.; BAPTESTE, E., Molecular phylogeny: reconstructing the forest, Comptes Rendus Biologies, doi:10.1016/j.crvi.2008.07.003 (2008). Eles abandonam a caracterização da vida como uma “árvore” darwiniana por uma metáfora de “floresta”: “em vez de focalizar em uma árvore universal elusiva, os biólogos agora estão considerando toda a floresta correspondente aos múltiplos processos de herança, tanto vertical e horizontal. Isso se constitui o principal desafio à biologia evolucionária para os próximos anos”.
BENTON, M. J., Finding the tree of life: matching phylogenetic trees to the fossil record through the 20th century, Proceedings of the Royal Society of London B., Vol. 268:2123-2130 (2001).
SALZBERG, S. L. et al., Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, Science, Vol. 292:1903-1906 (June 8, 2001).
WILLS, M. A., The tree of life and the rock of ages: are we getting better at estimating phylogeny, Bioessays, Vol. 24:203-207 (2002).
GRAUR, D.; MARTIN, W., Reading the entrails of chickens: molecular timescales of evolution and the illusion of precision, Trends in Genetics, Vol. 20(2):80-86 (February 2004).
GLAZKO, G. et al., Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees, Gene, Vol. 346:215-219 (2005).
DAVISON, J. A., A Prescribed Evolutionary Hypothesis, Rivista di Biologia/Biology Forum, Vol. 98: 155-166 (2005).
NEWMAN, S. A., The Developmental Genetic Toolkit and the Molecular Homology-Analogy Paradox, Biological Theory, Vol. 1(1):12-16 (2006).
E eu poderia listar outras pesquisas científicas apoiando o “negacionismo” de Johnson, professor emérito de Direito da Universidade da Califórnia-Berkeley que, há duas décadas, percebeu – as noções hipotéticas tradicionais da árvore da vida darwiniana estavam sendo abandonadas por falta de substanciação evidencial. A ignorância nesta área de Menegídio e Rosseti, dois biólogos evolucionistas, e dos evolucionistas em geral, é inadmissível, abominável, execrável. Ou é uma ignorância pragmática? Esses artigos podem ser lidos gratuitamente por professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao CAPES/Periódicos.
Antes de falecer, Carl Woese lamentou não ter derrubado a hegemonia cultural de Darwin... (MAZUR 2015, cap. 15). Será que Woese era um cripto signatário da Estratégia da Cunha? Outro negacionista de Darwin?
Na leitura dos livros básicos de Johnson que este Autor fez, ele somente encontrou um tema – sua rejeição à hipótese da ancestralidade comum e nenhum posicionamento expresso sobre a idade da Terra. Embora Menegídio e Rosseti desconheçam, mas Johnson e outros teóricos e defensores da TDI (este Autor inclusive), consideram que o universo e a Terra têm bilhões de anos. Behe crê na hipótese da ancestralidade comum. Está lá no seu livro A Caixa preta de Darwin... E isso não causa arrepio nenhum no MDI.
No livro The Wedge of Truth: Splitting the Foundations of Naturalism, Johnson detalhou como rachar os fundamentos do naturalismo/materialismo filosófico, mas a “Estratégia da Cunha” (1998), não foi escrita por ele. O Center for the Renewal of Science and Culture (hoje Center for Science and Culture...), fundado em 1996 tem os seguintes objetivos:
“A missão do CRSC é o de avançar o entendimento de que os seres humanos e a natureza são o resultado de design inteligente em vez de um processo cego e não dirigido. Nós buscamos uma mudança científico-cultural de longo termo através de pesquisa científica de ponta e de erudição acadêmica; educação e treinamento de jovens líderes; comunicação ao público em geral; a defesa da liberdade acadêmica e liberdade de expressão para os cientistas, professores e estudantes”.
O documento “Estratégia da Cunha” tem que ser lido tendo por pano de fundo o levantamento de recursos financeiros para (1) apoiar as pesquisas de cientistas e outros acadêmicos críticos do neodarwinismo e por aqueles que estavam desenvolvendo a emergente teoria do Design Inteligente; e (2) explorar, de diversas maneiras, as múltiplas conexões entre a ciência e a cultura. Vide resposta detalhada: The Wedge Document –So what?
Menegídio e Rosseti, ignoram completamente os reais motivos que levaram Darwin elaborar sua teoria da evolução – a maioria dos biólogos evolucionistas também desconhece. Ronald Numbers, ex-criacionista e ex-adventista, historiador de ciência, da Universidade da Califórnia-Berkeley, cita que um dos principais objetivos de Darwin era “derrubar o dogma das criações separadas” e “por mais que nós queiramos isso, nós dificilmente podemos acompanhar o Professor Asa Gray nas suas crenças em ‘evolução divinamente guiada’”. (NUMBERS 1992:4).
Convoquemos Darwin para dizer suas reais intenções em elaborar sua teoria da evolução: “Eu tive dois objetivos distintos em vista; primeiramente, demonstrar que as espécies não tinham sido criadas separadamente, e em segundo lugar, que a seleção natural tinha sido o principal agente de mudança [evolucionária]… Se eu errei… em ter exagerado seu poder [da seleção natural]… eu, pelo menos, como espero, fiz um bom serviço em ajudar a derrubar o dogma das criações separadas”. (DARWIN 1871). The descent of man, and selection in relation to sex.
Fica patentemente claro que Darwin tinha objetivos em mente: o primeiro, religioso, o segundo, científico. Tu quoque, Darwin?
E o que dizer do X-Club, um clube secreto criado por materialistas ingleses para ajudar na propagação da teoria da evolução de Darwin e da ciência naturalista emergente? Vide The X Club and the Secret Ring: Lessons on How Behavior Analysis CanTake Over Psychology, Bruce A. Thyer.
“Huxley, Lubbock, and Half a Dozen Others”: Professionals and Gentlemen in the Formation of the X Club, 1851-1864; ‘An Influential Set of Chaps’: The X-Club and Royal Society Politics 1864–85, ambos de Ruth Barton.
Barton afirma que o X-Club tinha por objetivos comuns não somente o avanço da ciência, mas também a infiltração e o controle das instituições e sociedades científicas importantes como a Royal Society, e a proposta de minar a autoridade cultural do clero anglicano. Objetivos nobres para o avanço da ciência ou do materialismo filosófico?
E o que fazer do uso da teologia por Darwin no Origem das Espécies? Vide Charles Darwin’s use of theology in the Origin of Species, de Stephen Dilley. 

Darwin fez amplo uso de argumentação teológica em quase todo seu livro Origem das Espécies: Caps. 2, 4, 5, 6, 8, 9, 11, 12, 13, 14 e 15. Nada mal para um livro que se propunha explicar cientificamente a origem das espécies.
E o que fazer do papel da teologia na argumentação evolucionária contemporânea? Vide The role of theology in current evolutionary reasoning, de Paul A. Nelson.
E o que fazer e dizer da “Estratégiada Cunha Materialista” de Richard Lewontin? Ele fez a seguinte confissão:
“A nossa inclinação em aceitar as afirmações científicas que vão contra o senso comum é a chave para o entendimento da verdadeira luta entre a ciência e o sobrenatural. Nós ficamos do lado da ciência apesar do absurdo patente de alguns de seus construtos, apesar de seu fracasso em cumprir muitas de suas promessas extravagantes de saúde e vida, apesar da tolerância da comunidade científica para infundadas estórias da carochinha, porque nós temos um compromisso anterior, um compromisso ao materialismo. Não é que os métodos e as instituições da ciência de algum modo nos obriguem a aceitar a explicação material do mundo dos fenômenos, mas, ao contrário, que nós somos forçados pela nossa adesão a priori a causas materiais para criar um aparato de investigação e uma série de conceitos que produzem explicações materiais, não importa quão contraintuitivo, não importa quão mistificador para o não iniciado. Além disso, aquele materialismo é absoluto, pois nós não podemos permitir um pontapé divino na porta.”
E o que dizer de Francis Crick, Richard Dawkins, Ilia Prigogine, EugeneScott, Edward O. Wilson que assinaram o III Humanist Manifesto???
Menegídio e Rosseti, ateus materialistas, desde quando o materialismo é igual a ciência? Questionar motivos em vez de evidências a favor ou contra uma teoria científica tem disso: os evolucionistas também têm seus rabos ideológicos presos! Mas desavergonhadamente à mostra...
As complexidades irredutível e especificada: Darwin kaput!
Menegídio e Rosseti mencionaram ipsis litteris apenas pontos que identificam o criacionismo, mas intencionalmente deixaram de fora pontos distintos do Design Inteligente, e escolheram dois expoentes proponentes da TDI no Brasil – Marcos Eberlin (o segundo cientista brasileiro mais citado em publicações científicas e membro da Academia Brasileira de Ciências) [12] e Adauto Lourenço [12] que, baseados nas suas subjetividades religiosas e interpretações das evidências científicas apresentam o dilúvio bíblico global como fato científico, negam a ancestralidade comum e o tempo geológico em bilhões de anos. Criacionistas da Terra jovem.
Menegídio e Rosseti estão procurando chifre em cavalos, pois a TDI não aborda essas questões no seu arcabouço teórico, e nem patrulha a subjetividade religiosa e ideológica de seus membros. Isso nem faz parte do referencial heurístico da TDI. Eles ignoram que no guarda-chuva epistemológico da TDI nós temos ateus (Bradley Monton), agnósticos (David Berlinski), céticos, teístas (judeus, muçulmanos, cristãos e outras religiões) e até evolucionistas (Richard Sternberg). Para arrepiar a dupla – pelo menos dois cientistas agraciados com prêmio Nobel foram, em vida, simpatizantes da TDI: Richard Smalley (Nobel em Química, 1996) e Charles Townes (Nobel em Física, 1964).
Este fenômeno de subjetividades religiosas e ideológicas também ocorre entre os evolucionistas. Por exemplo, Kenneth Miller e Francis Collins, um católico e o outro protestante, são teístas evolucionistas. Se Michael Behe é chamado de criacionista pelos evolucionistas, como deveriam ser chamados Miller e Collins? Criacionistas teístas evolucionistas da Terra antiga???
O que me leva apresentar uma defesa apaixonada dos principais conceitos que validam a existência de design inteligente é, entre outras, a afirmação de Dawkins: o design na natureza é uma ilusão. Ora, se a declaração negativa de Dawkins é considerada científica, por que a afirmação de que o design é real na natureza não é científica?
Quem fugiu da parada – Dembski, Elsberry ou Shallit?
Menegídio e Rosseti serviram um café super requentado na discussão entre Dembski, Elsberry e Shallit sobre o conceito de complexidade especificada de Dembski: se um objeto natural for intencionalmente planejado, ele conterá altos níveis de ICE que podem ser conhecidos contando-se os bits utilizados na criação de um objeto, e que no ano de 2003, os teóricos da informação Wesley Elsberry e Jeffrey Shallit apresentaram 8 desafios no site do National Center for Science Education (NCSE) com relação a Complexidade Especificada de Dembski.
Entre os desafios, o mais simples e transparente: apresentar o cálculo de ICE de um objeto conhecidamente criado – uma bola de baseball, e outro proposto por Shallit com 5 questões sobre teoria da informação, que vão de encontro às premissas de Dembski. Menegídio e Rosseti afirmaram que “nenhum dos dois desafios foram respondidos por Dembski ou qualquer outro teórico da complexidade especificada”. Será? Nada mais falso!
Dembski cansou de responder esses desafios de Elsberry e Shallit através de réplicas públicas e de comunicações pessoais. Vide especialmente:
Outros defensores e proponentes da TDI que refutaram Shallit em várias ocasiões:
Notem o silêncio de Elsberry e Shallit – de 2003 a 2010. Estase epistemológica...
A ressurreição de Elsberry e Shallit contra Dembski se deu em 2011 com um café super requentado baseado no antigo artigo de 2003 que já tinha sido replicado por Dembski!
Menegídio e Rosseti, especialistas em literatura do DI, deixaram de mencionar o site com as pesquisas científicas de Dembski. Não mencionaram por falta de competência acadêmica em lidar com as proposições científicas de Dembski – matemática pura de alto nível. 
O termo/conceito é meu, ninguém tasca, nem usa, eu vi primeiro!
Eles levantaram a questão da originalidade do termo “complexidade especificada” por Leslie Orgel, pesquisador da origem da vida, distinguindo as coisas vivas das não vivas, tentando demonstrar a apropriação indébita do termo pelos teóricos do DI. Nada mais em descompasso com a verdade – já tínhamos reconhecido isso: a complexidade especificada é um conceito derivado da literatura científica e não é uma invenção dos teóricos do DI. E adianto – nem a ideia de complexidade irredutível é original em Michael Behe – Fred Hoyle o antecipou na sua discussão do complexo de proteína histonas. Vide seu livro  Mathematics of Evolution, de 1999.
Talvez Menegídio e Rosseti, e a maioria dos evolucionistas não saibam, mas o princípio e o termo “seleção natural” não foram descobertos por Darwin, mas por Patrick Matthew no seu livro On Naval and Timber Aboration, baseado no seu conhecimento de árvores em 1831 – ano em que Darwin partiu da Inglaterra no HMS Beagle. Após ler uma resenha do Origem das Espécies no Gardener’s Chronicle em 1860, ele enviou uma carta ao editor destacando que a teoria da seleção natural de Darwin não era novidade nenhuma, pois ele já tinha escrito quase que a mesma coisa em 1831. Darwin reconheceu o trabalho anterior e original de Matthew: ele “viu distintamente... a força total do princípio da seleção natural” na 3ª. ed. do Origem das Espécies (1861). Pelo critério de originalidade da dupla, Darwin se apropriou indevidamente do termo e conceito da seleção natural. Darwin, seu usurpador de termos e conceitos dos outros...
E agora o Prof. Dr. Mike Sutton, professor de Criminologia e Sociologia,da Escola de Ciências Sociais da Nottingham Trent University, publicou uma carta aberta à Royal Society de Londres para reconhecer a primazia de Matthew como o autor do termo e do princípio de seleção natural.
Gente, desde quando termos científicos não podem ser usados e seus conceitos estendidos? Existe agora um copyright exclusivo de termos e conceitos?
Um “design inteligente para ateus”. E daí?
Menegídio e Rosseti disseram que Orgel usou o termo complexidade especificada para as características biológicas que atualmente na ciência teriam surgidas através de um processo evolutivo, e estabelecido alguns “requisitos necessários e suficientes para qualificar uma estrutura como viva” (ORGEL 1973:164), e que ao tratar a complexidade especificada no seu livro, ele a demonstrou ser compatível e interligada com a Evolução Biológica.
Pergunta: se a complexidade especificada requer uma sequência improvável e um arranjo funcional específico, quais processos darwinistas deram origem à informação biológica? Orgel respondeu substanciando isso? Menegídio e Rosseti se habilitam? Alguém se habilita?
Quanto ao uso posterior por Paul Davies, um físico, diferentemente do afirmado por Menegídio e Rosseti, Davies falou sobre os organismos vivos serem misteriosos não somente por causa de sua complexidade, mas por sua “complexidade altamente especificada”. (DAVIES, 1999, p. 112). Bem próxima do uso consagrado por Dembski no seu livro The Design Inference, Cambridge University Press, que os especialistas em literatura da TDI omitiram ser obra  com revisão por pares! NOTA BENE 5: Revisão por pares! E pela Cambridge University, não foi pela Universidade de Itaquera, não!
Dembski não realizou total subversão das ideias de Orgel, antes transformou a análise qualitativa em análise quantitativa, pois Orgel e Davies usaram o conceito de complexidade especificada de modo flexível. Dembski, um matemático, a formalizou como um critério estatístico para identificar os efeitos da inteligência: complexidade especificada ou improbabilidade especificada. Matemática demais na TDI, matemática de menos na TE de Darwin.
Falando em matemática, a biologia evolucionária desde Darwin (1859) até hoje (2015) não é epistemologicamente matematizada:
“A honra da matemática requer que nós elaboremos uma teoria matemática da evolução, e assim provar que Darwin estava errado ou certo.” (CHAITIN 2013]
Eis aqui, Menegídio e Rosseti, alguns detalhes importantes sobre termos e conceitos na defesa do design inteligente. Num delírio alucinante, eles atribuíram a Dembski a adoção do termo de Orgel, e somente mudou sua conclusão para adequar à sua cosmovisão. Alguém me belisque: desde quando complexidade/improbabilidade especificada tem a ver com cosmovisão?
Meus críticos afirmaram ser “extremamente comum no meio do movimento do design inteligente a ausência, ou o relaxamento de delimitações no que se refere à conceituação de termos como: complexidade, complexidade biológica, informação, informação genética, fluxo de informação, algoritmos; todos apresentados sem referências cientificas, ou cujas referências foram omitidas, por serem retiradas de modelos evolutivos anteriores”.
Nossos especialistas em literatura da TDI não apresentaram sequer um exemplo pontual onde isso ocorre. Puro delírio retórico de desesperados, e em descompasso com a verdade. Somente citando Dembski: no livro The Design Inference ele explora a natureza da complexidade especificada, e no No Free Lunch, ele definiu complexidade especificada: “A coincidência da informação conceitual e física, onde a informação conceitual é tanto identificável independentemente da informação física e também da informação complexa.” (p. 141).
Menegídio e Rosseti, especialistas em literatura do DI se queixam de que não há “delimitação de quem ou o que seria o designer inteligente”. Mas isso é ontologia, e nenhuma teoria científica aborda questões ontológicas. Ou aborda? E qual é a “amplitude conceitual” da TDI?  Eles confundiram alhos com bugalhos: a TDI é uma teoria científica minimalista sobre sinais de inteligência serem detectados na natureza. A TDI não trata de aspectos ontológicos, mas de ação inteligente. Quer mais delimitação teórica do que isso? Além disso, a questão da identidade do designer permanece em aberto, assim como a causa do Big Bang permanece aberta há várias décadas. E ninguém questiona a cientificidade do modelo do Big Bang? Por que?
Se a TDI pode deixar, e tem deixado criacionistas plenamente satisfeitos, relembro aqui a Menegídio e Rosseti, ateus convictos, o que Dawkins falou sobre a teoria da evolução de Darwin:
“penso igualmente que, antes de Darwin, o ateísmo até poderia ser logicamente sustentável, mas que só depois de Darwin é possível ser um ateu intelectualmente satisfeito” (DAWKINS 2001:24-25).
A TE pode ter implicações ateístas?  Pode! Depende disso para se estabelecer como teoria científica? Não! A TDI pode ter implicações teístas? Pode! Depende disso para se estabelecer como teoria científica? Também não!
Quanto ao movimento raeliano ser apresentado como um tipo de “design inteligente para ateus”, meus críticos podem espernear à vontade – se ateus conseguem enxergar sinais de inteligência, quem somos nós para impedi-los? Se ateus como Dawkins afirmam que esses sinais de inteligência são ilusão, por que outros ateus não podem discordar de ateus como Dawkins, Menegídio e Rosseti?
Há outros ateus materialistas mais importantes que simpatizam com ideia de design inteligente, mas Menegídio e Rosseti, fugiram deles como o Diabo foge da Cruz: Thomas Nagel, professor de Filosofia da Universidade New York, autor do livro Mindand Cosmos: Why the Materialist Neo-Darwinian Conception of Nature IsAlmost Certainly False,
assim falou sobre a evolução neodarwinista e o design inteligente:
“Como eu já disse, dúvidas sobre o relato reducionista da vida vai contra o consenso científico dominante, mas aquele consenso enfrenta problemas de probabilidade que eu creio não são considerados seriamente o suficiente, tanto no que diz respeito à evolução das formas de vida através da mutação acidental e da seleção natural e a que diz respeito à formação a partir de matéria morta de sistemas físicos capazes de tal evolução. Quanto mais nós aprendemos sobre a complexidade do código genético e do seu controle desses processos químicos da vida, por mais difíceis que esses problemas pareçam...
Pensando sobre essas questões, eu tenho sido estimulado pelas críticas ao quadro científico mundial predominante de um endereço muito diferente: o ataque ao Darwinismo montado em anos recentes a partir de uma perspectiva religiosa [sic] pelos defensores do design inteligente. Muito embora escritores como Michael Behe e Stephen Meyer sejam motivados, pelo menos em parte, por suas crenças religiosas, os argumentos empíricos que eles oferecem contra a possibilidade de que a origem da vida e sua história evolucionária possam ser totalmente explicadas pela Física e Química são, em si, de grande interesse. Outro cético, David Berlinski, tem apresentado esses problemas vividamente sem referência à inferência de design. Mesmo que alguém não seja atraído para a alternativa de uma explicação pelas ações de um designer, os problemas que esses iconoclastas colocam para o consenso científico ortodoxo devem ser considerados seriamente.”
A quem interessa saber quem pariu Mateus?
A questão de originalidade e pertencimento de conceitos e termos abordados por Menegídio e Rosseti é linguisticamente interessante, mas a quem interessa saber quem pariu Mateus? Já vimos que Darwin não foi original com o termo e o conceito de seleção natural. Mas o termo ganhou projeção e destaque com Darwin. Tanto o conceito e o termo de complexidade irredutível não pertencem a Michael Behe, e embora eles não saibam, isso sempre foi reconhecido por Behe e os demais teóricos e defensores da TDI. O que importa não é tanto a originalidade de nomear, mas o que o conceito de complexidade irredutível trás de dificuldades para a evolução darwinista – não explica a origem de um “simples” flagelo bacteriano, e tem capacidade de explicar toda a diversidade e complexidade das formas biológicas? Tem? Há controvérsia!
A ideia de complexidade irredutível de Behe não é cópia do conceito apresentado por Hermann J. Muller, geneticista estadunidense, Nobel de Fisiologia ou Medicina de 1946. Segundo H. Allen Orr, Muller não usou o termo complexidade irredutível de Behe, mas irreversibilidade: você pode adicionar algo extra porque é meramente vantajoso, e uma vez que se torna essencial, você não pode removê-lo.
Na réplica de Behe à resenha de Orr, ele nem se incomodou com essa “semelhança” de conceitos. Por que? Porque a diferença entre os conceitos de Muller e Behe, é que o conceito de complexidade irredutível de Behe é para sistemas que “desde o início” exigem múltiplas partes. Se uma das partes exigidas estiver faltando, o sistema não teria funcionado “de jeito nenhum” desde o início. Não é o caso do conceito de Muller onde uma “parte A” funciona um pouquinho no início e depois alguma parte é adicionada, conforme descrito no artigo Genetic Variablity, Twin Hybrids and Constant Hybrids, in a Case of Balanced Lethal Factors, Genetics, Vol 3, Nº 5, Sept 1918.
Foi melhor para Orr não ter reivindicado a primazia desse conceito de complexidade irredutível de Muller, mesmo não conflitando com o processo evolutivo da Teoria Sintética da Evolução, pois ele é completamente diferente do conceito apresentado por Behe em 1996. Ele teria pago o maior mico de ter lido e não entendido o conceito de complexidade irredutível de Behe.
A falácia genética de criacionismo = TDI e otras cositas mais da Wikipedia
Na apologética darwinista, especialmente a amplamente divulgada na internet pela Galera dos meninos e meninas de Darwin, é comum irem à WIKIPÉDIA para copy, cut, and paste, como foi o caso desta seção do artigo de Menegídio e Rosseti. 
Eles associam escritos de criacionistas, especialmente os da Terra jovem como Henry M. Morris, por terem usados conceitos similares aos da TDI com alguma variação: “Este espectro pode ser atacado quantitativamente, usando princípios simples da probabilidade matemática. O problema é simplesmente se pode um sistema complexo, no qual muitos componentes funcionam unidos, e no qual cada componente é individualmente necessário para o funcionamento eficiente do todo, ter surgido por processos aleatórios” (MORRIS 1974).
E que em 1981, Ariel Roth, defendendo a posição da “ciência da criação” no caso de McLean vs. Arkansas, falou de “estruturas complexas integradas” não poderiam “ser funcionais a menos que todas as partes estejam ali… Como estas partes sobreviveram durante a evolução…?” (KEOUGH and GEISLER 1982:146). E daí? Criacionistas não podem fazer ciência? Newton, entre muitos cientistas de ontem e hoje, era criacionista...
Eles destacaram o que Cairns-Smith escreveu em 1986 sobre a interconexão: “Como pode uma colaboração complexa entre componentes evoluir em pequenos passos?” Sua analogia da estrutura – centralização foi usada para construir um arco, sendo removida depois: “Com certeza houve ‘centralização’. Antes que os múltiplos componentes da bioquímica atual possam curvar-se sozinhos ela deve primeiro curvar-se sobre outra coisa” (CAIRNS-SMITH 1986:39, 59-64).
O argumento de Cairns-Smith é válido até certo ponto – que a evolução gradual pode remover partes além de adicioná-las. Os teóricos do DI perguntam – vocês podem nos dar um exemplo biológico análogo de “arco” ou andaime? Estamos esperando desde 1986 Cairns-Smith fornecer este exemplo. Quem sabe Menegídio e Rosseti fornecem um exemplo real e relevante disso...
Para complicar mais ainda, é preciso considerar a definição de complexidade irredutível de Behe: ela não somente requer apenas uma parte, mas “diversas partes bem combinadas que interagem”. Mesmo que a remoção de partes do andaime/apoio resulte em um sistema de complexidade irredutível, seria necessário construir o andaime. Behe pergunta: como a evolução não guiada constrói o andaime adicionando partes? Se Cairns-Smith não respondeu, quem sabe Menegídio e Rosseti respondem...
Mencionarm também uma dissertação apoiando o criacionismo publicada em 1994 onde os flagelos bacterianos foram apresentados como “componentes múltiplos e integrados”, onde “nada neles funciona a menos que todos seus complexos componentes estejam juntos” e pediu ao leitor que “imagine os efeitos da seleção natural nestes organismos que tenham fortuitamente evoluído o flagelo… sem os mecanismos de controle concomitantes [sic]” LUMSDEN 1994:13-22.
O que há de errado cientificamente com a observação do pesquisador? E o fazer perguntas?  Agora está proibido fazer perguntas em ciência? Síndrome do soldadinho de chumbo – todo mundo pensando igual e ninguém pensando em nada???
Continuando com a prática nefanda de copy, cut and paste da WIKIPÉDIA, Menegídio e Rosseti, não satisfeitos, trouxeram à baila um conceito anterior de sistemas irredutivelmente complexos de Ludwig von Bertalanffy, um biólogo austríaco do século 20: sistemas complexos deveriam ser examinados como sistemas completos e irredutíveis para se compreender seu funcionamento, e que  estendeu seu trabalho sobre complexidade biológica em uma Teoria Geral de Sistemas (TGS) no livro General System Theory (Teoria Geral de Sistemas), mas após James Watson e Francis Crick terem publicado a estrutura do DNA no início da década de 1950, a TGS perdeu muitos seguidores nas ciências físicas e biológicas, mas permaneceu popular nas ciências sociais mesmo tendo sido abandonada nas ciências físicas e biológicas. (VON BERTALANFY 1952:148).
Sinal que a complexidade irredutível já era visível para alguns cientistas evolucionistas. O que poderia ter impedido o avanço científico nesta área? A turma nefasta do DI que impede o avanço da ciência ou dos darwinistas???
Para pôr um ponto final nessa pendenga de quem pariu Mateus, oops quem cunhou a expressão/conceito de complexidade irredutível foi Michael J. Katz, biólogo teórico, no seu livro Templets and the explanation of complex patterns, pela Cambridge University Press, de 1986:
“No mundo natural existem muitos sistemas de montagens padrões para os quais não há uma simples explicação. Existem explicações científica úteis para esses sistemas complexos, mas os padrões finais que eles produzem são tão heterogêneos que eles não podem efetivamente ser reduzidos a componentes predecessores cada vez menores ou menos intricados. Como eu argumentarei nos caps. 7 e 8, esses padrões são, em um sentido fundamental, irredutivelmente complexos...” (p. 26-27)
Um sistema “irredutivelmente complexo”: uma pedra no sapato de Darwin
Menegídio e Rosseti afirmaram, via WIKIPÉDIA, que o argumento da complexidade irredutível de Behe foi apresentado pela primeira vez em junho de 1993, na reunião do “grupo de professores Johnson-Behe”, em Pajaro Dunes, Califórnia, nos primeiros dias do “movimento da cunha”, sendo seu argumento publicado no livro criacionista Of Pandas and People, na seção “Excursion Chapter 6: Biochemical Similarities”. E daí? Ninguém pode contribuir com um capítulo para um livro?
Muller e Cairns-Smith nunca alegaram que suas ideias eram evidências de algo sobrenatural ou a atuação de um designer, muito menos os teóricos da TDI falam de sobrenatural e designer, mas de sinais de inteligência.
Menegídio e Rosseti mencionaram o sistema de coagulação sanguíneo, mas não atribuíram o autor. Eu presumo que eles se basearam em Kenneth Miller, pois é muito semelhante a argumentação - o maquinário molecular responsável pelo sistema de coagulação sanguíneo pode ser entendido como resultado da evolução do sistema imunológico rastreado desde os invertebrados, como acúmulo de genes homólogos com vertebrados, e por não ser irredutivelmente complexo já que seu mau funcionamento não implica necessariamente na morte do indivíduo, e que a melhor evidência são os tipos relativamente comuns de Hemofilia, tipo A e B, que correspondem a deficiências em fatores bioquímicos chaves da coagulação, e que podem ser explicados por genética básica mendeliana.
Behe argumenta que vertebrados terrestres têm dois caminhos diferentes pelos quais a cascata de coagulação sanguínea pode ser iniciada – a via “intrínseca” e a via “extrínseca”. (Pode have alguma passagem entre as duas vias) Os estágios finais da cascata de coagulação sanguínea podem ocorrer após uma ou outra via alcançar o fator X, também chamado de fator de Stuart. Esses estágios finais da cascata são os que Behe chama de “além da bifurcação” ou “após a bifurcação”.
No livro A Caixa Preta de Darwin, Behe especificamente declarou que seu argumento de complexidade irredutível dizia respeito somente “após a bifurcação” onde as cascatas intrínseca e extrínseca convergem:
“Deixando de lado o sistema antes da bifurcação na via antes da bifurcação na via, etapa em que alguns detalhes são menos conhecidos, o sistema de coagulação ajusta-se à definição de complexidade irredutível. … Os componentes do sistema (depois da bifurcação) são o fibrinogênio, a protrombina, o fator de Stuart, e a proacelerina. … na ausência de qualquer um dos componentes, o sangue não coagula e o sistema entra em pane”. (BEHE 1997:92-93)
Assim sendo, Miller não refutou o argumento de Behe, pois Miller somente apresentou evidências de alguns vertebrados (como golfinhos e peixes com mandíbulas) que não têm certos componentes envolvidos na via intrínseca (fatores XI, XII, e XIIA) encontrados em vertebrados terrestres.
Menegídio e Rosseti estão em descompasso com a verdade (uma forma elegante de chamá-los de mentirosos) sobre Behe, ao ser questionado pelo advogado Eric Rostchild no julgamento de Dover – sobre a leitura de livros técnicos (sic) sobre a origem e evolução do sistema imunológico, assume que não havia consultado tal literatura. Como mentira tem pernas curtas, reproduzo o diálogo real entre Rotschild e Behe:
Rotschild: É esta a sua posição hoje de que esses artigos (sic, não livros técnicos) não são bons o suficiente, que você precisa de uma descrição passo a passo?
Behe: Esses artigos são artigos excelentes eu presumo. Todavia, eles não abordam a questão que eu estou colocando. Então não é que eles não sejam bons o suficiente. É simplesmente que eles são direcionados para um assunto diferente.
A nova definição de Behe de complexidade irredutível, Menegídio e Rosseti, os verdadeiros cientistas, sabem que em ciência isso é normal, tem nada a ver com livrar-se das críticas apontadas por Cavalier-Smith, mas devido à ambiguidade destacada por H. Allen Orr em resenha citada na réplica deles. Antes, e para o arrepio dos darwinistas, a nova definição é uma definição “evolucionária” a ser confirmada: um processo evolucionário de complexidade é aquele que contém uma ou mais etapas não selecionadas (isto é, uma ou mais mutações necessárias, mas não selecionadas). Com isso, o grau de complexidade irredutível é o número de etapas não selecionadas no processo.
Esta nova definição, e Menegídio e Rosseti ficaram sabendo aqui, tem a vantagem de promover pesquisas; de declarar nitidamente processos evolucionários detalhados; medir os recursos probabilísticos; calcular as taxas de mutação; determinar se uma determinada etapa é selecionada ou não. Além disso, ela permite a proposição de qualquer cenário evolucionário que um darwinista (ou outros) queira submeter, pedindo apenas que seja detalhado o bastante de modo que parâmetros relevantes possam ser calculados.
Se a improbabilidade do processo exceder os recursos probabilísticos disponíveis (aproximadamente o número de organismos ao longo do tempo relevante no ramo filogenético relevante) então o Darwinismo será considerado uma explicação improvável e o design inteligente uma explicação provável. Simples assim, mas os especialistas em literatura do design inteligente desconheciam completamente...
Eles dizem que me esqueci das novas críticas em diversos artigos peer-reviewed, mas Menegídio e Rosseti e nenhum evolucionista podem sequer mencionar apenas um artigo na literatura científica apresentando um cenário darwinista detalhado ou de experimentos que demonstrem como que a seleção natural ou quaisquer mecanismos evolucionários puderam ter construído um sistema de complexidade irredutível.
Jame A. Shapiro, um microbiologista evolucionista, da Universidade de Chicago declarou: “Não existem relatos darwinistas detalhados para a evolução de qualquer sistema fundamental bioquímico ou celular, somente uma variedade de especulações fantasiosas.” (SHAPIRO 1996). Jerry Coyne, biólogo evolucionista, também da Universidade de Chicago, afirmou: “Não há dúvida de que os processos descritos por Behe são impressionantemente complexos, e a sua evolução vai ser difícil de se desvendar... Nós podemos ser para sempre incapazes de imaginar os primeiros protoprocessos.” (COYNE 1996).
Estamos em 2015, e o desafio de Behe para os darwinistas é este: Escolha uma espécie de bactéria apropriada, silencie os genes do seu flagelo, coloque a bactéria sobre pressão seletiva (de mobilidade, digamos), e experimentalmente produza um flagelo – ou qualquer sistema complexo idêntico – no laboratório. Afinal de contas, um flagelo bacteriano tem em média 30-40 genes, e seria muito fácil para a seleção natural reprojetar rapidamente. Menegídio e Rosseti aceitem o desafio e assim derrubem de vez a complexidade irredutível de Behe!  
Apesar da crítica de Douglas Theobald (The Mullerian Two-Step: Add a part, make it necessary or, Why Behe’s ‘Irreducible Complexity’ is silly, publicada em um site em 18 de julho de 2007), baseada em Muller, ser bastante conhecida, a solução dele com apenas “dois passos básicos” para evoluir um sistema irredutivelmente complexo a la Darwin, de adicionar uma parte, depois torne-a necessária, e que depois das duas etapas, a remoção da parte vai destruir a função, e o sistema seria produzido direta e gradualmente de um simples precursor funcional. Behe alega ser impossível isso.
Razões por que a crítica de Theobald é irrelevante. Por várias razões. O exemplo dele é teleologia pura – adicionar uma parte que antes não era necessária e depois se torna necessária. Isso não é Darwinismo, isso é Design Inteligente. Vamos detalhar as duas etapas mullerianas – um processo que aleatoriamente remove tijolos de uma parede vai focar agora em uma ponte na mesma base que focou nos outros tijolos. À medida em que o tempo passa, a probabilidade de a ponte ser destruída aumenta.
Lembre-se, o processo evolucionário darwinista supostamente resulta em mais e mais sistemas serem criados com o passar do tempo. É como se mais paredes surgissem plenamente formadas prontas para terem seus tijolos removidos. Quanto mais complexidade irredutível for empilhada na parede, é grande a probabilidade de que toda a estrutura irá desmoronar. Desde 2007 esperamos algum evolucionista apresentar esse sistema. O que parece uma grande crítica, é na verdade, irrelevante. Menegídio e Rosseti conhecem algum sistema biológico que corresponda à analogia da ponte de tijolos?
É improcedente a análise de que os dois principais argumentos favor do DI tenham sido cooptados de conceitos existentes na literatura científica e mudados nas suas conclusões adicionando-se um designer inteligente. Esses especialistas na literatura do DI, estão adulterando o corpus teórico da TDI que não fala em designer, mas em sinais de design inteligente. Menegídio e Rosseti deliraram em afirmar que historicamente os conceitos tinham total ligação com a evolução biológica, perdida com a apropriação por criacionistas e posteriormente por proponentes do design inteligente. Nada mais falso!
Menegídio e Rosseti disseram que na minha sede de apresentar “pelo menos uma evidencia favorável a seu movimento”, cometi gafes e demonstrei desconhecimento das publicações mais recentes na área científica que tentei apresentar. Vamos verificar essa imputação espúria.
As pesquisas experimentais identificando mais de 30 proteínas necessárias para o funcionamento pleno de um flagelo é MINNICH, Scott. Transcript of Testimony of Scott Minnich, pp. 103-112, Kitzmiller et al. v. Dover Area School Board, No. 4:04-CV-2688 (M.D. Pa., Nov. 3, 2005). O motor flagelar não é o tipo de estrutura que alguém possa absolutamente vislumbrar possa ser produzido de modo lento e gradual darwinista:
“Uma mutação, uma parte removida, ele não pode nadar. Ponha de volta aquele gene e nós restauramos a mobilidade. A mesma coisa aqui. Nós colocamos, removemos uma parte, colocamos de volta uma boa cópia do gene, e eles podem nadar. Por definição, o sistema é irredutivelmente complexo. Nós fizemos isso com todos os 35 componentes do flagelo, e nós obtivemos o mesmo efeito” (MINNICH, 2005). Experiências feitas no flagelo bacteriano em E. coli S. typhimurium.] e o artigo de Robert M. Macnab, “Flagella,” in Escheria Coli and Salmonella Typhimurium: Cellular and Molecular Biology vol. 1, pp. 73-74, Frederick C. Neidhart, John L. Ingraham, K. Brooks Low, Boris Magasanik, Moselio Schaechter, and H. Edwin Umbarger, eds., Washington D.C.: American Society for Microbiology, 1987, dá suporte a isso.
Eu citei PALLEN e MATZKE 2006: “... a comunidade de pesquisa do flagelo mal começou a considerar como que esses sistemas evoluíram”, porque li, entendi o artigo deles, e sua extensa tabela, e foram eles que disseram ser o atual status da comunidade científica em relação à evolução do flagelo bacteriano. Sem dúvida que na extensa tabela 23 proteínas foram classificadas como indispensáveis para o funcionamento de um flagelo “moderno”, (55%) de um total de 42 proteínas, e 15 proteínas são únicas, sem homólogos conhecidos, e teríamos apenas 2 proteínas tidas como indispensáveis e únicas no funcionamento do flagelo – 5% das 42 proteínas, e que isso seria um quadro muito diferente do exibido pelos teóricos da TDI.
No meu artigo eu ignorei de propósito o abstract de Pallen e Matzke (2006). “From The Origin of Species to the origin of bacterial flagella” Nature Reviews Microbiology, 4(10), 784-790. October 2006 [Link] porque queria que ele fosse percebido e mencionado na réplica de Costa, que não veio, para destacar duas coisas:
“No recente julgamento de Dover, e em outros lugares, o movimento do ‘Design Inteligente’ tem defendido o flagelo bacteriano como um sistema de complexidade irredutível que, é reivindicado, não poderia ter evoluído através da seleção natural. Aqui nós exploramos os argumentos em favor da opinião de considerar o flagelo bacteriano como evoluído, em vez de entidades intencionalmente planejadas. Nós descartamos (sic) a necessidade de quaisquer grandes saltos conceituais em criar um modelo de evolução flagelar e especulamos (sic) como que um programa experimental focalizado neste tópico possa parecer.” (Ênfases deste Autor). NOTA BENE 6: Descartamos a necessidade de saltos conceituais e especulamos como que um programa experimental possa parecer.
Que tipo de artigo Pallen e Matzke escreveram? Foi um review article (fonte secundária, escrito sobre outros artigos e não reporta pesquisa original do autor) em vez de um research study (fonte primária reportando o método e os resultados de um estudo original realizado pelos autores). Eles responderam ao desafio de Behe em 1996?
Behe afirmou – não existe nenhum artigo com revisão por pares em quaisquer publicações científicas relevante sobre uma explicação gradual darwinista explicando a evolução do flagelo bacteriano. Pallen e Matzke mencionaram algum artigo no review article deles? Nenhum. Nil. Zero! E depois de quase 10 anos os darwinistas conseguiram apenas escrever um review article? Eles apenas propuseram como que um pesquisador deve conduzir uma pesquisa sobre como a evolução poderia ter produzido a complexidade irredutível de um flagelo bacteriano.
Enfim, o artigo de Pallen e Matzke nada mais é do que a patente admissão de que Behe estava certo o tempo todo. Quase uma década após o artigo deles, tempo suficiente para pesquisas serem realizadas, e não existe nenhuma. Quem sabe esperar mais uma década, daqui a cem anos, ou um milênio depois…
E para refutar a complexidade irredutível basta que um cientista demonstre experimentalmente que um flagelo bacteriano, ou quaisquer outros sistemas comparavelmente complexos possa surgir pela seleção natural. Simples assim, mais complexo demais para Darwin e discípulos. Menegídio e Rosseti, topam esse desafio? Antes, leiam este artigo:
A inegável e indefensável existência da controvérsia entre evolução-design inteligente
Menegídio e Rosseti estão desatualizados na literatura científica sobre a controvérsia evolução-design inteligente: ela não é “baseada em reinterpretações de resultados de artigos científicos, textos interpretados ao bel-prazer e apropriações de termos científicos muito bem definidos que foram subvertidos para se adequar a uma resposta a priori”, mas nos diversos artigos escritos por darwinistas, teóricos e defensores do design inteligente.
A controvérsia evolução-design inteligente não se resumiu mencionar o documento A Scientific Dissent from Darwinism e extrapolar seu foco: deveria ter mencionado que ele estabeleceu um marco da existência de uma controvérsia sobre a teoria da evolução de Darwin motivada por questões estritamente científicas que é amplamente negada pelos darwinistas.
Menegídio e Rosseti, especialistas na literatura do Design Inteligente, deveriam saber mais sobre esta controvérsia que ganhou as páginas de renomadas publicações científicas como The American Biology Teacher, BIOS, BioScience, Biosystems, Evolution, Genetics, Integrative and Comparative Biology, Integrative Physiological and Behavioral Science, Journal of Statistical Physics, Nature, Palaios, Philosophy of Science, Physics in Perspective, Quarterly Review of Biology, Science, Trends in Ecology and Evolution entre outras, inclusive as citadas por eles. Disfunção cognitiva ou retórica vazia? Essas publicações não estão a soldo do Discovery Institute. E estão ao alcance de quaisquer pesquisadores com acesso ao CAPES/Periódicos: mais de 37 mil periódicos.
As evidências para o design inteligente não são simples apropriações e subversão de conceitos já usados por criacionistas e evolucionistas, muito menos o repaginamento do relógio de Paley, pois quem motivou Behe na busca pela complexidade irredutível de sistemas biológicos foi Darwin:
“Se pudesse ser demonstrada a existência de qualquer órgão complexo que não poderia ter sido formado por numerosas, sucessivas e ligeiras modificações, minha teoria desmoronaria por completo.” (DARWIN 1872).
Não tentei nublar diversas evidências sobre a evolução biológica – Darwin acertou no varejo, e errou no atacado! E as evidências concretas a favor do design inteligente foram claramente apresentadas: sinais de inteligência são empiricamente detectadas na natureza quando encontrarmos complexidade especificada e complexidade irredutível. Exemplificar o livro Como derrotar o evolucionismo com mentes abertas, de Phillip E. Johnson, como ligação histórica do design inteligente com o criacionismo é cometer falácia genética.
Concluo com três citações, uma de David Berlinski, um agnóstico, matemático, simpatizante da TDI, sobre os poderes transmutacionistas da teoria da evolução de Darwin:
“Não é impossível transformar uma barra de metal em ouro – é apenas muito difícil. Da alquimia para a teoria atômica há uma progressão governada em parte por um parâmetro deslizante, um medindo a dificuldade da transmutação atômica. Os antigos achavam fácil, os modernos acham difícil. Na biologia evolucionária, é ao contrário.”
Outra de Thomas Huxley sobre Richard Owen, parodiando o texto de Dryden em que Alexandre, o Grande, embriagado, luta novamente suas batalhas durante um monólogo:
“E três vezes ele derrotou todos os seus inimigos, e três vezes ele matou o morto” – a vida é muito curta para alguém se ocupar em matar o morto mais do que duas vezes.
E finalmente, três linhas de um poema de Robert Frost (1874-1963), The Road Not Taken (A estrada que não foi viajada)
Duas estradas divergiam em uma floresta, e eu —    
Eu peguei a estrada menos viajada,     
E isso fez toda a diferença.
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Carpe diem!
Enézio E. de Almeida Filho é professor e pesquisador em História da Ciência, Mestre em História da Ciência, Pontifícia Universidade Católica, São Paulo, 2008.
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BIBLIOGRAFIA
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NOTA DESTE BLOGGER: 

Esta réplica foi enviada ao Observatório da Imprensa para publicação no dia 02/03/2015 às 22:50:41. Menegídio passou a ser um frequente contribuinte no OI...

Finalmente publicado no Observatório da Imprensa.