Biology Letters: edição especial sobre evolução experimental - artigos gratuitos

quarta-feira, outubro 31, 2012

Biology Letters Special Feature 2013

All articles in this special feature are FREE TO ACCESS online

Experimental Evolution

Recent decades have seen a significant rise in studies in which evolution is observed and analysed directly - as it happens — under replicated, controlled conditions. Such 'experimental evolution' approaches offer a degree of resolution of evolutionary processes and their underlying genetics that is difficult or even impossible to achieve in more traditional comparative and retrospective analyses. In principle, experimental populations can be monitored for phenotypic and genetic changes with any desired level of replication and measurement precision, facilitating progress on fundamental and previously unresolved questions in evolutionary biology. This special feature brings together 10 invited papers in which experimental evolution is making significant progress on a variety of fundamental questions.

Feature Articles

Introduction - As it happens: current directions in experimental evolution
by Thomas Bataillon, Paul Joyce and Paul Sniegowski

Temperature, stress and spontaneous mutation in Caenorhabditis briggsae and Caenorhabditis elegans
by Chikako Matsuba, Dejerianne G. Ostrow, Matthew P. Salomon, Amit Tolani and Charles F. Baer

Mutational effects depend on ploidy level: all else is not equal
by Aleeza Gerstein

Genetic background affects epistatic interactions between two beneficial mutations
by Yinhua Wang, Carolina Díaz Arenas, Daniel M. Stoebel and Tim F. Cooper

Epistasis between mutations is host-dependent for an RNA virus
by Jasna Lalic and Santiago F. Elena

The role of 'soaking' in spiteful toxin production in Pseudomonas aeruginosa
by R. Fredrik Inglis, Alex R. Hall and Angus Buckling

Experimental evolution of multicellularity using microbial pseudo-organisms
by David C. Queller and Joan E. Strassmann

Model and test in a fungus of the probability that beneficial mutations survive drift
by Danna R. Gifford, J. Arjan G. M. de Visser and Lindi M. Wahl

Evolution of clonal populations approaching a fitness peak
by Isabel Gordo and Paulo R. A. Campos

Evolutionary rescue of a green alga kept in the dark
by Graham Bell

Competition and the origins of novelty: experimental evolution of niche-width expansion in a virus
by Lisa M. Bono, Catharine L. Gensel, David W. Pfennig and Christina L. Burch

Related Content

'Genomics of Adaptation' Guest Edited by Professor Jacek Radwan and Dr Wiesław Babik

Expelled - No intelligence allowed (legendado em Português) 1-10


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Expelled - No intelligence allowed [Expulsos - Não se permite inteligência] é o documentário de Ben Stein entrevistando cientistas e acadêmicos sobre a teoria da evolução de Darwin através da seleção natural. 

Neste documentário é narrada a saga dos cientistas que ousaram criticar cientificamente o status epistêmico da Síntese Evolutiva Moderna no contexto de justificação teórica, e o modus operandi da Nomenklatura científica contra os dissidentes de Darwin: foram expulsos das universidades ou tiveram suas carreiras acadêmicas tolhidas pela perseguição e patrulhamento ideológico.

E ainda têm a cara de pau de dizer que na ciência é livre o debate das ideias. Nada mais falso!!!

Sigam os demais episódios aqui mesmo através do YouTube. 

Site biográfico de Phillip E. Johnson, o Godfather do Design Inteligente

terça-feira, outubro 30, 2012


Há uns 20 anos atrás, Phillip E. Johnson, professor de Direito da Universidade da Califórnia, campus de Berkeley (por que alunos e professores radicais existem nesse campus???), escreveu o livro Darwin no banco dos réus, causando furor na Academia porque expunha o estado falimentar da teoria da evolução de Darwin através da seleção natural.

Um site dedicado à obra de Phillip E. Johnson, o Godfather do Design Inteligente, com uma pequena biografia, livros, artigos e multimídia (em inglês) se encontra aqui. Eu recomendo o acesso a este site! Aí a Galera dos meninos e meninas de Darwin pira, manos!

O limite da evolução - Michael Behe

sexta-feira, outubro 26, 2012

O sistema imunológico secreto da célula: mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente?




Source/Fonte: BBC


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NOTA DESTE BLOGGER:


Desconheço na literatura especializada quem tenha explicado através de processos gradualistas darwinianos como que surgiu e evoluiu este sistema imunológico da célula...

Dr. Michael Behe e Enézio E. de Almeida Filho


Depois de 15 anos trocando e-mails, finalmente conheci pessoalmente ao Dr. Michael J. Behe, a quem devo, após ponderadas considerações e leitura objetiva do seu livro A caixa preta de Darwin: o desafio da bioquímica à teoria da evolução, reconhecer a falência epistêmica da teoria da evolução de Darwin através da seleção natural, e abraçar as proposições da teoria do Design Inteligente. (Foto tirada no Auditório Ruy Barbosa, na Universidade Presbiteriana Mackenzie, São Paulo, em 24/10/2012, no IV Simpósio Internacional Darwinismo Hoje, onde dei uma oficina sobre a TDI ser uma teoria porque se submete ao contexto de verificação teórica.

O silêncio da Grande Mídia sobre Michael Behe no Brasil

Nos dias 22-24 de outubro de 2012 foi realizado na Universidade Presbiteriana Mackenzie, o IV Simpósio Internacional Darwinismo Hoje que teve como palestrante principal o Dr. Michael Behe, professor de Bioquímica da Universidade Lehigh, Bethlehem, PA, Estados Unidos, um dos principais teóricos e exponentes da teoria da teoria do Design Inteligente. Os demais palestrantes foram: Prof. Dr. Aldo Mellender de Araújo (UFRGS), Prof. Ms. Eduardo Rodrigues da Cruz (PUC-SP), Prof. Dr. Marcos Nogueira Eberlin (Unicamp) e o Prof. Dr. Gildo M. dos Santos Filho (USP-SP). 

O Dr. Behe é autor do livro A caixa preta de Darwin: o desafio da bioquímica à teoria da evolução (Rio de Janeiro, Zahar Editor, 1997), um livro que causou furor na Nomenklatura científica por demonstrar bioquimicamente a falência epistêmica da teoria da evolução preconizada por Darwin, e isso no contexto de justificação teórica. Mais de 300 mil exemplares vendidos só nos Estados Unidos. Aqui no Brasil também teve boas vendas.

A presença de um crítico e oponente de Darwin do nível de Behe no Brasil mereceria ser divulgado. Foi o que fez a Universidade Presbiteriana Mackenzie através de sua secretaria de Comunicação Pública que publicou/enviou comunicado à imprensa sobre o ilustre palestrante. Não vi nenhum jornalista da Grande Mídia, de jornais como a Folha de São Paulo, O Estado de São Paulo e nem das grandes revistas como a VEJA e ÉPOCA, neste evento.

Bem, se esses meios de informação não puderam deslocar seus grandes jornalistas para cobrir um evento desses com a presença de um polêmico e controverso autor como Michael Behe, você esperaria, pelo menos para responder ao comunicado feito à imprensa, que uma pequena nota desse destaque à presença desse palestrante crítico de Darwin. 

Uma busca no Google sobre Michael Behe no Brasil, deu as seguintes respostas:





Nihil, Nada de nota! Certa vez destaquei no artigo "Desnudando Darwin: ciência  ou ideologia - ou A relação incestuosa da mídia brasileira com a Nomenklatura científica", publicado no Observatório da Imprensa em 20/12/1998 (o link não funciona por que???) que, quando a questão é Darwin, a Grande Mídia silencia os críticos e oponentes, assim como a Nomenklatura científica persegue e destrói carreiras acadêmicas ou até a graduação de alunos anti-evolucionistas.

E ainda assim, a Grande Mídia tupiniquim arrota aos quatro cantos que é uma imprensa livre, independente, objetiva e investigativa. Nada mais falso que uma nota de R$ 3,00, desconsiderando-se alguns indivíduos como Reinaldo Azevedo e uns poucos. O resto dorme na cama junto com Darwin...

Fui, nem sei por que, pensando que uma prostituta é muito mais confiável do que determinados setores da Grande Mídia em Pindorama! 

A caixa preta de Darwin, Design Inteligente na base da vida - Dr. Michael Behe

quinta-feira, outubro 25, 2012

Evolução neural construtiva: a falência epistêmica da teoria da evolução de Darwin no contexto de justificação teórica continua...

Constructive neutral evolution: exploring evolutionary theory's curious disconnect

Arlin Stoltzfus

Email: arlin@umd.edu

Institute for Bioscience and Biotechnology Research, 9600 Gudelsky Drive, 
Rockville, MD 20850, USA

Biochemical Science Division, NIST, 100 Bureau Drive, Gaithersburg, MD 
20899, USA
*
Corresponding author. Institute for Bioscience and Biotechnology Research, 
9600 Gudelsky Drive, Rockville, MD 20850, USA

Abstract

Constructive neutral evolution (CNE) suggests that neutral evolution may follow a stepwise path to extravagance. Whether or not CNE is common, the mere possibility raises provocative questions about causation: in classical neo-Darwinian thinking, selection is the sole source of creativity and direction, the only force that can cause trends or build complex features. However, much of contemporary evolutionary genetics departs from the conception of evolution underlying neo-Darwinism, resulting in a widening gap between what formal models allow, and what the prevailing view of the causes of evolution suggests. In particular, a mutationist conception of evolution as a 2-step origin-fixation process has been a source of theoretical innovation for 40 years, appearing not only in the Neutral Theory, but also in recent breakthroughs in modeling adaptation (the ―mutational landscape‖ model), and in practical software for sequence analysis. In this conception, mutation is not a source of raw materials, but an agent that introduces novelty, while selection is not an agent that shapes features, but a stochastic sieve. This view, which now lays claim to important theoretical, experimental, and practical results, demands our attention. CNE provides a way to explore its most significant implications about the role of variation in evolution.

Reviewers
Alex Kondrashov, Eugene Koonin and Johann Peter Gogarten reviewed this article.

Keywords
Evolutionary theory, Constructive neutral evolution, Neo-Darwinism, Mutation, Evolutionary genetics, Mutation bias, Modern Synthesis


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NOTA DESTE BLOGGER:

O livro famoso de Darwin não deveria se chamar Origem das espécies, porque o guru de Down não entregou o que se propôs explicar - a origem das espécies. Deveria ser chamar Origem das variações, já que Darwin discutiu muito sobre isso, mas também não entregaria o que tanto discutiu - ele reconheceu ter profunda ignorância sobre como se dá a variação genética. 

E onde fica agora o mantra do fato, FATO, FATO da evolução, pois estamos em 2012, os teóricos darwinistas estão a mil por hora elaborando teorias ad hoc para livrar a cara de Darwin da vergonha epistêmica, e nós vamos ter que esperar sentados, pois a Síntese Evolutiva Ampliada (ou Extendida como preferem os darwinistas) somente será anunciada à comunidade científica e ao público em 2020...

Espera aí, não ensinam nas universidades que a ciência abomina o vazio epistêmico? Se a Síntese Evolutiva Moderna já foi para a lata do lixo da História da Ciência, sob qual referencial teórico os que praticam ciência normal estão fazendo biologia evolucionária? Alakazam? Abracadabra? Puf?

Fui nem, sei por que, querendo ver a reação do Charbel Niño El-Hani, coordenador do Grupo de Pesquisa em História, Filosofia e Ensino de Ciências Biológicas, no Instituto de Biologia, UFBA, meu amigo, que após uma palestra que dei sobre o Design Inteligente, me disse, com tom de solene advertência: "Enézio, você embarcou numa canoa furada!" E eu lhe respondi: "Eu estou apostando todas as minhas fichas no cavalo do Design Inteligente!"

Pano rápido...



Populações do Norte de África portam a assinatura da mistura com neandertais

sexta-feira, outubro 19, 2012

North African Populations Carry the Signature of Admixture with Neandertals

Federico Sánchez-Quinto1#, Laura R. Botigué1#, Sergi Civit3, Conxita Arenas3, María C. Ávila-Arcos4, Carlos D. Bustamante2, David Comas1¶, Carles Lalueza-Fox1¶*

1 Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-Universitat Pompeu Fabra), Barcelona, Spain, 2 Department of Genetics, Stanford University, Stanford, California, United States of America, 3 Departament d'Estadística, Universitat de Barcelona, Barcelona, Spain, 4 Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark

Abstract

One of the main findings derived from the analysis of the Neandertal genome was the evidence for admixture between Neandertals and non-African modern humans. An alternative scenario is that the ancestral population of non-Africans was closer to Neandertals than to Africans because of ancient population substructure. Thus, the study of North African populations is crucial for testing both hypotheses. We analyzed a total of 780,000 SNPs in 125 individuals representing seven different North African locations and searched for their ancestral/derived state in comparison to different human populations and Neandertals. We found that North African populations have a significant excess of derived alleles shared with Neandertals, when compared to sub-Saharan Africans. This excess is similar to that found in non-African humans, a fact that can be interpreted as a sign of Neandertal admixture. Furthermore, the Neandertal's genetic signal is higher in populations with a local, pre-Neolithic North African ancestry. Therefore, the detected ancient admixture is not due to recent Near Eastern or European migrations. Sub-Saharan populations are the only ones not affected by the admixture event with Neandertals.

Citation: Sánchez-Quinto F, Botigué LR, Civit S, Arenas C, Ávila-Arcos MC, et al. (2012) North African Populations Carry the Signature of Admixture with Neandertals. PLoS ONE 7(10): e47765. doi:10.1371/journal.pone.0047765

Editor: David Caramelli, University of Florence, Italy

Received: July 17, 2012; Accepted: September 20, 2012; Published: October 17, 2012

Copyright: © 2012 Sánchez-Quinto et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: FS-Q, SC, CA and CL-F are supported by a grant from the Ministerio de Ciencia e Innovación of Spain (BFU2009-06974) and CGL2010-14944/BOS. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

* E-mail: carles.lalueza@upf.edu

# These authors contributed equally to this work.

¶ These authors also contributed equally to this work.

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Uruguai é o primeiro país da América do Sul a liberar o Holocausto silencioso: aborto descriminalizado!

quinta-feira, outubro 18, 2012


JC e-mail 4606, de 18 de Outubro de 2012.
 

No pequeno país de 3,4 milhões de habitantes, as ONGs estimam que são realizados mais de 30 mil abortos anuais de maneira clandestina.

Com 17 votos a 14, o Senado do Uruguai aprovou ontem (17) o projeto de lei que descriminaliza o aborto nas 12 primeiras semanas de gestação. A matéria havia passado pela Câmara dos Deputados há menos de um mês, em votação apertada (50 a 49). O presidente José "Pepe" Mujica anunciou a intenção de não vetar o texto aprovado, que requer regulamentação para entrar em vigor.

O Uruguai é o primeiro país sul-americano e o terceiro na América Latina a permitir o aborto, depois de Cuba e Guiana, além da Cidade do México. Nos demais países da região, a interrupção da gestação só é permitida em caso de risco de vida para a mãe, má-formação do feto ou quando a gravidez é consequência de um estupro.

O texto da lei uruguaia descriminaliza o aborto desde que seja realizado durante as 12 primeiras semanas de gestação e cumpra uma série de condições. Uma delas é a obrigatoriedade de a mulher comparecer perante uma comissão técnica para explicar sua decisão.



Os profissionais que compõem essa espécie de tribunal especial terão uma conversa com a mulher, na qual devem explicar os riscos existentes durante a intervenção cirúrgica e as alternativas ao aborto, como os programas de apoio à maternidade e a possibilidade de entregar o bebê à adoção. Após as explicações, ela terá um prazo de cinco dias para refletir sobre a decisão.

Ativistas antiaborto criticaram duramente a decisão do Senado. "O aborto mata uma pessoa, o bebê, e deixa a mulher totalmente mutilada", afirmou María José Del Campo, engenheira de 37 anos e ativista da ONG Espaço Jovem Mais Vida, que assistiu a votação das galerias.

"Se coloca o problema no bebê, quando o verdadeiro problema é dar apoio e alternativas à mulher que engravidou. É verdade que abortos continuarão sendo feitos, legais ou não, mas precisamos trabalhar para reduzir esse procedimento, oferecendo alternativas", acrescentou.

Prazos - Muitas ativistas pró-aborto criticaram o texto aprovado. "Isso atenta contra os direitos da mulher de decidir livremente quando e como ter filhos. É uma maneira tutelada que não queremos", disse ao Estado Marta Aguñín, da ONG Mulher e Saúde no Uruguai (Mysu, pela sigla em espanhol).

Aguñín ressaltou ainda que o problema do prazo pode ser grave para as mulheres de baixa renda e que não dispõem de informações suficientes para obter o benefício da lei. Entre idas e vindas, desde o início da tramitação do processo até que possa ser concretizado o aborto, o prazo de 12 semanas pode ficar vencido. "A mulher mais vulnerável, do interior do Uruguai, pode perder os prazos e voltar ao circuito clandestino de aborto e ser punida por isso", observou Aguñín.

No pequeno país de 3,4 milhões de habitantes, as ONGs estimam que são realizados mais de 30 mil abortos anuais de maneira clandestina, sem a atenção médica legal que pode colocar em risco a vida da mulher. O senador Alfredo Solari, do Partido Colorado, de oposição, criticou a lei e a considerou "uma solução ruim para um problema médico e social vivido pelo país".
(O Estado de São Paulo)

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ASSASSINOS!!! ASSASSINOS!!! GENOCIDAS!!! GENOCIDAS!!!

Contra Darwin: até os cientistas se vêem 'forçados' a ver propósito na natureza...

quarta-feira, outubro 17, 2012

Professional Physical Scientists Display Tenacious Teleological Tendencies: Purpose-Based Reasoning as a Cognitive Default.

By Kelemen, Deborah; Rottman, Joshua; Seston, Rebecca

Journal of Experimental Psychology: General, Oct 15 , 2012, No Pagination Specified.

Abstract

Teleological explanations account for objects and events by reference to a functional consequence or purpose. Although they are popular in religion, they are unpopular in science: Physical scientists in particular explicitly reject them when explaining natural phenomena. However, prior research provides reasons to suspect that this explanatory form may represent a default explanatory preference. As a strong test of this hypothesis, we explored whether physical scientists endorse teleological explanations of natural phenomena when their information-processing resources are limited. In Study 1, physical scientists from top-ranked American universities judged explanations as true or false, either at speed or without time restriction. Like undergraduates and age-matched community participants, scientists demonstrated increased acceptance of unwarranted teleological explanations under speed despite maintaining high accuracy on control items. Scientists' overall endorsement of inaccurate teleological explanation was lower than comparison groups, however. In Study 2, we explored this further and found that the teleological tendencies of professional scientists did not differ from those of humanities scholars. Thus, although extended education appears to produce an overall reduction in inaccurate teleological explanation, specialization as a scientist does not, in itself, additionally ameliorate scientifically inaccurate purpose-based theories about the natural world. A religion-consistent default cognitive bias toward teleological explanation tenaciously persists and may have subtle but profound consequences for scientific progress. (PsycINFO Database Record (c) 2012 APA, all rights reserved).

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NOTA DESTE BLOGGER:

Dois exemplos de posicionamentos ideológicos de cientistas ateus sobre o design/teleologia ser empiricamente detectado na natureza:

Francis Crick em seu livro What Mad Pusuit (1988), “… os biólogos devem constantemente ter em mente que o que eles vêem não tem design intencional, mas evoluiu…”, e Richard Dawkins, em O Relojoeiro Cego, “… A biologia é o estudo de coisas complexas que dão a impressão de ter um design intencional.”

Hummmmmmmmmmm!!!

  

Michael Behe no IV Simpósio Internacional Darwinismo Hoje, na Universidade Presbiteriana Mackenzie - São Paulo-SP

IV Simpósio Internacional Darwinismo Hoje

Conferencistas

Palestrante Internacional

Prof. Dr. Michael J. Behe – Possui doutorado em bioquímica pela University of Pennsylvania (1978). É professor de ciências biológicas na Lehigh University e pesquisador do Discovery Institute's Center for Science and Culture. Além de mais de 35 artigos em periódicos bioquímicos, e editoriais em jornais e revistas de ampla circulação, ele já publicou três livros dos quais A Caixa Preta de Darwin (Jorge Zahar, 1997) foi muito resenhado e considerado um dos 100 livros mais importantes do século 20 de acordo com a revista National Review and World. Esse livro discute as implicações para o neo-Darwinismo do que ele chama de sistemas bioquímicos “irredutivelmente complexos”, isto é, com sistemas moleculares na célula que exigem múltiplos componentes a fim de funcionar.

Palestrantes Nacionais

Prof. Dr. Aldo Mellender de Araújo – Possui graduação em História Natural (1967) e doutorado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1973). Realizou estágios na University of Liverpool (1975) e na Cornell University (1976), sobre história da genética e evolução. Atualmente é professor titular do Instituto de Biociências da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (IB - UFRS), atuando na área de história e epistemologia das ideias sobre evolução biológica. Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Ecológica, atuando principalmente nos seguintes temas: seleção sexual, seleção de parentesco, evolução biológica. Possui vários artigos e capítulos de livros publicados.

Prof. Ms. Eduardo Rodrigues da Cruz – Possui graduação e pós-graduação tanto em física (pela USP) quanto em teologia. Seu doutorado em Teologia foi obtido pela Lutheran School of Theology at Chicago, em associação com a University of Chicago (1987), e seu Pós-Doutorado no Institute for the Advanced Study of Religion na mesma instituição (1993). É professor da PUC/SP desde 1979 junto ao Depto. de Teologia e Ciências da Religião. Com vários livros, capítulos de livros e artigos em periódicos publicados, tem também recebido vários auxílios da Fundação John Templeton. Sua pesquisa enfoca os seguintes temas: fundamentos da ciência da religião, ciência e religião, cultura científica moderna, ambivalência do progresso científico, e ciência no século xx e criação. É diretor do Centro Cardeal Arns de Estudos Interdisciplinares (CECREI) da PUC/SP.

Prof. Dr. Marcos Nogueira Eberlin – Graduação (1982), Mestrado (1984) e Doutorado (1988) em Química pela Universidade Estadual de Campinas e pós-doutorado no Laboratório Aston de Espectrometria de Massas da Universidade de Purdue, USA (1989-1991). Atualmente é professor titular da Universidade Estadual de Campinas. É membro da Academia Brasileira de Ciências (2002) e comendador da Ordem Nacional do Mérito Científico (2005). É presidente (2009) da Sociedade Internacional de Espectrometria de Massas (IMSF) e vice-presidente da Sociedade Brasileira (BrMASS). Estuda a arquitetura química dos seres vivos, o que, objetivamente, significa buscar explicações científicas para a origem da vida. Já publicou cerca de 500 artigos científicos (2012) com mais de 6500 citações em áreas diversas da Química e Bioquímica, e Ciências dos Alimentos, Farmacêutica e dos Materiais.


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NOTA DESTE BLOGGER:

Este blogger, mestre em História da Ciência pela Pontifícia Universidade Católica, São Paulo (2008) vai ter o privilégio de estar junto desses cientistas e apresentar a oficina 
"Aspectos científicos da teoria do Design Inteligente no contexto de justificação teórica", dia 23/10 às 14:30.

A evolução antes dos genes... se...

Evolution before genes

Vera Vasas 1,2†, Chrisantha Fernando 3,4†, Mauro Santos 1, Stuart Kauffman 5 and Eörs Szathmáry 2,6*

Abstract

Background: Our current understanding of evolution is so tightly linked to template-dependent replication of DNA and RNA molecules that the old idea from Oparin of a self-reproducing ‘garbage bag’ (’coacervate’) of chemicals that predated fully-fledged cell-like entities seems to be farfetched to most scientists today. However, this is exactly the kind of scheme we propose for how Darwinian evolution could have occurred prior to template replication.

Results: We cannot confirm previous claims that autocatalytic sets of organic polymer molecules could undergo evolution in any interesting sense by themselves. While we and others have previously imagined inhibition would result in selectability, we found that it produced multiple attractors in an autocatalytic set that cannot be selected for. Instead, we discovered that if general conditions are satisfied, the accumulation of adaptations in chemical reaction networks can occur. These conditions are the existence of rare reactions producing viable cores (analogous to a genotype), that sustains a molecular periphery (analogous to a phenotype).

Conclusions: We conclude that only when a chemical reaction network consists of many such viable cores, can it be evolvable. When many cores are enclosed in a compartment there is competition between cores within the same compartment, and when there are many compartments, there is between-compartment competition due to the phenotypic effects of cores and their periphery at the compartment level. Acquisition of cores by rare chemical events, and loss of cores at division, allows macromutation, limited heredity and selectability, thus explaining how a poor man’s natural selection could have operated prior to genetic templates. This is the only demonstration to date of a mechanism by which pre-template accumulation of adaptation could occur.

Reviewers: This article was reviewed by William Martin and Eugene Koonin.

Keywords: origin of life, prebiotic evolution, chemical evolution, catalytic reaction networks, autocatalytic sets, replicators, protocells, metabolism-first theory of origin of life

O argumento de não alternativas [teóricas]

segunda-feira, outubro 15, 2012

The No Alternatives Argument

Richard Dawid, Stephan Hartmann and Jan Sprenger

January 20, 2012

Abstract

Scientific theories are hard to find, and once scientists have found a theory H, they often believe that there cannot be many distinct alternatives to H. But is this belief justified? What should scientists believe about the number of alternatives to H, and how should they change these beliefs in the light of new evidence? These are some of the questions that we will address in this paper. We also ask under which conditions failure to find an alternative to H confirms the theory in question. This kind of reasoning (which we call the no alternatives argument) is rather popular in science and therefore deserves a careful philosophical analysis.

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A NOMENKLATURA CIENTÍFICA ADVERTE: 

ESTE É UM ARTIGO EXTREMAMENTE PERIGOSO PARA A INTEGRIDADE CONSENSUAL PARADIGMÁTICA! ESPECIALMENTE SOBRE AS ORIGENS E EVOLUÇÃO DO UNIVERSO E DA VIDA. LEIA POR CONTA PRÓPRIA E CORRA O RISCO DE OUSAR PENSAR FORA DO CONSENSO CIENTÍFICO ONDE TODO MUNDO PENSA IGUAL E NINGUÉM ESTÁ PENSANDO EM NADA!!!

Gastrulação: o tempo mais importante nas formas de vida


Gastrulation: Making and Shaping Germ Layers

Annual Review of Cell and Developmental Biology
Vol. 28: 687-717 (Volume publication date November 2012)
First published online as a Review in Advance on July 9, 2012
DOI: 10.1146/annurev-cellbio-092910-154043

Lila Solnica-Krezel and Diane S. Sepich
Department of Developmental Biology, Washington University School of Medicine in St. Louis, St. Louis, Missouri 63110; email: solnical@wustl.edu, sepichd@wustl.edu

Abstract


Gastrulation is a fundamental phase of animal embryogenesis during which germ layers are specified, rearranged, and shaped into a body plan with organ rudiments. Gastrulation involves four evolutionarily conserved morphogenetic movements, each of which results in a specific morphologic transformation. During emboly, mesodermal and endodermal cells become internalized beneath the ectoderm. Epibolic movements spread and thin germ layers. Convergence movements narrow germ layers dorsoventrally, while concurrent extension movements elongate them anteroposteriorly. Each gastrulation movement can be achieved by single or multiple motile cell behaviors, including cell shape changes, directed migration, planar and radial intercalations, and cell divisions. Recent studies delineate cyclical and ratchet-like behaviors of the actomyosin cytoskeleton as a common mechanism underlying various gastrulation cell behaviors. Gastrulation movements are guided by differential cell adhesion, chemotaxis, chemokinesis, and planar polarity. Coordination of gastrulation movements with embryonic polarity involves regulation by anteroposterior and dorsoventral patterning systems of planar polarity signaling, expression of chemokines, and cell adhesion molecules.

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CITAÇÃO FAMOSA

"Não é o nascimento, casamento ou morte, mas a gastrulação, que é verdadeiramente o tempo mais importante em sua vida". Lewis Wolpert, embriologista britânico. 

"It is not birth, marriage or death, but gastrulation, which is truly the most important time in your life". British embryologist Lewis Wolpert.

Darwin 200: Beneath the surface

A meia-vida do DNA em ossos: medindo a cinética de decaimento em 158 fósseis datados


The half-life of DNA in bone: measuring decay kinetics in 158 dated fossils

Morten E. Allentoft1,2,3,*, Matthew Collins4, David Harker4, James Haile1, Charlotte L. Oskam1, Marie L. Hale2, Paula F. Campos3,5, Jose A. Samaniego3, M. Thomas P. Gilbert1,3, Eske Willerslev3, Guojie Zhang6, R. Paul Scofield7, Richard N. Holdaway2,8 and Michael Bunce1,*



Author Affiliations

1Ancient DNA Laboratory, School of Biological Sciences and Biotechnology, Murdoch University, 90 South Street, Perth, Western Australia 6150, Australia
2School of Biological Sciences, University of Canterbury, Private Bag 4800, Christchurch, New Zealand
3Centre for GeoGenetics, Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen, Øster Voldgade 5-7, 1350 Copenhagen K, Denmark
4Department of Archaeology, University of York, PO Box 373, York, UK
5Museu da Ciência, University of Coimbra, Laboratorio Chimico, Largo Marquês de Pombal, 3000-272 Coimbra, Portugal
6Beijing Genomics Institute-Shenzhen, Shenzhen 518083, People's Republic of China
7Canterbury Museum, Rolleston Avenue, Christchurch 8050, New Zealand
8Palaecol Research Ltd, 167 Springs Road, Hornby, Christchurch 8042, New Zealand

*Authors for correspondence
(morten.allentoft@gmail.com; m.bunce@murdoch.edu.au).

Abstract

Claims of extreme survival of DNA have emphasized the need for reliable models of DNA degradation through time. By analysing mitochondrial DNA (mtDNA) from 158 radiocarbon-dated bones of the extinct New Zealand moa, we confirm empirically a long-hypothesized exponential decay relationship. The average DNA half-life within this geographically constrained fossil assemblage was estimated to be 521 years for a 242 bp mtDNA sequence, corresponding to a per nucleotide fragmentation rate (k) of 5.50 × 10–6 per year. With an effective burial temperature of 13.1°C, the rate is almost 400 times slower than predicted from published kinetic data of in vitro DNA depurination at pH 5. Although best described by an exponential model (R2 = 0.39), considerable sample-to-sample variance in DNA preservation could not be accounted for by geologic age. This variation likely derives from differences in taphonomy and bone diagenesis, which have confounded previous, less spatially constrained attempts to study DNA decay kinetics. Lastly, by calculating DNA fragmentation rates on Illumina HiSeq data, we show that nuclear DNA has degraded at least twice as fast as mtDNA. These results provide a baseline for predicting long-term DNA survival in bone.

DNA degradation aDNA decay kinetics DNA half-life

Received July 26, 2012.
Accepted September 14, 2012.
This journal is © 2012 The Royal Society

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PERGUNTA DESTE BLOGGER:

Será que depois desta pesquisa, os mandarins da Nomenklatura científica vão permitir pesquisas de DNA em ossos de dinossauros???

Pano rápido.

Thomas Kuhn e a queda do muro entre ciências e humanidades

quinta-feira, outubro 11, 2012


JC e-mail 4602, de 11 de Outubro de 2012.


Neste ano, comemora-se meio século da publicação de 'A estrutura das revoluções científicas', do físico e filósofo norte-americano Thomas Kuhn (1922- 1996).

Qualquer lista relacionando os 100 livros mais relevantes e influentes do século passado não poderia deixar A estrutura das revoluções científicas de fora, sob pena de ter seus critérios de escolha devidamente contestados. As ideias contidas nessa obra transformaram radicalmente a imagem da ciência que predominara até então.

Como consequência, as áreas de história, sociologia e filosofia da ciência nunca mais foram as mesmas depois de 1962. O livro inspirou até os chamados science studies (estudos sobre ciência), campo responsável pelas mais ricas discussões sobre a ciência nos nossos dias.

A estrutura - traduzida pela primeira vez no Brasil em 1975 - deixou marca indelével em praticamente todos os campos do saber, a ponto de o filósofo norte-americano Richard Rorty (1931-2007) ter sentenciado que Kuhn contribuiu para remodelar a cultura humana como um todo - notadamente, para borrar a fronteira demarcatória entre ciências naturais, sociais e humanas.

O sucesso da obra não deve, todavia, ser identificado apenas com a atitude de aprovação. Pelo contrário. Se houve autor alvo de ataques contundentes (e virulentos), esse foi Kuhn. Tanto assim que empregou, em grande medida, sua produção acadêmica pós-1962 para responder às críticas, alegando sempre ter sido mal compreendido.

Críticas - O que teria levado Kuhn, então, a sofrer tamanha 'perseguição'? Em grande parte, isso se explica pelo modo como ele descreveu o desenvolvimento da ciência, uma vez que este se distinguia substancialmente da forma como, até então, o progresso científico fora interpretado. A nova imagem de ciência proposta por Kuhn pode ser assim esquematizada: ciência normal - crise - revolução científica - nova ciência normal, e assim sucessivamente.

Em linhas gerais, a ciência normal é uma modalidade de pesquisa conduzida sob os auspícios de um paradigma, sendo este responsável por instaurar um consenso em vários níveis (metodológico, epistemológico, ontológico e axiológico) no interior de uma comunidade.

Nessa fase, os cientistas lidam com 'operações de limpeza' em seu trabalho cotidiano, no sentido de precisar resolver, de maneira personalizada e criativa, quebra-cabeças; ou seja, aprofundar o conhecimento sobre os 'fatos'; aprimorar o próprio paradigma; e aumentar a correspondência dos 'fatos' com esse último.

No período de ciência normal, a pesquisa progride de modo linear e cumulativo, graças ao consenso generalizado engendrado pelo paradigma. A confiança no paradigma pode ser quebrada, entretanto, quando os quebra-cabeças da prática normal se tornam anomalias, isto é, problemas que, a princípio, não são mais passíveis de solução.

A crise instaurada em função da estagnação do paradigma vigente pode ter como desfecho possível uma revolução científica, episódio de desenvolvimento não cumulativo em que um paradigma é substituído por outro, incompatível com o anterior.

Foi, efetivamente, com relação ao tópico das revoluções científicas que Kuhn despertou a ira de seus contemporâneos. Afinal, a leitura mais comum compreende que Kuhn estaria comparando - ao afirmar que, na disputa entre paradigmas concorrentes, não se pode recorrer a critérios estritamente lógicos e empíricos para decidir a querela - a ciência com outras formas de conhecimento normalmente consideradas 'irracionais' ou 'subjetivas'.

Inclusive, no livro, Kuhn estabelece analogias surpreendentes entre essas formas de conhecimento e a revolução científica: mudança de perspectiva (gestalt), diálogo de surdos, revolução política, conversão religiosa etc. Tudo isso para ilustrar a tese - denominada por ele incomensurabilidade - segundo a qual não haveria possibilidade de se estatuir um juiz neutro para bater o martelo, de modo inequívoco, em prol de um dos dois lados.

Paradigmas, portanto, argumentariam sempre de forma autorreferente, não havendo possibilidade de se lançar mão da coerência lógica e racional, nem da correspondência com a verdade sobre a natureza.

Provocação - Nada poderia soar mais provocador para os defensores da ciência como modelo de racionalidade e objetividade. Em obras posteriores, Kuhn tentou desfazer os mal-entendidos sobre seu 'irracionalismo', 'subjetivismo', 'relativismo'... Sua alegação básica foi afirmar que a incomensurabilidade, ao contrário do que pensaram seus adversários, seria justamente a condição necessária para que a ciência continuasse progredindo, no sentido de investigar parcelas da realidade até então desconsideradas.

A incomensurabilidade propiciaria o advento de novas especialidades científicas - daí sua proposta estar afinada com as concepções que defendiam uma racionalidade especial da ciência.

Sem querer entrar nessa disputa por ora, o fato é que, curiosamente, suas ideias foram incorporadas principalmente pelas áreas ligadas às ciências sociais e humanas, tendo havido até, a partir da década de 1970, verdadeira corrida em busca de paradigmas perdidos nas diversas disciplinas. Em contrapartida, nas ciências naturais - originalmente o objeto de análise de A estrutura - a recepção das ideias kuhnianas passaram ao largo do entusiasmo.

Seja como for, só o fato de Kuhn não ter explicado a ciência em termos apenas de metodologia - tendo cunhado a noção mais abrangente de paradigma (visão de mundo e valores compartilhados) - representa grande avanço em comparação à concepção de inspiração positivista predominante à época - e, talvez, ainda hoje. Isso sem contar outras contribuições igualmente importantes.

O autor - A compreensão da relevância da publicação de A estrutura seria incompleta ou injusta se não falássemos algo sobre seu autor. Não só o conteúdo do livro é inovador, mas também o que tornou possível sua existência. Kuhn só foi capaz de nos legar obra tão significativa porque viveu a experiência da interdisciplinaridade de modo intenso.

Mais do que isso, Kuhn transitou entre as ciências naturais e as ciências sociais e humanas de modo exemplar, valendo lembrar que, por exemplo, no período final (1958-1959) de gestação de A estrutura, trabalhou no Centro de Estudos Avançados em Ciências do Comportamento, na Califórnia (EUA), que foi fundamental para que concebesse a ideia de paradigma como consenso, ao ter convivido com o dissenso reinante entre os cientistas sociais.

Tendo doutorado em física teórica, Kuhn deu uma guinada para a história e a filosofia da ciência, mas sem ter perdido seu interesse original naquela área. Na verdade, é como se Kuhn tivesse feito esse movimento de 'sair' de sua área de formação para buscar ferramentas que lhe permitissem conhecê-la melhor, olhando-a de fora. E, ao entrar nas humanidades, levou toda sua bagagem de cientista, que lhe permitiu causar, 'naturalmente', verdadeira revolução dentro daquelas.

A trajetória de Kuhn nos inspira a não pensar mais em termos de dentro e fora, uma vez que seu grande legado foi ter derrubado as fronteiras entre ciências e humanidades. A questão persistente é: como podemos levar para o nível institucional, sem perda da espontaneidade, o que Kuhn fez 'naturalmente' durante toda a sua vida?

(Portal Ciência Hoje)

Origem antiga da fauna marinha profunda moderna

Ancient Origin of the Modern Deep-Sea Fauna


Ben Thuy1*, Andy S. Gale2, Andreas Kroh3, Michal Kucera4, Lea D. Numberger-Thuy5, Mike Reich1,5, Sabine Stöhr6

1 Geoscience Centre, University of Göttingen, Department of Geobiology, Göttingen, Germany, 2 School of Earth and Environmental Sciences, University of Portsmouth, Portsmouth, United Kingdom, 3 Natural History Museum Vienna, Department of Geology and Palaeontology, Vienna, Austria, 4 Marum – Centre for Marine Environmental Sciences, University of Bremen, Bremen, Germany, 5 Geoscience Centre, Museum, Collections and Geopark, University of Göttingen, Göttingen, Germany, 6 Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden



Abstract


The origin and possible antiquity of the spectacularly diverse modern deep-sea fauna has been debated since the beginning of deep-sea research in the mid-nineteenth century. Recent hypotheses, based on biogeographic patterns and molecular clock estimates, support a latest Mesozoic or early Cenozoic date for the origin of key groups of the present deep-sea fauna (echinoids, octopods). This relatively young age is consistent with hypotheses that argue for extensive extinction during Jurassic and Cretaceous Oceanic Anoxic Events (OAEs) and the mid-Cenozoic cooling of deep-water masses, implying repeated re-colonization by immigration of taxa from shallow-water habitats. Here we report on a well-preserved echinoderm assemblage from deep-sea (1000–1500 m paleodepth) sediments of the NE-Atlantic of Early Cretaceous age (114 Ma). The assemblage is strikingly similar to that of extant bathyal echinoderm communities in composition, including families and genera found exclusively in modern deep-sea habitats. A number of taxa found in the assemblage have no fossil record at shelf depths postdating the assemblage, which precludes the possibility of deep-sea recolonization from shallow habitats following episodic extinction at least for those groups. Our discovery provides the first key fossil evidence that a significant part of the modern deep-sea fauna is considerably older than previously assumed. As a consequence, most major paleoceanographic events had far less impact on the diversity of deep-sea faunas than has been implied. It also suggests that deep-sea biota are more resilient to extinction events than shallow-water forms, and that the unusual deep-sea environment, indeed, provides evolutionary stability which is very rarely punctuated on macroevolutionary time scales.

Citation: Thuy B, Gale AS, Kroh A, Kucera M, Numberger-Thuy LD, et al. (2012) Ancient Origin of the Modern Deep-Sea Fauna. PLoS ONE 7(10): e46913. doi:10.1371/journal.pone.0046913

Editor: Richard J. Butler, Ludwig-Maximilians-Universität München, Germany

Received: May 24, 2012; Accepted: September 6, 2012; Published: October 10, 2012

Copyright: © 2012 Thuy et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: The study was funded by the German Research Foundation (http://www.dfg.de/index.jsp), grant RE2599/6-1, and by the European Union funded Synthesys program (http://www.synthesys.info/), grants SE-TAF-2674 and SE-TAF-2969. Deposition of the described material in the collections of the Natural History Museum in London (UK), the micropaleontological collection at the University of Tübingen (D) and the Geoscientific Museum at the University of Göttingen (D) was done with the permission of the respective institutes. We acknowledge support by the German Research Foundation and the Open Access Publication Funds of the Göttingen University. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

* E-mail: nebyuht@yahoo.com

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