Em vez de serem mais humildes e dizerem que não sabiam [argh, isso é como cometer um genocídio, mas cientista que se preza nunca diz EU NÃO SEI] o que era essa grande região do DNA, eles pontificaram, oops denominaram de DNA LIXO.
É, mas em ciência nada como um dia atrás do outro. Reguladores poderosos que desempenham um papel crucial − é assim que essas seções não codificadoras estão sendo agora nomeadas. Uma notícia publicada no Science Daily diz que estas regiões do “DNA lixo” uma vez consideradas como “desertos de genes” é que realmente orquestra a expressão dos genes durante o desenvolvimento.
Num artigo publicado no PNAS [1] pesquisadores descobriram funções reguladoras para muitos conserves noncoding elements (CMEs) [elementos não codificadores conservados]. “Nós identificamos aproximadamente 15.000 sítios conservados que provavelmente servem como isoladores, e nós mostramos que genes próximos separados por sítios CTCF preditos mostram correlação acentuadamente reduzida em expressão de gene,” eles disseram. “Esses sítios podem assim dividir o genoma humano em domínios de expressão.” Eles descobriram uma família que pode ter uma “função ampla” na expressão de gene, e outros “exemplos surpreendentes de novos elementos funcionais.”
E o que está deixando os cientistas de boca aberta é que esta conclusão “télica”, oops de Design Inteligente [argh, matei Darwin novamente, sem remorso], está revelando a cegueira do paradigma neodarwinista − um morto que teima ser enterrado, que impediu por mais de duas décadas a visão de uma nova área de maravilhas genéticas. “Agora mesmo é como ser um menino numa loja de doces,” disse um geneticista. Outros que consideravam os transposons e os “genes saltadores” como inconvenientes que estavam “misturando as coisas” agora os vêem como úteis.
Você deve estar imaginando: “Agora sim o poder heurístico do Design Inteligente vai finalmente entrar em cena”. Poof! Acorde do sonho! Eles estão invocando esta maravilha de engenharia como sendo subproduto de processos cegos, aleatórios e inconscientes da evolução. Como duvidar do poder do relojoeiro cego? A evolução é mais inteligente do que você, idiota! [Eu não consigo lembrar qual foi o darwinista eminente que disse isso].
Os transposons podem ser um “um veículo importante de novidade evolutiva,” disse um dos pesquisadores, enquanto outro salientou sobre o surgimento de uma nova opinião sobre o “DNA lixo”: “É engraçado como a área está evoluindo tão rapidamente.”
Fui, esperando contra a esperança por uma iminente e eminente mudança paradigmática em biologia evolutiva em 2010. Quem viver, verá!
[1] Xie et al, “Systematic discovery of regulatory motifs in conserved regions of the human genome, including thousands of CTCF insulator sites,” Proceedings of the National Academy of Sciences. PDF ou HTML gratuito.
USA, 10.1073/pnas.0701811104, published online before print April 18, 2007.
Systematic discovery of regulatory motifs in conserved regions of the human genome, including thousands of CTCF insulator sites
Xiaohui Xie, Tarjei S. Mikkelsen, Andreas Gnirke, Kerstin Lindblad-Toh, Manolis Kellis, and Eric S. Lander Broad Institute of MIT and Harvard, Massachusetts Institute of Technology and Harvard Medical School, Cambridge, MA 02142; Division of Health Sciences and Technology, Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory, and Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139; and Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA 02142
Contributed by Eric S. Lander, March 3, 2007 (sent for review January 26, 2007)
Conserved noncoding elements (CNEs) constitute the majority of sequences under purifying selection in the human genome, yet their function remains largely unknown.
Experimental evidence suggests that many of these elements play regulatory roles, but little is known about regulatory motifs contained within them. Here we describe a systematic approach to discover and characterize regulatory motifs within mammalian CNEs by searching for long motifs (12-22 nt) with significant enrichment in CNEs and studying their biochemical and genomic properties. Our analysis identifies 233 long motifs (LMs), matching a total of 60,000 conserved instances across the human genome. These motifs include 16 previously known regulatory elements, such as the histone 3'-UTR motif and the neuron-restrictive silencer element, as well as striking examples of novel functional elements. The most highly enriched motif (LM1) corresponds to the X-box motif known from yeast and nematode. We show that it is bound by the RFX1 protein and identify thousands of conserved motif instances, suggesting a broad role for the RFX family in gene regulation. A second group of motifs (LM2*) does not match any previously known motif. We demonstrate by biochemical and computational methods that it defines a binding site for the CTCF protein, which is involved in insulator function to limit the spread of gene activation. We identify nearly 15,000 conserved sites that likely serve as insulators, and we show that nearby genes separated by predicted CTCF sites show markedly reduced correlation in gene expression. These sites may thus partition the human genome into domains of expression.
To whom correspondence should be addressed.
Eric S. Lander, E-mail: lander@broad.mit.edu
