Artigos de James Shapiro e Richard Sternberg

sexta-feira, abril 30, 2010


1. James Shapiro & Richard Sternberg, Why repetitive DNA is essential to genome function



2. James Shapiro, Revisiting the Central Dogma in the 21st Century



3. James Shapiro, Mobile DNA and evolution in the 21st century

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NOTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:


Source/Fonte: The Washington Post


Aqui e ali neste blog eu afirmo que a Nomenklatura científica é antropofágica e destruidora de carreiras acadêmicas dos que ousam mijar fora do caco de Down. Richard Sternberg, co-autor do primeiro artigo, foi editor de um journal da Smithsonian Institution que publicou um artigo do Dr. Stephen Meyer, com revisão por pares, sobre o Design Inteligente. Sternberg sofreu perseguição e perdeu o emprego. Eu sei do que estou falando...


O blog Desafiando a Nomenklatura científica indicado para o Prêmio TopBlog 2010



Alô todas as galeras, até a Galera dos meninos e meninas de Darwin, votem no meu blog e me ajudem a ganhar uma Scooter Honda Lead! Divulguem este blog entre seus amigos e peçam o voto deles. Antecipadamente agradecido, especialmente à Evelin Olívia Fróes que indicou o blog.

As origens do mundo RNA

quinta-feira, abril 29, 2010

The Origins of the RNA World

Michael P. Robertson and Gerald F. Joyce

-Author Affiliations
Departments of Chemistry and Molecular Biology and The Skaggs Institute for Chemical Biology, The Scripps Research Institute, La Jolla, California 92037
Correspondence:gjoyce@scripps.edu


SUMMARY

The general notion of an “RNA World” is that, in the early development of life on the Earth, genetic continuity was assured by the replication of RNA and genetically encoded proteins were not involved as catalysts. There is now strong evidence indicating that an RNA World did indeed exist before DNA- and protein-based life. However, arguments regarding whether life on Earth began with RNA are more tenuous. It might be imagined that all of the components of RNA were available in some prebiotic pool, and that these components assembled into replicating, evolving polynucleotides without the prior existence of any evolved macromolecules. A thorough consideration of this “RNA-first” view of the origin of life must reconcile concerns regarding the intractable mixtures that are obtained in experiments designed to simulate the chemistry of the primitive Earth. Perhaps these concerns will eventually be resolved, and recent experimental findings provide some reason for optimism. However, the problem of the origin of the RNA World is far from being solved, and it is fruitful to consider the alternative possibility that RNA was preceded by some other replicating, evolving molecule, just as DNA and proteins were preceded by RNA.

Copyright © 2010 Cold Spring Harbor Laboratory Press; all rights reserved

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FREE PDF GRÁTIS

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NOTA DESTE BLOGGER:

Nem um pouco impressionado e tampouco convencido com este artigo.

Fui, nem sei por que, pensando no ovo e na galinha.


Quem veio primeiro???

Nova teoria da origem do vôo dos morcegos

quarta-feira, abril 28, 2010

Adaptive evolution of energy metabolism genes and the origin of flight in bats

Yong-Yi Shen a,b,c, Lu Liang a,c, Zhou-Hai Zhu b, Wei-Ping Zhou a,d, David M. Irwin e,f, and Ya-Ping Zhang a,b,1

-Author Affiliations

aState Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming 650223, China;
bLaboratory for Conservation and Utilization of Bio-resources, Yunnan University, Kunming 650091, China;
cGraduate School of the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100000, China;
dDepartment of Molecular and Cell Biology, School of Life Sciences, University of Science and Technology of China, Hefei, Anhui 230026, China;
eDepartment of Laboratory Medicine and Pathobiology, University of Toronto, Toronto, ON, Canada M5S 1A8; and
fBanting and Best Diabetes Centre, University of Toronto, Toronto, ON, Canada M5S 1A8

Edited* by David M. Hillis, University of Texas, Austin, TX, and approved March 30, 2010 (received for review October 31, 2009)

Source/Fonte: AAAS

Abstract

Bat flight poses intriguing questions about how flight independently developed in mammals. Flight is among the most energy-consuming activities. Thus, we deduced that changes in energy metabolism must be a primary factor in the origin of flight in bats. The respiratory chain of the mitochondrial produces 95% of the adenosine triphosphate (ATP) needed for locomotion. Because the respiratory chain has a dual genetic foundation, with genes encoded by both the mitochondrial and nuclear genomes, we examined both genomes to gain insights into the evolution of flight within mammals. Evidence for positive selection was detected in 23.08% of the mitochondrial-encoded and 4.90% of nuclear-encoded oxidative phosphorylation (OXPHOS) genes, but in only 2.25% of the nuclear-encoded nonrespiratory genes that function in mitochondria or 1.005% of other nuclear genes in bats. To address the caveat that the two available bat genomes are of only draft quality, we resequenced 77 OXPHOS genes from four species of bats. The analysis of the resequenced gene data are in agreement with our conclusion that a significantly higher proportion of genes involved in energy metabolism, compared with background genes, show evidence of adaptive evolution specific on the common ancestral bat lineage. Both mitochondrial and nuclear-encoded OXPHOS genes display evidence of adaptive evolution along the common ancestral branch of bats, supporting our hypothesis that genes involved in energy metabolism were targets of natural selection and allowed adaptation to the huge change in energy demand that were required during the origin of flight.

Chiroptera     genetic foundation    mitochondria   OXPHOS

Footnotes

1To whom correspondence should be addressed. E-mail:zhangyp@mail.kiz.ac.cn.

Author contributions: Y.-Y.S. and Y.-P.Z. designed research; Y.-Y.S. and L.L. performed research; Y.-Y.S., Z.-H.Z., W.-P.Z., and Y.-P.Z. analyzed data; and Y.-Y.S., D.M.I., and Y.-P.Z. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

Data deposition: The sequences reported in this paper have been deposited in the GenBank database (accession nos. GQ427677–GQ427913 andGU292797-GU292809).

↵*This Direct Submission article had a prearranged editor.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/cgi/content/full/0912613107/DCSupplemental.

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PDF gratuito deste artigo aqui.

Sem preparo para ensinar [e com apoio de livros didáticos com fraudes e distorções de evidências científicas]

JC e-mail 3997, de 27 de Abril de 2010.

5. Sem preparo para ensinar

Profissionais diretamente ligados ao universo acadêmico avaliam as deficiências dos currículos adotados nos cursos de formação dos futuros educadores brasileiros e indicam as mudanças necessárias

O que define o currículo dos cursos de Pedagogia são as diretrizes estabelecidas pelo Conselho Nacional de Educação (CNE), aprovadas em 2006. Contudo, essas diretrizes são apenas orientações às instituições superiores que decidem abrir um curso nessa área.

De acordo com a Secretaria de Educação Superior (SESu), do Ministério da Educação (MEC), em nota enviada por sua assessoria de imprensa, as diretrizes são importantes por levarem as especificações sobre o perfil do profissional a ser formado. "A partir delas, as faculdades elaboram suas próprias grades curriculares", explica o texto.

Para a presidente da Associação Nacional pela Formação de Profissionais da Educação (Anfope), Iria Brzezinski, a grade curricular dos cursos que formam professores são determinantes para que essa formação seja de qualidade e se alinhe a esta ou aquela concepção de Educação, de formação, de professor, de escola, de estudante.

Entretanto, mesmo direcionando os cursos e seus currículos, as diretrizes, aparentemente, não têm feito com que a graduação em Pedagogia no Brasil realmente prepare os professores para o mercado de trabalho.

Iria afirma que, caso seja possível dar crédito aos dados oficiais, que revelam a escola básica brasileira com sérias deficiências de aprendizagem, "por certo, os cursos de Pedagogia e de outras licenciaturas não vem cumprindo seu papel de formar bons professores".

Diretrizes

Na opinião da professora, a incerteza por falta de diretrizes até 2006 e o fato de a Lei de Diretrizes e Bases (LDB) de 1996 atribuir à Escola Normal Superior a formação de professores da Educação Infantil e dos primeiros anos Ensino Fundamental, que antes eram formados nas faculdades, centros ou Departamentos de Educação, levou à organização das mais diversificadas matrizes curriculares que foram depois se adaptando às diretrizes de 2006.

Diretrizes que, segundo ela, induziram também a adaptação da Escola Normal Superior para formar pedagogos, sem ter a maturidade necessária para tal. "Muitas instituições de qualidade duvidosa formam pedagogos em cursos de três anos de duração, sem atender a exigência legal mínima de 3.200 horas presenciais, fazendo arranjos curriculares mágicos e enganosos", informa.

Formação desatualizada

Presidente do Conselho Nacional de Educação (CNE), Clélia Brandão acredita que já é necessário estabelecer novas discussões sobre as diretrizes curriculares. "Muitas vezes o que prejudica o curso de Pedagogia é que os conteúdos são muito difusos. Como se quer dar todos os conteúdos e não é possível, o currículo fica fragmentado. Essa é outra parte que precisa ser superada: a fragmentação do curso de Pedagogia".

O coordenador do Grupo de Trabalho de Educação da SBPC, Isaac Roitman, concorda com Clélia Brandão de que a educação brasileira necessita ser atualizada. O que, para ele, deve ser feito considerando-se as inúmeras portas de conhecimento que o estudante de hoje dispõe.

Questionado se, hoje, a universidade forma professores capacitados para lecionar na Educação Básica, Isaac enfatizou que "absolutamente" não. "Os profissionais talvez sejam adequados para estudantes de 50 anos atrás. É cada vez mais frequente o fato de um estudante do Ensino Médio assistir uma aula sobre determinado assunto estando mais atualizado que o professor", completou.

Outro ponto apontado por Clélia Brandão é o distanciamento das escolas de formação, das instituições de Ensino Superior em relação à própria Educação Básica. "Ainda há uma prioridade pelo bacharelado e por isso a licenciatura nem sempre corresponde à expectativa de formação. Há também um distanciamento, o que me parece consequência da falta de valorização do Magistério".

Estágio necessário

A aproximação entre a Educação Superior e a Básica deveria ser feita por meio dos estágios, pelos quais todos os alunos dos cursos de Pedagogia e das licenciaturas deveriam passar. Contudo, Clélia Brandão enfatiza que muitos estudantes ainda optam pelos cursos de bacharelado, nos quais o estágio não é obrigatório, mas acabam virando professores assim mesmo.

Ou ainda, conforme Iria Brzezinski, existem instituições formadoras que têm como preocupação básica desenvolver competências, com base em uma concepção pragmatista da Educação. Deixando, assim, segundo ela, a profundidade de conhecimentos necessária a todo professor para promover atividades práticas desvinculadas da pesquisa.

Como exemplo, ela cita os estágios supervisionados nos cursos noturnos que inadequadamente substituem os estágios que deveriam ser feitos na Educação infantil e nos anos iniciais do Ensino Fundamental. De acordo com ela, esses alunos são encaminhados para as salas de alfabetização de jovens e adultos que, "embora mereçam todo o respeito, não respondem, por exemplo, às exigências da Educação Infantil que abrange de 0 a 5 anos e da alfabetização de crianças com até 6 anos de idade". Mesmo com o estágio, muitas vezes, o aluno não sai da graduação preparado para lidar com as situações comuns de uma sala de aula.

"[Quando o estudante sai da universidade] Não está pronto mesmo e nem é nossa intenção fazê-lo", defende a coordenadora do curso de Pedagogia da UFG, Lúcia Maria de Assis.

Segundo ela, o estágio apresenta ao aluno as condições concretas e objetivas nas quais se dá o processo ensino-aprendizagem na Educação Infantil, nos anos iniciais do Ensino Fundamental e na Educação de Jovens e Adultos. "A partir dessa base, então, ele já está apto a ir à escola. Em geral, ele chega à escola com pouca experiência e lá a gente pressupõe que ele será orientado. Nessa perspectiva, a gente se cerca das melhores condições".

Deficiências reconhecidas

Clélia Brandão explica que para averiguar se os cursos que formam professores estão funcionando dentro das melhores condições ou, pelo menos, dentro das condições esperadas, o MEC é o responsável por avaliar o projeto do curso e o Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (Inep) coordena uma visita à instituição, com especialistas. "Esse especialista analisa o projeto pedagógico e também faz toda a análise para ver se o curso está dentro das diretrizes específicas e das exigências de espaço físico, biblioteca, estágio, convênios etc.".

O site do Inep, com base no Censo de 2008, indica que existem no Brasil 1.636 cursos de Pedagogia, sendo 566 de instituições públicas e 1.070 de particulares. Desse total, segundo nota da SESu, 49 cursos de Pedagogia e 11 de curso Normal Superior passaram por supervisão do MEC por apresentarem conceitos insatisfatórios no Exame Nacional do Ensino Médio (Enade) e no Indicador de Diferença entre os Desempenhos Observado e Esperado (IDD) de 2005.

"Dessas 60 instituições, 36 assinaram termo de saneamento de deficiências, comprometendo-se a resolver os problemas detectados", explica a nota. Terminado o prazo para implementação das medidas, continua a nota da SESu, 16 cursos foram encerrados: 13 por solicitação da própria instituição e três por determinação do MEC. Atualmente, 22 cursos de Pedagogia passam por verificação in loco.

A SESu informou ainda que quanto aos 3.418 cursos de licenciaturas não há supervisão especial. "Talvez haja cursos de licenciatura em supervisão ordinária, que são casos isolados, não relacionados a indicadores de qualidade, mas sim a outros fatores ligados à regularidade da oferta", informa a nota.

Modificações necessárias

Mas o que fazer para que cada vez menos cursos precisem de supervisão e para que cada vez mais os professores sejam formados com qualidade? Para o professor aposentado da Universidade de Brasília (UnB), Isaac Roitman, deve ser formado um "novo professor", que será preparado para ser um estimulador e um instrumento para que o estudante possa adquirir o conhecimento e fazer uso correto dele.

"Teremos que mudar radicalmente a formação de professores para o ensino básico. Esse profissional deve ter o reconhecimento social, o que significa estar na escala salarial máxima paga ao servidor público. Dessa forma, as melhores inteligências e talentos serão atraídos para exercer o magistério na educação básica".

Quanto às diretrizes curriculares, a professora Iria Brzezinski acredita que devem existir conteúdos básicos para compor os currículos dos cursos de formação de professores, o que poderá padronizar na base a identidade da docência. "No entanto, não julgo positivo padronizar rigorosamente todos os cursos, visto que devem ser consideradas nesses currículos a dependência administrativa e a missão institucional (pública ou privada), as características regionais e, sobretudo, a criatividade da instituição formadora".

(Raphaela Ferro, do jornal Tribuna do Planalto)

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Concordo com o teor das opiniões dos educadores deste artigo, mas ninguém aborda a questão séria do conteúdo de livros didáticos do ensino médio e suas deficiências [ou distorções intencionais?]. 

Em 2003 e 2005 enviei e entreguei uma análise crítica da abordagem da origem e evolução da vida em nossos melhores autores do ensino médio. O que fez o MEC/SEMTEC/PNLEM? Nada até agora. Pelo menos eu não vi e nem li nenhuma posição das autoridades educacionais em relação a duas fraudes e várias distorções de evidências a favor do fato, Fato, FATO da evolução.

Nossos alunos estão sendo ludibriados na sua formação educacional, e o nome disso é 171 epistêmico!

Unicamp ganha Centro de Estudos Avançados

JC e-mail 3997, de 27 de Abril de 2010.

8. Unicamp ganha Centro de Estudos Avançados

Espaço desenvolverá atividades de apoio a reflexões e pesquisas relevantes

A Unicamp, a exemplo das maiores universidades do mundo, já possui seu Centro de Estudos Avançados (CEAv) para desenvolver atividades de apoio à discussão e pesquisas transdisciplinares de alto nível nas ciências e humanidades, lidando com temas relevantes para o presente e o futuro do Brasil.

"O objetivo fundamental é criar um espaço institucional para que assuntos extremamente relevantes para a universidade, para o desenvolvimento país e para a humanidade sejam abordados de maneira completa, em profundidade", afirma o reitor Fernando Costa, idealizador do CEAv.

Segundo o professor Pedro Paulo Funari, coordenador do novo órgão vinculado ao Gabinete do Reitor, dois grupos já estão constituídos: o Grupo de Estudos em Ensino Superior (Gees) e o Grupo de Estudos Avançados em Esporte (Geae). "Vamos trazer grandes estudiosos do cenário internacional e do Brasil para uma reflexão crítica e inovadora a respeito dos dois temas, durante os anos de 2010 e 2011. A ideia é que esse trabalho resulte em livros e outros materiais de referência. Já estamos pensando na criação posterior de mais dois grupos", afirma.

Criado por meio de resolução publicada em março deste ano, o CEAv iniciou suas atividades em abril, com a vinda da professora Liz Reisberg, pesquisadora associada ao Centro Universitário de Boston para Educação Superior Internacional.

O Gees pretende promover pesquisas e atividades sobre o ensino superior com foco em quatro áreas: história e inovação da estrutura curricular e acadêmica, diversidade institucional (aspectos acadêmicos, gerenciais e financeiros), políticas de acesso (programas de igualdade e ação afirmativa no Brasil e em outros países) e perspectivas de internacionalização das universidades brasileiras de pesquisa.

Na opinião do coordenador do CEAv, o convite a Liz Reisberg condiz com a proposta do GEES de trazer a experiência internacional para refletir sobre como o ensino superior deve se configurar nos próximos anos a fim de que o Brasil se desenvolva. "A pesquisadora vai tratar de dois grandes temas: a garantia de qualidade para que o ensino superior tenha efeitos positivos e a ação afirmativa buscando mecanismos de inclusão social dos grupos desfavorecidos".

A professora do Boston College leciona na graduação em administração de ensino superior, fundou uma empresa que organiza viagens de recrutamento de profissionais por todo o mundo e ajuda faculdades de negócios a encontrar talentos para seus programas de MBA. Deu consultoria a diversos países no desenvolvimento de mecanismos de garantia de qualidade da educação universitária, tendo também entre suas áreas de pesquisa as questões que influenciam o acesso e a igualdade.

Focos no ensino superior

No que se refere à estrutura curricular do ensino superior no país, Funari considera que uma questão principal diz respeito à especialização precoce que ocorre desde o século 19, mas principalmente nas últimas décadas. "O aluno entra diretamente para um curso de especialização e conhece, por exemplo, apenas aspectos relativos a engenharias ou medicina. É fundamental discutir a importância de a universidade oferecer aos estudantes uma formação mais geral e só depois a especialidade".

Dentre as nuances gerenciais e financeiras a serem estudadas pelo GEES, Funari lembra a existência de diferentes tipos de ensino superior no Brasil, desde o oferecido por instituições de alta qualificação como a Unicamp, até aquele voltado para atender a realidades locais. "Temos o problema da interiorização do ensino superior, que no estado de São Paulo se consolidou a partir dos anos 1970, com a Unicamp, as unidades da Unesp e faculdades privadas. Mas este é um grande desafio para todo o território nacional: como e que tipo de ensino levar ao interior?".

Um exemplo citado pelo coordenador é a formação de licenciados, modalidade de que é a mais capilar, já que essas instituições precisam existir em todas as regiões. "É necessário ter professores capacitados a dar aulas no interior do Amazonas. Não podem ser simplesmente leigos, que estudaram apenas até a quarta série e já passaram a ensinar no primário. Isso significa que uma instituição na Amazônia deve ter como objetivo formar licenciados para o contexto da região, e não como os formados pela Unicamp, que visam à iniciação científica, mestrado e doutorado, apresentando outro perfil".

Outro tema relevante para o Grupo de Estudos em Ensino Superior, de acordo com Funari, são as políticas de acesso, como a introdução do Enem no sistema federal. "A segregação social sempre foi grande no Brasil, onde apenas quem possui condições de estudo entra nas melhores universidades. A Unicamp já vem debatendo internamente o ProFis, em que o Enem serviria para escolher e criar turmas com os 120 melhores alunos da rede pública de Campinas".

Um último aspecto ressaltado por Funari nesta área de estudo é a baixa internacionalização do ensino superior brasileiro. "Temos uma barreira linguística, o português, e uma barreira administrativa, já que todos os nossos diplomas são válidos apenas no país, e vice-versa. A Europa já possui uma política de internacionalização (interna, é verdade) de mais de 20 anos. O Brasil agora se preocupa com isso e a Unicamp vai iniciar uma reflexão sobre como fazer parte de sistemas latino-americanos e mundiais".

Política para o esporte

Funari observa que a confirmação do Brasil como sede dos dois maiores eventos esportivos do planeta, a Copa do Mundo de 2014 e a Olimpíada de 2016, torna ainda mais pertinente a criação do Grupo de Estudos Avançados em Esporte - e com ênfase no esporte de alto desempenho. "Nos dois casos, estamos lidando com a política de desporto do país, ao passo que o grupo vai tratar dos desafios do esporte contemporâneo abrangendo questões humanas, gestão e sistema organizacional".

Conforme o coordenador do CEAv, um primeiro ponto de reflexão é o aspecto social, ou seja, sobre o sentido do esporte na sociedade. "O Brasil é definido como 'terra do futebol' e está no imaginário de qualquer garoto tornar-se um grande jogador. Outra questão é como o esporte está organizado no país e como a academia se relaciona com isso, especialmente na formação de pessoas. Precisamos saber se queremos um sistema mais centrado em empresas, clubes, entidades sociais ou escolas. Nesse caso, com a vinda de especialistas estrangeiros, podemos nos inspirar na forma como outros países organizam o esporte".

Uma última observação de Funari é quanto à relevância que a ciência do esporte ganhará nesses anos até a Olimpíada do Rio de Janeiro, visando ao aprimoramento do desempenho dos atletas brasileiros. "Temos tempo para pesquisar e fazer uso da tecnologia para melhorar nossa classificação no ranking, o que será uma preocupação mais específica da FEF. Já o GEAE vai pensar o problema de forma mais ampla, considerando todas as implicações políticas, econômicas e sociais que o Brasil enfrentará tendo em vista a Olimpíada".

Sede vai ser na BC

O Centro de Estudos Avançados (CEAv) da Unicamp, segundo o coordenador Pedro Paulo Funari, terá em breve uma sede física no terceiro andar do prédio da Biblioteca Central Cesar Lattes, com escritórios e todas as facilidades de comunicação para os pesquisadores. "Uma especificidade do CEAv em comparação aos demais centros e núcleos da Universidade, é sua estrutura mais enxuta, dentro da ideia de desenvolver poucos temas, mas de grande impacto no presente e visibilidade de futuro. Os outros são mais universalistas".

Inicialmente, a administração do CEAv está entregue a um conselho com membros pró-tempore, seguindo a proposta de conduzir o processo de institucionalização de forma prudente, até a criação de um regimento. Além de Funari, integram o conselho os professores Euclides de Mesquita Neto, pró-reitor de Pós-Graduação; Marcelo Knobel, pró-reitor de Graduação; Ricardo de Oliveira Anido, chefe adjunto de Gabinete; Ronaldo Aloise Pilli, pró-reitor de Pesquisa; Paulo Roberto Rodrigues da Silva, pró-reitor de Desenvolvimento Universitário; e Mohamed Habib, pró-reitor de Extensão e Assuntos Comunitários.

O Grupo de Estudos em Ensino Superior, coordenado pelo professor Renato Hyuda de Luna Pedrosa, do Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica (Imecc), é integrado ainda por Cibele Yahn de Andrade, pesquisadora do Núcleo de Estudos de Políticas Públicas (Nepp); José Roberto Rus Perez, professor da Faculdade de Educação (FE); Leandro Russovski Tessler, professor do Instituto de Física Gleb Wataghin (IFGW); Marcelo Knobel, também professor do IFGW; e Ricardo de Oliveira Anido, professor do Instituto de Computação (IC).

O Grupo de Estudos Avançados em Esporte é coordenado pelo professor Paulo Cesar Montagner, que tem como pares seus colegas da Faculdade de Educação Física (FEF) Edison Duarte, José Irineu Gorla, Miguel de Arruda, Paulo Ferreira de Araújo, Ricardo Machado Leite de Barros e Roberto Rodrigues Paes.

(Jornal da Unicamp)

Genes ribossomais: segurança em números

Ribosomal Genes: Safety in Numbers

Luis Aragón

Cell Cycle Group, MRC Clinical Sciences Centre, Imperial College London, Hammersmith Hospital, Du Cane Road, London W12 0NN, UK

Source/Fonte Not related to this article/Não relacionado com este artigo

Summary

The presence of inactive units in tandem arrays of ribosomal genes (rDNA) has been linked to increased transcriptional capacity, but a recent study indicates that inactive units are necessary for sister chromatid cohesion and genetic stability of rDNA.

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao novo site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Cell e de mais 22.440 publicações científicas.

Darwinistas evolucionistas comparados a frenologistas e crentes da Terra quadrada

segunda-feira, abril 26, 2010

Published Sunday, April 25, 2010 in Opinion
'This is not intelligent design'

Darwinian evolutionists now belong to the category of phrenologists and flat-earthers. You don't have to be a creationist to realize that gradual evolution simply could not have occurred as Darwin proposed.

Swedish scientist Loren [sic. Soren] Lovetrup (not a creationist) says: "I believe that one day the Darwinian myth will be ranked the greatest deceit in the history of science," adding that "evolution is anti-science" and "false."

Biochemist Michael Behe has shown in his book, "Darwin's Black Box," that complex systems exist which simply could not have evolved gradually. He calls this "irreducible complexity" -- that is, every part must be in place at the same time for it to work.


Fossil expert and evolutionist Stephen Jay Gould wrote: "The fossil record with its abrupt transitions offers no support for gradual change."

Renowned astronomer Sir Fred Hoyle, in "The Mathematics of Evolution," said, "The speculations of the 'Origin of Species' turned out to be wrong,"

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read more here/Leia mais aqui: Times Herald

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COMENTÁRIO MAIS DO QUE CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Catatau, mano! O cara pegou pesado contra os darwinistas ortodoxos, fundamentalistas, xiítas, pós-modernos, chiques e perfumados a la Dawkins. Agora a Galera dos meninos e meninas de Darwin é comparada a frenologistas e a crentes da Terra Quadrada! Quem diria, a maior ideia que toda a humanidade já teve reduzida a frenologia (pseudociência) e a mera subjetividade (crença na Terra quadrada)! Também pudera, eles não querem seguir as evidências aonde elas forem dar. 

"Evidências? Ora, que se danem as evidências, o que vale é a teoria." Frase atribuída a Dobzhansky em uma de suas aulas na USP. Quem foi aluno(a) de Dobzhansky e se estiver vivo(a), por favor confirme a veracidade disso. Eu tenho a impressão que Crodowaldo Pavan sabia, mas já faleceu. Outro que poderia confirmar ou não, foi o Oswaldo Frota-Pessoa, mas também morreu.

O tempora, o mores!!!

Complexidade e diversidade biológicas explicadas matematicamente

domingo, abril 25, 2010

Mathematicians Offer Elegant Solution to Evolutionary Conundrum

ScienceDaily (Apr. 25, 2010) — UBC researchers have proffered a new mathematical model that seeks to unravel a key evolutionary riddle--namely what factors underlie the generation of biological diversity both within and between species.

Evolutionary biologists have long recognized that the emergence of rare traits within a population can spur diversity. For example, being one of a few under-sized predators in a population dominated by larger-sized predators can offer advantages--access to an abundance of small prey--and increase the likelihood of that trait prospering in the population.

"But existing mathematical models that incorporate these 'rare type' advantages tend to have some serious shortcomings," says Michael Doebeli, a researcher at UBC's Biodiversity Research Centre and professor with the departments of Mathematics and Zoology. "They rely on single traits--like body size--and predict that the advantage offered by that trait has to be very significant in order to maintain large amounts of diversity."
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Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

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Science 23 April 2010:
Vol. 328. no. 5977, pp. 494 - 497
DOI: 10.1126/science.1187468

Complexity and DiversityMichael Doebeli* and Iaroslav Ispolatov*

The mechanisms for the origin and maintenance of biological diversity are not fully understood. It is known that frequency-dependent selection, generating advantages for rare types, can maintain genetic variation and lead to speciation, but in models with simple phenotypes (that is, low-dimensional phenotype spaces), frequency dependence needs to be strong to generate diversity. However, we show that if the ecological properties of an organism are determined by multiple traits with complex interactions, the conditions needed for frequency-dependent selection to generate diversity are relaxed to the point where they are easily satisfied in high-dimensional phenotype spaces. Mathematically, this phenomenon is reflected in properties of eigenvalues of quadratic forms. Because all living organisms have at least hundreds of phenotypes, this casts the potential importance of frequency dependence for the origin and maintenance of diversity in a new light.

Department of Zoology and Department of Mathematics, University of British Columbia, 6270 University Boulevard, Vancouver, BC V6T 1Z4, Canada.

* To whom correspondence should be addressed. E-mail: doebeli@zoology.ubc.ca (M.D.); slava@math.ubc.ca (I.I.)

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Science e de mais 22.440 publicações científicas.

III Simpósio Internacional "Darwinismo Hoje" - 26-29 de abril de 2010 - Universidade Presbiteriana Mackenzie


Apresentação

A realização da terceira edição do Simpósio Internacional “Darwinismo Hoje” pela Universidade Presbiteriana Mackenzie, tem como justificativa a continuidade dos debates promovidos nas edições anteriores entre a visão evolucionista e a visão do Design Inteligente.

Desta feita, procura-se questionar se o Design Inteligente é de fato ciência ou se trata, em última análise, de ideologia religiosa. Paralelamente, aborda-se os últimos desenvolvimentos no campo darwinista, particularmente a chamada nova síntese evolutiva, anunciada para breve.

O objetivo do III Simpósio, à semelhança dos anteriores, é promover na Universidade uma visão ampla das questões relacionadas com a origem da vida, das espécies e da complexidade dos seres vivos, que leve em consideração os diversos olhares dos cientistas sobre estes assuntos cruciais, procurando manter o espírito da Academia como o local adequado para o debate, para o contraditório. [*]

Sejam todos bem vindos ao III Simpósio Internacional “Darwinismo Hoje”.

O evento realizar-se-á nos dias 26 a 29 de abril 2010, nos campi São Paulo da Universidade Presbiteriana Mackenzie.

As inscrições para participação estarão abertas a partir de 18/01/2010 até a data do Evento. Os participantes receberão certificados de participação.

Importância da Reunião no Cenário Científico/Tecnológico do País

No rol de atividades de uma Universidade, eventos que reúnem pensadores, professores e pesquisadores que exploram as mais variadas temáticas são sempre vistos com naturalidade. Entretanto, alguns destes eventos, além de certamente contribuírem com a difusão de idéias, princípios e novos modelos nas diversas ciências, proporcionam a possibilidade de debates de assuntos ousados e muitas vezes, configurados como tabus. [*]

Um desses assuntos versa sobre a discussão da Teoria da Evolução, de Charles Darwin, robustecida por outros cientistas que defendem o Evolucionismo, acerca da origem das espécies, e a Teoria Criacionista, defendida por outros cientistas e pelos Cristãos de uma maneira geral.

Diante dessa realidade, a Universidade Presbiteriana Mackenzie organizou por duas vezes, e se prepara para organizar pela terceira vez, um Simpósio Internacional que promove a discussão e debates sobre este assunto, polêmico e ousado, sem, contudo, manifestar-se de forma tendenciosa ou com proselitismo.

No cenário técnico científico, a liberdade de expressão, a liberdade de cátedra e a defesa de teses são prerrogativas da academia. Por isso a significativa contribuição que eventos de altíssimo nível, como estes simpósios, dão àqueles que trabalham com as respectivas temáticas, resulta em possibilidades de avanço nos estudos, bem como na divulgação dos resultados auferidos. [*]

São muitas as manifestações e comentários registrados na mídia, assim como em outros meios de comunicação específicos da comunidade universitária. Segundo informações do Sr. José Augusto Pereira Brito, Gerência de Desenvolvimento de Informática, houve um aumento exponencial do número de acessos aos vídeos do Simpósio Darwinismo Hoje e até maio de 2009, o número de acessos foi aproximadamente 100.000.

Debates sobre temas tradicionalmente tidos como antagônicos levam, com certeza, a revisões de conceitos, atualizações e redefinições dos mesmos. E não são raras as situações em que, do antagonismo, se chega a modelos consensuais. O debate de idéias, aberto e imparcial, permite aos participantes e àqueles que o presenciam a reflexão e a defesa de teses, com argumentos capazes de se referendar ou até mesmo rejeitar uma teoria. Assim caminha e evolui a Ciência. [*]

A realização da terceira edição do Simpósio Internacional “Darwinismo Hoje” pela Universidade Presbiteriana Mackenzie, tem como justificativa a continuidade dos debates promovidos nas edições anteriores entre a visão evolucionista e a visão do Design Inteligente.


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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Nas universidades públicas e em algumas privadas o debate e o questionamento de teorias científicas é considerado tabu, assunto proibido de ser levantado em salas de aula, e nas publicações científicas. A Nomenklatura científica, antropofágica, destroi carreiras acadêmicas dos críticos e oponentes dos paradigmas consensuais a la Inquisição medieval. Isso quando todo mundo já sabe que vem aí uma nova teoria geral da evolução -- a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA que não pode e nem deve ser selecionista. Todo este status epistêmico do neodarwinismo, oops Síntese Evolutiva Moderna é INTENCIONALMENTE sonegada aos alunos nos livros-texto de Biologia do ensino médio. E com a aprovação do MEC/SEMTEC/PNLEM. O nome disso é 171 epistêmico!!!

Darwin morreu, gente! Viva Darwin, gente!

Marisa Monte - Carinhoso



Para este blogger, a mais linda música brasileira!!!

Saudades de meu pai e de minha mãe que se amaram ao som desta canção!!!

Sentir saudades é desejar ardentemente fazer presença grandes ausências... (Parafraseando a Rubem Alves)

Marisa Monte - Dança da solidão

Marisa Monte - Já sei namorar

Marisa Monte - Beija eu

Suzana Singer, nova ombudsman da Folha de São Paulo, investigará reportagens sobre o status epistêmico da teoria da evolução?

Nova ombudsman investigará reportagens

Suzana Singer, que assume hoje, diz ter como metas localizar eventuais problemas de apuração e mobilizar novos leitores

Jornalista incorporará ao seu trabalho a crítica de notícias da internet; "É um desafio novo, para o qual a função terá de se adequar", diz ela

Marisa Cauduro/Folha Imagem



A ombudsman Suzana Singer, que está na Folha desde 87 e foi editora de Cotidiano, diretora de Revistas e secretária de Redação

DA REDAÇÃO

A jornalista Suzana Singer, 44, assume hoje as funções de ombudsman da Folha. Ela substitui o jornalista Carlos Eduardo Lins da Silva, que exerceu o cargo por dois mandatos, de abril de 2008 a fevereiro deste ano.

Singer será a primeira ombudsman após a fusão das redações da Folha e da Folha Online. Ela incorporará ao seu trabalho a crítica ao noticiário da internet. "É um desafio novo, para o qual a função terá de se adequar, já que o noticiário muda quase a cada minuto."

Entre as metas da nova ombudsman está a de ser mais ativa na localização de eventuais problemas de apuração das reportagens. "Pretendo, por exemplo, conversar com pessoas que foram entrevistadas pelo jornal", diz Singer.

Além disso, a ombudsman tentará mobilizar novos leitores. "Quero incentivar quem nunca escreveu a dar sua opinião sobre a Folha", diz.

Segundo Singer, a função, sobretudo em ano eleitoral, acaba atraindo um público mais afeito à militância política, geralmente comprometido com alguma candidatura.


...

Acesso integral aos assinantes da FSP e/ou UOL.

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NOTA DESTE BLOGGER:

Suzana, seja bem-vinda! O feminino de ombudsman em sueco é "ombudskvinna", mas a FSP prefere ombudsman.

Soren Lovtrup 'falou e disse' cobras e lagartos contra o mito da evolução através da seleção natural de Darwin

Fotomontagem

Darwinism : The Refutation of a Myth (1987)

Introduction

It is doubtful if any single book, except the 'Principia', ever worked so great and so rapid a revolution in science, or made so deep an impression on the general mind [as On the Origin of Species]. 1
T.H. Huxley

… the name of Charles Darwin stands alongside of [that] of Isaac Newton … and, like [it], calls up the grand ideal of a searcher after truth and interpreter of Nature . . . [The present generation] thinkls] of him who bore it as a rare combination of genius, industry, and unswerving veracity, who earned his place among the most famous men of the age by sheer native power.!
T.H. Huxley

All educated persons are familiar with the notion that life on this planet has arisen through a process of evolution. Most people have been taught that the proper name of this theory is ‘Darwinism’, the reasons being that Charles Darwin was the first person to state the idea about organic evolution and furthermore originated the theory of natural selection, which unambiguously accounts for the mechanism through which the process of evolution is realised.

The concept of ‘evolution’ unites all branches of biology, and a person who accomplished these two feats would indeed be greatest among biologists, and might well deserve the epithet: ‘The Newton of Biology’. As appears from the above quotations, Huxley did not hesitate to bestow this honour upon his friend Charles Darwin.

In fact, this comparison was no invention of Huxley’s; ironically enough it appears that Alfred Wallace was the first to come upon this idea, for on 1 September 1860 he wrote to his friend George Silk: ‘Darwin’s “Origin of Species” … you may have heard of and perhaps read, but it is not one perusal which will enable any man
to appreciate it. I have read it through five or six times, each time with increasing admiration. It will live as long as the “Principia” of Newton. ,3

As might almost have been predicted, it was also heralded by Ernst Haeckel. Some few years after the publication of On the Origin of Species, quoting Immanuel Kant, he wrote: 

‘ … it is absurd for man even to conceive such an idea, or to hope that a Newton may one day arise able to make the production of a blade of grass comprehensible, according to natural laws ordained by no intention; such an insight we must absolutely deny to man’. Now, however, this impossible Newton has really appeared seventy years later in Darwin, whose Theory of Selection has actually solved the problem, the solution of which Kant has considered absolutely inconceivable!”

Thus, Huxley was not the first, and still less the last one prepared to elevate Darwin to the pinnacles of glory in the history of biology; even today this opinion is shared almost unanimously by all who feel entitled to judge in these matters.

It is important to observe, however, that Huxley makes the comparison between Newton and Darwin with regard to two separate points: the impact of their work and their intellectual excellence.

Surely, no sensible person would contend Huxley’s first assertion; it is indeed true that no other book ever had the influence on the state of science commanded by On the Origin of Species. Is it a corollary that its author was a towering genius, foremost among biologists?

It may not be easy to give a direct answer to this question, and I shall therefore approach the problem by dealing with the two claims made above on behalf of Darwin. Thus (1) is Darwin the founder of the theory of evolution and (2) does his theory of natural selection give an acceptable explanation of the mechanism of evolution? If these two points are indeed borne out, then Darwin may well be the ‘Newton of Biology’ – otherwise not.

In this book I propose to show that in both instances the answer is ‘no’; and if I am right, we obviously end up in a rather awkward situation as far as present-day biology is concerned. But before we reach this point it would be well to outline the issue.

The main tenet of Darwin’s theory is that his natural selection accomplishes evolutionary changes through the accumulation of some of those very slight individual variations which occur in all populations of living beings. The selection of these variations, and hence the direction of evolution, is such that the organisms become
better adapted to the environment in which they happen to live.

Since the struggle for existence is bound to be toughest between adults, it follows that Darwin’s theory is a micromutation theory which accounts for evolutionary innovation primarily through the modification of adult organisms.

This theory was professed ex cathedra when I went to school, and for many years I accepted it without contemplation or dissent. Now and then I read literature dealing with evolution, but being an embryologist I did not think that evolution was of direct concern to me. I do not know when I first began to suspect that there is something questionable in the state of current evolutionary thought, but I know who aroused my suspicions – Karl Ernst von Baer’ and Richard B. Goldschmidt,” and it is because I am an embryologist that their teachings had this effect. These two zoologists quite clearly demonstrated that the origin of the major animal taxa must be sought in modifications of the epigenetic, and notably the morphogenetic processes through which the fertilised egg is transformed, first into an embryo or a larva, and subsequently to a slightly deformed miniature of the adult organism. (This last statement is not valid for animals that undergo extensive metamorphosis.) And the main inference from this insight is that many of the mutations which have been really important from an evolutionary point of view must have been one-stroke changes of features distinguishing disparate major taxa. In other words, the views of von Baer and Goldschmidt imply that macromutations have been of great significance in organic evolution.

I did not examine the consequences of this insight until I was engaged in writing Epigenetics – A Treatise on Theoretical Biology.’ This work aimed at elucidating some of the epigenetic mechanisms responsible for animal ontogenesis. Only at that time did I see that phylogenesis, i.e. evolution, is of primary concern for
epigenetics because phylogenetic innovations imply ontogenetic innovations. Hence I realised that my book would not be complete without a discussion of evolution, particularly a discussion of the consequences of the macromutation theory for our conception of the course and mechanism of evolution. 

I therefore undertook a study of the literature on evolution, and made several discoveries which strengthened my conviction that the micromutation theory does not stand up to critical testing. Above all, I discovered that the so-called ‘Neo-Darwinism’ is fundamentally different from Darwin’s theory.

Since that time I have written several publications on evolution, adding steadily to the evidence falsifying the micromutation theory.

However, the most interesting discoveries were made when I began to delve into the history of evolutionary thought. First, I came to see what I should have realised at the outset, namely, that it is Lamarck, and not Darwin, who is the founder of the theory of evolution.

Second, I found that the macromutation theory is older than Darwinism, if not than the micromutation theory, and that it has had supporters, in varying numbers, for about one-and-a-half centuries.

Third, I came to understand that in the last century, hardly anybody, not even Darwin himself, believed that natural selection can accomplish all the events necessary for the occurrence of organic
‘evolution. 

Fourth, I discovered that the history of evolutionary thought, as it is told today, contains a large number of mistakes and misrepresentations – to express it fairly mildly – all of them aimed at adulating Darwin and debunking his opponents.

Today it is still commonly claimed that Darwin’s natural selection is the evolutionary mechanism par excellence. However, this assertion is not based on any factual evidence, for nobody has ever demonstrated that natural selection can bring about anything but events that are trivial from an evolutionary perspective. And this brings me to the fifth point. Since the publication of On the Origin of Species, and particularly since the Second World War, a lot of empirical observations have been made which may be used to test the evolutionary theories. And the remarkable result is that, just as Darwin found one hundred years ago, the facts obstinately corroborate the macromutation theory and falsify the micromutation theory.

These are the main discoveries I have made in the course of my studies, and I propose to present them in detail on the following pages.

The championship of a heretical point of view is a delicate matter which requires better corroboration than might otherwise be called for. For this reason I have decided to let the dramatis personae speak their own cases as far as possible, and therefore a large part of the following text consists of quotations. This fact does not, of course, guarantee impartiality; against accusations of inequity I can only say that I have done my best. One circumstance which may serve to support this claim is that some persons, above all the principal actor,
Charles Darwin, are quoted to present divergent, even contradictory views.

Before we deal with Darwin’s contribution, we shall first discuss a set of four theories, which in my view are required to account for organic evolution, and some aspects of the history of evolutionary’ thought before Darwin. Subsequently we shall deal with Darwin’s theory, its reception and its fate during the following century. After that follows the presentation of an alternative theory of evolution, which stands up to the problems which have remained unsolved by Darwinism. At this stage, when, in my opinion, the Darwinian myth has been refuted, it may be appropriate to scrutinize it and try to understand why it arose in the first place.

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HT/TC: Darwiniana

Elie Wiesel 'falou e disse': Jerusalém é 'imexível'

FOR JERUSALEM:

As published in The International Herald Tribune, The Washington Post and The Wall Street Journal on April 16, 2010 and in The New York Times on April 18, 2010:

It was inevitable: Jerusalem once again is at the center of political debates and international storms. New and old tensions surface at a disturbing pace. Seventeen times destroyed and seventeen times rebuilt, it is still in the middle of diplomatic confrontations that could lead to armed conflict. Neither Athens nor Rome has aroused that many passions.

For me, the Jew that I am, Jerusalem is above politics. It is mentioned more than six hundred times in Scripture—and not a single time in the Koran. Its presence in Jewish history is overwhelming. There is no more moving prayer in Jewish history than the one expressing our yearning to return to Jerusalem. To many theologians, it IS Jewish history, to many poets, a source of inspiration. It belongs to the Jewish people and is much more than a city, it is what binds one Jew to another in a way that remains hard to explain. When a Jew visits Jerusalem for the first time, it is not the first time; it is a homecoming. The first song I heard was my mother’s lullaby about and forJerusalem. Its sadness and its joy are part of our collective memory.

Since King David took Jerusalem as his capital, Jews have dwelled inside its walls with only two interruptions; when Roman invaders forbade them access to the city and again, when under Jordanian occupation, Jews, regardless of nationality, were refused entry into the old Jewish quarter to meditate and pray at the Wall, the last vestige of Solomon’s temple. It is important to remember: had Jordan not joined Egypt and Syriain the war against Israel, the old city of Jerusalem would still be Arab. Clearly, while Jews were ready to die for Jerusalem they would not kill for Jerusalem.

Today, for the first time in history, Jews, Christians and Muslims all may freely worship at their shrines. And, contrary to certain media reports, Jews, Christians and Muslims ARE allowed to build their homes anywhere in the city. The anguish over Jerusalem is not about real estate but about memory.

What is the solution? Pressure will not produce a solution. Is there a solution? There must be, there will be. Why tackle the most complex and sensitive problem prematurely? Why not first take steps which will allow the Israeli and Palestinian communities to find ways to live together in an atmosphere of security. Why not leave the most difficult, the most sensitive issue, for such a time?

Jerusalem must remain the world’s Jewish spiritual capital, not a symbol of anguish and bitterness, but a symbol of trust and hope. As the Hasidic master Rebbe Nahman of Bratslav said, “Everything in this world has a heart; the heart itself has its own heart.”

Jerusalem is the heart of our heart, the soul of our soul.

- Elie Wiesel

Source/Fonte: The Elie Wiesel Foundation for Humanity

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Elie Wiesel was born in 1928 in Sighet, Transylvania, which is now part of Romania. He was fifteen years old when he and his family were deported by the Nazis to Auschwitz. His mother and younger sister perished, his two older sisters survived. Elie and his father were later transported to Buchenwald, where his father died shortly before the camp was liberated in April 1945.

After the war, Elie Wiesel studied in Paris and later became a journalist. During an interview with the distinguished French writer, Francois Mauriac, he was persuaded to write about his experiences in the death camps. The result was his internationally acclaimed memoir, La Nuit or Night, which has since been translated into more than thirty languages.

In 1978, President Jimmy Carter appointed Elie Wiesel as Chairman of the President's Commission on the Holocaust. In 1980, he became the Founding Chairman of the United States Holocaust Memorial Council. He is also the Founding President of the Paris-based Universal Academy of Cultures and the Chairman of The Elie Wiesel Foundation for Humanity, an organization he and his wife created to fight indifference, intolerance and injustice. Elie Wiesel has received more than 100 honorary degrees from institutions of higher learning.

A devoted supporter of Israel, Elie Wiesel has also defended the cause of Soviet Jews, Nicaragua's Miskito Indians, Argentina's Desaparecidos, Cambodian refugees, the Kurds, victims of famine and genocide in Africa, of apartheid in South Africa, and victims of war in the former Yugoslavia. For more than ten years, Elie and his wife Marion have been especially devoted to the cause of Ethiopian-born Israeli youth through the Foundation's Beit Tzipora Centers for Study and Enrichment.

Teaching has always been central to Elie Wiesel's work. Since 1976, he has been the Andrew W. Mellon Professor in the Humanities at Boston University, where he also holds the title of University Professor. He is a member of the Faculty in the Department of Religion as well as the Department of Philosophy. Previously, he served as Distinguished Professor of Judaic Studies at the City University of New York (1972-76) and the first Henry Luce Visiting Scholar in Humanities and Social Thought at Yale University (1982-83).

Elie Wiesel is the author of more than forty books of fiction and non-fiction, including A Beggar in Jerusalem (Prix Médicis winner), The Testament (Prix Livre Inter winner), The Fifth Son (winner of the Grand Prize in Literature from the City of Paris), and two volumes of his memoirs.

For his literary and human rights activities, he has received numerous awards including the Presidential Medal of Freedom, the U.S. Congressional Gold Medal and the Medal of Liberty Award, and the rank of Grand-Croix in the French Legion of Honor. In 1986, Elie Wiesel won the Nobel Prize for Peace, and soon after, Marion and Elie Wiesel established The Elie Wiesel Foundation for Humanity.

An American citizen since 1963, Elie Wiesel lives with his wife in Connecticut.

Inferência coerente e incoerente em filogeografia e evolução humanas

sábado, abril 24, 2010

Coherent and incoherent inference in phylogeography and human evolution

Alan R. Templeton1

-Author Affiliations
Department of Biology, Washington University, St. Louis, MO 63130

Edited* by Eviatar Nevo, Institute of Evolution, Haifa, Israel, and approved March 3, 2010 (received for review September 16, 2009)

Abstract

A hypothesis is nested within a more general hypothesis when it is a special case of the more general hypothesis. Composite hypotheses consist of more than one component, and in many cases different composite hypotheses can share some but not all of these components and hence are overlapping. In statistics, coherent measures of fit of nested and overlapping composite hypotheses are technically those measures that are consistent with the constraints of formal logic. For example, the probability of the nested special case must be less than or equal to the probability of the general model within which the special case is nested. Any statistic that assigns greater probability to the special case is said to be incoherent. An example of incoherence is shown in human evolution, for which the approximate Bayesian computation (ABC) method assigned a probability to a model of human evolution that was a thousand-fold larger than a more general model within which the first model was fully nested. Possible causes of this incoherence are identified, and corrections and restrictions are suggested to make ABC and similar methods coherent. Another coalescent-based method, nested clade phylogeographic analysis, is coherent and also allows the testing of individual components of composite hypotheses, another attribute lacking in ABC and other coalescent-simulation approaches. Incoherence is a highly undesirable property because it means that the inference is mathematically incorrect and formally illogical, and the published incoherent inferences on human evolution that favor the out-of-Africa replacement hypothesis have no statistical or logical validity.

approximate Bayesian computation   coalescence   logic   nested clade analysis   statistics

Footnotes

1E-mail: temple_a@wustl.edu.

Author contributions: A.R.T. wrote the paper.

↵*This Direct Submission article had a prearranged editor.

The author declares no conflict of interest.

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PDF gratuito deste artigo aqui.

Possível estrutura ancestral em populações humanas

Possible Ancestral Structure in Human Populations

Vincent Plagnol * , Jeffrey D. Wall

1 Department of Molecular and Computational Biology, University of Southern California, Los Angeles, California, United States of America

Abstract

Determining the evolutionary relationships between fossil hominid groups such as Neanderthals and modern humans has been a question of enduring interest in human evolutionary genetics. Here we present a new method for addressing whether archaic human groups contributed to the modern gene pool (called ancient admixture), using the patterns of variation in contemporary human populations. Our method improves on previous work by explicitly accounting for recent population history before performing the analyses. Using sequence data from the Environmental Genome Project, we find strong evidence for ancient admixture in both a European and a West African population (p ≈ 10−7), with contributions to the modern gene pool of at least 5%. While Neanderthals form an obvious archaic source population candidate in Europe, there is not yet a clear source population candidate in West Africa.

Synopsis

Determining the evolutionary relationships between modern humans and fossil hominine groups such as Neanderthals has been a question of enduring interest in human evolutionary genetics. In this paper, Plagnol and Wall present a new method for addressing whether archaic human groups contributed to the modern gene pool. Using sequence data from the Environmental Genome Project, they find strong evidence for ancient admixture in both a European and a West African population, with contributions to the modern gene pool of at least 5%. While Neanderthals form an obvious archaic source population candidate in Europe, there is not yet a clear source population candidate in West Africa. The authors' results have direct implications for the competing models of modern human origins. In particular, their estimates of non-negligible contributions of archaic populations to the modern gene pool are inconsistent with strict forms of the Recent African Origin model, which posits that modern humans evolved in a single location in Africa and from there spread and replaced all other existing hominines.

Citation: Plagnol V, Wall JD (2006) Possible Ancestral Structure in Human Populations. PLoS Genet 2(7): e105. doi:10.1371/journal.pgen.0020105

Editor: Anna Di Rienzo, University of Chicago, United States of America

Received: February 17, 2006; Accepted: May 26, 2006; Published: July 28, 2006

Copyright: © 2006 Plagnol and Wall. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: This work was supported by NSF grant BCS-0423123 to JDW.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Abbreviations: ARG, ancestral recombination graph; CEPH, Centre d'Etude du Polymorphisme Humain 1980 database of people living in Utah with ancestry from Northern and Western Europe; EGP, Environmental Genome Project; RAO, recent African origin

* To whom correspondence should be addressed. E-mail: vincent.plagnol@normalesup.org

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Formulando um modelo histórico-demográfico de recente evolução humana baseado no resenquenciamento de dados de regiões não codificantes

Formulating a Historical and Demographic Model of Recent Human Evolution Based on Resequencing Data from Noncoding Regions

Guillaume Laval1,2, Etienne Patin1¤a, Luis B. Barreiro1¤b,Lluís Quintana-Murci1,2*

1 Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur, Paris, France, 2 Centre National de la Recherche Scientifique, URA3012, Paris, France

Abstract 

Background

Estimating the historical and demographic parameters that characterize modern human populations is a fundamental part of reconstructing the recent history of our species. In addition, the development of a model of human evolution that can best explain neutral genetic diversity is required to identify confidently regions of the human genome that have been targeted by natural selection.

Methodology/Principal Findings

We have resequenced 20 independent noncoding autosomal regions dispersed throughout the genome in 213 individuals from different continental populations, corresponding to a total of ~6 Mb of diploid resequencing data. We used these data to explore and co-estimate an extensive range of historical and demographic parameters with a statistical framework that combines the evaluation of multiple models of human evolution via a best-fit approach, followed by an Approximate Bayesian Computation (ABC) analysis. From a methodological standpoint, evaluating the accuracy of the parameter co-estimation allowed us to identify the most accurate set of statistics to be used for the estimation of each of the different historical and demographic parameters characterizing recent human evolution.

Conclusions/Significance

Our results support a model in which modern humans left Africa through a single major dispersal event occurring ~60,000 years ago, corresponding to a drastic reduction of ~5 times the effective population size of the ancestral African population of ~13,800 individuals. Subsequently, the ancestors of modern Europeans and East Asians diverged much later, ~22,500 years ago, from the population of ancestral migrants. This late diversification of Eurasians after the African exodus points to the occurrence of a long maturation phase in which the ancestral Eurasian population was not yet diversified.

Citation: Laval G, Patin E, Barreiro LB, Quintana-Murci L (2010) Formulating a Historical and Demographic Model of Recent Human Evolution Based on Resequencing Data from Noncoding Regions. PLoS ONE 5(4): e10284. doi:10.1371/journal.pone.0010284

Editor: John Relethford, State University of New York College at Oneonta, United States of America.

Received: November 3, 2009; Accepted: March 27, 2010; Published: April 22, 2010

Copyright: © 2010 Laval et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: Financial support was provided by Institut Pasteur, by the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and by the Agence Nationale de la Recherche (ANR) research grant (ANR-05-JCJC-0124-01) to L.Q.-M. L.B.B. was supported by a ‘Fundação para a Ciência e a Tecnologia’ fellowship (SFRH/BD/18580/2004), and E.P. by the “Fondation pour la Recherche Médicale” (FRM). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

* E-mail: quintana@pasteur.fr

¤a Current address: Human Genetics of Infectious Diseases, INSERM U550, Paris, France

¤b Current address: Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, United States of America

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Marcas do código genético no ribossomo

Imprints of the genetic code in the ribosome

David B. F. Johnson and Lei Wang1

-Author Affiliations
The Jack H. Skirball Center for Chemical Biology and Proteomics, The Salk Institute for Biological Studies, La Jolla, CA 92037

Edited* by Peter G. Schultz, The Scripps Research Institute, La Jolla, CA, and approved March 18, 2010 (received for review January 19, 2010)

Source/Fonte: PBS

Abstract

The establishment of the genetic code remains elusive nearly five decades after the code was elucidated. The stereochemical hypothesis postulates that the code developed from interactions between nucleotides and amino acids, yet supporting evidence in a biological context is lacking. We show here that anticodons are selectively enriched near their respective amino acids in the ribosome, and that such enrichment is significantly correlated with the canonical code over random codes. Ribosomal anticodon-amino acid enrichment further reveals that specific codons were reassigned during code evolution, and that the code evolved through a two-stage transition from ancient amino acids without anticodon interaction to newer additions with anticodon interaction. The ribosome thus serves as a molecular fossil, preserving biological evidence that anticodon-amino acid interactions shaped the evolution of the genetic code.

evolution of the genetic code   stereochemical hypothesis   anticodon-amino acid association
codon reassignment   RNA-protein interaction

Footnotes

1To whom correspondence should be addressed. E-mail: lwang@salk.edu.

Author contributions: D.B.F.J. and L.W. designed research; D.B.F.J. performed research; D.B.F.J. and L.W. analyzed data; and D.B.F.J. and L.W. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

↵*This Direct Submission article had a prearranged editor.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/cgi/content/full/1000704107/DCSupplemental.

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PDF gratuito deste artigo aqui.

Nova evidência em plantas revela: o micro-RNA pode se mover

Micro-RNA Can Move, New Evidence in Plants Shows

ScienceDaily (Apr. 21, 2010) — Ever since tiny bits of genetic material known as microRNA were first characterized in the early 1990s, scientists have been discovering just how important they are to regulating the activity of genes within cells.


A new study now shows that microRNAs don't just control the activity of genes within a given cell -- they also can move from one cell to another to send signals that influence gene expression on a broader scale.

Researchers at the Duke Institute for Genome Sciences & Policy (IGSP), in collaboration with groups at the Universities of Helsinki and Uppsala and the Boyce Thompson Institute for Plant Research at Cornell University, made the discovery while working out the intricate details of plant root development in Arabidopsis, a highly-studied mustard plant. Although they still don't know exactly how the microRNAs travel, it appears that this mobility allows them to play an important developmental role in sharpening the boundaries that define one plant tissue from another.

"To our knowledge, this is the first solid evidence that microRNAs can move from one cell to another," said Philip Benfey, director of the Duke IGSP Center for Systems Biology.
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Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

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Nature , | doi:10.1038/nature08977; Received 29 May 2009; Accepted 1 March 2010; Published online 21 April 2010

Cell signalling by microRNA165/6 directs gene dose-dependent root cell fate

Annelie Carlsbecker1,2,8, Ji-Young Lee3,4,8, Christina J. Roberts2, Jan Dettmer1, Satu Lehesranta1, Jing Zhou3,4, Ove Lindgren1,5, Miguel A. Moreno-Risueno6, Anne Vatén1, Siripong Thitamadee1, Ana Campilho1, Jose Sebastian3, John L. Bowman7, Ykä Helariutta1,8 & Philip N. Benfey6,8

Institute of Biotechnology/Department of Biosciences, University of Helsinki, FIN-00014, Finland
Department of Physiological Botany, Evolutionary Biology Center, Uppsala University, Norbyvägen 18D, SE-752 36 Uppsala, Sweden
Boyce Thompson Institute for Plant Research, Tower Road, Ithaca, New York 14853, USA
Graduate Field of Plant Biology, Cornell University, Ithaca, New York 14853, USA
Institute of Technology, University of Tartu, Tartu 50411, Estonia
Biology Department and IGSP Center for Systems Biology, Duke University, Durham, North Carolina 27708, USA
School of Biological Sciences, Monash University, Melbourne, Victoria 3800, Australia
These authors contributed equally to this work.

Correspondence to: Ykä Helariutta1,8Philip N. Benfey6,8Correspondence and requests for materials should be addressed to Y.H. (Email: yrjo.helariutta@helsinki.fi) or P.N.B. (Email: philip.benfey@duke.edu).

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Nature e de mais 22.440 publicações científicas.

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PERGUNTA INDISCRETA DESTE BLOGGER:

Sob qual referencial teórico esta pesquisa traria mais e melhores conhecimentos: mero acaso, fortuita necessidade, mutações filtradas pela seleção natural e n mecanismos evolutivos, ou Design Inteligente?

Compartilhando a carga: fibras de fibrina individuais distribuem a tensão por uma rede de coágulos de sangue

Sharing the Load: Individual Fibrin Fibers Distribute Strain Across a Network in Blood Clots

ScienceDaily (Apr. 21, 2010) — A new study shows that when it comes to networks of protein fibers, individual fibers play a substantial role in effectively strengthening an entire network of fibers. The research, published by Cell Press in the April 20th issue of the Biophysical Journal, describes a mechanism that explains how individual fibrin fibers subjected to significant strain can respond by stiffening to resist stretch and helping to equitably distribute the strain load across the network.


Fibrin is a fibrous protein that assembles into a remarkably strong mesh-like network and forms the structural framework of a blood clot. Failure of a clot can have fatal consequences. For example, if a portion of the clot breaks away and is carried downstream by the flowing blood, it can cause a stroke or heart attack. Although previous research has characterized the mechanical properties and behavior of fibrin networks on a macroscopic level, much less is known about the behavior of individual fibrin fibers and the distribution of strain from one fiber to the next.

"We know that network strength is determined in part by the maximum strain individual fibers can withstand, so it is of particular interest to determine how the high strain and failure characteristics of single fibrin fibers affect the overall strength of the network," says senior study author Dr. Michael R. Falvo from the Department of Physics and Astronomy at the University of North Carolina at Chapel Hill. "Further, determining how strain is shared among the constituent fiber segments in a network under imposed stress is crucial to understanding failure modes of networks and their strength."
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Biophysical Journal
Volume 98, Issue 8, 21 April 2010, Pages 1632-1640
doi:10.1016/j.bpj.2009.12.4312 | How to Cite or Link Using DOI
Copyright © 2010 Biophysical Society Published by Elsevier Inc.

Stiffening of Individual Fibrin Fibers Equitably Distributes Strain and Strengthens Networks

Nathan E. Hudson†, John R. Houser†, E. Timothy O'Brien III†, Russell M. Taylor II†, §, ¶, Richard Superfine†, Susan T. Lord‡ and Michael R. Falvo†, ,

† Department of Physics and Astronomy, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina

‡ Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina

§ Department of Computer Science, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina

¶ Curriculum in Applied Sciences and Engineering, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina

Received 9 September 2009;
accepted 8 December 2009.
Editor: Denis Wirtz..
Available online 18 April 2010.

Abstract

As the structural backbone of blood clots, fibrin networks carry out the mechanical task of stemming blood flow at sites of vascular injury. These networks exhibit a rich set of remarkable mechanical properties, but a detailed picture relating the microscopic mechanics of the individual fibers to the overall network properties has not been fully developed. In particular, how the high strain and failure characteristics of single fibers affect the overall strength of the network is not known. Using a combined fluorescence/atomic force microscope nanomanipulation system, we stretched 2-D fibrin networks to the point of failure, while recording the strain of individual fibers. Our results were compared to a pair of model networks: one composed of linearly responding elements and a second of nonlinear, strain-stiffening elements. We find that strain-stiffening of the individual fibers is necessary to explain the pattern of strain propagation throughout the network that we observe in our experiments. Fiber strain-stiffening acts to distribute strain more equitably within the network, reduce strain maxima, and increase network strength. Along with its physiological implications, a detailed understanding of this strengthening mechanism may lead to new design strategies for engineered polymeric materials.

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