Por que o enigma da cebola não é assim nenhuma Brastemp no contexto de justificação teórica em genômica?

O paradoxo da cebola: por que as afirmações do Design Inteligente sobre o genoma não se sustentam

A questão de argumentos em ciência não é avaliada em termos de dinheiro, mas se apoiada por evidências no contexto de justificação teórica – onde o sentido científico é demonstrado. Lopes acerta em dizer que nos últimos tempos, o pessoal da TDI tem “centrado sua atenção sobre dados da biologia molecular e da genômica”. Traduzindo em graúdos: eles sabem o que é e fazem ciência!

Logo em seguida, Lopes erra ao dizer que nós afirmamos ser “uma completa balela” a ideia de que há grande quantidade de material não funcional no genoma humano. O que a turma da TDI afirma é: o desconhecimento atual sobre o que uma região do DNA faz ou não, demanda mais pesquisas e estudos, antes de se afirmar que o nosso desconhecimento científico defina aquela região definitivamente como DNA lixo.

As pesquisas mais recentes, como a do ENCODE, mostraram, para comoção dos defensores da hipótese do DNA lixo – usado como prova do fato, Fato, FATO da evolução – que praticamente todo o DNA é funcional. Querer distinguir funcionalidade de atividade é questiúncula linguística que nem deveria prosperar em detrimento das pesquisas científicas sobre a funcionalidade genômica.

Para contestar as teses defendidas pela turma do TDI, Lopes conversou com dois “gigantes da genômica brasileira” - Marcelo Nóbrega, da Universidade de Chicago (EUA), e Maria Cátira Bortolini, da UFRGS.

Destacou que a comparação excelente e perturbadora feita por Nóbrega teria lançado por terra a ideia de que “os genomas são entidades tão arrumadinhas e inteligentemente projetadas” que alguns defensores do DI dizem.

No seu tiquinho de biologia molecular básica, Lopes recordou que o DNA contém a “receita” para a produção de praticamente todas as moléculas do nosso organismo. Essa informação primeiro é “transcrita” na forma de outra molécula, o RNA. Depois, esse RNA é enviado para máquinas de produção de proteínas, os chamados ribossomos, os quais “traduzem” a informação presente no RNA numa versão “final”, a de proteínas. Várias coisas complicadas podem acontecer nesse caminho – o RNA pode ser “editado” de várias maneiras, por exemplo. Em geral, jogam-se fora os íntrons, regiões do RNA (e do DNA) que não correspondem a futuras proteínas, e montam-se os éxons, as regiões funcionais do material genético.

Notaram a linguagem teleológica empregada por Lopes na sua aula de biologia molecular? “receita”, “transcrita”, “enviado”, “traduzem”, “editado”, “jogam-se fora” e “montam-se”. Mas Darwin não tinha alijado a teleologia da biologia evolucionária em 1859? Tudo sobre informação, que até hoje Darwin e seus discípulos atuais não conseguiram explicar sua origem... A TDI é uma teoria de informação complexa especificada.

Nóbrega disse – “ninguém acredita que 85% do genoma é funcional”. Esta afirmação é improcedente, pois há cientistas evolucionistas que aceitam esses 85% de funcionalidade do genoma. Ex.: John S. Mattick e Marcel E. Dinger entre outros. Vide The extent of functionality in the human genome.

Ele nomeou duas razões para isso ter se espalhado. A mais importante, pasme, foi a irresponsabilidade dos membros do ENCODE ao divulgarem os resultados: eles disseram que em 85% do genoma acontece algum processo bioquímico mensurável por técnicas usadas no Projeto ENCODE.

Não entrarei agora em detalhes sobre somente 1% do genoma ser traduzido em proteínas, e que graças aos enormes íntrons entre os éxons de cada gene, a fração do genoma ocupada por genes é um terço, e que isso vira RNA, e que a grande maioria desse RNA é jogada fora, e apenas uma fração é utilizada para fazer proteínas, pois isso é um fato científico.

Se os pesquisadores do Projeto ENCODE utilizaram isso como referencial para suas pesquisas, é porque eles estavam atrás de alguma coisa que o atual paradigma genecêntrico reducionista não permite pesquisar. Contrariando esse paradigma, o pessoal do ENCODE achou 85% de função no genoma humano.

O Projeto ENCODE envolveu 450 pesquisadores do mundo inteiro. Eles realizaram cerca de 1.650 experimentos que examinou a expressão dos genes em quase 150 tipos diferentes de células humanas.

Não cola a segunda razão considerada importante por Nóbrega de que a mídia interpretou errado o que os membros do ENCODE estavam dizendo e, pasmem, alteraram o contexto do que foi dito para dizer que 85% do genoma é funcional. Alô Nature, como foi publicado aí a descoberta do ENCODE em 2012? Com revisão por pares, certo? Quais foram as reações de cientistas reportadas na Nature?

Nóbrega lançou um desafio: se alguém quiser defender o design inteligente no genoma cheio de lixo evolucionário, vai ter que “resolver o paradoxo da cebola”.

1. Se nosso genoma de 3 bilhões de letras reflete a dita complexidade organísmica, como então justificar o genoma da cebola, com 15 bilhões de letras? Será que é tão mais complicado colocar uma camada de cebola sobre a outra do que construir um cérebro humano?

RESPOSTA:

Desde quando a complexidade de um genoma é medida pelo seu tamanho? A complexidade está no código, na sua eficiência, na sua aperiodicidade, nas suas estratégias de splicing alternativo e overlapping genético, no enovelar das histonas, na troca de timina por uracila, na troca de ribose por desoxirribose, e tantos outros detalhes.

O “paradoxo da cebola” é uma questão biológica antiga, conhecida como paradoxo/enigma do valor C – falta de relação entre o conteúdo de DNA em um organismo e seu potencial codificador e complexidade.

Os fatores que são importantes em limitar o número de genes funcionais contidos em um genoma de quaisquer organismos são completamente desconhecidos, não são Nóbrega?

Para complicar ainda mais o meio de campo da turma do DNA lixo, ainda nem está claro o que significa “número de genes funcionais” Será DNA codificando proteína? DNA codificador de RNA? DNA que serve para outras funções estruturais?

Na verdade, até o significadode “gene” ficou no ar desde o ENCODE.

Linha do Tempo sobre o gene.

Outro fator extremamente complicador, e Nóbrega sabe disso, é que a maioria da informação biológica em um organismo não está no seu DNA.

Nóbrega perguntou se seria “tão mais complicado colocar uma camada de cebola sobre a outra do que construir um cérebro humano?” Eu sei que ele não está propondo a existência de “uma função universal” aplicada tanto para mamíferos (nós humanos somos mamíferos) e cebolas.

Baseado em evidências, e Nóbrega sabe disso, os cientistas propuseram que o DNA intrônico não codificador de proteína ajudam a regular o splicing alternativo nas células do cérebro, e que o DNA repetitivo não codificador de proteína exerce um papel fundamental no desenvolvimento da placenta.

Por que Nóbrega apresenta um aparente dilema científico sinuca de bico, quando cebolas não têm cérebros e nem placentas??? E Nóbrega é um dos “gigantes da genômica brasileira” e professor na Universidade de Chicago...

Por que as células de cebola têm cinco vezes mais DNA do que as células humanas, é uma pergunta interessante, mas não coloca nenhuma dificuldade para a crescente evidência contra o mito do DNA lixo.

Como justificar por que peixes como o baiacu tenham um genoma de 400 milhões de letras, e outros peixes, como os pulmonados, tenham um genoma de 150 bilhões de letras? Ambos são peixes, nadam, soltam bolhinhas. Por que 600 vezes mais complexo? Boa pergunta, mas facilmente respondida: variação do mesmo tema de arquitetura biológica adaptada ao nicho ecológico – baiacu é baiacu, e peixe pulmonado é peixe pulmonado. Cada espécie com o seu genoma variável e complexo, mas adequado ao seu meio ambiente.

Como justificar o genoma da Polychaos dubium, com 670 bilhões de letras sendo uma [simples] ameba. Apesar de a ameba ser 200 vezes mais complexa e sofisticada do que criacionistas e evolucionistas, quem está fazendo a pesquisa sobre a complexidade e sofisticação da ameba somos nós e não as amebas: uma grande diferença ontológica e de essência. Mas aí, Nóbrega não se deu conta de que não estava mais fazendo ciência, e sim expondo seu materialismo filosófico que posa como se fosse ciência. Nada mais falso!

Encerrando essa questão do paradoxo/enigma do valor C e do ENCODE, eis uma declaração que precisa ser considerada cum grano salis:

“Se o genoma humano é, realmente, desprovido de DNA lixo como é sugerido pelo Projeto ENCODE, então, um processo evolucionário longo e não guiado, não pode explicar o genoma humano. Se, por outro lado, os organismos são intencionalmente projetados, então todo o DNA, ou o tanto quanto possível, deve exibir função. Se o ENCODE estiver certo, então a Evolução está errada.”

“If the human genome is indeed devoid of junk DNA as implied by the ENCODE project, then a long, undirected evolutionary process cannot explain the human genome. If, on the other hand, organisms are designed, then all DNA, or as much as possible, is expected to exhibit function. If ENCODE is right, then Evolution is wrong.”

Dan Graur, na sua palestra na Reunião da Society for Molecular Biology and Evolution em Chicago, EstadosUnidos, em dezembro de 2013.

Quanto à comparação entre os genomas humanos e chimpanzés, Nóbrega disse – “não sei do que estão falando”. Sendo uma grande especialista em genômica, deveria saber. Por que não faz nenhum sentido falar em 70% e não 98%?

Quanto às evidências genômicas do parentesco entre o homem e os demais primatas, há outras pesquisas demonstrando que a semelhança entre o nosso DNA e o dos chimpanzés não é de mais de 90%, mas estaria na casa de 70% ou até menos.

Jon Cohen, "Relative Differences: The Myth of1%," Science, Vol. 316:1836 (June 29, 2007)

“pesquisas estão demonstrando que [humanos e chimpanzés] não são tão semelhantes quanto muitos tendem acreditar”;

“a estatística de 1% é um “truísmo [que] deve ser retirado”;

“a estatística de 1% é “mais um impedimento para o entendimento do que uma ajuda”;

“a diferença de 1% não foi toda a história”;

“Os pesquisadores estão descobrindo que sobre a distinção do 1%, extensões perdidas de DNA, genes extras, conexões alteradas em redes de genes, e a própria estrutura dos cromossomos confundem qualquer quantificação de ‘natureza humana’ vs ‘natureza de chimpanzé’.

Pesquisas demonstram que ~0.8% de nosso genoma, os humanos são mais próximos aos orangotangos do que dos chimpanzés.

Incomplete lineage sorting patterns among human, chimpanzee, and orangutan suggest recent orangutan speciation and widespread selection

Asger Hobolth, Julien Y. Dutheil, John Hawks, Mikkel H. Schierup e Thomas Mailund

Genome Research 2011. 21: 349-356

0.8% de nosso genoma pode não parecer muito, mas isso é igual a mais de 20 milhões de pares de bases.

Um artigo publicado em 2007 no Molecular Biology and Evolution afirma:

Por cerca de 23% de nosso genoma, nós não compartilhamos nenhuma ancestralidade genética próxima com o nosso parente mais próximo existente, o chimpanzé. Isso engloba os genes e os éxons na mesma extensão das regiões intergênicas. Nós concluímos que cerca de 1/3 de nossos genes começou a evoluir como linhagens humanas específicas antes de acontecer a diferenciação dos humanos, chimpanzés, e gorilas.

For about 23% of our genome, we share no immediate genetic ancestry with our closest living relative, the chimpanzee. This encompasses genes and exons to the same extent as intergenic regions. We conclude that about 1/3 of our genes started to evolve as human-specific lineages before the differentiation of human, chimps, and gorillas took place.

Ingo Ebersberger, Petra Galgoczy, Stefan Taudien, Simone Taenzer, Matthias Platzer, and Arndt von Haeseler, "Mapping HumanGenetic Ancestry," Molecular Biology and Evolution, Vol. 24 (10):2266-2276 2007.

Maria Cátira Bortolini preferiu não entrar no mérito da questão genômica e fez algumas observações mais gerais sobre o fenômeno do criacionismo. Como a TDI não é criacionismo, nada replicaremos. Apenas lamentamos uma atitude dessas incompatível para uma cientista. Fica até deselegante dizer aqui, mas sua postura parece muito mais de uma advogada de porta de cadeia do que de uma cientista! Aproveite e se inteire acima a quantas anda a questão da semelhança entre humanos e chimpanzés na literatura especializada!

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Por que o Reinaldo Lopes não entrevista certos membros do MDI no Brasil???