Filogenias sem fósseis, problema com a topologia

The Trouble with Topology: Phylogenies without Fossils Provide a Revisionist Perspective of Evolutionary History in Topological Analyses of Diversity

James E. Tarver1,2,* and Philip C. J. Donoghue1,*

Author Affiliations

1School of Earth Sciences, University of Bristol, Wills Memorial Building, Queen's Road, Bristol, BS8 1RJ, UK

2Department of Biological Sciences, Dartmouth College, Hanover, NH 03755, USA

*Correspondence to be sent to: School of Earth Sciences, University of Bristol, Wills Memorial Building, Queen's Road, Bristol, BS8 1RJ, UK; 

E-mail:james.tarver@bristol.ac.uk; phil.donoghue@bristol.ac.uk.

Received February 10, 2010.

Revision received May 7, 2010.

Accepted January 7, 2011.

The decidedly asymmetrical architecture of the Tree of Life betrays the fact that some evolutionary lineages have diversified to a greater or lesser extent than have others. It has been a goal of evolutionary ecology to identify shifts in diversification rate (speciation rate minus extinction rate) and their causal bases. Historically, the question of relative diversity was addressed in terms of phylogenies of fossils (Simpson 1944) with focus shifting to taxonomies in the 1970s (Raup et al. 1973, Gould et al. 1977). The dramatic rise in the availability of molecular sequence data in the 1990s led to renewed interest in phylogenies and diversity from evolutionary biologists and attempts to explain patterns of diversity returned to phylogenies. For the first time, however, historical events inferred to have shaped current diversity were identified without recourse to palaeontological data (Harvey et al. 1994).

Two principal approaches have been developed– “distance” and “topological” methods. Distance (aka “temporal”) methods represent a natural development of taxonomic methods that were initially aphylogenetic. They exploit branch length data or the temporal spacing of branching events within phylogenetic trees and while distance methods remain popular for analyzing rates of evolution, they have lost out in favor of topological methods for the analysis of the history of clade diversity.

Topological (aka “tree shape”) methods were developed in parallel with distance methods but are distinguished in that they exploit only tree balance as a record of evolutionary history (Slowinski and Guyer 1989). They have been adopted widely because they eschew temporal and distance data and so they can be applied readily to phylogenetic trees, such as supertrees, where distance data are lacking (Moore et al. 2004). The purpose of these methods is to determine 1) if lineages within a given phylogenetic tree diversified under different rates and 2) which particular …

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Reconciliando a teoria evolucionária e a prática taxonômica

Reconciling evolutionary theory and taxonomic practice

McCABE, T.

Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research

Volume 49, Issue 4, pages 257–265, November 2011

Keywords:

Development; disposition; genomics; evolution; pan-genome; speciation; species concept; taxonomy; variome

Abstract

The notion of evolution is a notion of change; yet, biologists customarily define each species as if it were a static class. One approach to this supposed disconnect between evolutionary theories and taxonomic practices would be to change those practices. Instead, the author claims this alleged disparity is a misreading. For the most part, it disappears under a proposed modified essentialist species concept involving unique species-specific developmental suites. Each suite specific to a natural species is envisioned as a number of dispositional alternatives expressed distributively among the organisms in that species. There is support for this species concept in recent work in comparative genomics and developmental genetics. The concept is compatible with intraspecific variation and gradual evolution, and unifies practice and theory. It leads to an extended model of speciation and to an observational protocol for testing the concept and model.

Résumé

La notion d’évolution est basée sur le changement; les biologistes définissent cependant chaque espèce comme s’il s’agissait d’un concept fixe. L’une des méthodes possibles pour résoudre cet apparent paradoxe entre les théories de l’évolution et les pratiques taxonomiques consisterait à changer ces pratiques.

L’auteur affirme ainsi que ce soi-disant paradoxe est un malentendu qui disparaît pour l’essentiel lorsque l’on considère un concept essentialiste de l’espèce, impliquant des schémas uniques de développement spécifique. Chaque schéma, spécifique à une espèce « naturelle », prend en compte un nombre de dispositions alternatives qui s’expriment de façon distributive parmi les individus faisant partie de cette espèce. Ce nouveau concept d’espèce est étayé par des études récentes dans les domaines de la génomique comparative et génétique du développement. Ce concept est compatible avec les variations intraspécifiques et l’évolution graduelle, ce qui concilie la théorie avec la pratique. Il permet d’envisager un modèle de spéciation plus ouvert et un protocole pour tester le concept et le modèle.

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Recomendado como leitura do mês de abril de 2011 no Setor de Ornitologia do Museu Nacional do Rio de Janeiro, por Lorian Cobra Straker.

Kinesina: sua extrema complexidade é mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente???

Minireview

Kinesin: What Gives?

Steven M. Block1, ,

1 Department of Molecular Biology, Princeton University, Princeton, New Jersey 08544, USA

Available online 29 September 2000.

Kinesin shares one or more properties with various mechanoenzymes. Like myosin, kinesin is the eponymous member of an entire superfamily of ATP-driven motors in eukaryotes: yeast has six kinesin-related proteins, and over two dozen relatives have been identified in the mouse. Like dynein, kinesin is a protein that binds to and moves along a microtubule substrate, powering a variety of transport processes, such as vesicle movement. Like many nucleic acid–based enzymes (polymerases, helicases, nucleases, etc.), but unlike myosin or dynein, kinesin functions processively, translocating through multiple enzymatic cycles before releasing from its substrate ( [8] and [19] [both in this issue of Cell). However, kinesin enjoys one distinction that sets it apart from the pack. Each of its two globular heads, responsible for both enzymatic and motor activity, is formed from a single polypeptide only ∼345 amino acids long. Kinesin's motor domain weighs three times less than that of myosin (which carries two additional light chains), and ten times less than that of dynein (which carries both light and intermediate chains). As such, kinesin is the smallest molecular motor, by far—and quite possibly the simplest (for reviews, see [6], [13], [26] and [27]). Although kinesin's discovery lagged two decades after dynein and nearly a century after myosin, our understanding of kinesin today rivals or surpasses that of any other motor protein, thanks to advances in molecular and structural biology, biophysics, and the not inconsiderable groundwork laid by prior studies of myosin. But despite the wealth of data accumulated for kinesin in just over a decade, we still don't understand the molecular mechanism by which it, or any other biological motor, moves.

Much of what we've learned about kinesin is so new that researchers have scarcely had time to digest it. Crystal structures have now been determined for the motor domains of kinesin ( [18] and [24]) and family relatives ncd (Sablin et al. 1996) and Kar3p (Gulick et al. 1998). Remarkably, all three structures share a folding motif that is identical to one present in the core of the myosin head, and also to a lesser degree in G proteins, such as ras and α-transducin, raising the possibility of a common mechanism (Vale 1996). Recently, the structure of a dimeric kinesin construct was solved, revealing how its two heads are connected (Figure 1; Kozielski et al. 1997), as well as the long-sought structures for α- and β-tubulin (Nogales et al. 1998). High-resolution electron microscopic reconstructions by several groups have shown how kinesin, a plus-end directed motor, is situated when bound to microtubules, as compared to ncd, its minus-end directed cousin (Amos and Hirose 1997). These reconstructions, and studies of the directions moved by genetically engineered kinesin-ncd chimeras, have furnished early hints about the origin of directional polarity in kinesin proteins ( [7] and [12]). Although ATP hydrolysis by kinesin has many similarities to myosin biochemistry, there is at least one crucial difference: the two heads of kinesin are by no means independent, but act instead in a coordinated fashion, such that the binding and hydrolysis of ATP by one head promotes ADP release by its counterpart (Lohman et al. 1998references therein). This, and the finding that single-headed kinesin constructs do not sustain processive movement ( [2], [11] and [28]), have lent support to the notion that dimeric kinesin moves “hand-over-hand,” advancing its heads in strict alternation. In this way, at least one head stays bound to the substrate at any given time, explaining how single kinesin molecules can move steadily against sustained loads approaching the stall force. An important corollary of this is that both heads must be capable of binding to a microtubule simultaneously, at least transiently.

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Furo na lei de Dollo: rãs voltam a ter dentes depois de 200 milhões de anos

Evolution

Volume 65, Issue 5, pages 1283–1296, May 2011

RE-EVOLUTION OF LOST MANDIBULAR TEETH IN FROGS AFTER MORE THAN 200 MILLION YEARS, AND RE-EVALUATING DOLLO'S LAW 

John J. Wiens

Article first published online: 27 JAN 2011

DOI: 10.1111/j.1558-5646.2011.01221.x

© 2011 The Author(s). Evolution© 2011 The Society for the Study of Evolution.

Source/Fonte: BBC

Abstract

Keywords: Amphibians; developmental constraint; Dollo's law; morphology; phylogeny

Dollo's law states that structures that are evolutionarily lost will not be regained. Recent phylogenetic studies have revealed several potential examples in which Dollo's law seems to be violated, where lost structures appear to have been regained over evolutionary time. However, these examples have recently been questioned and suggested to be methodological artifacts. In this article, I document a striking and incontrovertible phylogenetic example of the re-evolution of a lost, complex structure: mandibular teeth in the frog genus Gastrotheca. I use a time-calibrated phylogeny for 170 amphibian species to show that mandibular teeth were lost in the ancestor of modern frogs at least 230 million years ago (Mya) and have been regained in the last ∼5–17 My. I review recent studies on trait re-evolution and show that this long period of trait absence prior to re-acquisition is largely unprecedented. I also argue that there are several methodological issues that may cause trait re-evolution to be hardest to detect under those conditions when it is most likely to occur, leading to erroneous failures to reject Dollo's law. Finally, I discuss a mechanism that may facilitate trait re-evolution, and the evolution of mandibular teeth in frogs as an example of developmental constraint.

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NOTA DESTE BLOGGER:

O bom do paradigma evolucionista é que qualquer que seja a evidência, ela sempre será a favor de Darwin, o homem que teve a maior ideia que toda a humanidade já teve. Na ausência de dentes, a teoria da evolução de Darwin explica. Na volta dos dentes, a teoria da evolução de Darwin explica. Explica tudo, até mal olhado... 

Essa flexibilidade heurística, mesmo que fira a lógica, sempre conta a favor de Darwin. Aprendi na universidade, não sei se ainda ensinam isso, que uma teoria científica que explica tudo não explica nada. NOTA BENE: NÃO EXPLICA NADA!!!

Resolvendo questões filogenéticas difíceis: porque mais sequências não são suficientes

Resolving Difficult Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough

Hervé Philippe1*, Henner Brinkmann1, Dennis V. Lavrov2, D. Timothy J. Littlewood3, Michael Manuel4, Gert Wörheide5,6, Denis Baurain7

1 Département de Biochimie, Centre Robert-Cedergren, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada, 2Department of Ecology, Evolution, and Organismal Biology, Iowa State University, Ames, Iowa, United States of America, 3Department of Zoology, The Natural History Museum, London, United Kingdom, 4 Université Paris 6, UMR 7138 "Systématique, Adaptation, Evolution" UPMC CNRS IRD MHNH, Paris, France, 5Department of Earth and Environmental Sciences, Ludwig-Maximilians-Universität München, München, Germany, 6 GeoBio-Center, Ludwig-Maximilians-Universität München, München, Germany, 7 Unit of Animal Genomics, GIGA-R and Faculty of Veterinary Medicine, University of Liège, Liège, Belgium

Citation: Philippe H, Brinkmann H, Lavrov DV, Littlewood DTJ, Manuel M, et al. (2011) Resolving Difficult Phylogenetic Questions: Why More Sequences Are Not Enough. PLoS Biol 9(3): e1000602. doi:10.1371/journal.pbio.1000602

Academic Editor: David Penny, Massey University, New Zealand

Published: March 15, 2011

Copyright: © 2011 Philippe et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: The work was funded by NSERC (www.nserc-crsng.gc.ca), CRC (www.chairs-chaires.gc.ca), Agence Nationale de la Recherche (http://www.agence-nationale-recherche.fr​/), ARC Biomod (www.cfwb.be), and DFG (http://www.dfg.de/en/index.jsp). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Abbreviations: BS, bootstrap support; EST, expressed sequence tag; LBA, long branch attraction

* E-mail: herve.philippe@umontreal.ca

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Darwin's Tree of Life image/Imagem da Árvore da Vida de Darwin

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In the quest to reconstruct the Tree of Life, researchers have increasingly turned to phylogenomics, the inference of phylogenetic relationships using genome-scale data (Box 1). Mesmerized by the sustained increase in sequencing throughput, many phylogeneticists entertained the hope that the incongruence frequently observed in studies using single or a few genes [1] would come to an end with the generation of large multigene datasets. Yet, as so often happens, reality has turned out to be far more complex, as three recent large-scale analyses, one published in PLoS Biology[2]–[4], make clear. The studies, which deal with the early diversification of animals, produced highly incongruent (Box 2) findings despite the use of considerable sequence data (see Figure 1). Clearly, merely adding more sequences is not enough to resolve the inconsistencies.

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Traduzindo esta pesquisa em miúdos epistemológicos: a Árvore da Vida de Darwin é uma miragem, crida pelos evolucionistas como uma muleta psicológica a fim de enfrentar as agruras do contexto de justificação teórica que, desde 1859, lhes é desfavorável - um Australopithecus afarensis se transmutar em antropólogo amazonense!!!

Darwin 'falou e disse': somos ignorantes sobre a origem das espécies

"Ninguém deve sentir surpresa no quanto ainda permanece inexplicado com relação à origem das espécies e as variedades, se ele fizer a devida concessão para a nossa profunda ignorância em relação às relações mútuas de todos os seres que vivem em nosso redor." 

"No one ought to feel surprise at much remaining as yet unexplained in regard to the origin of species and varieties, if he makes due allowance for our profound ignorance in regard to the mutual relations of all the beings which live around us."

Charles Darwin, in Introduction, Origin of Species

RNA "lixo": de mensageiro a guardião da integridade genômica - mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente???

A cada pesquisa em biologia, os cientistas cada vez mais descobrem complexidade em cima de complexidade e, pior para os evolucionistas, cada vez mais descobrem teleologia, reforçando assim a teoria do Design Inteligente.


Dê uma olhada nesta pesquisa sobre certas regiões não codificantes do RNA, publicada na Nature. A linguagem do Abstract dos autores é teleológica. E dizem por aí os iluminados que Darwin eliminou a teleologia da Biologia. NADA MAIS FALSO!!!


EXCERTOS DA SCIENCE DAILY:

“RNA: From Messenger to Guardian of Genome Integrity” (ScienceDaily, May 23, 2012), nós somos informados:

"For decades the scientific community has attributed a role to RNA that is subordinate to that of DNA: the functional processes of expression of genetic information into proteins. With some known exceptions, such as the classes of tRNA and rRNA involved in the synthesis of proteins, RNA molecules were considered “fleeting” messengers necessary to carry genetic instructions from the nucleus, site of the genome, to the cytoplasm where proteins, the scaffolding of living organisms, are produced.

In recent years, this simplistic view has given way to an increasingly complex scenario, with the identification of new RNA classes involved in numerous cellular events.

One in particular, however, had never been identified or described to date: it is DDRNA, a class of non protein-coding RNAs that are generated every time the genome is damaged. They originate from the same sequence of DNA damaged and have the essential task of launching the molecular alarms through which the cell detects the problem and resolves it by repairing the damage."

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Site-specific DICER and DROSHA RNA products control the DNA-damage response

Sofia Francia, Flavia Michelini, Alka Saxena, Dave Tang, Michiel de Hoon, Viviana Anelli, Marina Mione, Piero Carninci & Fabrizio d’Adda di Fagagna

Nature (2012) doi:10.1038/nature11179

Received 08 February 2010 

Accepted 04 May 2012 

Published online 23 May 2012

Abstract 

Non-coding RNAs (ncRNAs) are involved in an increasingly recognized number of cellular events1. Some ncRNAs are processed by DICER and DROSHA RNases to give rise to small double-stranded RNAs involved in RNA interference (RNAi)2. The DNA-damage response (DDR) is a signalling pathway that originates from a DNA lesion and arrests cell proliferation3. So far, DICER and DROSHA RNA products have not been reported to control DDR activation. Here we show, in human, mouse and zebrafish, that DICER and DROSHA, but not downstream elements of the RNAi pathway, are necessary to activate the DDR upon exogenous DNA damage and oncogene-induced genotoxic stress, as studied by DDR foci formation and by checkpoint assays. DDR foci are sensitive to RNase A treatment, and DICER- and DROSHA-dependent RNA products are required to restore DDR foci in RNase-A-treated cells. Through RNA deep sequencing and the study of DDR activation at a single inducible DNA double-strand break, we demonstrate that DDR foci formation requires site-specific DICER- and DROSHA-dependent small RNAs, named DDRNAs, which act in a MRE11–RAD50–NBS1-complex-dependent manner (MRE11 also known as MRE11A; NBS1 also known as NBN). DDRNAs, either chemically synthesized or in vitro generated by DICER cleavage, are sufficient to restore the DDR in RNase-A-treated cells, also in the absence of other cellular RNAs. Our results describe an unanticipated direct role of a novel class of ncRNAs in the control of DDR activation at sites of DNA damage.

Source/Fonte: Nature

100% Design Inteligente!!!

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Nature e de mais 22.440 publicações científicas.

Se humanos escrevem em código genético, isso é Design Inteligente?

Se humanos escrevem em código genético, isso é Design Inteligente? 

Evolution News & Views 22 de maio de 2012 6:00 AM | Permalink 

Cientistas estão começando a usar o DNA para escrever código de computador. Eles se imaginam como designers de um sistema. E o que isso implica sobre o código genético natural? 

Isso é "totalmente radical," anunciou um comunicado à imprensa da Escola de Medicina da Universidade Stanford: "Cientistas do Departamento de Bio-engenharia da Universidade Stanford elaboraram um método para repetidamente codificar, armazenar e apagar dados digitais dentro do DNA de células vivas." Após 3 anos de trabalho e 750 tentativas, eles descobriram um modo de criar e apagar código digital usando as moléculas do DNA. 

Eles não estão usando as bases A-G-C-T que o código genético natural usa para armazenar informação. Em vez disso, eles usaram um modo pelo qual uma porção do DNA aponta como o equivalente de um bit: um modo indica o número 1, e o outro indica o 0 (zero). É RAD(ical) porque eles deram este nome: Recombinase Addressable Data (RAD). Isso oferece o poder de usar o DNA como uma memória não-volátil e um “interruptor” molecular para ligar as proteínas fluorescentes nos micróbios. 

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Este trabalho, todavia, envolve uma sobreposição consistente e coerente com o código genético natural. Primeiro, os cientistas estão usando micróbios vivos. Em segundo lugar, eles planejam usá-lo para engenharia biológica. Terceiro, eles acreditam que o trabalho deles "pode impactar nosso entendimento de/e interação com a vida." Um pesquisador afirmou, "A armazenagem de dados programáveis dentro do DNA de células vivas parece ser um ferramenta incrivelmente ponderosa para estudar o câncer, o envelhecimento, desenvolvimento organismal e até o ambiente natural." 

Além disso, o artigo original no PNAS 1 fala de material genético como um "meio natural de armazenagem de dados". O novo sistema deles opera em conjunção com o código genético natural e pode sobreviver a 100 divisões celulares; em outras palavras, é um código artificial trabalhando junto com o código natural. 

Isso leva a uma pergunta totalmente radical: Se um pesquisador sem presciência desta tecnologia examinasse um micróbio usando-a, ele ou ela não estaria justificado em inferir que uma causa inteligente desempenhou um papel na sua origem? Se assim, qual é a diferença em inferior uma causa inteligente para a origem do "código genético natural", uma vez que isso também envolve a codificação e armazenamento de informação funcional? 

Referência citada 

1. Bonnet, Substoontorn and Endy, "Rewritable digital data storage in live cells via engineered control of recombination directionality," PNAS May 21, 2012, doi: 10.1073/pnas.1202344109 (open access). 

Nova técnica de mapear a informação do DNA que expõe ainda mais a tolice evolucionária

17 de maio de 2012 

Eis nova técnica de mapear a informação do DNA que expõe ainda mais a tolice evolucionária 

Um novo método foi desenvolvido para mapear os locais exatos nos quais o DNA foi marcado com um grupo de hidroxila. A molécula de hidrogênio-oxigênio, como o grupo de metila ao qual está ligada, influencia a expressão do gene e assim ajuda os organismos a se adaptar. A adaptação das espécies às pressões ambientais pareceria como evidência óbvia a favor da evolução. Mas em anos recentes nós começamos a entender a enorme complexidade da adaptação. Não é uma história da seleção natural agindo sobre variações biológicas não dirigidas (isto é, variações que são cegas às pressões ambientais). Esse tipo de processo não dirigido tem sido o dogma evolucionário desde o século passado. No que era conhecido como Síntese Moderna, a adaptação biológica era descrita como resultante das variações cegas, por exemplo, a partir do rearranjos genéticos ou mutações não guiadas. Agora, graças à evolução nós estamos agora começando a entender a versão verdadeira da adaptação biológica. O que nós estamos vendo é uma máquina de adaptação incrivelmente complexa que ajusta os designs dos organismos em resposta às pressões ambientais. 

Não é uma história simples, pois há uma variedade de maneiras diferentes que tais adaptações podem ocorrer. Esses mecanismos, em termos gerais, rotulados de herança epigenética, pode regular a expressão de genes bem como redesenhar os genes. A conclusão é que as adaptações não são não dirigidas, elas beneficiam o organismo, e elas são extremamente complexas. A história evolucionista está errada completamente. Como um evolucionista admitiu, a Síntese Moderna: 

“afirma que as variações são cegas, são genéticas (baseadas em ácido nucleico), e que os eventos saltacionais não contribuem significativamente para a mudança evolucionária. A perspectiva epigenética desafia todas essas pressuposições, e parece que uma nova teoria ampliada, informada pelas pesquisas de desenvolvimento e de herança epigenética, e incorporando quadros referenciais darwinistas, lamarckistas, e saltacional, irá substituir a versão de evolução da Síntese Moderna.” 

Uma nova teoria ampliada? Isso deve ser interessante, pois teria que explicar como a evolução cria os mecanismos que, por si mesmos, causam a evolução (na forma de adaptação). Na verdade, os evolucionistas já estão explicando isso sem perder tempo. Por exemplo (do mesmo artigo): 

“A herança epigenética deve ser favorecida em condições ambientais flutuantes que durem mais do que uma geração (mas não por muito tempo) e pode ser particularmente importante no tipo de ambientes experimentados por muitos micro-organismos. Em tais ambientes flutuantes, a herança epigenética eficiente provavelmente evolui (i) se o ambiente parental portar informação confiável sobre o ambiente da descendência, (ii) quando a resposta à indução for longa e incorrer em um alto custo, e (iii) quando o recall não for uma opção ou incorrer em um custo muito alto.” 

Isso foi fácil. A evolução simplesmente acontece. Sempre que houver uma vantagem para um novo design, então isso irá surgir. É assim que funciona a evolução. 

Um dos bem conhecidos mecanismos epigenéticos é a metilação do DNA, no qual um grupo de metal é adicionado à citosina, uma das quatro letras químicas do DNA. O grupo metil é um tipo de marcador que pode ajudar a regular a expressão de genes. A metilação do DNA é realizada através da ação de uma máquina molecular complicada (a DNA metiltransferase) que adiciona o grupo metil exatamente no local certo no filamento de DNA. 

Assim, a evolução configurou a DNA metiltransferase e a informação molecular associada que diz onde adicionar o grupo metil, a fim de que mais tarde o organismo e sua descendência possam se beneficiar quando surgirem certas pressões ambientais. Isso é bom planejamento. 

E para complicar mais ainda a questão, este marcador molecular pode, ele mesmo, ser modificado. Isto é, a marca pode ser marcada, adicionando assim outro nível de informação ao mecanismo epigenético. Neste caso, o grupo metil é hidroxilizado. E, é claro, uma diferente máquina molecular complicada é exigida para a tarefa, e a informação de quando e onde ir funcionar é necessária. 

A evolução deve ter criado todos esses processos e máquinas moleculares para que a evolução pudesse ocorrer. Mas isso não é tudo. Os pesquisadores descobriram padrões de metilação diferentes entre ratos do mesmo lixo, e criados no mesmo ambiente. Como foi relatado: 

“[Pesquisadores] descobriram regiões na composição genética do animal com padrões extremamente diferentes. Além disso, essas regiões ocorriam entre os genes responsáveis em determinar a anatomia durante o início do desenvolvimento.” 

Em outras palavras, regiões variavelmente metiladas do DNA têm sido descobertas, e tal variabilidade poderia levar ao aumento de traço de variabilidade. Os evolucionistas especulam que isso pode ajudar a população sobreviver: 

“Nós estamos propondo que certos genes variantes contribuem para a heterogeneidade nas populações. Em um ambiente flutuante, isso concede às gerações mais oportunidade de sobreviver.” 

E talvez esta nova capacidade possa ajudar responder a perguntas de longa data sobre como que evolução pode trabalhar tão bem. Como os autores do artigo explicam: 

“Por mais de 100 anos, a ciência dominante abraçou os princípios básicos da visão de Darwin de que as características que aumentam a capacidade de um organismo de sobreviver e se reproduzir serão passadas de geração a geração. … Características que afetam a afetam a capacidade de um organismo se adaptar e sobreviver em tempos de mudança ambiental têm sido consideradas como tendo surgido pelo acaso através de mutações aleatórias no DNA de um organismo. Contudo, esta visão não podia explicar como tais mutações, que surgem apenas raramente, ajudam a organismos de todo o tamanho e variedade a se adaptar rapidamente ao longo do tempo. 

Assim, a evolução criou os genes, os cromossomos e alelos, transferência horizontal de genes, os íntrons, a metilação do DNA, e o seu sinal adicional de hidroxila, só para nomear algumas estruturas e processos. É claro que tem uma série estonteante de máquinas moleculares coreografando este drama exatamente nos momentos necessários. Tudo isso para que mais evolução pudesse ocorrer. 

E nós podemos adicionar outro milagre à lista: regiões do DNA variavelmente metiladas a fim de que gerações futuras possam sobreviver quando alguma mudança ambiental inesperada surgir. Seria difícil imaginar uma teoria mais idiota. Os níveis absurdos aos quais os evolucionistas descem é verdadeiramente notável. 

Postado por Cornelius Hunter 17 de maio de 2012

Os cientistas radicais, livres, de posicionamentos ousados, são os que inflamam a ciência

BOOKS ON SCIENCE

Rebels Whose Bold Moves Set Science Aglow

By KATHERINE BOUTON

Published: May 21, 2012

“Science is not for the meek and mild,” Michael Brooks writes in this entertaining new book. “It is red in tooth and claw; its very ideas and breakthroughs are subject to the law of the survival of the fittest. Good scientists must strive to overthrow, undermine and destroy their colleagues’ reputations.” 

The “radicals” of his title are scientists with an unwavering belief in the truth of their ideas and no compunction about breaking the rules to prove it. They fight, they try to block colleagues’ progress, they commit fraud, they deceive and manipulate others.

And, more than occasionally, they rely on illicit substances and fever dreams. Kary Mullis, who won the 1993 Nobel Prize in Chemistry for creating the polymerase chain reaction, credited his breakthrough to regular use of hallucinogenic drugs. Nikola Tesla had to be shaken out of a catatonic state after he saw a vision in the setting sun that inspired the first self-starting alternating-current motor.

Then there is self-experimentation that no medical review board would approve if it were done on others. The Australian physician Barry Marshall discovered the cause of many gastric problems, including ulcers , by drinking the suspected bacteria “in a cloudy, brown, bug-nourishing broth.” Three days later he began to feel strangely bloated; five days later he was vomiting and his breath smelled putrid. Finally and luckily, his own immune system dealt with the infection. He won the Nobel Prize in Medicine in 2005.

Scientists overlook inconvenient results, writes Mr. Brooks, a British science writer who holds a doctorate in quantum physics and writes a weekly column for The New Statesman. They ignore data that conflict with their ideas. Einstein, for example, bristled at criticism of his papers, withdrawing one submitted to The Physical Review after an anonymous peer reviewer pointed out an error. He published the paper elsewhere, Mr. Brooks writes, “complete with the mistake.”

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Read more here/Leia mais aqui: New York Times

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

A Nomenklatura científica quando se depara com um cientista radical livre desses tenta de todas as maneiras destruir sua carreira acadêmica ou silenciá-lo. Inquisição sem fogueiras!!! 

Exemplo recente desse comportamento abjeto vimos em Francisco Salzano, Sergio Danilo Pena et al que, covardemente não mencionaram o nome do Prof. Dr. Marcos Nogueira Eberlin, Unicamp, em carta ao presidente da Academia Brasileira de Ciências, expressando sua preocupação com a "popularização de ideias retrógradas que afrontam o método científico, fundamentadas no criacionismo, também chamado como 'design inteligente", e por se sentirem "afrontados pela divulgação de conceitos sem fundamentação científica por pesquisadores de reconhecido saber em outras áreas da Ciência".

A filosofia e a história da ciência mostram que é a existência e a insistência desses rebeldes em avançarem suas ideias é que move a ciência. Por que? Porque se todos estiverem pensando a mesma coisa - a camisa de força paradigmática, ninguém está pensando em nada. A síndrome dos soldadinhos de chumbo! Este livro chegou em boa hora em que os Torquemadas tupiniquins já estão caçando os hereges!!!

Vade retro!!!

Repensando novamente a hereditariedade

Trends in Ecology and Evolution

Volume 27, Issue 6, June 2012, Pages 330–336

Opinion

Rethinking heredity, again

R. Bonduriansky 

Evolution and Ecology Research Centre and School of Biological, Earth and Environmental Sciences, University of New South Wales, Sydney, NSW, Australia

Available online 22 March 2012.

Abstract

The refutation of ‘soft’ inheritance and establishment of Mendelian genetics as the exclusive model of heredity is widely portrayed as an iconic success story of scientific progress. Yet, we are witnessing a re-emergence of debate on the role of soft inheritance in heredity and evolution. I argue that this reversal reflects not only the weight of new evidence but also an important conceptual change. I show that the concept of soft inheritance rejected by 20th-century genetics differs fundamentally from the current concept of ‘nongenetic inheritance’. Moreover, whereas it has long been assumed that heredity is mediated by a single, universal mechanism, a pluralistic model of heredity is now emerging, based on a recognition of multiple, parallel mechanisms of inheritance.

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Map of Life [Mapa da vida] lançado

Welcome to the Map of Life first demonstration release! 

The current release allows you to explore globally the geographic distributions for any terrestrial vertebrate species (as well as North American freshwater fish). Specifically you are able to:

Display expert range maps, point occurrence records, records from study areas such as reserves and larger regions. These are shown as layers on maps, and a layer control widget allows you to adjust ordering, visibility, etc .
Retrieve a list of species for the vicinity of any location worldwide using the species list tool. Simply set search radius and group of interest, and right click (control-click on Macs) your mouse button on a point of the map.

This is a first demo public release, so please let us know if there are any issues or problems. The demo will work on all current browsers but we cannot guarantee backwards compatibility. Two short videos demonstrate taxonomic searches and the species list tool.  

The larger vision and many of the next steps for this project are outlined in this 2012 Trends in Ecology and Evolution paper. In near-future releases, we plan to greatly increase and enhance data coverage and functionality. We will soon add more datasets for vertebrates and extend coverage to plants and invertebrates. You will be able to:

Filter data based on characteristics such as seasonality, or date of observation

Flag and edit distribution data and provide feedback about those edits

Upload your own datasets, access them through their own workbench and publish them to the community

Intersect distribution data products with environmental data such as land cover and climate

Download redistributable products

Retrieve more thoroughly annotated species lists

Calculate, display and download gridded summary patterns of e.g. species richness, endemism, etc.

Calculate different measures of species global global range size

The mid to long term goal is a modeling framework including environmental data to produce more refined, quantitative estimates of of current-day and projected future species distributions. 

We appreciate your feedback on all aspects of Map of Life, especially how we can improve the experience of using the application, and the highest valued next steps based on your needs. Please feel free to click the “Feedback” tab in the application and let us know your thoughts.   

Your Map of Life team

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Source/Fonte: Map of Life

Electronic Scholarly Publishing: uma mina de artigos fundamentais

About ESP

Using the ESP system will be easier if you take a few moments to review the material available via the choices at the left of this screen. At a minimum, be sure to look at the section on REQUIREMENTS.

This site is dedicated to the electronic publishing of scientific and other scholarly materials. Of particular interest are the history of science, genetics, computational biology, and genome research.

Throughout 1998, the site will undergo major changes, when the Foundations of Classical Genetics section will be greatly enlarged.

ESP is intended to provide a stable, common framework in which dynamic electronic scholarly publishing can occur. However, we will be responding to unexpected needs and opportunities as they arise, so changes will undoubtedly occur as features are added or improved. These will be described in the What's New pages at this site.

If you need additional help, have comments, or have specific questions regarding the future development of this site, please send e-mail.

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NOTA DESTE BLOGGER:

Eu estava procurando um artigo clássico em genética de Sewall Wright, de 1931 - Evolution in Mendelian Populations, e achei aqui neste site!

FREE PDF GRATIS  

Israel: desafiando as improbabilidades

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Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas...]

Jerusalém unida: a capital eterna de Israel!!!

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Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas...]

O coração do povo judeu: o Kotel

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Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas...]

As três principais deficiências na evolução darwinista conforme ensinadas hoje nas escolas públicas

Quais são as três principais deficiências na evolução darwinista conforme ensinadas hoje nas escolas públicas? 

Casey Luskin 17 de maio de 2012 

Nós geralmente recebemos e-mails de estudantes buscando informação sobre a evolução. Recentemente um estudante universitário fez a seguinte pergunta: “Quais são a três principais deficiências na teoria evolucionária sendo ensinada hoje nas escolas públicas?” Minha resposta foi a seguinte: 

“Infelizmente a maioria das escolas públicas NÃO ensina sobre as deficiências na teoria evolucionária. Em vez disso, eles censuram esta informação, escondendo dos alunos toda a ciência que desafia a evolução darwinista. Mas em um mundo perfeito, se a evidencial contra a teoria darwinista fosse ensinadas, essas seriam as minhas três escolhas principais: 

(1) Dizer aos alunos que o registro fóssil frequentemente não tem formas transicionais e que há “explosões” de novas formas de vida, um padrão de radiações que desafia a teoria evolucionária darwinista. 

(2) Dizer aos alunos que muitos cientistas têm desafiado a capacidade da mutação aleatória e a seleção natural produzir características biológicas complexas. 

(3) Dizer aos alunos que muitas linhas de evidência a favor da evolução darwinista e do ancestral comum são fracas: 

a. Os embriões vertebrados começam a se desenvolver muito diferentemente, em contraste com os desenhos dos embriões frequentemente encontrados nos livros didáticos que, na maioria, aparecem semelhantes. 

b. A evidencia do DNA pinta quadros conflitantes da “árvore da vida”. Não existe nenhuma única “árvore”." 

c. A evidencia de mudanças de pequena escala, tais como as mudanças modestas no tamanho dos bicos de tentilhões ou as leves mudanças nas frequências de cor nas asas das “mariposas almiscaradas”, mostra microevolução, NÃO MOSTRA macroevolução. 

É claro, em um mundo perfeito, eu também preferiria que mais do que meramente ‘três deficiências na teoria evolucionária” fossem ensinadas aos estudantes. 

Eu também indiquei ao estudante um recurso que nós enviamos regularmente para alunos universitários, The College Student's Back-to-School Guide to Intelligent Design [O guia sobre Design Inteligente do estudante universitário de volta à escola], que contém um punhado de respostas úteis para as objeções comuns ao Design Inteligente.

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Nélio Bizzo, da Faculdade de Educação da USP, Mario de Pinna, do Museu de Zoologia da USP, Paulo Sano, do Departamento de Botânica da USP, Maria Isabel Landim, também do Museu de Zoologia, e Acácio Pagan, do Departamento de Biociências da Universidade Federal de Sergipe, afirmaram em entrevista recente que é “anticientífica” a maneira com que alguns pesquisadores vêm questionando publicamente a teoria evolutiva.

NADA MAIS FALSO! As críticas são científicas e todas elas embasadas na literatura especializada de conhecimento desses cientistas. Em plena era da internet, esse conhecimento científico INTENCIONALEMENTE escamoteado dos alunos e do público pela Nomenklatura científica, está vazando em blogs como este no mundo inteiro! Traduzindo em miúdos, Nelio Bizzo et al estão tapando o Sol das evidências contrárias à teoria da evolução de Darwin com uma peneira furada da retórica ufanista, da blindagem epistêmica, da intimidação dos críticos e oponentes (argumento ad baculum), e fogem covardemente do debate civil e público sobre a falência fragorosa de Darwin no CONTEXTO DE JUSTIFICAÇÃO TEÓRICA, assim como o Diabo foge da Cruz!!!

A proposta deste grupo de cientistas para a Universidade de São Paulo criar um Núcleo de Apoio à Pesquisa (NAP) sobre Educação, Divulgação e Epistemologia da Evolução Biológica, é mais do que bem-vinda, mas será um Núcleo  cientificamente realmente sério se ensinar objetivamente as muitas deficiências fundamentais da teoria da evolução encontradas no contexto de justificação teórica. Se não houver esta verdadeira atitude científica, será mais uma trincheira blindando Darwin de quaisquer críticas, até as científicas mencionadas frequentemente neste blog.

Se assim for, será um grande desperdício de dinheiro público e uma inominável deformação científica da educação de nossos alunos. Este blog irá se contrapor ao NAP caso ele tiver esta função canhestra de manutenção do dogma da Nomenklatura científica: DARWIN LOCUTA, EVOLUTIO FINITA!!!

Ao debate científico, Srs., pois a questão é estritamente científica!!!

Problemas com a Árvore da Vida evolucionária que você não aprendeu em aula de Biologia

15 de maio de 2012 

Este artigo discute problemas com a Árvore da Vida evolucionária que você não aprendeu em aula de Biologia 

Se apenas os evolucionistas dissessem ao mundo o que eles dizem entre si. Na mídia popular, nos livros detalhados sobre a evolução e nos livros-texto [de Biologia do ensino médio] uma frente unificada é apresentada: a evolução é um fato assim como é a gravidade ou a esfericidade da Terra. Seria perverso e irracional concluir o contrário. A evidencial científica a favor da evolução é esmagadora. Não existem problemas científicos substancias com a evolução, apenas questões científicas sobre detalhes. Simplificando, nós sabemos que a evolução ocorreu, apenas não sabemos como ocorreu. 

Mas, nas entranhas das bibliotecas acadêmicas, as publicações de pesquisas altamente técnicas contam uma história diferente. As evidências científicas que os evolucionistas geralmente se reportam como confirmando tão fortemente a evolução, na verdade, não confirmam. Sim, existem evidências que são consistentes com a evolução, mas também há muitas evidências que não são. Na verdade há muitas evidências que argumentam contra a evolução. Isso é evidente nas muitas predições fundamentais feitas pela evolução que falharam. Há uma incompatibilidade escancarada entre as altas afirmações dos evolucionistas e a ciência verdadeira. 

Por exemplo, eis o que a introdução de um artigo de publicação científica de 2009 disse sobre a árvore evolucionária: 

“A sequência do genoma é um ícone da Biologia do início do século 21. Genomas de aproximadamente 2000 organismos celulares, de muitos milhares de organelas e vírus, estão agora no domínio público... Ao mesmo tempo, ninguém só pode ficar maravilhado pela diversidade de genomas, tanto por todo o mundo vivo e, em muitos casos, dentro dos gêneros ou espécies. … Talvez o mais inesperado de tudo é a dissociação substancial, agora conhecida na maioria, embora não todos, dos ramos de vida organismal, entre as histórias filogenéticas de famílias de genes individuais e o que geralmente tem sido aceito ser a história dos genomas e/ou suas linhagens celulares ou de hospedeiros organismais. O paradigma da árvore da vida consolidado no Origem das espécies de Darwin (1859), mas ele mesmo surgindo de uma tradição de história natural mais antiga, parece emergir provavelmente, se de algum modo, da era do multigenoma, muito mais restrito em escopo, e sujeito a muito mais qualificações, do que poderia ter sido antecipado há uma dúzia de anos atrás.” 

A dissociação discutida acima diz respeito às muitas inconsistências entre as tradicionais árvores da vida evolucionárias, como determinado das características visíveis da espécie, e as árvores evolucionárias determinadas a partir de novíssimos dados genéticos data. Na verdade, não somente há uma dissociação entre os dados visíveis e genéticos, há inconsistências substanciais dentro de cada grupo. 

Na verdade, é impossível construir uma verdadeira árvore evolucionária usando todos os dados. Os evolucionistas rotineiramente constroem árvores evolucionárias usando um subconjunto de dados seletos, mais cooperativo. E até mesmo assim, as árvores resultantes são irreais. Isto é, elas requerem mudança evolucionária para a qual não existe nenhum mecanismo conhecido. Isso é verdade até mesmo de acordo com os evolucionistas que são bem liberais em permitir a especulação. 

O problema é que as espécies podem ser semelhantes em alguns aspectos, mas não em outros. Assim, espécies vizinhas na árvore evolucionária podem ter muitas semelhanças, mas em muitos casos elas têm algumas grandes diferenças, que a teoria evolucionista não pode explicar além de vaga especulação. 

Os autores do artigo concluem: 

“O crescimento rápido de dados de sequenciamento de genoma desde a metade dos anos 1990s está fornecendo agora detalhe inédito da base genética da vida, e não surpreendentemente, está catalisando a reavaliação mais fundamental das origens e da evolução desde o tempo de Darwin. Diversos artigos nesta questão temática argumentam que a árvore da vida de Darwin é melhor vista agora como uma aproximação —uma bem adequada como a descrição de algumas partes do mundo vivo (e.g. eucariotos morfologicamente complexos), mas menos exitosa em outras partes (e.g. vírus e muitos procariotos); na verdade, um de nossos autores vai além, proclamando o “fim” da árvore de Darwin como uma hipótese sobre a diversidade, e aparente naturalidade dos arranjos hierárquicos de grupos de organismos vivos.” 

Os autores do artigo são evolucionistas, e por isso são testemunhas solidárias. Eles acreditam que a evolução é verdadeira, mas mesmo assim eles devem admitir que a árvore evolucionária tem problemas. Até eles admitem que a a árvore evolucionária seja passé, ou pelo menos sujeita a muitas qualificações, restrita em escopo e, na melhor das hipóteses, uma aproximação. 

Entre a introdução e a conclusão há muitos detalhes interessantes. Por exemplo, o artigo discute um exemplo particular de espécie onde a árvore evolucionária “não parece ser muito útil, ou até especialmente significativa.” E no artigo, os autores mencionam modelos alternativos como um anel, rede ou outra topologia. 

Para ter certeza, os autores vêem muito valor ao modelo tradicional de árvore evolucionária. Mas os autores do artigo destacam o fato de que este modelo tradicional de árvore evolucionária é, bem, apenas isso —um modelo. Na verdade, o artigo é um exame breve, não discute os diversos problemas com o modelo de árvore. Por exemplo, o artigo dá a entender que as espécies eucarióticas se encaixam bem no modelo de árvore evolucionária. Isso não é verdade. Há muitas contradições para se contornar, inclusive nos eucariotos. 

E assim, se o modelo de árvore evolucionária é apenas um modelo, com muitas dificuldades que não incomuns com modelos científicos, então onde isso deixa as altas afirmações dos evolucionistas na mídia popular, em livros detalhados sobre a evolução, e nos livros didáticos, que a evolução é um fato —esmagadoramente apoiado pela ciência? 

Há um vasto abismo entre as afirmações de verdade que fazem os evolucionistas, e a ciência. Aqui nós consideramos a árvore evolucionária, mas a história é a mesma nas outras evidências a favor da evolução. Várias vezes, há as altas afirmações dos evolucionistas, e depois há a ciência. 

Sempre que uma teoria é apresentada em uma luz inexata, então a ciência perde. Os cientistas perdem a confiança do público, e os estudantes perdem a oportunidade de aprender a ciência verdadeira. 

Postado por Cornelius Hunter 15 de maio de 2012

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER


É este estado de colapso, falência epistêmica que é discutida intramuros e nas publicações científicas de acesso limitado, que os nossos alunos do ensino médio e até do superior desconhecem completamente.

Alguém viu Francisco Salzano, Sergio Danilo Pena, Carlos F. M. Menck, Catarina Satie Takahashi, Darcy Fontoura de Almeida, Fausto Foresti, Guilherme Kurtz, Henrique Krieger, Horacio Schneider, Mara Hutz, Paula Schneider, Roberto Giugliani, Samuel Goldenberg, Sergio Olavo Pinto da Costa, Vera Valente Gaiesky, que assinaram aquela carta para o presidente da Academia Brasileira de Ciências "denunciando" o Prof. Dr. Marcos Nogueira Eberlin, se posicionarem a favor da verdade encontrada nas evidências de que Darwin está heuristicamente falido? 

Alguém viu Nélio Bizzo, da Faculdade de Educação da USP, Mario de Pinna, do Museu de Zoologia da USP, Paulo Sano, do Departamento de Botânica da USP, Maria Isabel Landim, também do Museu de Zoologia, e Acácio Pagan, do Departamento de Biociências da Universidade Federal de Sergipe, fazer o mesmo???

Aprendi na universidade que a ciência é a busca da verdade, e que ciência e verdade não podem andar de mãos dadas! Quer dizer então que a Nomenklatura científica tupiniquim está em descompasso com a verdade das evidências dessas pesquisas veiculadas nas melhores publicações científicas? Eles não podem alegar desconhecimento da falência heurística do darwinismo, pois há uma década este blogger tem acesso às mesmas publicações científicas que têm esses luminares científicos tupiniquins.

Não abordar a questão publica e civilmente é FLAGRANTE DESONESTIDADE ACADÊMICA!!! Quem se sentir ofendido, que me processe por danos morais!!!