Outro artigo muito citado: Classificação filogenética e a Árvore Universal

Science 25 June 1999: 

Vol. 284 no. 5423 pp. 2124-2128 

DOI: 10.1126/science.284.5423.2124

REVIEW

Phylogenetic Classification and the Universal Tree

W. Ford Doolittle

Author Affiliations

Canadian Institute for Advanced Research, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Dalhousie University, Halifax, Nova Scotia B3H 4H7, Canada. E-mail: ford@is.dal.ca

ABSTRACT

From comparative analyses of the nucleotide sequences of genes encoding ribosomal RNAs and several proteins, molecular phylogeneticists have constructed a “universal tree of life,” taking it as the basis for a “natural” hierarchical classification of all living things. Although confidence in some of the tree's early branches has recently been shaken, new approaches could still resolve many methodological uncertainties. More challenging is evidence that most archaeal and bacterial genomes (and the inferred ancestral eukaryotic nuclear genome) contain genes from multiple sources. If “chimerism” or “lateral gene transfer” cannot be dismissed as trivial in extent or limited to special categories of genes, then no hierarchical universal classification can be taken as natural. Molecular phylogeneticists will have failed to find the “true tree,” not because their methods are inadequate or because they have chosen the wrong genes, but because the history of life cannot properly be represented as a tree. However, taxonomies based on molecular sequences will remain indispensable, and understanding of the evolutionary process will ultimately be enriched, not impoverished.

+++++

FREE PDF GRATIS

+++++

NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Quando trocava correspondência com alguns autores de livros didáticos de Biologia do ensino médio em 1998, este artigo de Doolittle, um dos maiores especialistas na área, foi destacado para eles, bem como para o MEC em 2003 e 2005, sobre a abordagem inadequada da hipótese de descendência com modificação.

Apenas um autor agradeceu este blogger ter salientado esta questão e aceitou a crítica, mas não vi mudança no seu livro. A maioria reagiu RAIVOSAMENTE e não se renderam às implicações que isso significa para o fato, Fato, FATO da evolução no contexto de justificação teórica. Nem o MEC/SEMTEC/PNLEM...

A Árvore da Vida de Darwin nunca existiu - é uma projeção das mentes materialistas que forçam as evidências a dizer o que elas não dizem.

Fui, cada vez mais convencido que o Darwinismo é igual a Alquimia...

Um artigo muito citado: Relação evolucionária de sequências de DNA em populações finitas

EVOLUTIONARY RELATIONSHIP OF DNA SEQUENCES IN FINITE POPULATIONS

Fumio Tajima 1

1 Center for Demographic and Population Genetics, The University of Texas at Houston, Houston, Texas 77025

With the aim of analyzing and interpreting data on DNA polymorphism obtained by DNA sequencing or restriction enzyme technique, a mathematical theory on the expected evolutionary relationship among DNA sequences (nucleons) sampled is developed under the assumption that the evolutionary change of nucleons is determined solely by mutation and random genetic drift. The statistical property of the number of nucleotide differences between randomly chosen nucleons and that of heterozygosity or nucleon diversity is investigated using this theory. These studies indicate that the estimates of the average number of nucleotide differences and nucleon diversity have a large variance, and a large part of this variance is due to stochastic factors. Therefore, increasing sample size does not help reduce the variance significantly. The distribution of sample allele (nucleomorph) frequencies is also studied, and it is shown that a small number of samples are sufficient in order to know the distribution pattern.

+++++

FREE PDF GRATIS

Submitted on February 11, 1983

Accepted on June 22, 1983

Pompeia vegetal do Permiano na Mongólia e suas implicações para os cenários da paleoecologia e paleobiogeografia da Catáisia

Permian vegetational Pompeii from Inner Mongolia and its implications for landscape paleoecology and paleobiogeography of Cathaysia

Jun Wanga,1, Hermann W. Pfefferkornb,1, Yi Zhangc, and Zhuo Fengd

Author Affiliations

aState Key Laboratory of Palaeobiology and Stratigraphy, Nanjing Institute of Geology and Palaeontology, Chinese Academy of Sciences, Nanjing 210008, China;

bDepartment of Earth and Environmental Science, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA 19104-6316;

cInstitute of Palaeontology, Shenyang Normal University, Shenyang 110034, China; and

dYunnan Key Laboratory for Palaeobiology, Yunnan University, Kunming 650091, China

Edited* by David L. Dilcher, Indiana University, Bloomington, IN, and approved January 24, 2012 (received for review September 13, 2011)

Abstract

Plant communities of the geologic past can be reconstructed with high fidelity only if they were preserved in place in an instant in time. Here we report such a flora from an early Permian (ca. 298 Ma) ash-fall tuff in Inner Mongolia, a time interval and area where such information is filling a large gap of knowledge. About 1,000 m2 of forest growing on peat could be reconstructed based on the actual location of individual plants. Tree ferns formed a lower canopy and either Cordaites, a coniferophyte, or Sigillaria, a lycopsid, were present as taller trees. Noeggerathiales, an enigmatic and extinct spore-bearing plant group of small trees, is represented by three species that have been found as nearly complete specimens and are presented in reconstructions in their plant community. Landscape heterogenity is apparent, including one site where Noeggerathiales are dominant. This peat-forming flora is also taxonomically distinct from those growing on clastic soils in the same area and during the same time interval. This Permian flora demonstrates both similarities and differences to floras of the same age in Europe and North America and confirms the distinct character of the Cathaysian floral realm. Therefore, this flora will serve as a baseline for the study of other fossil floras in East Asia and the early Permian globally that will be needed for a better understanding of paleoclimate evolution through time.

coal-swamp plant community plant paleoecology volcanic ash-fall tuff Wuda

Footnotes

1To whom correspondence may be addressed. E-mail: jun.wang@nigpas.ac.cn or hpfeffer@sas.upenn.edu.

Author contributions: J.W. and H.W.P. designed research; J.W., H.W.P., Y.Z., and Z.F. performed research; J.W., H.W.P., and Y.Z. contributed new reagents/analytic tools; J.W., H.W.P., Y.Z., and Z.F. analyzed data; and J.W. and H.W.P. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

*This Direct Submission article had a prearranged editor.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/lookup/suppl/doi:10.1073/pnas.1115076109/-/DCSupplemental.

Freely available online through the PNAS open access option.

+++++

FREE PDF GRATIS

Thomas Nagel, filósofo ateu, diz porque a Nomenklatura científica recusa discutir a teoria do Design Inteligente

Thomas Nagel/New York University

“O mais importante, a campanha do establishment científico em descartar o design inteligente como sendo fora de discussão porque não é ciência, resulta no evitar as questões significantes sobre a relação entre a teoria evolucionária e a crença religiosa, questões que devem ser enfrentadas a fim de se entender a teoria e avaliar a evidência científica a favor dela.” — Thomas Nagel, proeminente filósofo da ciência e ateu.

“Most importantly, the campaign of the scientific establishment to rule out intelligent design as beyond discussion because it is not science results in the avoidance of significant questions about the relation between evolutionary theory and religious belief, questions that must be faced in order to understand the theory and evaluate the scientific evidence for it.” — Thomas Nagel, prominent philosopher of science and atheist.

Sinalização estocástica reestrutura o mapa de interação de uma rede de feedbacks múltiplos durante a evolução de levedura

NATURE COMMUNICATIONS | ARTICLE OPEN

Stochastic signalling rewires the interaction map of a multiple feedback network during yeast evolution

Chieh Hsu, Simone Scherrer, Antoine Buetti-Dinh, Prasuna Ratna, Julia Pizzolato, Vincent Jaquet & Attila Becskei

Affiliations Contributions Corresponding author

Nature Communications 3, Article number: 682 doi:10.1038/ncomms1687

Received 20 July 2011 Accepted 17 January 2012 Published 21 February 2012

Abstract

During evolution, genetic networks are rewired through strengthening or weakening their interactions to develop new regulatory schemes. In the galactose network, the GAL1/GAL3 paralogues and the GAL2 gene enhance their own expression mediated by the Gal4p transcriptional activator. The wiring strength in these feedback loops is set by the number of Gal4p binding sites. Here we show using synthetic circuits that multiplying the binding sites increases the expression of a gene under the direct control of an activator, but this enhancement is not fed back in the circuit. The feedback loops are rather activated by genes that have frequent stochastic bursts and fast RNA decay rates. In this way, rapid adaptation to galactose can be triggered even by weakly expressed genes. Our results indicate that nonlinear stochastic transcriptional responses enable feedback loops to function autonomously, or contrary to what is dictated by the strength of interactions enclosing the circuit.

View full text

Subject terms: Biological sciences Biotechnology Evolution Microbiology

+++++

FREE PDF GRATIS

A dinâmica da haste de estatores rotativos das ATPases

NATURE COMMUNICATIONS | ARTICLE OPEN

The dynamic stator stalk of rotary ATPases

Alastair G. Stewart, Lawrence K. Lee, Mhairi Donohoe, Jessica J. Chaston & Daniela Stock

Affiliations Contributions Corresponding author

Nature Communications 3, Article number: 687 doi:10.1038/ncomms1693

Received 26 October 2011 Accepted 19 January 2012 Published 21 February 2012

Abstract

Rotary ATPases couple ATP hydrolysis/synthesis with proton translocation across biological membranes and so are central components of the biological energy conversion machinery. Their peripheral stalks are essential components that counteract torque generated by rotation of the central stalk during ATP synthesis or hydrolysis. Here we present a 2.25-Å resolution crystal structure of the peripheral stalk from Thermus thermophilus A-type ATPase/synthase. We identify bending and twisting motions inherent within the structure that accommodate and complement a radial wobbling of the ATPase headgroup as it progresses through its catalytic cycles, while still retaining azimuthal stiffness necessary to counteract rotation of the central stalk. The conformational freedom of the peripheral stalk is dictated by its unusual right-handed coiled-coil architecture, which is in principle conserved across all rotary ATPases. In context of the intact enzyme, the dynamics of the peripheral stalks provides a potential mechanism for cooperativity between distant parts of rotary ATPases.

View full text

Subject terms: Biological sciences Biochemistry Biophysics

+++++

FREE PDF GRATIS

Espaço, tempo e forma: considerando a Árvore da Vida

Space, time, form: viewing the Tree of Life

Trends in Ecology & Evolution, Volume 27, Issue 2, 113-120, 03 January 2012

Copyright © 2011 Elsevier Ltd All rights reserved.

10.1016/j.tree.2011.12.002

Authors

Roderic D.M. Page See Affiliations

Summary

There are numerous ways to display a phylogenetic tree, which is reflected in the diversity of software tools available to phylogenetists. Displaying very large trees continues to be a challenge, made ever harder as increasing computing power enables researchers to construct ever-larger trees. At the same time, computing technology is enabling novel visualisations, ranging from geophylogenies embedded on digital globes to touch-screen interfaces that enable greater interaction with evolutionary trees. In this review, I survey recent developments in phylogenetic visualisation, highlighting successful (and less successful) approaches and sketching some future directions.

+++++

FREE PDF GRATIS

Tempo de mudar como nós descrevemos a biodiversidade

Time to change how we describe biodiversity

Trends in Ecology & Evolution, Volume 27, Issue 2, 78-84, 20 December 2011

Copyright © 2011 Elsevier Ltd All rights reserved.

10.1016/j.tree.2011.11.007

Authors

Andrew R. Deans, Matthew J. Yoder, James P. BalhoffSee 

Affiliations

Summary

Taxonomists are arguably the most active annotators of the natural world, collecting and publishing millions of phenotype data annually through descriptions of new taxa. By formalizing these data, preferably as they are collected, taxonomists stand to contribute a data set with research potential that rivals or even surpasses genomics. Over a decade of electronic innovation and debate has initiated a revolution in the way that the biodiversity is described. Here, we opine that a new generation of semantically based digital scaffolding, presently in various stages of completeness, and a commitment by taxonomists and their colleagues to undertake this transformation, are required to complete the taxonomic revolution and critically broaden the relevance of its products.

+++++

FREE PDF GRATIS

Informática evolucionária: unificando conhecimento sobre a diversidade da vida

Evolutionary informatics: unifying knowledge about the diversity of life

Trends in Ecology & Evolution, Volume 27, Issue 2, 94-103, 13 December 2011

Copyright © 2011 Elsevier Ltd All rights reserved.

10.1016/j.tree.2011.11.001

Authors

Cynthia S. Parr,Robert Guralnick,Nico Cellinese,Roderic D.M. 

Page See Affiliations

Summary

The accelerating growth of data and knowledge in evolutionary biology is indisputable. Despite this rapid progress, information remains scattered, poorly documented and in formats that impede discovery and integration. A grand challenge is the creation of a linked system of all evolutionary data, information and knowledge organized around Darwin's ever-growing Tree of Life. Such a system, accommodating topological disagreement where necessary, would consolidate taxon names, phenotypic and geographical distributional data across clades, and serve as an integrated community resource. The field of evolutionary informatics, reviewed here for the first time, has matured into a robust discipline that is developing the conceptual, infrastructure and community frameworks for meeting this grand challenge.

+++++

FREE PDF GRATIS

Qual é a chave para uma teoria da evolução realista???

James A. Shapiro, Author, 'Evolution: A View from the 21st Century;' Professor of Microbiology, University of Chicago

What Is the Key to a Realistic Theory of Evolution?

Posted: 02/16/2012 5:55 pm

In The Origin of Species by Means of Natural Selection, Charles Darwin proposed to explain how one life form gave rise to another. He subtitled the book, "The Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life." He argued that a succession of small improvements in reproductive success would gradually lead to the major changes that distinguish one species from another. This gradualist hypothesis followed the Uniformitarian principle learned from his geology professor, Charles Lyell.

Since 1859, Darwin's followers have focused on optimizing reproductive success, now called "fitness." For them, natural selection increases fitness and, thus, generates new life forms, including their sophisticated and complex adaptations.

Darwin put it this way in Chapter 6: "If it could be demonstrated that any complex organ existed, which could not possibly have been formed by numerous, successive, slight modifications, my theory would absolutely break down. But I can find no such case."

There has always been controversy about whether random variation and natural selection for improved fitness can truly explain biological evolution over time. Today we can apply genome sequence data to test Darwin's theory. It answers clearly about gradualism.

Many genome changes at key stages of evolution have been neither small nor gradual. For example, plant breeders are familiar with rapid speciation. When we wish to create new plant species artificially, we do not use selection. We generate hybrids by mating different species. In a fine 1951 (!) Scientific American article on this subject entitled "Cataclysmic Evolution," the distinguished 20th Century evolutionist, G. Ledyard Stebbins, explained how flour wheat evolved, suddenly, by hybridization.

Hybridization frequently leads to a process of "whole genome doubling." Doubling the genome takes one generation and potentially affects all hereditary traits. Note that the production of new species with novel characters by hybridization occurs too rapidly for natural selection to act creatively.

Perhaps the most important evolutionary step of all took place at least one billion years ago, when two or more cells fused to produce the first "eukaryotic" cell having a defined nucleus. This nucleated cell was apparently the progenitor of all "higher" forms of life, including plants and animals. Such cell mergers are known as "symbiogenesis," long championed as an evolutionary force by the recently deceased biologist, Lynn Margulis .

It's remarkable that even though processes like hybridization and symbiogenesis have been well-known for decades, many neo-Darwinists firmly insist on gradualism in evolutionary change. Their position notwithstanding, living organisms have many tools at their disposal for generating sudden change.

As I described in my previous HuffPost blog, "Evolutionary Lessons from Superbugs," bacteria get new DNA information from unrelated organisms. Microbes transform into superbugs in a few minutes by "horizontal DNA transfer." Similar events confer new traits to many microbial and eukaryotic recipients, often multiple characters in a single step.

Was Darwin simply mistaken about the gradual nature of hereditary variation? Such ignorance would be unavoidable before we knew about Mendelian genetics and DNA. Or was there a deeper flaw in the theory that he (and Alfred Russell Wallace) propounded? The answer may well be that it was a basic mistake to think that optimizing fitness is the source of biological diversity.

My recent book, Evolution: A View from the 21st Century, begins: "Innovation, not selection, is the critical issue in evolutionary change." This blog expands on that assertion.

...

Read more here/Leia mais aqui: Huff Post Science

+++++

NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

É este conhecimento e status da falência epistêmica da teoria da evolução de Darwin através da seleção e n mecanismos evolucionários que nossos autores de livros didáticos de Biologia do ensino médio aprovados pelo MEC/SEMTEC/PNLEM, sabem, mas INTENCIONALMENTE não abordam, pois fazendo assim estão desnudando a Darwin.

O nome disso é DESONESTIDADE ACADÊMICA, 171 Epistêmico, e nenhum desses autores me processa por danos morais e materiais por chamá-los de desonestos. E é o que eles são, e eu não posso dizer outra coisa!!!

Alunos do ensino médio no Brasil, uni-vos, encostai vossos professores de Biologia na parede com estas questões. Vós estais sendo engabelados na vossa formação acadêmica por esses autores que, INTENCIONALMENTE, sonegam essas informações sobre o status epistêmico da teoria da evolução no contexto de justificação teórica.

Fui, nem sei por que, com vontade de vomitar em cima desta turma que posa como o supra sumo da ciência!!! 

Roberto Berlinck, mais um prêmio Nobel para um não químico

What, Another Nobel Prize in Chemistry to a Nonchemist

Editorial: What, Another Nobel Prize in Chemistry to a Nonchemist?

Prof. Roald Hoffmann*

Article first published online: 9 FEB 2012

DOI: 10.1002/anie.201108514

Angewandte Chemie International Edition

Volume 51, Issue 8, pages 1734–1735, February 20, 2012

The 2011 Nobel Prize in Chemistry was awarded to a materials scientist, Dan Shechtman, for the discovery of quasicrystals. The usual rumblings followed — why not include Paul Steinhardt, how about Roger Penrose? And, among chemists, a different tune, with an angry, resigned note to it, “Once again, not a real chemist …”

I want to address this attitude in this Editorial. First a few words about the Nobel Prizes.

...

FREE PDF GRATIS

+++++

NOTA DESTE BLOGGER:

O título acima não é uma provocação ao Prof. Dr. Roberto Berlinck, um dos críticos e oponentes mais veemente da teoria do Design Inteligente no Brasil, mas para chamar atenção que o seu blog “Química de Produtos Naturais” mudou de nome - “Ciência em Sociedade”. Ele informa que as postagens originais do “Quiprona” estão todas no novo blog.

E aqui para provocar toda a Nomenklatura científica: a teoria da evolução não é a teoria científica mais corroborada no contexto de justificação teórica, assim como é certa e comprovada a lei da gravidade e a Terra girar em torno do Sol? Então por que até hoje nenhum biólogo ganhou um prêmio Nobel em evolução?

Ah, está explicado! Não existe prêmio Nobel em evolução! Gente, mas isso é um despautério inominável contra Darwin, o homem que teve a maior ideia que toda a humanidade já teve! Vai que depois desta minha provocação os mandarins do Nobel resolvam criar um prêmio exclusivamente para a evolução...

Pano rápido, pois em ciência são as evidências que justificam uma teoria como científica ou não!!!

Vehochen parnososeinu - Mordechai Ben David

Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas]

Shabbat kodesh - Avraham Fried

Refua shleimah - Yaakov Shwekey

+++++


Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas]

Areivim - Yaakov Shwekey

+++++


Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas]

Uma perspectiva do problema do landscape na teoria das cordas

A perspective on the landscape problem

Lee Smolin

Perimeter Institute for Theoretical Physics,

31 Caroline Street North, Waterloo, Ontario N2J 2Y5, Canada

February 16, 2012

Abstract

I discuss the historical roots of the landscape problem and propose criteria for its successful resolution. This provides a perspective to evaluate the possibility to solve it in several of the speculative cosmological scenarios under study including eternal inflation, cosmological natural selection and cyclic cosmologies. 

Invited contribution for a special issue of Foundations of Physics titled Forty Years Of String Theory: Reflecting On the Foundations.

FREE PDF GRATIS: ArXiv

Príons apontam para um novo tipo de evolução não darwinista

Prions point to a new style of evolution

Updated 15:31 16 February 2012 by Andy Coghlan

Magazine issue 2852.

THE rogue proteins behind variant CJD, the human form of mad cow disease, have revealed their benign side. Prions, it seems, lie at the heart of a newly discovered form of near-instant evolution that provides life with a third way to adapt to potentially lethal environments. Crucially, it involves neither genetic nor epigenetic changes to DNA.

The conventional view is that new traits can only evolve if DNA itself changes in some way. The classic way to do this is by mutating the genetic code itself. More recently, researchers have discovered that molecules can clamp onto DNA and prevent some parts of the sequence from being read, leading to genetic changes through a process that is known as epigenetics.

Yeast breaks the mould. In challenging conditions, it can instantly churn out hundreds of brand-new and potentially lifesaving proteins from its DNA, all without changing the genes in any way. Instead, yeast alters the way genes are read. The tiny fungi convert a special type of protein called Sup35 into a prion.

Sup35 normally plays an important role in the protein production line. It makes sure that the ribosomes within cells, in which the proteins are built, start and stop reading an RNA strand at just the right points to generate a certain protein.

When Sup35 transforms into a prion, it no longer performs that role. With this quality control missing, the entire gene sequence is read as it spools through the ribosome. This generates new proteins from sections of RNA that are usually ignored (see diagram).

The result is that the yeast generates a hotchpotch of brand-new proteins without changing its DNA in any way. Within that mix of new proteins could be some that are crucial for survival.

Susan Lindquist at the Whitehead Institute for Biomedical Research in Cambridge, Massachusetts, first saw this process, which she calls "combinatorial evolution", in 2004, while studying lab-grown Baker's yeast (Saccharomyces cerevisiae).

"We've been saying this is really cool and a way of producing new traits for years, but other people have said it's a disease of lab yeast," she says.

Now she's proved the sceptics wrong by demonstrating beyond doubt that the same process happens in nature too. She has seen it at work in 255 of 700 natural yeasts she and her colleagues have studied (Nature, DOI: 10.1038/nature10875).

Lindquist grew the yeast in a hostile environment - either oxygen-depleted or abnormally acidic, for example - and then exposed the survivors to a chemical that destroys prions. Many colonies withered, showing that the prions were responsible for their competitive edge.

...

Read more here/Leia mais aqui: New Scientist

+++++

NOTA DESTE BLOGGER:

A cada dia que passa, mais a evolução, como conceito científico, vai se distanciando da visão de Darwin do século 19. Complexidade e mais complexidade, fenômenos evolucionários ainda não entendidos pelos cientistas levanta perguntas, que não são feitas pela Nomenklatura científica porque vai demonstrá-la desnudada nas suas afirmações dogmáticas sobre a origem das espécies:

O QUE REALMENTE OS CIENTISTAS SABEM SOBRE A EVOLUÇÃO???

O QUE DIZEM SOBRE A EVOLUÇÃO REFLETE O STATUS FALIMENTAR DE DARWIN NO CONTEXTO DE JUSTIFICAÇÃO TEÓRICA?

e outras...

Srs. está mais do que na hora de dizer adeus a Darwin, sem medo de ser feliz. Eu já disse adeus a Darwin em 1998 após ler o livro A Caixa Preta de Darwin (um livro adotado em escolas e universidades), de Michael Behe, e vi o quanto fui engabelado na minha formação educacional que me enfiou a teoria da evolução goela abaixo sem nenhum questionamento crítico.

O pior de tudo é que esta DOUTRINAÇÃO IDEOLÓGICA DO MATERIALISMO FILOSÓFICO continua sendo prática diária nas salas de aulas de ciência. Chamam isso de educação. Eu chamo de DESONESTIDADE EDUCACIONAL. 171 Epistêmico. Tudo isso feito para defender uma posição que sempre teve dificuldades no contexto de justificação teórica desde 1859.

Melhores práticas para a justificação de calibrações de fósseis

Best Practices for Justifying Fossil Calibrations

James F. Parham1,2,*, Philip C. J. Donoghue3, Christopher J. Bell4, Tyler D. Calway5, Jason J. Head6, Patricia A. Holroyd7, Jun G. Inoue8, Randall B. Irmis9, Walter G. Joyce10, Daniel T. Ksepka11,12, José S. L. Patané13, Nathan D. Smith14,15, James E. Tarver3,16, Marcel van Tuinen17, Ziheng Yang18, Kenneth D. Angielczyk15, Jenny M. Greenwood3, Christy A. Hipsley19,20, Louis Jacobs21, Peter J. Makovicky15, Johannes Müller19, Krister T. Smith22, Jessica M. Theodor23 and Rachel C. M. Warnock3

- Author Affiliations

1Alabama Museum of Natural History, University of Alabama, 427 6th Avenue, Smith Hall, Box 870340, Tuscaloosa, AL 35487, USA

2BioSynC, The Field Museum of Natural History, 1400 S Lake Shore Drive, Chicago, IL 60657, USA

3School of Earth Sciences, University of Bristol, Bristol BS8 1RJ, UK

4Department of Geological Sciences, The University of Texas at Austin, 1 University Station, C1100, Austin, TX 78712, USA

5Department of the Geophysical Sciences, University of Chicago, 5734 South Ellis Avenue, Chicago, IL 60637, USA

6Department of Earth and Atmospheric Sciences, University of Nebraska-Lincoln, 228 Bessey Hall, Lincoln, NE 68588-0340, USA

7Museum of Paleontology, University of California, 1101 Valley Life Sciences Building, Berkeley, CA 94720, USA

8Atmosphere and Ocean Research Institute, University of Tokyo, 5-1-5 Kashiwanoha, Kashiwa, Chiba 277-8564, Japan

9Utah Museum of Natural History and Department of Geology & Geophysics, University of Utah, Salt Lake City, UT 84112, USA

10Institut für Geowissenschaften, University of Tübingen, Sigwartstraße 10, 72076 Tübingen, Germany

11Department of Marine, Earth and Atmospheric Sciences, North Carolina State University, Raleigh, NC 27695, USA

12Department of Paleontology, North Carolina Museum of Natural Sciences, Raleigh, NC 27601, USA

13Laboratorio de Ecologia e Evolucao, Instituto Butantan, Av. Dr. Vital Brasil, 1500, 05503-900 Sao Paulo, SP, Brazil

14Committee on Evolutionary Biology, University of Chicago, 1027 E. 57th Street, Chicago, IL 60637, USA

15Department of Geology, Field Museum of Natural History, 1400 S. Lake Shore Drive, Chicago, IL 60605, USA

16Department of Biological Sciences, Dartmouth College, Hanover, NH 03755, USA

17Department of Biology and Marine Biology, University of North Carolina at Wilmington, NC 28403, USA

18Department of Biology, University College London, Gower Street, London WC1E 6BT, UK

19Museum für Naturkunde, Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung an der Humboldt-Universität zu Berlin, Invalidenstr. 43, 10115 Berlin, Germany

20Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Santa Cruz, A316 Earth and Marine Sciences Building, Santa Cruz, CA 95064, USA

21Department of Earth Sciences, Southern Methodist University, Dallas, TX 75275, USA

22Department of Paleoanthropology and Messel Research, Senckenberg Museum, Senckenberganlage 25, 60325 Frankfurt am Main, Germany

23Department of Biological Sciences, University of Calgary, 2500 University Dr. NW, Calgary, AB T2N 1N4, Canada

↵*Correspondence to be sent to: Department of Biology, California State University, 9001 Stockdale Highway, Bakersfield, CA 93311-1099, USA; E-mail: jparham@csub.edu.

Received September 13, 2011.

Revision received September 22, 2011.

Accepted November 14, 2011.

Abstract

Our ability to correlate biological evolution with climate change, geological evolution, and other historical patterns is essential to understanding the processes that shape biodiversity. Combining data from the fossil record with molecular phylogenetics represents an exciting synthetic approach to this challenge. The first molecular divergence dating analysis (Zuckerkandl and Pauling 1962) was based on a measure of the amino acid differences in the hemoglobin molecule, with replacement rates established (calibrated) using paleontological age estimates from textbooks (e.g., Dodson 1960). Since that time, the amount of molecular sequence data has increased dramatically, affording ever-greater opportunities to apply molecular divergence approaches to fundamental problems in evolutionary biology. To capitalize on these opportunities, increasingly sophisticated divergence dating methods have been, and continue to be, developed. In contrast, comparatively, little attention has been devoted to critically assessing the paleontological and associated geological data used in divergence dating analyses. The lack of rigorous protocols for assigning calibrations based on fossils raises serious questions about the credibility of divergence dating results (e.g., Shaul and Graur 2002; Brochu et al. 2004; Graur and Martin 2004; Hedges and Kumar 2004; Reisz and Müller 2004a, 2004b; Theodor 2004; van Tuinen and Hadly 2004a, 2004b; van Tuinen et al. 2004; Benton and Donoghue 2007; Donoghue and Benton 2007; Parham and Irmis 2008; Ksepka 2009; Benton et al. 2009; Heads 2011).

© The Author(s) 2012. Published by Oxford University Press on behalf of the Society of Systematic Biologists. All rights reserved.

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0), which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

+++++

FREE PDF GRATIS

DNA: mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente???

Querendo cumprir um forte desejo de Darwin: a origem das primeiras células em áreas anóxicas geotérmicas terrestres

Origin of first cells at terrestrial, anoxic geothermal fields

Armen Y. Mulkidjanian a,b,1, 

Andrew Yu. Bychkov c,

Daria V. Dibrova a,d, 

Michael Y. Galperin e, and Eugene V. Koonin e,1

Author Affiliations

aSchool of Physics, University of Osnabrück, D-49069 Osnabrück, Germany;

bA. N. Belozersky Institute of Physico-Chemical Biology and Schools of

cGeology and

dBioengineering and Bioinformatics, Moscow State University, Moscow 119992, Russia; and

eNational Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20894

Edited by Norman H. Sleep, Stanford University, Stanford, CA, and approved January 17, 2012 (received for review October 28, 2011)

Abstract

All cells contain much more potassium, phosphate, and transition metals than modern (or reconstructed primeval) oceans, lakes, or rivers. Cells maintain ion gradients by using sophisticated, energy-dependent membrane enzymes (membrane pumps) that are embedded in elaborate ion-tight membranes. The first cells could possess neither ion-tight membranes nor membrane pumps, so the concentrations of small inorganic molecules and ions within protocells and in their environment would equilibrate. Hence, the ion composition of modern cells might reflect the inorganic ion composition of the habitats of protocells. We attempted to reconstruct the “hatcheries” of the first cells by combining geochemical analysis with phylogenomic scrutiny of the inorganic ion requirements of universal components of modern cells. These ubiquitous, and by inference primordial, proteins and functional systems show affinity to and functional requirement for K+, Zn2+, Mn2+, and phosphate. Thus, protocells must have evolved in habitats with a high K+/Na+ ratio and relatively high concentrations of Zn, Mn, and phosphorous compounds. Geochemical reconstruction shows that the ionic composition conducive to the origin of cells could not have existed in marine settings but is compatible with emissions of vapor-dominated zones of inland geothermal systems. Under the anoxic, CO2-dominated primordial atmosphere, the chemistry of basins at geothermal fields would resemble the internal milieu of modern cells. The precellular stages of evolution might have transpired in shallow ponds of condensed and cooled geothermal vapor that were lined with porous silicate minerals mixed with metal sulfides and enriched in K+, Zn2+, and phosphorous compounds.

prebiotic chemistry, abiotic photosynthesis, hydrothermal alteration, origin of life, Na+/K+ gradient

Footnotes

1To whom correspondence may be addressed. E-mail:amulkid@uos.de or koonin@ncbi.nlm.nih.gov.

Author contributions: A.Y.M. designed research; A.Y.M., A.Y.B., D.V.D., M.Y.G., and E.V.K. performed research; A.Y.M., A.Y.B., and E.V.K. contributed new reagents/analytic tools; A.Y.M., A.Y.B., D.V.D., M.Y.G., and E.V.K. analyzed data; and A.Y.M., A.Y.B., D.V.D., M.Y.G., and E.V.K. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

*This Direct Submission article had a prearranged editor.

†“But if (and oh what a big if) we could conceive in some warm little pond with all sorts of ammonia and phosphoric salts, light, heat, electricity &c. present, that a protein compound was chemically formed, ready to undergo still more complex changes….” —from Darwin's 1871 letter to Joseph Hooker (17).

‡ZnS, broadly known as phosphor (from “phosphorescence”), shows a unique ability to convert diverse kinds of energy, including that of light quanta, X-rays, electrons (as in displays), α-particles (ZnS was introduced as the first inorganic scintillator by Sir William Crookes in 1903), into (electro)chemical energy of separated electric charges (reviewed in ref. 10).

This article contains supporting information online at www.pnas.org/lookup/suppl/doi:10.1073/pnas.1117774109/-/DCSupplemental.

Freely available online through the PNAS open access option.

FREE PDF GRATIS

A vinganças das mariposas salpicadas? Contra o ufanismo de Fernando Gewandsznajder

A vinganças das mariposas salpicadas? 

Jonathan Wells 12 de fevereiro de 2012 7:49 PM | Permalink

A estória da mariposa salpicada é familiar – até demais familiar – para a maioria dos leitores do site ENV, então aqui eu irei resumi-lo abreviadamente. Antes da revolução industrial, a maioria das mariposas salpicadas na Inglaterra era clara; mas depois que os troncos das árvores pelas cidades foram escurecendo devido à poluição, uma variedade escura (“melânica”) se tornou muito mais comum (um fenômeno conhecido como “melanismo industrial”. Nos anos 1950s, o médico inglês Bernard Kettlewell realizou alguns experimentos que pareciam mostrar que a proporção de mariposas melânicas tinha aumentado porque elas estavam melhor camufladas nos troncos das árvores escurecidas, e assim menos prováveis de serem comidas pelas aves predatórias. 

A evidência de Kettlewell logo se tornou a demonstração clássica dos livros didáticos da seleção natural em ação – comumente ilustrada com fotos das mariposas salpicadas repousando em troncos de árvores claros ou escuros.

Pelos idos de 1990s, todavia, biólogos tinham descoberto diversas discrepâncias na estória clássica – não menos do que foi que as mariposas salpicadas na natureza geralmente não repousam nos troncos de árvores. A maioria das fotos dos livros didáticos foram montadas. 

Nos anos 2000s a estória começou a desaparecer dos livros didáticos. O biólogo britânico Michael Majerus então realizou algumas pesquisas que ele julgou apoiarem a explicação camuflagem-predação. Mas antes dele morrer de câncer em 2009, ele somente conseguiu publicar um relatório de sua pesquisa na publicação científica hospedeira do lobby de Darwin Evolution: Education and Outreach. Agora, quatro outros biólogos britânicos apresentaram seus resultados postumamente na publicação da com revisão por pares, Biology Letters, da Royal Society. Em um suplemento que acompanha o texto principal, os autores apresentaram sua versão do que eles chamam de "o colapso da mariposa salpicada." E um colapso certamente é, mas não do jeito que eles pensam. De acordo com Charles Darwin, a seleção natural tem sido o fator “mais importante” na descendência com modificação de todos os seres vivos a partir de um ou de alguns ancestrais comuns, mas ele não nenhuma evidêncial real a favor disso. Tudo que ele podia oferecer no Origem das Espécies foram “uma ou duas ilustrações imaginárias.” Não foi até quase que um século mais tarde que Kettlewell pareceu fornecer a “evidência de Darwin que faltava” ao marcar e soltar mariposas claras e escuras nas florestas poluídas e não poluídas e recuperando algumas delas no dia seguinte. Consistente com a explicação camuflagem-predação, a proporção das mariposas melhor camufladas aumentou entre a soltura e recaptura.


Através dos anos 1970s e 1980s, contudo, pesquisadores relataram vários problemas com a explicação camuflagem-predação, e em 1998, o biólogo da Universidade de Massachusetts, Theodore Sargent e dois colegas publicaram um artigo no volume 30 do Evolutionary Biology concluindo que “existe pouca evidência persuassiva, na forma de observações rigorosas e experimentos replicados para apoiar esta explicação no tempo presente.” (p. 318)

No mesmo ano, Michael Majerus publicou um livro onde concluiu que a evidência reunida nos quarenta anos desde o trabalho de Kettlewell mostrava que “a história básica da mariposa salpicada está errada, é inexata, ou incompleta, no que diz respeito à maior parte dos componentes da da história.” (p. 116) Numa resenha do livro de Majerus publicada na Nature, o biólogo evolucionista da Universidade de Chicago, Jerry Coyne, escreveu: “De vez em quando, os evolucionistas reexaminam uma pesquisa experimental clássica e descobrem, para seu horror, que ela tem falhas ou está completamente errada.” Segundo Coyne, o fato de as mariposas salpicadas na floresta raramente decansarem nos troncos das árvores, “somente isso invalida os experimentos de soltura e recaptura de Kettlewell, pois as mariposas foram soltas colocando-as diretamente nos troncos das árvores."

Em 1999, eu publiquei um artigo no The Scientist resumindo essas e outras críticas da estória da mariposa salpicada, e em 2000 eu inclui um capítulo sobre as mariposas salpicadas no meu livro Icons of Evolution. Depois, em 2002, a jornalista Judith Hooper publicou um livro sobre a controvérsia, intitulado Of Moths and Men. Hooper acusou Kettlewell de fraude, embora eu nunca o acusei; a minha crítica foi dirigida principalmente aos autores de livros-texto que ignoraram problemas com a estória e continuaram a usar as fotos montadas mesmo após elas serem conhecidas como representando erroneamente as condições naturais.

Naquela ocasião, o que tinha sido previamente uma disputa científica bem limitada sobre a(s) causa(s) do melanismo industrial tinha se tornado um desastre. Sargent e eu fomos demonizados, e Majerus e Coyne foram persuadidos a reafirmar a estória da mariposa salpicada como o principal exemplo da evolução darwinista em ação. Majerus também embarcou numa pesquisa que foi recentemente relatada no Biology Letters.

Naquela pesquisa, conduzida ao longo de um período de sete anos, de 2001 a 2007, Majerus realizou experimentos de soltura-recaptura numa floresta não poluída, próxima de sua casa, com 4.522 mariposas claras e 342 escuras, usando métodos que ele considerava superiores aos de Kettlewell. Ele descobriu que as mariposas escuras (que eram menos camufladas nesta situação) tiveram somente uma taxa de 91% de sobrevivência comparada com as mariposas claras. Ele também observou 135 mariposas em posições de repouso, das quais 35.6% delas repousavam em troncos de árvores.

Mas, durante os sete anos da pesquisa de Majerus, milhares de mariposas salpicadas devem ter passado através da floresta perto de sua casa, sendo assim, 135 mariposas foram uma pequena fração do total. Além disso, como ele próprio reconheceu em uma palestra em 2007 na Suécia, seus resultados podem ter sido de “alguma forma enviesados para as partes mais baixas da árvores devido à técnica de amostragem.”

Realmente. Se as mariposas salpicadas repousam normalmente nos galhos altos, como diversos pesquisadores concluíram nos anos 1980s, então fazer estatística naquelas mariposas visíveis para u observador no chão (até alguém que suba alguma árvores pela metade, como fez Majerus), está fadado a sofrer por causa de preconceito de amostragem. Imagine alguém olhando toda a extensão de um barco e concluir que a maioria dos peixes no mar vive a três metros da superfície.

A pergunta correta a ser feita não é se as mariposas salpicadas repousam em troncos de árvores, mas se as mariposas salpicadas repousam normalmente em troncos de árvores. É possível que elas repousem, mas encontrar 48 mariposas repousando em troncos de árvores ao longo de sete anos não responde aquela pergunta – especialmente quando os troncos de árvores são o local principal onde você está procurando por mariposas.

Majerus intitulou sua palestra de 2007 de “The Peppered Moth: The Proof of Darwinian Evolution.” [A mariposa salpicada: a prova da evolução darwinista]. Ele resumiu os resultados de sua pesquisa de sete anos, mas ele explicou que a prova real de evolução darwinista é a seguinte:

A evolução darwinista é um fato lógico, e tinha de ser lógico mesmo em 1859. Considere as quarto observações de Darwin e as três deduces sobre as quais a teoria da seleção é baseada.

· Os organismos produzem mais descendência do que dão origem a indivíduos maduros.

·         Mas, os tamanhos populacionais permanecem mais ou menos constantes.

·         Portanto, deve existir uma taxa alta de mortalidade.

·         Os indivíduos numa espécie mostram variação.

·    Portanto, alguns variantes terão mais êxito do que outros, e aquelas variants com características benéficas serão naturalmente selecionados para produzir a próxima geração.

·         Há uma semelhança hereditária entre os progenitores e a sua prole.

·      Portanto, as características benéficas serão passadas para as futuras gerações.

Considerando-se esses quatro fatos observados e três deduções lógicas simples, a seleção não pode NÃO acontecer.

Assim, a evidência que Majerus apresentou era definitivamente irrelevante. Embora consistente com a hipótese camuflagem-predação, os resultados de Majerus não podiam “provar” esta, muito menos a evolução darwinista. A “prova” dele era lógica, não era empírica.

De qualquer maneira, a evolução darwinista exige muito mais do que a seleção de características benéficas, e muito mais do que uma mudança nas proporções de mariposas claras e escuras. Ela exige a descendência com modificação de todos os seres vivos a partir de um ancestral comum ou de alguns ancestrais comuns. Darwin não escreveu um livro intitulado Como as proporções de duas variedades de mariposas preexistentes podem mudar através da seleção natural; ele escreveu um livro intitulado A origem das espécies por meio da seleção natural.

Majerus prosseguiu dizendo que “há um grande número de exemplos de seleção darwinista em ação.” E na verdade existem: mudanças de tamanho nos bicos dos tentilhões das ilhas Galápagos, é um exemplo. A seleção natural ocorre; eu nunca encontrei alguém que duvidasse dela. A questão é se a seleção natural pode produzir novas espécies, novos órgãos e novos planos corporais. Esta questão não é respondida pelas mudanças nas proporções [populacionais] de variedades pré-existentes das mesmas espécies. Mesmo que a explicação da camuflagem-predação para o melanismo industrial melanism fosse inconteste, ela nem nos levaria para mais próximo de “provar” a evolução darwinista.

Desde que existem outros exemplos melhores de seleção natural, por que os darwinistas vão aos extremos para defender a estória da mariposa salpicada? E por que eles praticamente se mordem entre si como dois campos vilificante?

A resposta, eu creio, pode ser encontrada na conclusão da palestra de Majerus de 2007. “A ascensão e queda da mariposa salpicada”, disse ele, “é um dos exemplos mais visualmente impactante e facilmente compreendido da evolução darwinista em ação, [de modo que] ela deve ser ensinada. Afinal de contas, ela fornece: A Prova da Evolução”. Não importa que a estória da camuflagem-predação seja cientificamente contestada. Não importa que a estória nem chegue perto de demonstrar a origem de uma nova espécie, muito menos a descendência de todas as espécies a partir de um ancestral comum. O que importa é que o mito da mariposa salpicada é uma ferramenta útil para doutrinar os estudantes na evolução darwinista.

Em 1999, Bob Ritter, autor de livro didático, canadense, que sabia que as fotografias das mariposas tinham sido montadas, mas de qulaquer modo, usou-as, defendou sua prática nas mesmas bases. “Você tem que olhar para a audiência”, ele foi citado na Alberta Report News magazine, edição de 5 de abril de 1999. “Quão complicado você quer fazer para um aprendiz de primeira viagem?” Alunos do ensino médio “ainda são muito concretos no modo como eles aprendem”, disse Ritter. “A vantagem deste exemplo de seleção natural é que ele é extremamente visual.”

Não é à toa que a educação está em apuros!

+++++

NOTA DESTE BLOGGER:

ALUNOS DE BIOLOGIA DO ENSINO MÉDIO ENCOSTEM SEUS PROFESSORES DE BIOLOGIA NA PAREDE, POIS ELES ESTÃO ENSINANDO UMA FRAUDE PARA VOCÊS COMO SE FOSSE UM FATO CIENTÍFICO - NADA MAIS FALSO!!!

Fernando Gewandsznajder é um dos autores de livros didáticos de Biologia do ensino médio com quem trocamos e-mails em 1998 apontando o descompasso com a verdade das evidências encontradas na natureza sobre o fato da evolução.

Sua obra tem sido aprovada pelo MEC/SEMTEC/PNLEM, e foi relacionada na análise crítica que entregamos no MEC em 2003 e 2005 por utilizar duas fraudes a favor do fato da evolução - os embriões de Haeckel, e as mariposas de Manchester (melanismo industrial).

Depois de vários e-mails, Gewandsznajder pediu que eu deletasse seu e-mail, no que atendi prontamente.

Esta postagem é uma resposta à dica dada por Gewandsznajder    que terminou no artigo Agora é oficial! O triunfo do melanismo industrial, de Rodrigo Veras. Leia e compare onde está a verdade científica sobre as mariposas de Manchester.

Qual foi a decisão do MEC/SEMTEC/PNLEM? Eles continuam aprovando livros didáticos de Biologia do ensino médio com essas duas fraudes e distorções de evidências científicas a favor do fato, Fato, FATO da evolução!!!

Só conheço dois autores renomados que retiraram do seu livro-texto: Amabis e Martho. Tiraram, mas não explicaram aos alunos por que tiraram e por que usaram antes quando isso já era do conhecimento dos biólogos (um autor amigo me confessou isso por e-mail).

E ainda não vi nada disso abordado pela Grande Mídia: a Folha de São Paulo, O Estado de São Paulo, VEJA, Época, Galileu, SuperInteressante, Ciência Hoje, Agência FAPESP, JC E-Mail, e outros veículos de divulgação científica. Por que este silêncio? Porque quando a questão é Darwin é tutti cosa nostra, capice???

A ciência e a mentira não podem andar de mãos dadas!!!