Article
Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics
Ebrahim Afshinnekoo1, 2, 3, 21, Cem Meydan1, 2, 21, Shanin Chowdhury1, 2, 4, Dyala Jaroudi1, 2, Collin Boyer1, 2, Nick Bernstein1, 2, Julia M. Maritz5, Darryl Reeves1, 2, 6, Jorge Gandara1, 2, Sagar Chhangawala1, 2, Sofia Ahsanuddin1, 2, 7, Amber Simmons1, 2, Timothy Nessel8, Bharathi Sundaresh8, Elizabeth Pereira8, Ellen Jorgensen9, Sergios-Orestis Kolokotronis10, Nell Kirchberger1, 2, Isaac Garcia1, 2, David Gandara1, 2, Sean Dhanraj7, Tanzina Nawrin7, Yogesh Saletore1, 2, 6, Noah Alexander1, 2, Priyanka Vijay1, 2, 6,
doi:10.1016/j.cels.2015.01.001
Highlights
• Almost half of all DNA present on the subway’s surfaces matches no known organism.
• Hundreds of species of bacteria are in the subway, mostly harmless. More riders bring more diversity.
• One station flooded during Hurricane Sandy still resembles a marine environment.
• Human allele frequencies in DNA on surfaces can mirror US Census data.
Summary
The panoply of microorganisms and other species present in our environment influence human health and disease, especially in cities, but have not been profiled with metagenomics at a city-wide scale. We sequenced DNA from surfaces across the entire New York City (NYC) subway system, the Gowanus Canal, and public parks. Nearly half of the DNA (48%) does not match any known organism; identified organisms spanned 1,688 bacterial, viral, archaeal, and eukaryotic taxa, which were enriched for harmless genera associated with skin (e.g., Acinetobacter). Predicted ancestry of human DNA left on subway surfaces can recapitulate U.S. Census demographic data, and bacterial signatures can reveal a station’s history, such as marine-associated bacteria in a hurricane-flooded station. Some evidence of pathogens was found (Bacillus anthracis), but a lack of reported cases in NYC suggests that the pathogens represent a normal, urban microbiome. This baseline metagenomic map of NYC could help long-term disease surveillance, bioterrorism threat mitigation, and health management in the built environment of cities.
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NOTA E PERGUNTAS DESTE BLOGGER:
Parece que tem muita coisa aí que nós não sabemos: 48% das sequências não correspondem com nada nos bancos de dados da pesquisa! Realmente - tem muita coisa em ciência, especialmente em biologia evolucionária que nós nada sabemos, mas lemos muitas afirmações categóricas de que a origem e evolução da vida em toda a sua diversidade e complexidade já foi explicada. Nada mais falso! Hoje, fevereiro de 2015, a teoria da evolução de Darwin através da seleção natural e n mecanismos evolucionários de A a Z (vai que um deles falhe...) está mais furada do que queijo suíço, e já está sendo recauchutada intramuros pela SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA/ESTENDIDA que será anunciada somente em 2020!
Os seres humanos têm milhares de células de tipos células, e as perguntas deste blogger para os gigantes da metagenômica tupiniquim são as seguintes:
1. A sequência de DNA em um tipo de célula difere da sequência de outro tipo de célula na mesma pessoa?
2. Os cientistas sabem realmente que a sequência de DNA em uma pessoa é a mesma em todo o seu corpo?
Se você tem mestrado ou doutorado em Biologia/Genética e participa de Grupos de Trabalhos e Pesquisas em Metagenômica, gostaria de ouvir suas respostas baseadas em evidências encontradas em pesquisas científicas.
E Darwin explicou a origem e evolução das espécies? Sabemos que o fato, Fato, FATO da evolução é tão cientificamente comprovado assim como a Terra gira em torno do Sol e a Lei da Gravidade? E ainda parece que há muito mais que nós nada sabemos???
Pano rápido que a teoria da evolução de Darwin não é assim uma Brastemp e nem está com toda a Coca-Cola que a Galera dos meninos e meninas de Darwin e os acólitos da Grande Mídia propagam como DOGMA!!!
Pano rápido que a teoria da evolução de Darwin não é assim uma Brastemp e nem está com toda a Coca-Cola que a Galera dos meninos e meninas de Darwin e os acólitos da Grande Mídia propagam como DOGMA!!!
