Os buldogues tupiniquins de Darwin na Folha de São Paulo – 2/3

quinta-feira, fevereiro 20, 2020

Parafraseando Marcelo Leite, me perdoe o leitor a imagem violenta do título, mas é por motivo nobilíssimo e tem apenas um sentido figurado - a lâmina afiada deste blogueiro se volta contra os argumentos exarados nos artigos de três buldogues tupiniquins de Darwin publicados na Folha de São Paulo contra a indicação do Dr. Benedito Aguiar para a presidência da CAPES e negando a cientificidade e robustez epistêmica da Teoria do Design Inteligente:

Buldogue tupiniquim de Darwin 2: Marcelo Leite


A la Leite, pois o título melhor para esta LONGA réplica seria: Navalhada na NOMA.

O subtítulo do artigo afirma que o design inteligente (DI) não é teoria, mesmo sabendo que não existe A teoria científica, mas VÁRIAS teorias científicas, pois diversas são as áreas científicas com suas características epistemológicas exclusivas, e que, a la Gould, ciência e religião são magistérios que não se sobrepõem, sem contudo considerar os problemas sabidos na aplicação do NOMA: navalha que corta dos dois lados! Mais um café requentado que já rebatemos ad nauseam!

A definição de teoria científica na mente de Leite deve ser esta:

"Uma explicação bem fundamentada de algum aspecto do mundo natural que pode incorporar fatos, leis e hipóteses testadas". 

National Academy of Sciences, Science and Creationism: A view from the National Academy of Sciences, p. 2 (2nd ed., National Academy Press, 1999).

"uma explicação abrangente de algum aspecto da natureza que é apoiada por um vasto corpo de evidências”. 

National Academy of Sciences, Science, Evolution, and Creationism, p. 11 (National Academy Press, 2008).

Leite, jornalista renomado, especializado em ciência, deveria saber que quando os cientistas usam a palavra TEORIA, nem sempre eles significam uma ideia bem estabelecida, apoiada por uma ampla gama de evidências. Até mesmo nos seus escritos profissionais, os cientistas às vezes a usam para se referir a uma conjectura ou hipótese ainda não confirmada pela evidência.

Por exemplo, Bruce G. Charlton, um pesquisador médico escrevendo em uma revista científica usou a palavra TEORIA para se referir a uma ideia que ainda pode ou não ser estabelecida na ciência:

“Uma piada antiga sobre a resposta a novas teorias científicas revolucionárias afirma que existem três fases no caminho da aceitação: 

1. A teoria não é verdadeira; 

2. A teoria é verdadeira, mas não é importante; 

3. A teoria é verdadeira e é importante - mas nós sabíamos disso o tempo todo.

A teoria para os cientistas é como a água para os peixes: o meio invisível em que eles nadam”.


Assim, mesmo entre os cientistas, a palavra TEORIA pode significar coisas diferentes. Às vezes, os cientistas a usam para se referir a uma nova hipótese que não foi testada e nem verificada. Outras vezes para se referir a uma explicação bem fundamentada, fortemente apoiada pelas evidências. Como o termo pode ter múltiplos significados conflitantes, não entender o que ele se refere em um determinado contexto pode ser confuso. 

Sobre a teoria do Design Inteligente ser uma teoria científica que preenche os requisitos da National Academy of Sciences, consideremos esse método para analisar se o DI é uma teoria científica:

Elemento 1: A identificação deve ser uma "explicação de algum aspecto do mundo natural" e uma "explicação abrangente de algum aspecto da natureza".

O DI não é apenas uma explicação de "alguns aspectos do mundo natural", na verdade, explica muitos aspectos do mundo natural. Se pensarmos apenas em categorias amplas, o DI propõe que a agência inteligente é a melhor explicação para eventos históricos como: a origem do ajuste fino do cosmos para uma vida avançada, a origem de níveis extremamente altos de informações complexas e especificadas no DNA, a origem dos sistemas integrados necessários para os planos de corpos animais, a origem de muitos sistemas irredutivelmente complexos encontrados em organismos vivos. 

Portanto, o DI satisfaz esse elemento: é uma explicação de muitos aspectos do mundo natural, especialmente de aspectos da complexidade biológica.

Elemento 2: o DI deve "incorporar muitos fatos, leis e hipóteses testadas".

O DI atende facilmente a esse critério, pois incorpora muitos fatos, leis e hipóteses testadas, incluindo:

- As leis e constantes conhecidas do universo e as une em uma teoria unificada para explicar porque elas são coordenadas para produzir parâmetros físicos que favorecem a vida.

- Os muitos fatos conhecidos sobre sequências de DNA, bem como hipóteses testadas, mostrando que elas são afinadas para desempenhar funções biológicas.

- Uma infinidade de hipóteses testadas sobre a aparência geologicamente abrupta dos planos corporais no registro fóssil, além de inúmeros fatos da bioquímica e da biologia animal com relação ao tipo e quantidade de informações integradas necessárias para coordenar novos tipos de proteínas, tipos celulares, tecidos e órgãos em novos planos funcionais do corpo.

- Muitas hipóteses testadas sobre a presença de complexidade irredutível em sistemas biológicos, evidenciadas por experimentos de nocaute genético que mostraram ser a complexidade irredutível um fenômeno real.

O DI faz tudo isso propondo novas leis, como a lei da conservação da informação, novos princípios sobre as causas da alta ICE, novos métodos para medir informações e complexidade funcionais e novas hipóteses sobre a onipresença do ajuste fino em toda a cosmologia e biologia.

Elemento 3: o DI deve ser "bem fundamentado" e "apoiado por um vasto corpo de evidências". 

O DI é bem fundamentado porque um número significativo de estudos confirmou suas previsões, como:

Os estudos de física e cosmologia continuam a descobrir níveis cada vez mais profundos de ajustes. Muitos exemplos podem ser dados, mas este é impressionante: a entropia inicial do universo deve ter sido ajustada para 1 parte em 10 (10 ^ 123) para tornar o universo favorável à vida. Isso afasta outras constantes de ajuste fino. Novas teorias cosmológicas, como a teoria das cordas ou as teorias do multiverso, apenas afastam questões sobre o ajuste fino e exacerbam a necessidade de ajuste fino.

Os testes de sensibilidade mutacional mostram cada vez mais que as sequências de DNA são altamente ajustadas para gerar proteínas funcionais e executar outras funções biológicas.

Os estudos de epigenética e biologia de sistemas estão revelando cada vez mais como os organismos são integrados, da bioquímica à microbiologia, e mostrando incríveis funções celulares básicas refinadas.

Os experimentos de nocaute genético estão demonstrando complexidade irredutível, como no flagelo, ou características de multi-mutações nas quais muitas mutações simultâneas seriam necessárias para obter uma vantagem. Isso é mais exato.

A identificação é apoiada por um vasto conjunto de evidências que vão da física e cosmologia à bioquímica, à biologia animal, à biologia de sistemas, à epigenética e à paleontologia.

Assim, Leite, a TDI ultrapassa os requisitos das definições de "teoria" da National Academy of Sciences, magna cum laude! Ah, Leite, e a maioria dos evolucionistas desconhecem, mas a TDI é uma teoria de longo alcance histórico como a TE. Metodologicamente idênticas! Assim, quaisquer críticas à TDI, por tabela, são críticas à TE...

A imagem violenta do título de Leite, foi nobremente motivado e de sentido figurado: é a lâmina afiada da navalha de Ockham contra o artigo do renomado químico Marcos Eberlin, professor da Unicamp e presidente da Sociedade Brasileira de (sic) Design Inteligente, publicado sábado 8 de fevereiro de 2020 na página Tendências/Debates da Folha de São Paulo.

Leite afirmou que Eberlin fez um esforço para apresentar a TDI, segundo ele, variante do criacionismo, doutrina de fundo religioso que recusa a teoria neodarwinista como explicação suficiente da origem da vida e das espécies— sob roupagem de conhecimento científico. 

Leite, jornalista científico é profundamente ignorante quanto à distinção entre criacionismo e a TDI:

O criacionismo parte de relatos sagrados da Criação e procura evidências científicas que corroborem suas posições ideológicas. A TDI não usa de doutrina de fundo religioso e nem recusa aspectos da teoria da evolução atual, mas questiona aspectos fundamentais sobre a origem e evolução da vida e das espécies e com dados científicos atuais discutidos na literatura científica e a boca pequena entre os cientistas.

Quanto à cientificidade da TDI, ela começa com a observação de que agentes inteligentes produzem informações complexas e especificadas (ICE). Os teóricos do design supõem que, se um objeto natural foi projetado, ele conterá altos níveis de ICE. Os cientistas então realizam testes experimentais em objetos naturais para determinar se eles contêm informações complexas e especificadas.

Uma forma facilmente testável de ICE é a complexidade irredutível, que pode ser testada por estruturas biológicas de engenharia reversa por meio de experimentos genéticos para determinar se eles exigem que todas as suas partes funcionem. Quando os cientistas descobrem experimentalmente complexidade irredutível em uma estrutura biológica, concluem que ela foi projetada intencionalmente. 

Se Leite quiser falsear a informação de complexidade irredutível, apresente como que a seleção natural e n mecanismo evolucionários seriam capazes de “criar” isso lenta e gradualmente ao longo de bilhões de anos. Nada de estórias da carochinha. Evidências! Vai aceitar o desafio?

Leite desconhece, mas Eberlin não está sozinho em argumentar a cientificidade da TDI – há milhares de cientistas no mundo propondo, defendendo e, pasmem, até com cientistas evolucionistas, debatendo legitimamente algum aspecto fundamental da teoria da Evolução no contexto de justificação teórica. 

Esse é o caso, Leite. Sugiro atualização na literatura científica. Já ouviu falar da nova teoria geral da evolução – a Síntese Evolutiva Estendida? Uma teoria científica natimorta em 2015, pois não considerou no seu corpus teórico a origem da informação genética. A TDI é uma teoria de informação...

Leite assumiu ares apocalípticos ao tentar colar a TDI com a guerrilha negacionista dos céticos do aquecimento global. Leite sabe que a questão do aquecimento global antropogenicamente provocado já teve fraudes denunciadas, impedimento da participação de outros cientistas que questionam isso, e até perseguições acadêmicas por defenderem e denunciarem essa posição como sendo mais política do que científica. 

A controvérsia científica é real desde 1859, e a movemos com conhecimento de causa. São milhares de cientistas no mundo inteiro. Alguns membros de Academias de Ciências. Se não há o reconhecimento dos pares no campo em que se aventuram (climatologia (???) e teoria da evolução) sugiro a Leite que leia A Estrutura das Revoluções Científicas, de Thomas Kuhn, e aprenda, vez por todas, que a Nomenklatura científica joga suas dificuldades teóricas para debaixo do tapete e impede a circulação de novas ideias questionando o paradigma vigente. Nós do DI não fazemos isso por motivação extra científica, muito menos ideológica. A nossa motivação é científica.

O jornalista de Ciência da Folha de São Paulo considera a TDI como mal denominada pela descrição de Eberlin como a ciência de detecção do design. Mas a TDI é isso mesmo: uma teoria científica de detecção de sinais inteligentes na natureza. Dentro da TDI nós temos ateus, agnósticos, céticos e quejandos, bem como teístas, que é o caso de Eberlin. Quando ele identifica o designer como Deus, isso é sua preferência ideológica que nada depõe sobre a cientificidade da TDI. 

Na TE a maioria é de ateus, agnósticos, céticos e quejandos e, pasmem, até teístas evolucionistas. Dawkins escreveu que antes de Darwin era possível ser ateu, e que depois de Darwin agora é possível ser um ateu plenamente satisfeito. 

Há quem diga: Antes do DI era possível ser criacionista; depois do DI agora é possível ser criacionista plenamente satisfeito. Isso depõe quanto à cientificidade das teorias da evolução de Darwin e do DI? Dois pesos, duas medidas, Leite? E a objetividade e honestidade jornalísticas? 

Leite, renomado jornalista de ciência da Folha de São Paulo sabe qual foi a motivação de Darwin em elaborar sua teoria da evolução? Não sabe? Muita gente não sabe, especialmente os darwinistas fundamentalistas xiitas, os buldogues de Darwin: 

“Qualquer pessoa com essa suposição em mente naturalmente estenderia demais a ação da seleção natural, tanto no passado quanto no presente. Alguns daqueles que admitem o princípio da evolução, mas rejeitam a seleção natural, parece esquecer, ao criticar meu livro, que eu tinha os dois objetos acima em vista; portanto, se eu errei ao dar à seleção natural grande poder, que estou muito longe de admitir, ou por ter exagerado seu poder, que é em si provável, pelo menos, como espero, fiz um bom serviço para ajudar a derrubar o dogma das criações separadas”. In The Descent of Man, p. 153.

Nota bene: “fiz um bom serviço para ajudar a derrubar o dogma das criações separadas”. Uma motivação estritamente científica ou ideológica de Darwin, Leite???

Contra a afirmação de Eberlin que o DI se trata de uma hipótese testável e falseável, Leite pergunta se ela seria necessária para explicar de forma completa toda a complexidade observada na natureza, dos motores moleculares que movem flagelos de bactérias à bizantina arquitetura do cérebro humano. A resposta é sim e não – sim, eles são sinais de inteligência que até hoje as estórias da carochinha darwinistas não explicam. A resposta é não, pois de forma completa nenhuma teoria científica explica quaisquer fenômenos da natureza. Temos somente meras aproximações, afinal de contas, a natureza é pródiga de evidências, mas não de explicações. Leite é jornalista de ciência e não sabe disso???

Aí um pequeno comercial sobre uma regra básica do método científico - a explicação mais simples, com menos hipóteses e pressupostos, é melhor que a mais complicada. É a famosa expressão “Navalha de Occam” (Frade franciscano William de Ockham, ou Guilherme de Occam [1287-1347]). Traduzindo em miúdos epistemológicos: hipóteses não devem ser multiplicadas sem necessidade. Tu quoque, Leite? Aplique isso às inúmeras explicações darwinistas ad hoc para n eventos evolucionários...

Leite destacou que a norma também tem o nome de lei da parcimônia. Quanto à célebre resposta que Pierre Simon Laplace (1749-1827) deu a Napoleão sobre onde estava Deus em sua teoria sobre a origem nebular do sistema solar - “Não tenho necessidade dessa hipótese”, o DI também não tem necessidade dessa ontologia divina para se estabelecer como teoria científica. 

Questões ontológicas não são científicas, são filosóficas. Teológicas. Leite, caturro, sabe disso!

Quando Leite afirma que “não há como abrir mão da seleção natural” de Charles Darwin (1809-1882) como explicação neodarwinista da evolução das espécies, ele revela profunda ignorância da literatura científica justamente no conhecimento acumulado na genética, na taxonomia e no registro fóssil mencionado por ele:

1. Genética - As mutações causam danos e não constroem complexidade.

A evolução darwinista depende de mutações aleatórias selecionadas por um processo cego e não guiado de seleção natural que não tem objetivos. Tal processo aleatório e não direcionado tende a prejudicar os organismos e não os aprimora ou crie complexidade funcional. Como bem disse um antigo presidente da Academia Francesa de Ciências, Pierre-Paul Grasse: “as mutações têm uma capacidade construtiva limitada porque, não importa, por mais que sejam numerosas, as mutações não produzem nenhum tipo de evolução”. In Evolution of Living Organisms: Evidence for a New Theory of Transformation (Academic Press: New York NY, 1977).

Da mesma forma, a bióloga Lynn Margulis disse: "novas mutações não criam novas espécies; elas criam descendentes estão debilitados... Os neodarwinistas dizem que novas espécies emergem quando ocorrem mutações e modificam um organismo. Eu fui ensinada repetidamente que a acumulação de mutações aleatórias levava à mudança evolutiva - que resultava em novas espécies. Eu acreditei nisso até procurar evidências." Citada por Darry Madden, in U Mass Scientist to Lead Debate on Evolutionary Theory, Brattleboro (VT) Reformer, (Fev 3, 2006), e in “Lynn Margulis: Q + A,” Discover Magazine, p. 68, (April, 2011).

J. W. Thornton e R. DeSalle escreveram na Annual Review of Genomics Human Genetics: “continua sendo um mistério como o processo não-direcionado de mutação, combinado com a seleção natural, resultou na criação de milhares de novas proteínas com funções extraordinariamente diversa e bem otimizadas. Esse problema é particularmente agudo para os sistemas moleculares integrados que consistem em muitas partes interagentes…” in “Gene Family Evolution and Homology: Genomics Meets Phylogenetics,” Annual Review of Genomics and Human Genetics, 1:41-73 (2000).

2. Taxonomia - As árvores filogenéticas

PATTERSON, C. et al., Congruence Between Molecular and Morphological Phylogenies, Annual Review of Ecology and Systematics, Vol. 24: 153-188 (1993). Neste artigo liderado por PATTERSON, os autores compararam as árvores filogenéticas baseadas na morfologia com aquelas baseadas em moléculas, e descobriram que há muito pouca congruência entre os dois tipos de árvores, dando a entender que a evolução darwiniana tem feito predições frágeis a respeito de confirmações esperadas de ancestralidade comum a partir da biologia molecular. Eles expressaram desapontamento com suas descobertas: “As morphologists with high hopes of molecular systematics, we end this survey with our hopes dampened. Congruence between molecular phylogenies is as elusive as it is in morphology and as it is between molecules and morphology.”

TURBEVILLE, J. M.; SCHULZ, J. R.; RAFF, R. A., Deuterostome Phylogeny and the Sister Group of the Chordates: Evidence from Molecules and Morphology, Molecular Biology and Evolution, Vol. 11(4):648-655 (1994). TURBEVILLE et al são sistematizadores de renome. Eles admitem os conflitos encontrados quando se tenta usar as moléculas ou a morfologia para se resolver as relações filogenéticas dos principais grupos de deuterostômicos. 

HASEGAWA, M.; ADACHI, J.; MILINKOVITCH, M. C., Novel Phylogeny of Whales Supported by Total Molecular Evidence, Journal of Molecular Evolution, Vol. 44(Suppl 1):S117–S120 (1997). Neste artigo, HASEGAWA et al relatam que a filogenia das baleias com dentes baseada em moléculas conflita com a filogenia clássica baseada na morfologia das baleias modernas: “our analyses strongly suggest that the traditional view of toothed-whale monophyly should be rejected.”

SCHWABE, C., Embryotic evolution: An ancient question, a new answer, Cell Cycle, Vol. 7(11):1503-1506 (June 1, 2008). Este autor faz uma crítica pesada à teoria da evolução moderna: “In an effort to fit the past events to the prevailing theory of evolution, the natural phenomenon has become so convoluted and polemic-ridden that it has floated clear out of the roam of science.” SCHWABE propõe um tipo de “embryotic evolution”: “The well-documented inability to discover intermediate forms again points to the stem cell as the evolutionary unit.”

DE JONG, W. W., Molecules remodel the mammalian tree, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 13(7):270-275 (July, 1998). Nesta resenha, DE JONG discute o fato de que várias hipóteses filogenéticas de árvores explicando as relações de vários grupos mamíferos serem conflitantes. Ele afirmou categoricamente que “a strict consensus tree of prevailing phylogenies of the mammalian orders would reduce to an unresolved bush, the only consistent clade probably being the grouping of elephants and sea cows.”

WOESE, C., The universal ancestor, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Vol. 95: 6854-6859 (June, 1998). WOESE admite neste artigo o fato da existência de incongruências filogenéticas por toda a árvore da vida: “Phylogenetic incongruities can be seen everywhere in the universal tree, from its root to the major branchings within and among the various taxa to the makeup of the primary groupings themselves.”

NORMILLE, D., New Views of the Origins of Mammals, Science, Vol. 281:774 (August 7, 1998). Neste artigo, NORMILLE revê como que as predições evolucionárias a partir de dados moleculares frequentemente discordam dos achados no registro fóssil: “Paleontologists and molecular biologists take different approaches to questions of evolution and often come to different conclusions.” Isto mostra que o conhecimento convencional sobre o ancestral comum a partir do registro fóssil não está fazendo predições bem-sucedidas sobre o que os dados moleculares nos dizem.

MINDELL, D. P. et al., Multiple independent origins of mitochondrial gene order in birds, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Vol. 95: 10693-10697 (September 1998). MINDELL et al descrevem as dificuldades encontradas quando os biólogos evolucionistas tentam construir uma árvore filogenética para os principais grupos de aves usando o DNA mitocondrial. As árvores baseadas nestas moléculas de mtDNA têm divergido com as noções tradicionais das relações entre as aves. Surpreendentemente, os autores até acham semelhança “convergente” entre alguns mtDNAs de aves e os mtDNAs de espécies distantes como cobras e lagartos. 

CAO, Y. et al., Conflict Among Individual Mitochondrial Proteins in Resolving the Phylogeny of Eutherian Orders, Journal of Molecular Evolution, Vol. 47:307-322 (1998). Nesta pesquisa, CAO et al relatam que quando o DNA mitocondrial foi usado para construir uma árvore filogenética para muitas ordens de mamíferos, os resultados entraram em choque com as expectativas do que a árvore filogenética deveria parecer. Tais conflitos entre árvores filogenéticas baseadas em moléculas são comuns e representam um desafio para a expectativa darwinista de que a vida se encaixaria em árvores hierárquicas nítidas. 

MUSHEGIAN, A. R. et al., Large-Scale Taxonomic Profiling of Eukaryotic Model Organisms: A Comparison of Orthologous Proteins Encoded by the Human, Fly, Nematode, and Yeast Genomes, Genome Research, Vol. 8:590-598 (1998). Neste artigo, MUSHEGIAN et al explicam que “different proteins generate different phylogenetic tree[s]” quando alguém considera várias árvores evolucionárias hipotetizadas para as principais relações de grupos de animais. 

NAYLOR, G. J. P.; BROWN, W. M., Amphioxus Mitochondrial DNA, Chordate Phylogeny, and the Limits of Inference Based on Comparisons of Sequences, Systematic Biology, Vol. 47: 61-76 (1998). NAYLOR e BROWN relatam neste artigo que quando o DNA mitocondrial foi usado para tentar construir uma árvore filogenética para os cordados, a árvore conflitou nitidamente com a filogenia comumente aceita para os cordados. Novamente isso mostra como que os dados moleculares conflitam com os dados morfológicos. Os autores até hipotetizaram a evolução convergente a nível molecular para explicar os dados. 

VAN HOLDE, K. E., Respiratory proteins of invertebrates: Structure, function and evolution, Zoology: Analysis of Complex Systems, Vol. 100: 287-297 (1998). Neste artigo, VAN HOLDE relata os conflitos severos existentes quando alguém tenta construir uma árvore filogenética de moléculas que transportam oxigênio. Ele concluiu que “the phylogenetic distribution of the whole group of oxygen transport proteins cannot be easily reconciled with many current models of metazoan evolution.” 

LEIPE, D. D. et al., Did DNA replication evolve twice independently?, Nucleic Acids Research, Vol. 27(17): 3389-3401 (1999). LEIPE et al discutem neste artigo como que o DNA é importante para a vida, mas acha surpreendente o fato de vários tipos de organismos diferentes usarem enzimas muito diferentes para replicar o DNA. Isso sugere que a maquinaria que permite a replicação do DNA deva ter evoluído duas vezes. Por causa da pressuposição de ancestralidade comum de todos os organismos vivos foi que os autores chamaram esta descoberta de surpreendente.

BENTON, M. J., Early origins of modern birds and mammals: molecules vs. morphology, BioEssays, Vol. 21:1043-1051 (1999). Neste artigo, BENTON discute as discrepâncias entre as datas preditas de história filogenética baseada em moléculas versus o registro fóssil. O autor afirmou: “Molecular and morphological data on evolutionary patterns have apparently conflicted a number of times.” 

LEE, M. S. Y., Molecular Clock Calibrations and Metazoan Divergence Dates, Journal of Molecular Evolution, Vol. 49: 385-391 (1999). LEE explica neste artigo que as muitas pressuposições usadas para calcular a divergência de datas usando relógios moleculares, e descobre que as datas dadas na literatura especializada para a divergência de vários grupos de organismos frequentemente estão erradas.

LEE, M. S. Y., Molecular phylogenies become functional, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 14(5): 177-178 (May, 1999). Neste outro artigo, LEE admite que a evolução convergente pode causar problemas quando se tenta construir árvores filogenéticas. Ele afirmou: “The mechanical perfection of organisms represents compelling evidence for evolution by natural selection but can simultaneously confound attempts to infer evolutionary relationships.” LEE tenta explicar as discrepâncias entre as árvores filogenéticas por presumir que a evolução convergente pode ocorrer a nível genético. Será que a hipótese do ancestral comum pode acomodar tais dados inesperados e improváveis? Além disso, afirmam frequentemente que a árvore do citocromo C tree se encaixa com a filogenia convencional, apoiando a ancestralidade comum, mas este artigo revela que a árvore do citocromo B conflita bastante com a filogenia convencional. Isso mostra novamente como que as árvores filogenéticas podem conflitar bastante entre si.

DOOLITTLE, W. F., Phylogenetic Classification and the Universal Tree, Science, Vol. 284:2124-2128 (June 25, 1999). DOOLITTLE é um eminente biólogo molecular evolucionista. Neste artigo ele explica que a base da “Árvore da Vida” é impossível de se transformar numa árvore porque a distribuição dos genes entre os principais grupos de vida não se encaixam num padrão nítido de ancestralidade comum. DOOLITTLE afirmou: “Molecular phylogenists will have failed to find the ‘true tree,’ not because their methods are inadequate or because they have chosen the wrong genes, but because the history of life cannot properly be represented as a tree.” 

MORRIS, S. C., Evolution: Bringing Molecules into the Fold, Cell, Vol. 100:1-11 (Jan. 7, 2000). Neste artigo, MORRIS, um renomado paleontólogo, afirma que nós pouco sabemos como que os processos evolutivos funcionam, e que as árvores filogenéticas baseadas em moléculas frequentemente conflitam entre si, tornando difícil construir uma árvore da vida verdadeira. Ele afirmou: “When discussing organic evolution the only point of agreement seems to be: ‘It happened.’ Thereafter, there is little consensus, which at first sight must seem rather odd. ... it may seem curmudgeonly, if not perverse, to even hint that our understanding of evolutionary processes and mechanisms is incomplete. Yet this review has exactly that intention.”

DOOLITTLE, W. F., Uprooting the Tree of Life, Scientific American (February, 2000). Neste outro artigo, DOOLITTLE afirma que a base da “Árvore da Vida” não pode ser representada como uma árvore porque a distribuição dos genes não se dá em forma de árvore. DOOLITTLE afirmou: “there would never have been a single cell that could be called the last universal common ancestor.”

COLLARD, M.; WOOD, B., How reliable are human phylogenetic hypotheses?, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, Vol. 97(9):5003-5006 (April 25, 2000). COLLARD e WOOD consideraram neste artigo as filogenias de primatas baseadas em moléculas e morfologia e descobriram importantes conflitos entre várias árvores. Quando alguns dados craniodentais não se encaixam com as árvores baseadas em moléculas, os autores simplesmente sugeriram descartar os dados dos dados usados para construir a árvore. 

GURA, T., Bones, molecules, or Both?, Nature, Vol. 406:230-233 (July 20, 2000). Neste artigo, GURA relata sobre o fato de as árvores filogenéticas baseadas em dados genéticos ou biomoléculas frequentemente conflitam com árvores genéticas baseadas em ossos ou outras características estruturais dos organismos. Isso implica que os dados não nos estão fornecendo um quadro nítido da ancestralidade comum como o articulista admitiu: “Evolutionary trees constructed by studying biological molecules often don’t resemble those drawn up from morphology.” 

BENTON, M. J., Finding the tree of life: matching phylogenetic trees to the fossil record through the 20th century, Proceedings of the Royal Society of London B., Vol. 268:2123-2130 (2001). Biólogos evolucionistas tentam construir a história evolutiva das espécies comparando seus genes e sua estrutura corporal (geralmente revelados pelos fósseis ou pela anatomia comparativa). BENTON neste artigo descobre que novos dados genéticos conflitam comumente com as noções previamente adotadas de árvores filogenéticas baseadas em fósseis e em outros dados. Isso implica em a hipótese da ancestralidade comum não está sendo validada por novos dados genéticos.

LOCKHART, P. J.; CAMERON, S. A., Trees for bees, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 16:84-88 (2001). LOCKHART e CAMERON descrevem neste artigo as dificuldades encontradas quando os biólogos tentam construir uma árvore filogenética para os principais grupos de abelhas. As árvores baseadas na morfologia frequentemente conflitam com as árvores baseadas em moléculas, levando os autores a concluir que os dados não permitem uma árvore nítida ser construída. Como eles afirmaram: “the application of different analytical methodologies does not explain why molecular and morphological data suggest strikingly different hypotheses for the evolution of eusociality in bees.”

SALZBERG, S. L. et al., Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, Science, Vol. 292:1903-1906 (June 8, 2001). Nesta pesquisa, SALZBERG et al estudaram muitos genes de vários grupos de organismos e descobriram que “about 40 genes were found to be exclusively shared by humans and bacteria.” Isso contradiz frontalmente as noções tradicionais de herança vertical que forma a base das metodologias normalmente usadas para se inferir ancestralidade comum. 

WILLS, M. A., The tree of life and the rock of ages: are we getting better at estimating phylogeny, Bioessays, Vol. 24:203-207 (2002). WILLS discute neste artigo os conflitos entre as árvores filogenéticas construídas usando moléculas e aquelas usando fósseis e as características estruturais dos organismos. Ele concluiu que nós não estamos ficando melhor no entendimento da “Árvore da Vida” apesar do fato de que os cientistas terem coletado mais dados desde o tempo de Darwin. Isso tem fortes implicações se a ancestralidade comum é uma boa hipótese.

NARDI, F. et al., Hexapod Origins: Monophyletic or Paraphyletic?, Science, Vol. 299:1887-1889 (March 21, 2003). Neste artigo, NARDI et al descrevem os conflitos em tentar determinar a história evolutiva dos hexápodes (artrópodes com um tórax consolidado e três pares de pernas), onde as árvores baseadas em uma característica conflitam com as árvores baseadas em outra característica. Isso implica que esses grupos não resultam numa nítida árvore evolutiva. 

GRAUR, D.; MARTIN, W., Reading the entrails of chickens: molecular timescales of evolution and the illusion of precision, Trends in Genetics, Vol. 20(2):80-86 (February 2004). GRAUR e MARTIN relatam neste artigo os problemas extremos com as datas dadas na literatura especializada para a divergência alegada de vários grupos de organismos. Eles relatam que muitos erros têm sido feitos nos cálculos dessas datas, pois “all of these divergence-time estimates were generated through improper methodology on the basis of a single calibration point that has been unjustly denuded of error” e, portanto, há uma “illusion of precision” no que diz respeito a muitas datas de divergência. A conclusão deles é: “Our advice to the reader is: whenever you see a time estimate in the evolutionary literature, demand uncertainty!”

GLAZKO, G. et al., Eighty percent of proteins are different between humans and chimpanzees, Gene, Vol. 346:215-219 (2005). Neste artigo, GLAZKO et al desafiam o dogma comum das diferenças entre humanos e chimpanzés ao descobrirem que através de certas medidas, humanos e chimpanzés são diferentes em “80%”: “The early genome comparison by DNA hybridization techniques suggested a nucleotide difference of 1–2%. Recently, direct nucleotide sequencing confirmed this estimate. These findings generated the common belief that the human is extremely close to the chimpanzee at the genetic level. However, if one looks at proteins, which are mainly responsible for phenotypic differences, the picture is quite different, and about 80% of proteins are different between the two species.”

DAVISON, J. A., A Prescribed Evolutionary Hypothesis, Rivista di Biologia/Biology Forum, Vol. 98: 155-166 (2005). DAVISON é um biólogo que tenta descobrir novas explicações para a origem da convergência entre as formas biológicas. Ele afirma que os exemplos alegados de evolução convergente são, na verdade, projetos pré-formados, uma explicação científica que difere muito das tradicionais explicações neodarwinistas. Ele dá exemplos surpreendentes de convergência extrema entre formas biológicas que não são facilmente explicadas pelas explicações neodarwinistas atuais.

NEWMAN, S. A., The Developmental Genetic Toolkit and the Molecular Homology-Analogy Paradox, Biological Theory, Vol. 1(1):12-16 (2006). NEWMAN relata neste artigo que os cientistas foram surpreendidos em encontrar semelhanças genéticas entre organismos bem diferentes. Genes semelhantes aparecem em organismos usados para realizar funções completamente diferentes, indo de encontro a muitas expectativas da ancestralidade comum, algo que NEWMAN chama de um paradoxo. Ele salientou: “given the vastly different developmental processes leading to the compound and camera eyes, it was extremely puzzling to find that the same transcription factor would act as a master control molecule in such morphologically distinct organs in such evolutionarily distant taxa.”

DOOLITTLE, W. F.; BAPTESTE, E., Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis, Proceedings of the Biological Society of Washington USA, Vol. 104 (7):2043–2049 (February 13, 2007). Neste artigo, DOOLITTLE e BAPTESTE defendem que os dados fornecem um forte desafio para as noções darwinistas tradicionais de descendência com modificação: “Darwin claimed that a unique inclusively hierarchical pattern of relationships between all organisms based on their similarities and differences [the Tree of Life (TOL)] was a fact of nature, for which evolution, and in particular a branching process of descent with modification, was the explanation. explanation. However, there is no independent evidence that the natural order is an inclusive hierarchy, and incorporation of prokaryotes into the TOL is especially problematic. The only data sets from which we might construct a universal hierarchy including prokaryotes, the sequences of genes, often disagree and can seldom be proven to agree. Hierarchical structure can always be imposed on or extracted from such data sets by algorithms designed to do so, but at its base the universal TOL rests on an unproven assumption about pattern that, given what we know about process, is unlikely to be broadly true.”

DUNN, C. W. et al., Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life, Nature, Vol. 452(7188):745-749 (April 10, 2008). O artigo de DUNN et al admite os problemas severos encontrados quando se tenta usar dados moleculares para construir árvores filogenéticas: “Long-held ideas regarding the evolutionary relationships among animals have recently been upended by sometimes controversial hypotheses based largely on insights from molecular data. These new hypotheses include a clade of moulting animals (Ecdysozoa) and the close relationship of the lophophorates to molluscs and annelids (Lophotrochozoa). Many relationships remain disputed, including those that are required to polarize key features of character evolution, and support for deep nodes is often low.” Embora DUNN et al nutram esperanças de que novas técnicas poderão ajudar a diminuir essas falhas encontradas durante a construção de árvores filogenéticas, a admissão feita por eles é surpreendente. 

LOPEZ, P.; BAPTESTE, E., Molecular phylogeny: reconstructing the forest, Comptes Rendus Biologies, doi:10.1016/j.crvi.2008.07.003 (2008). LOPEZ e BAPTESTE abandonam a caracterização da vida como uma “árvore” darwiniana. Os autores preferem uma metáfora de “floresta”. Eles afirmam no artigo: “instead of focusing on a elusive universal tree, biologists are now considering the whole forest corresponding to the multiple processes of inheritance, both vertical and horizontal. This constitutes the major challenge of evolutionary biology for the years to come.” Assim, parece que as noções tradicionais de uma árvore da vida darwiniana estão sendo abandonadas.

3. Registro fóssil 

GOULD, S. J., Evolution’s Erratic Pace, Natural History (May, 1977). GOULD discute neste artigo o fato de as formas transicionais estarem comumente faltando no registro fóssil. Ele afirmou: “The extreme rarity of transitional forms in the fossil record persists as the trade secret of paleontology. The evolutionary trees that adorn our textbooks have data only at the tips and nodes of their branches; the rest is inference, however reasonable, not the evidence of fossils.”

GOULD, S. J., The Return of Hopeful Monsters, Natural History, Vol. 86(6):22-25 (June / July, 1977). Neste outro artigo, GOULD admite o fato de as transições evolucionárias no registro fóssil serem tipicamente abruptas e a inexistência de formas transicionais. Ele afirmou: “The fossil record with its abrupt transitions offers no support for gradual change, and the principle of natural selection does not require it—selection can operate rapidly.”

RICKLEFS, R. E., Paleontologists Confronting Macroevolution, Science, Vol. 199:58-60 (January 6, 1978). Nesta resenha, RICKLEFS discute como que o modelo de evolução do equilíbrio pontuado tenta explicar o surgimento abrupto, sem formas transicionais de novas espécies no registro fóssil. Mas ele discute também o fato de muitos biólogos serem céticos do equilíbrio pontuado devido ao fato de não ter uma base genética plausível. Ele afirmou: “Speculation about punctuated equilibria is symptomatic of paleontology as a whole. … ecologists and geneticists have not elucidated macroevolutionary patterns; the gap has not been bridged from either side.”

GOULD, S. J., Is a new and general theory of evolution emerging?, Paleobiology, Vol. 6(1):119-130 (January, 1980). Neste artigo famoso, GOULD, mostra como os cientistas admitem o fato das formas intermediárias funcionais serem difíceis de serem imaginadas e encontradas no registro fóssil, ao declarar: “The absence of fossil evidence for intermediary stages between major transitions in organic design, indeed our inability, even in our imagination, to construct functional intermediates in many cases, has been a persistent and nagging problem for gradualistic accounts of evolution.”

HOLDEN, C., The Politics of Paleoanthropology, Science, Vol. 213:737-740 (August 14, 1981). Nesta nota, HOLDEN faz um balanço do campo de paleoantropologia, e põe em dúvida a objetividade dos seus praticantes, e de suas muitas afirmações evolucionárias sobre as origens humanas. O autor enfatizou que as emoções humanas frequentemente influenciam a interpretação dos dados no campo da paleoantropologia.

CRANE, P. R.; FRIIS, E. M.; PEDERSON, K. R., The origin and early diversification of angiosperms, Nature, Vol. 374:27-33 (March 2, 1995). Neste artigo, CRANE et al discutem o súbito surgimento das plantas (que dão flores), das angiospermas no registro fóssil e o fato de que há uma explosão de angiosperma na história da vida.

COOPER, A.; FORTEY, R., Evolutionary explosions and the phylogenetic fuse, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 13(4):151-156 (April, 1998). COOPER e FORTEY discutem neste artigo um problema importante que a biologia evolutiva enfrenta nos dias de hoje: as muitas explosões de diversidade biológica encontradas na história da vida, inclusive a Explosão Cambriana, uma explosão de mamíferos, e uma explosão de aves. Os autores admitem que essas explosões da vida ainda não são bem compreendidas: “The processes taking place during these prolonged but obscure periods of evolutionary innovation are the next issue to be examined.” 

GOULD, S. J., On Embryos and Ancestors, Natural History (July/August, 1998). GOULD discute a natureza explosiva do surgimento de novos filos de animais que aparecem na Explosão Cambriana. Ele também explica por que a descoberta de alguns fósseis pré-cambrianos não tornam a Explosão Cambriana menos “explosiva.”

WOOD, B.; COLLARD, M., The Human Genus, Science, Vol. 284:65-71 (April 2, 1999). Neste artigo que merece atenção, os autores desafiam a noção de que o Homo habilis tenha características que o faria um elo evolutivo apropriado entre o nosso gênero Homo e o gênero Australopithecus. Neste artigo, eles também deixam subentender que há poucas espécies com quaisquer tipos de características transicionais entre o nosso gênero Homo e os australopitecíneos. 

VALENTINE, J. W.; JABLONSKI, D.; ERWIN, D. H., Fossils, molecules and embryos: new perspectives on the Cambrian Explosion, Development, Vol. 126:851-859 (1999). VALENTINE et al admitem neste artigo que o caráter explosivo da Explosão Cambriana e o fato de que os cientistas ainda não têm explicações de como isso ocorreu. Eles também admitem o conflito existente na hipótese do relógio molecular. 

CARROLL, R. L., Towards a new evolutionary synthesis, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 15(1):27-32 (2000). CARROLL é um eminente biólogo evolucionista. Neste artigo, ele descreve como os modelos típicos de evolução são incapazes de explicar o surgimento abrupto de novas espécies no registro fóssil. Ele afirmou: “The most striking features of large-scale evolution are the extremely rapid divergence of lineages near the time of their origin, followed by long periods in which basic body plans and ways of life are retained. What is missing are the many intermediate forms hypothesized by Darwin, and the continual divergence of major lineages into the morphospace between distinct adaptive types.”

COLLARD, M.; AIELLO, L. C., Human evolution: From forelimbs to two legs, Nature, Vol. 404:339 (March 23, 2000). Neste artigo, COLLARD e AIELLO discutem os ossos das mãos do famoso fóssil de australopitecíneo, “Lucy”, supostamente um ancestral humano. A análise deles reporta que as características ósseas das mãos e dos punhos de Lucy indicam que ela era, provavelmente, um animal “que anda apoiado sobre os nós dos dedos” [knuckle-walker], observações que são inconsistentes com as afirmações de antropólogos evolucionistas de que ela era um hominídeo bípede.

FEDUCCIA, A., ‘Big bang’ for tertiary birds?, Trends in Ecology and Evolution, Vol.18(4):172-176 (April, 2003). FEDUCCIA, um ornitólogo de renome, fala abertamente neste artigo sobre as explosões no registro fóssil, tais como a grande explosão dos taxa de aves. Ele também discute exemplos onde as predições evolutivas de evolução molecular não correspondem com o registro fóssil, e menciona alguns exemplos de evolução incrivelmente rápida. 

SIMMONS, N. B., An Eocene Big Bang for Bats, Science, Vol. 307:527-528 (January 28, 2005). Neste artigo, SIMMONS explica que a filogenia dos morcegos exige, atualmente, que a ecolocalização dos morcegos tenha evoluído duas vezes—a conclusão forçada do que ele chama de “surprising molecular results.” Os morcegos teriam surgidos num “Big Bang”—pois precursores claramente evolucionários indo até ao primeiro surgimento de morcegos não são conhecidos.

DE BODT, S.; MAERE, S.; DE PEER, Y. V., Genome duplication and the origin of angiosperms, Trends in Ecology and Evolution, Vol. 20(11):591-597 (November, 2005). DE BODT et al discutem o súbito aparecimento de plantas (que produzem flores), as angiospermas no registro fóssil, e o fato de que há uma explosão de angiosperma na história da vida. Essas explosões questionam as típicas explicações darwinianas para a origem da diversidade biológica. 

KOONIN, E. V., The Biological Big Bang model for the major transitions in evolution, Biology Direct, Vol. 2:21 (2007). Neste artigo, KOONIN aceita a existência de descontinuidades abruptas na história da vida e admite que essas explosões abruptas “do not seem to fit the tree pattern that, following Darwin's original proposal, remains the dominant description of biological evolution.”

ATKINSON, Q. D. et al., Languages Evolve in Punctuational Bursts, Science, Vol. 319:588 (February 1, 2008). ATKINSON et al revelam neste artigo que os grupos de línguas humanas são tão diferentes uns dos outros que eles não devem ter evoluído num processo lento e gradual. Isso questiona as explicações darwinianas graduais para a origem da linguagem, e pode apontar para uma explicação não-darwiniana—extremamente abrupta—para a origem da linguagem humana.

KERR, R. A., Life’s Innovations Let It Diversify, at Least Up to a Point, Science, Vol. 321:24-25 (July 4, 2008). O artigo de KERR discute o fato de a diversidade ter surgido logo no início do registro fóssil e que a diversidade dos invertebrados marinhos não tem aumentado com o passar do tempo, de tal modo que “something has been constraining evolution and diversity for hundreds of millions of years.” Isso contraria a visão da evolução de baixo para cima que tem sido classicamente ensinada nas escolas, e também implica em certos limites para a evolução.

Leite afirma que a TDI, diferentemente da TE “não dá conta de fenômenos tão corriqueiros quanto o surgimento de resistência a antibióticos numa população de bactérias”. Traduzindo em graúdos darwinistas: As bactérias mais aptas (as resistentes) sobrevivem e transmitem seus genes. QED: Presto, evolução! Gente, eu quase caí para trás ao ler um argumento pueril desses a favor da TE. E lendo isso de um renomado jornalista de ciência??? 

Consideremos cientificamente: essa evidência nunca explicou como as bactérias podem se transformar em peixes ou como os peixes podem se transformar em girafas. Tampouco explicou como as bactérias evoluíram em primeiro lugar. A evidência nem mesmo explica como as bactérias foram capazes de responder tão rapidamente aos antibióticos. 

Leite, se todo o seu argumento não fosse tolo o suficiente, pesquisas recentes descobriram que a resistência aos medicamentos é na verdade uma característica antiga, porque foi descoberta em bactérias de uma caverna isolada no Novo México, a centenas de metros abaixo do solo:

“Um crescente corpo de evidências implica organismos ambientais como reservatórios desses genes de resistência; no entanto, o papel do uso antropogênico de antibióticos no surgimento desses genes é controverso. Relatamos uma tela de uma amostra do microbioma cultivável da Caverna de Lechuguilla, Novo México, em uma região da caverna que está isolada há mais de 4 milhões de anos. Relatamos que, como micróbios de superfície, essas bactérias eram altamente resistentes a antibióticos; algumas cepas eram resistentes a 14 antibióticos diferentes disponíveis comercialmente... Isso apoia um entendimento crescente de que a resistência a antibióticos é natural, antiga e embutido no pangenoma microbiano”.

Leite, nota bene, essa resistência natural a antibióticos é anterior ao uso de antibióticos e pode simultaneamente explicar como essa resistência aparece rapidamente após a introdução de um novo antibiótico e livrar os evolucionistas de um de seus argumentos mais ridículos de uma vez por todas:

“Os microbiologistas clínicos ficaram perplexos há muito mais tempo. Quando você traz um novo antibiótico para o hospital, a resistência aparece inevitavelmente logo depois, dentro de meses a anos. Ainda é uma grande pergunta: de onde isso vem? Quase ninguém pensou em olhar para outras bactérias, aquelas que não necessariamente causam doenças”.


Kirandeep Bhullar, Nicholas Waglechner, Andrew Pawlowski, Kalinka Koteva, Eric D. Banks, Michael D. Johnston, Hazel A. Barton, Gerard D. Wright

É Leite, parece que a TE “não dá conta de fenômenos tão corriqueiros quanto o surgimento de resistência a antibióticos numa população de bactérias”... E somente há 4 milhões de anos...

Segundo Leite, a chave para compreender e aceitar a teoria da evolução darwinista está na profundidade do tempo geológico - o universo deve ter quase 14 bilhões de anos e a Terra, uns 4,5 bilhões de anos. Leite afirmou que esse intervalo é “suficiente para que miríades de alterações minúsculas introduzidas por mutações se acumulem, sejam selecionadas e produzam estruturas intricadas como um olho, por exemplo”. Será? Ao longo de bilhões de anos o acúmulo de microevolução resulta em macroevolução? Quem estabeleceu isso cientificamente? Como historiador de ciência, eu desconheço quem tenha estabelecido esse fato, Fato, FATO da evolução. 

Leite, renomado jornalista de ciência deveria saber que consenso é coisa de político. Mas ninguém do DI, até onde eu sei, não reconhece o trabalho desses pesquisadores que investigam a evolução e seu reconhecimento pela Academia científica como autoridades no assunto.

Reconhecemos e discutimos suas pesquisas respeitosa e cientificamente. Divergimos deles não somente por causa de premissas, mas do fato científico das complexidades irredutíveis serem ou não resultado dos processos evolucionários estocásticos. Debater se mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente estão envolvidos na origem e evolução do universo e da vida é uma atividade científica.

Aí Leite dá uma no cravo e outra na ferradura: o consenso neodarwinista pode ser posto em dúvida! Razão? Novos dados exigem que as teorias científicas sejam aperfeiçoadas, reformuladas, e até descartadas. Contra Leite, nós adeptos do design inteligente aportamos novos dados à discussão, hipóteses adicionais – mais do que necessárias – existem sinais de inteligência que podem ser detectados na natureza; a origem da informação genética entre outros dados acima.

Por que os teóricos e proponentes do DI se dão a esse trabalho? Ao contrário do afirmado por Leite, vez que temos ateus, agnósticos, céticos e quejandos entre nós, não é por motivação religiosa, muito menos uma necessidade interior imperiosa de conciliar crença com ciência, desvirtuando esta para abrir espaço àquela.

Pelo contrário, nós nos damos a esse trabalho por amor à Ciência e seguir as evidências aonde elas forem dar, e procurando fazer a distinção das definições de evolução como sendo:

Evolução # 1 - Microevolução: Mudanças em pequena escala em uma população de organismos.

Evolução # 2 - Descendência Comum Universal: A ideia de que todos os organismos estão relacionados e descendem de um único ancestral comum.

Evolução # 3 - Evolução Darwinista: A visão de que um processo não-guiado de seleção natural agindo sobre mutações aleatórias tem sido o principal mecanismo que conduz a evolução da vida.

A questão hoje em dia, Leite, não é se as especulações transformistas de Darwin (Evolução #2 e #3) contrariam relatos de Criação de textos sagrados, mas se elas são corroboradas no contexto da justificação teórica. Quer mais submissão aos critérios da ciência?

Desde quando questionar a robustez epistêmica de uma teoria científica é lançar confusão e discórdia sobre a educação? Nas aulas de ciência, que a teoria da evolução seja ensinada objetiva e honestamente. Negar isso aos alunos é condená-los à ignorância do que é questionado na literatura científica, entre pares e violar direitos humanos dos estudantes ao acesso a essas informações.

Este blogger concorda parcialmente com o NOMA de Stephen Jay Gould (1941-2002) – a ciência e religião são magistérios que não se sobrepõem, domínios de conhecimento não interferentes, mas é preciso levar em conta que o NOMA pode marginalizar descobertas percebidas e tidas como religiosas quando eram e são estritamente científicas. Exemplo? O modelo cosmológico do Big Bang foi colocado na prateleira por três décadas porque estabelecia que o universo teve um começo.

Em que Leite, a complexidade irredutível de sistemas biológicos, a informação complexa especificada no DNA, teses do DI são ideias religiosas? São ideias estritamente científicas!

NOMA? Que se lixe o NOMA, o que vale são as evidências!

Enézio E. de Almeida Filho

Mestre em História da Ciência – PUC-SP – 2008

Ex-ateu e ex-darwinista de carteirinha

Foto do Marcelo Leite: Folha de São Paulo

A complexidade da vida - Segredos da célula com Michael Behe - Parte 2

quarta-feira, fevereiro 19, 2020

Visitantes do blog Desafiando a Nomenklatura Científica nos cinco continentes


https://clustrmaps.com/site/19jnz?utm_source=widget

Simulações em computador visualizam como o DNA converte células em células-tronco

segunda-feira, fevereiro 17, 2020

Nucleosomal DNA Dynamics Mediate Oct4 Pioneer Factor Binding

Jan Huertas, Caitlin M. MacCarthy, Hans R. Schöler, Vlad Cojocaru

Open Access Published: January 16, 2020



An illustration showing a stem cell giving rise to more stem cells or specialised cells.

Abstract

Transcription factor (TF) proteins bind to DNA to regulate gene expression. Normally, accessibility to DNA is required for their function. However, in the nucleus, the DNA is often inaccessible, wrapped around histone proteins in nucleosomes forming the chromatin. Pioneer TFs are thought to induce chromatin opening by recognizing their DNA binding sites on nucleosomes. For example, Oct4, a master regulator and inducer of stem cell pluripotency, binds to DNA in nucleosomes in a sequence-specific manner. Here, we reveal the structural dynamics of nucleosomes that mediate Oct4 binding from molecular dynamics simulations. Nucleosome flexibility and the amplitude of nucleosome motions such as breathing and twisting are enhanced in nucleosomes with multiple TF binding sites. Moreover, the regions around the binding sites display higher local structural flexibility. Probing different structures of Oct4-nucleosome complexes, we show that alternative configurations in which Oct4 recognizes partial binding sites display stable TF-DNA interactions similar to those observed in complexes with free DNA and compatible with the DNA curvature and DNA-histone interactions. Therefore, we propose a structural basis for nucleosome recognition by a pioneer TF that is essential for understanding how chromatin is unraveled during cell fate conversions.

Significance

Pioneer transcription factors (TFs) are proteins that bind to DNA in closed chromatin and mediate chromatin opening during cell fate conversions. In closed chromatin, the DNA is wrapped around histone proteins in nucleosomes, which partially occlude the DNA features required for protein binding. Nevertheless, how pioneer factors recognize DNA on nucleosomes remains unknown. Here, we describe how structural dynamics mediate the binding of Oct4, a pioneer TF, to the nucleosome and propose a structural basis for the Oct4-nucleosome interaction. Our findings reveal how pioneers such as Oct4 are able to engage wrapped DNA. Moreover, we demonstrate that molecular simulations can be used as a tool to screen for configurations of TFs that are compatible with nucleosome binding.

FREE PDF GRATIS: Biophysical Journal

Deficiências no mundo do RNA

sexta-feira, fevereiro 14, 2020

Chemistry World

OPINION

Flaws in the RNA world

BY PHILIP BALL12 FEBRUARY 2020

Self-replicating RNA may lack the fidelity needed to originate life


Source/Fonte: © Getty Images & © Shutterstock


Look at the reliability of replication to draw conclusions on whether life emerged from an RNA world

The hypothesis of an ‘RNA world’ as the font of all life on Earth has been with us now for more than 30 years, the term having been coined by the biologist Wally Gilbert in 1986. You could be forgiven for thinking that it pretty much solves the conundrum of how the replication of DNA could have avoided a chicken-and-egg impasse: DNA replication requires protein enzymes, but proteins must be encoded in DNA. The intermediary RNA breaks that cycle of dependence because it can both encode genetic information and act catalytically like enzymes. Catalytic RNAs, known as ribozymes, play several roles in cells.

It’s an alluring picture – catalytic RNAs appear by chance on the early Earth as molecular replicators that gradually evolve into complex molecules capable of encoding proteins, metabolic systems and ultimately DNA. But it’s almost certainly wrong. For even an RNA-based replication process needs energy: it can’t shelve metabolism until later. And although relatively simple self-copying ribozymes have been made,1 they typically work only if provided with just the right oligonucleotide components to work on. What’s more, sustained cycles of replication and proliferation require special conditions to ensure that RNA templates can be separated from copies made on them.

In the soup

Perhaps the biggest problem is that self-replicating ribozymes are highly complex molecules that seem very unlikely to have randomly polymerised in a prebiotic soup. And the argument that they might have been delivered by molecular evolution merely puts the cart before the horse. The problem is all the harder once you acknowledge what a complex mess of chemicals any plausible prebiotic soup would have been. It’s nigh impossible to see how anything lifelike could come from it without mechanisms for both concentrating and segregating prebiotic molecules – to give RNA-making ribozymes any hope of copying themselves rather than just churning out junk, for example.

In short, once you look at it closely, the RNA world raises as many questions as it answers. Even one of its chief advocates, Gerald Joyce of the Scripps Research Institute in California, suggested recently that it might be necessary to consider that the RNA world was preceded by ‘some other replicating, evolving molecule’ such as peptide-nucleic acid hybrids.2 That, of course, may simply defer some of the problems rather than solving them.

Joyce and his coworkers have now found a ribozyme that holds the potential to copy heritable ‘pre-genetic’ information into RNAs considerably more complex and structured than any seen before.3 This molecule was found through a process of in vitro evolution, the criterion for selection in each round being the ability to keep adding individual nucleotides to a ‘primer’ RNA segment to make long strands – that is, to act as an RNA polymerase.

Joyce and colleagues started with a known ribozyme called the class I ligase (which links nucleotide fragments together). After 14 rounds of evolution, their best performing ribozyme was capable of joining nucleotides into three separate RNAs that would then spontaneously assemble (after purification) into the original ligase. In other words, it was capable of synthesising the RNA molecule from which it was derived – to make its own ancestor. Joyce and colleagues say this is ‘the most complex functional RNA that has been synthesized by a ribozyme’ from single nucleotides, and believe that, with further in vitro evolution, they might obtain a ribozyme of similar complexity that is genuinely able to make itself.
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A Nomenklatura científica censora esquece que seu herói, Darwin, queria um debate aberto!

Censorious Academics Forget that Their Hero Darwin Wanted an Open Debate

By Herman B. Bouma | February 12, 2020 | 3:07pm EST

Source/Fonte: Quotes

Recently the chair of the House Select Committee on the Climate Crisis called on Google to take action regarding YouTube videos promoting “climate denial and climate misinformation.” Not surprisingly, many strongly criticized this attempt at censorship. 

Most reasonable people believe that when it comes to disagreements on policy and scientific theory, the best approach is to promote debate rather than censorship. Open and honest debate has always been “the American way.” However, in the case of Darwinian theory, the scientific establishment has been promoting censorship rather than debate for quite some time now – contrary to Charles Darwin’s expressed wishes. 

The first edition of Darwin’s book The Origin of Species was published in 1859 and set forth his theory of the origin of species by means of natural selection. Darwin’s theory was at odds with the theory of design, which was the dominant biological theory of the time. 

Many eminent scientists of Darwin’s day had strong objections to Darwin’s theory, including Louis Agassiz, a world-renowned professor of geology and biology at Harvard University known as a “founding father of the American scientific tradition;” Adam Sedgwick, a professor of geology and paleontology at Cambridge University and one of Britain’s most distinguished geologists; and Karl Nageli, a Swiss professor of botany at the University of Munich who was famous for his work on plant cells. Darwin took great care to reply thoughtfully to the scientific arguments against his theory and, by the time of the sixth edition of his book in 1872, approximately one-third of the book consisted of his response to numerous scientific arguments against his theory (all of which still have merit today). 

Darwin clearly took his critics seriously, and did so even though most were proponents of design. He never considered the theory of design to be unscientific and in fact stated that it “has been ably maintained by many authors.” (Even he theorized that the first forms of life were the result of design.) Darwin treated his critics with respect, referring to them as “the most eminent paleontologists” and “our greatest geologists”. Darwin acknowledged that there were “a crowd of difficulties” with his theory and that a number of objections carried great weight.
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