USP terá Museu da Tolerância

30/9/2010

Agência FAPESP – A Universidade de São Paulo (USP) anunciou o projeto do Museu da Tolerância, que será construído na Cidade Universitária, na capital paulista, próximo à Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ).

Primeiro do gênero na América Latina, museu na Cidade Universitária na capital paulista será vinculado à educação (ilust.: USP)

Ainda não há previsão para a conclusão das obras, mas, de acordo com a Agência USP, o museu estará ligado ao Laboratório de Estudos sobre a Intolerância (LEI) da Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas e seguirá um conceito diferente dos museus tradicionais.

Será o primeiro do gênero na América Latina e, como estará vinculado à educaçãolato sensu, funcionará também como uma escola, ou seja, não ficará restrito à exposição de obras.

O museu terá duas bibliotecas, uma com acervo documental, testemunhos, arquivos e fotos e outra dedicada à literatura infanto-juvenil.

Além disso, abrigará também cinemateca, auditório, galerias para exposições, salas de multimídia, laboratórios de restauração e conservação, espaços de convivência e uma área onde será instalado o LEI.

A previsão da USP é que dentro de um ano as obras sejam iniciadas.

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Células-tronco 'vagalume' podem ajudar a consertar corações estragados sem operação

'Firefly' Stem Cells May Help Repair Damaged Hearts

ScienceDaily (Sep. 28, 2010) — Stem cells that glow like fireflies could someday help doctors heal damaged hearts without cutting into patients' chests.

Stem cells engineered with the 'firefly' enzyme glow brighter and brighter as they develop into healthy heart muscle, allowing doctors to track whether and where the stem cells are working. (Credit: iStockphoto/Brandon Alms)

In his University of Central Florida lab, Steven Ebert engineered stem cells with the same enzyme that makes fireflies glow. The "firefly" stem cells glow brighter and brighter as they develop into healthy heart muscle, allowing doctors to track whether and where the stem cells are working.

Researchers are keenly interested in stem cells because they typically morph into the organs where they are transplanted. But why and how fast they do it is still a mystery. Now Ebert's cells give researchers the ability to see the cells in action with the use of a special camera lens that picks up the glow under a microscope.

"The question that we answered was, 'How do you follow these cells in the lab and find out where they're going?'" said Ebert, an associate professor in UCF's College of Medicine.

If doctors can figure out exactly how the cells repair and regenerate cardiac tissue, stem cell therapies could offer hope to more than 17.6 million Americans who suffer from coronary disease. The glow of the enzyme also means therapies would no longer require cutting into patients' chest cavities to monitor the healing.

...

Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

+++++

Generation of Novel Reporter Stem Cells and Their Application for Molecular Imaging of Cardiac-Differentiated Stem Cells In Vivo

To cite this article:

Ramana K. Kammili, David G. Taylor, Jixiang Xia, Kingsley Osuala, Kellie Thompson, Donald R. Menick, Steven N. Ebert. Stem Cells and Development. September 2010, 19(9): 1437-1448. doi:10.1089/scd.2009.0308.Published in Volume: 19 Issue 9: September 3, 2010

Online Ahead of Print: August 19, 2010

Online Ahead of Editing: January 28, 2010

1Burnett School of Biomedical Sciences, College of Medicine, University of Central Florida, Orlando, Florida.

2Gazes Cardiac Research Institute, Division of Cardiology, Department of Medicine, Medical University of South Carolina, Charleston, South Carolina.

Address correspondence to:

Dr. Steven N. Ebert

Burnett School of Biomedical Sciences

College of MedicineUniversity of Central Florida

6900 Lake Nona Blvd

Orlando, FL 32827E-mail:

Received for publication August 12, 2009

Accepted after revision January 28, 2010

Stem cell therapies offer the potential for repair and regeneration of cardiac tissue. To facilitate evaluation of stem cell activity in vivo, we created novel dual-reporter mouse embryonic stem (mES) cell lines that express the firefly luciferase (LUC) reporter gene under the control of the cardiac sodium–calcium exchanger-1 (Ncx-1) promoter in the background of the 7AC5-EYFP mES cell line that constitutively expresses the enhanced yellow fluorescent protein (EYFP). We compared the ability of recombinant clonal cell lines to express LUC before and after induction of cardiac differentiation in vitro. In particular, one of the clonal cell lines (Ncx-1-43LUC mES cells) showed markedly enhanced LUC expression (45-fold increase) upon induction of cardiac differentiation in vitro. Further, cardiac differentiation in these cells was perpetuated over a period of 2–4 weeks after transplantation in a neonatal mouse heart model, as monitored by noninvasive bioluminescence imaging (BLI) and confirmed via postmortem immunofluorescence and histological assessments. In contrast, transplantation of undifferentiated pluripotent Ncx-1-43LUC mES cells in neonatal hearts did not result in detectable levels of cardiac differentiation in these cells in vivo. These results suggest that prior induction of cardiac differentiation in vitro enhances development and maintenance of a cardiomyocyte-like phenotype for mES cells following transplantation into neonatal mouse hearts in vivo. We conclude that the Ncx-1-43LUC mES cell line is a novel tool for monitoring early cardiac differentiation in vivo using noninvasive BLI.

+++++

Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo do Stem Cells and Development e de mais 22.440 publicações científicas.

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Um século de pesquisas evolucionárias com Drosophila melanogaster e.. elas continuam sendo Drosophila melanogaster

Nature 467, 587-590 (30 September 2010) | doi:10.1038/nature09352; 

Received 5 April 2010; Accepted 15 July 2010; Published online 15 September 2010 

Genome-wide analysis of a long-term evolution experiment with Drosophila 

Molly K. Burke1, Joseph P. Dunham2, Parvin Shahrestani1, Kevin R. Thornton1, Michael R. Rose1 & Anthony D. Long1 

1. Ecology and Evolutionary Biology, University of California, Irvine, 321 Steinhaus Hall, Irvine, California 92697-2525, USA 

2. Molecular and Computational Biology, University of Southern California; Los Angeles, California 90098, USA 

Correspondence to: Molly K. Burke1 Email: burkem@uci.edu 

Correspondence to: Anthony D. Long1 Email: tdlong@uci.edu 

Drosophila melanogaster (Science Daily)

Abstract

Experimental evolution systems allow the genomic study of adaptation, and so far this has been done primarily in asexual systems with small genomes, such as bacteria and yeast1,2, 3. Here we present whole-genome resequencing data from Drosophila melanogaster populations that have experienced over 600 generations of laboratory selection for accelerated development. Flies in these selected populations develop from egg to adult ~20% faster than flies of ancestral control populations, and have evolved a number of other correlated phenotypes. On the basis of 688,520 intermediate-frequency, high-quality single nucleotide polymorphisms, we identify several dozen genomic regions that show strong allele frequency differentiation between a pooled sample of five replicate populations selected for accelerated development and pooled controls. On the basis of resequencing data from a single replicate population with accelerated development, as well as single nucleotide polymorphism data from individual flies from each replicate population, we infer little allele frequency differentiation between replicate populations within a selection treatment. Signatures of selection are qualitatively different than what has been observed in asexual species; in our sexual populations, adaptation is not associated with ‘classic’ sweeps whereby newly arising, unconditionally advantageous mutations become fixed. More parsimonious explanations include ‘incomplete’ sweep models, in which mutations have not had enough time to fix, and ‘soft’ sweep models, in which selection acts on pre-existing, common genetic variants. We conclude that, at least for life history characters such as development time, unconditionally advantageous alleles rarely arise, are associated with small net fitness gains or cannot fix because selection coefficients change over time.

+++++

Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Nature e de mais 22.440 publicações científicas.

+++++

NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

As experiências com as Drosophila melanogaster são muito importantes para o avanço da ciência e o bem-estar da humanidade. Contudo, após 100 anos de torturas em laboratórios, as Drosophila melanogaster teimam continuar sendo Drosophila melanogaster, e com um agravante: o tipo de torturas que elas sofrem em laboratórios científicos no mundo inteiro, elas nunca sofreram na natureza.

QED: 

"at least for life history characters such as development time, unconditionally advantageous alleles rarely arise, are associated with small net fitness gains or cannot fix because selection coefficients change over time." 

Traduzindo em graúdos: a Drosophila melanogaster vai continuar sendo Drosophila melanogaster nem que Darwin tussa.


Mais contundente foi o parágrafo final desta pesquisa de 35 anos e 600 gerações de Drosophila melanogaster:


"Our work provides a new perspective on the genetic basis of adaptation.  Despite decades of sustained selection in relatively small, sexually reproducing laboratory populations, selection did not lead to the fixation of newly arising unconditionally advantageous alleles.  This is notable because in wild populations we expect the strength of natural selection to be less intense and the environment unlikely to remain constant for ~600 generations. 


Consequently, the probability of fixation in wild populations should be even lower than its likelihood in these experiments.  This suggests that selection does not readily expunge genetic variation in sexual populations, a finding which in turn should motivate efforts to discover why this is seemingly the case."

Fui, nem sei por que, pensando, mas em ciência também se corre muito atrás do vento... especialmente vento macroevolutivo...


Coitadinhas das Drosophila melanogaster -- nem sob torturas excruciantes se sujeitaram corroborar o fato, Fato, FATO da evolução no contexto de justificação teórica...

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Rabinos do Chabad dançando pelo mundo - Simchat Torah

Chabad rabbis dancing all over the world

Mendy Pellin, directed by the Peretz Golding
+++++

Para, por e com Israel, sempre! Apesar de...

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Self-publishing: a saída para a publicação dos livros sobre Design Inteligente???

Seminário da Singular discute self-publishing

O atual modelo tradicional de publicação foi alvo de críticas no evento realizado no Rio de Janeiro

Mercado

PublishNews - 29/09/2010 - Carlo Carrenho

A edição carioca do 1º Ciclo de Palestras sobre os Futuros do Livro, organizado pela Singular, braço digital do grupo Ediouro, aconteceu ontem (28), na Casa do Saber da capital fluminense. Ali, próximo à bela lagoa Rodrigo de Freitas, um grupo de 60 convidados ouviu as palestras do editor americano Mark Coker, da Smashwords, e de Luis Iglesias, executivo brasileiro da Hewlett-Packard. No final, uma mesa-redonda com Roberto Cassano (Agência Frog) e Ricardo Neves, autor de Ruptura, uma obra self-published. Os destaques ficaram para as falas de Coker e Neves. Ambos foram críticos ao modelo atual da indústria editorial de forte controle do que é ou não publicado, e defenderam o self-publishing – publicação independente pelo próprio autor – como uma alternativa importante para a democratização do acesso à publicação.

[NOTA DESTE BLOGGER: Os livros dos teóricos do Design Inteligente sofre esta censura dos editores, e os leitores ficam somente com uma única visão sobre a origem e evolução da vida.]

"Acho que o modelo em que os editores decidem o que os leitores devem ler é errado", afirmou Mark Coker, presidente da Smashwords, empresa norte-americana de self-publishing digital. Ele reconheceu, no entanto, a importância do editor, mas acha que as editoras estão cada vez se comportando menos como editoras. “Ao tentar minimizar os riscos, as editoras estão publicando menos, com preços mais caros e, no caso do livro digital, utilizando DRM”, afirmou. E na visão de Coker isto faz com as editoras sejam menos amigáveis aos leitores e se afastem de seu papel original. O editor da Califórnia considera isto perigoso e reconhece a importância dos editores. “Quando os editores começam a agir cada vez menos como editores, os autores começam a se perguntar porque precisam deles”.

Durante a mesa-redonda, foi o consultor Ricardo Neves quem teceu duras críticas aos editores. Com livros publicados pela Campus, Ediouro e Senac Rio, Neves decidiu lançar sua mais recente obra, Ruptura, por conta própria. "Não existe a promoção do autor nacional. O editor brasileiro quer ir para Frankfurt e encontrar o bilhete premiado", afirmou o consultor, reclamando do trabalho das editoras brasileiras. “Falta às editoras a ousadia de fazer diferente”, complementou. Ao final de sua fala, questionado se sua crítica era ao momento editorial ou às editoras como um todo, explicou: "Minha colocação não foi algo ressentido contra as editoras. É minha forma apaixonada de falar.". O livro Ruptura está sendo lançado este mês. Resta acompanhar como será seu desempenho quando comparado aos demais livros do autor.

Para Newton Neto, diretor da Singular, o self-publishing representa uma oportunidade e não uma ameaça às editoras tradicionais. “Com um projeto paralelo de self-publishing, as editoras não precisam dizer não a nenhum autor.”

Hoje (29) a rodada sobre o futuro do livro acontece em São Paulo. O encontro está marcado para às 14h, na Casa do Saber (Rua Doutor Mario Ferraz, 414 – São Paulo/SP)

Programação

14h – Como os livros independentes vão transformar o futuro da edição

Mark Coker, CEO e fundador da Smashwords

15h – A impressão digital e o futuro do livro

Luis Umani Iglesias

Diretor de divisão Indigo Brasil da HP

16h – Mesa: Os vários futuros do livro

Cezar Taurion

Gerente de Novas Tecnologias da IBM Brasil

Claudio Soares

E-publisher da Singular Digital

Ricardo Neves

Consultor e autor do livro Ruptura

Lula Vieira

Diretor de Marketing da Ediouro

Roberto Cassano

Diretor de Estratégia da Frog

Rodrigo Velloso (apenas em SP)

Google

Mark Coker

Luis Iglesias

+++++

Via PublishNews

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Pachauri admite: o IPCC simplesmente “estima” os números que apresenta

Pachauri admite que o IPCC simplesmente “estima” os números que apresenta

por Jo Nova em 8 de setembro de 2010 Opinião - Ambientalismo

Tamanha é a pressão que finalmente começa a se abater sobre o IPCC que Rajendra Pachauri [ver na editoria de Ambientalismo do M@M: “O guru, a boca e a botija”] se viu forçado à ridícula posição de tentar resgatar a credibilidade ao contradizer a maior parte de sua campanha de relação públicas forjada ao longo dos anos. Ele deu um passo extraordinário quando admitiu que o IPCC (Painel Intergovernamental sobre Mudanças Climática, órgão da ONU ainda presidido por Pachauri) não dispõe de números comprováveis cientificamente, mas veja bem, está tudo certo, afinal o IPCC é, de fato, uma agência de formulação e redação de políticas e não uma produtora de relatórios científicos “que jamais verão a luz do dia”.

IPCC, muito longe da neutralidade científica

Quer dizer que Pachauri está admitindo que desde ao sua concepção, o objetivo do IPCC era prescrever e ordenar políticas para governos? Ora, ora, quem poderia supor que tivesse sido assim, não é mesmo?

Em meio à declaração de Pachauri de que estava feliz com o relatório da IAC [InterAcademy Council], ele deixou escapar uma surpreendente e definitiva afirmação:

O Times of India pergunta: Há algo no relatório de investigação da ONU com que o senhor discorda total ou parcialmente?

Pachauri: Eles falaram sobre quantificar incertezas. Até certo ponto, nós estamos fazendo isso, ainda que não com perfeição. Mas a questão é que em alguns casos, você realmente não dispõe de uma base quantitativa à qual possa atribuir uma probabilidade ou um nível de incerteza que defina as coisas em termos quantitativos. E é aí que não devemos deixar de levar em conta a opinião abalizada de especialistas. E isso não foi levado em conta, ou ao menos, não foi ressaltado pelo relatório [do IAC].

Então, se você não consegue quantificar incertezas (coisas como a sensibilidade da temperatura, digamos 0,5 grau ou 6,5 graus, e com quais probabilidades), vá em frente com a sua melhor “estimativa” [chute], chame-a de opinião abalizada de especialistas (especialmente se apenas você escolher e pagar os especialistas “certos”) e daí diga que há 90% de certeza, mesmo que não haja números, mas você vai somando até chegar à certeza desejada.

Assim, depois de todos esses anos dizendo que o IPCC era uma entidade científica, agora que foi revelada como não-científica, subitamente a desculpa é que, de fato a entidade é dirigida politicamente. Perceba o quanto Pachauri agora tenta situar a posição do IPCC como muito distante da ciência:

Times of India: Ao suprimir a política da ciência, esta não ficaria vazia de seu real propósito social?

Pachauri: Sejamos francos. Nós estamos num organismo intergovernamental e nossa força e aceitabilidade daquilo que produzimos é, em larga medida, em função de sermos pertencentes a governos.

(E eu aqui pensando que a força do IPCC vinha dos seus “2.500 cientistas” e da rigorosa revisão pelos pares... ).

Se não fosse este o caso, seríamos tal como qualquer outra entidade científica que talvez produzisse relatórios de primeira qualidade, mas que jamais seriam vistos à luz do dia e simplesmente porque não são importantes na formulação de políticas. Agora, é claro que se [o IPCC] é um organismo intergovernamental e queremos que os governos sejam os donos daquilo que produzimos é óbvio que esses governos nos darão os indicativos sobre qual direção a tomar e sobre quais são as questões que eles querem ver respondidas. Infelizmente, as pessoas perderam completamente de vista a resolução original pela qual o IPCC foi criado. Tal resolução diz claramente que nossas avaliações deveriam incluir estratégias de reação realistas. Se isso não significa uma avaliação de políticas, então significa o quê? E eu temo que, a meu ver, tenhamos ficado na defensiva em vez de apresentarmos uma ampla gama de políticas a serem adotadas; com isso não estou dizendo que prescrevemos a política A, B ou C, mas com base na ciência, estamos buscando estratégias de reação realistas. E é exatamente isso que o comitê [IAC] recomendou que abandonássemos — recomendações políticas. È por isso que levantei a questão sobre o que está escrito no mandato de criação do IPCC. Trata-se de um erro de percepção da comunidade científica. Eu espero poder corrigi-lo.

O IPCC simplesmente não pode ser, ao mesmo tempo, a última palavra imparcial e manifesta da ciência E a última palavra na elaboração de políticas. De duas uma: ou é a busca pela verdade que dirige o IPCC ou é a necessidade de promover políticas que o faz; o IPCC não pode responder a ambas as demandas sem um conflito.

O que Pachauri está declarando é que a prioridade nº 1 do IPCC NÃO é exatamente a de descobrir o que governa o clima do planeta. 

Tradução: Henrique Dmyterko

Publicado originalmente no site da autora em 04/09/2010*

*Jo Nova é autora do “Manual dos Céticos”, cuja versão brasileira pode ser obtida clicando aqui.

+++++

NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Eu queria ver a cara do Marcelo Leite, o afirmacionista-mor no Brasil, com essas declarações (confissões???) do Pachauri. Não sou profeta nem filho de profeta, mas o Pachauri brevemente vai dançar a Pachanga em outro lugar.

Fui, nem sei por que, pensando que hoje em dia muito do que é dito ser ciência relembra muito, mas relembra muito mesmo a alquimia. Só que os alquimistas da pós-modernidade são alguns mandarins da Nomenklatura científica. Todavia, o que é bom em ciência, é que a ciência e a mentira não podem andar de mãos dadas. O IPCC que nos diga...

+++++


Baixe gratuitamente o Manual dos Céticos (PDF em português) do aquecimento global ser provocado por ações humanas aqui.


+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Paleontólogos saem em defesa de Ida como elo de transição

Published online 29 September 2010 | Nature | doi:10.1038/news.2010.501

News

Palaeontologists go to bat for Ida

Primate fossil's promoters defend position against community criticism.

Lucas Laursen

Jørn Hurum unveiling Ida at a news conference in May 2009.

Jennifer Graylock/AFP

A new defence of the fossil Ida as a precursor to today's primates, including humans, has emerged from the research team that last year bought and promoted the 47-million-year-old remains.¹

Ida, or Darwinius masillae, was described in 2009 by Jens Franzen at the Research Institute and Natural History Museum of Senckenberg in Frankfurt, Germany, and colleagues, who identified it as a haplorrhine, precursors to modern-day monkeys and apes.² However, two studies by other groups since then citing evidence from a new fossil and an independent study of similar primate fossils concluded Ida was closer to the strepsirrhine branch, precursors to today's lemurs.³,⁴ (see 'Fossil primate challenges Ida's place').

"If you say 'I have something in the line of hominids', another palaeontologist will say you are wrong," says palaeontologist John de Vos of the National Museum of Natural History in Leiden, the Netherlands, the author of a 2008 article in the Journal of the History of Biology on scientific disagreements about Neanderthals, Homo erectus and Homo floresiensis.⁵ But this particular disagreement is smaller than those, de Vos adds, because Ida is much further removed from modern primates and fewer palaeontologists study this area.

...

Read more here/Leia mais aqui: Nature

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Fragmentos de vírus de hepatite B em genomas de pássaros canoros

19-Million-Year-Old Genomic Fossils of Hepatitis B-Like Viruses in Songbirds

ScienceDaily (Sep. 28, 2010) — Biologists from The University of Texas at Arlington have uncovered virus fragments from the same family of the modern Hepatitis B virus locked inside the genomes of songbirds such as the modern-day zebra finch.

Zebra finch. (Credit: iStockphoto/David Gluzman)

The article, publishing in the online, open access journal PLoS Biology, marks the first time that endogenous hepadnaviruses have been found in any organism. An endogenous virus is one that deposits itself or fragments of itself into the chromosome of an organism, allowing it to be passed from generation-to-generation. Previously, most of these known "fossilized" virus sequences have come from retroviruses.

"They've been sitting there for at least 19 million years, far longer than anyone previously thought this family of viruses had been in existence," say Cédric Feschotte and Clément Gilbert, co-authors of the study. Feschotte is an associate professor and member of the UT Arlington Genome Biology Group. Gilbert is a post-doctoral research associate in the group.

Gilbert and Feschotte dated the hepadnavirus fragments by locating them in the same spot on the genome of five species of passerine birds and then tracing those species to a common ancestor that lived more than 19 million years ago.

...

Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

+++++

Genomic Fossils Calibrate the Long-Term Evolution of Hepadnaviruses

Clément Gilbert*, Cédric Feschotte*

Department of Biology, University of Texas, Arlington, Texas, United States of America

Abstract

Because most extant viruses mutate rapidly and lack a true fossil record, their deep evolution and long-term substitution rates remain poorly understood. In addition to retroviruses, which rely on chromosomal integration for their replication, many other viruses replicate in the nucleus of their host's cells and are therefore prone to endogenization, a process that involves integration of viral DNA into the host's germline genome followed by long-term vertical inheritance. Such endogenous viruses are highly valuable as they provide a molecular fossil record of past viral invasions, which may be used to decipher the origins and long-term evolutionary characteristics of modern pathogenic viruses. Hepadnaviruses (Hepadnaviridae) are a family of small, partially double-stranded DNA viruses that include hepatitis B viruses. Here we report the discovery of endogenous hepadnaviruses in the genome of the zebra finch. We used a combination of cross-species analysis of orthologous insertions, molecular dating, and phylogenetic analyses to demonstrate that hepadnaviruses infiltrated repeatedly the germline genome of passerine birds. We provide evidence that some of the avian hepadnavirus integration events are at least 19 My old, which reveals a much deeper ancestry of Hepadnaviridae than could be inferred based on the coalescence times of modern hepadnaviruses. Furthermore, the remarkable sequence similarity between endogenous and extant avian hepadnaviruses (up to 75% identity) suggests that long-term substitution rates for these viruses are on the order of 10−8 substitutions per site per year, which is a 1,000-fold slower than short-term rates estimated based on the sequences of circulating hepadnaviruses. Together, these results imply a drastic shift in our understanding of the time scale of hepadnavirus evolution, and suggest that the rapid evolutionary dynamics characterizing modern avian hepadnaviruses do not reflect their mode of evolution on a deep time scale.

Author Summary

Paleovirology is the study of ancient viruses and the way they have shaped the innate immune system of their hosts over millions of years. One way to reconstruct the deep evolution of viruses is to search for viral sequences “fossilized” at different evolutionary time points in the genome of their hosts. Besides retroviruses, few virus families are known to have deposited molecular relics in their host's genomes. Here we report on the discovery of multiple fragments of viruses belonging to the Hepadnaviridae family (which includes the human hepatitis B viruses) fossilized in the genome of the zebra finch. We show that some of these fragments infiltrated the germline genome of passerine birds more than 19 million years ago, which implies that hepadnaviruses are much older than previously thought. Based on this age, we can infer a long-term avian hepadnavirus substitution rate, which is a 1,000-fold slower than all short-term substitution rates calculated based on extant hepadnavirus sequences. These results call for a reevaluation of the long-term evolution of Hepadnaviridae, and indicate that some exogenous hepadnaviruses may still be circulating today in various passerine birds.


Citation: Gilbert C, Feschotte C (2010) Genomic Fossils Calibrate the Long-Term Evolution of Hepadnaviruses. PLoS Biol 8(9): e1000495. doi:10.1371/journal.pbio.1000495

Academic Editor: Michael Emerman, Fred Hutchinson Cancer Research Center, United States of America

Received: April 7, 2010; Accepted: August 16, 2010; Published: September 28, 2010

Copyright: © 2010 Gilbert, Feschotte. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: This work was supported by grant R01GM77582 to CF from the National Institutes of Health. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Abbreviations: DHBV, duck hepatitis B virus; eZHBV, endogenous zebra finch hepatitis B virus; HBV, hepatitis B virus; LTR, long terminal repeat; NADH2, NADH dehydrogenase subunit 2; RT, reverse transcriptase; subs/site/year, substitutions per site per year

* E-mail: clement.gilbert@uta.edu (CG); cedric@uta.edu (CF)

+++++

FREE PDF GRÁTIS [OPEN ACCESS]

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Desafiando a Nomenklatura científica: um blog internacional perigoso

Source/Fonte: Sitemeter

+++++

Não dá para não ler este blog!!! Presença nos 5 continentes. Mais de 340 mil visitantes: a KGB da Nomenklatura científica, especialmente a turma da casa de máquinas, está tendo um trabalho dantesco (não é pirrônico???) de tentar consertar os danos provocados à estrutura epistêmica (não é ideológica???) da Síntese Evolutiva Moderna -- a evolução através da seleção natural e mais n mecanismos evolucionários (de A a Z).

Gente, não dá para esperar uma década - 2020, para que a Síntese Evolutiva Ampliada seja elaborada. Afinal de contas, a ciência não suporta o vácuo epistemológico. Então aqui vai uma pergunta indiscreta e causticante: sob qual referencial teórico está se fazendo ciência normal em biologia evolutiva se, por não explicar muitas anomalias, a Síntese Evolutiva Moderna já foi declarada morta em 1980???

E pensar que o MEC/SEMTEC/PNLEM continua aprovando livros didáticos de Biologia do ensino médio que continuam vendendo gato teórico por lebre ideológica. O nome disso é 171 epistêmico!!!

Dizem as más línguas, mas este blog está no INDEX DARWINIANUM PROHIBITORUM nas universidades públicas brasileiras: ai de quem citar artigos aqui divulgados contrariando as especulações transformistas de Darwin. Gente, vamos fazer um bem para a ciência: divulguem este blog para seus amigos e inimigos! Afinal de contas, este blogger acredita na democracia do conhecimento científico!!!

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Reconstrução ocular

29/9/2010

Por Fabio Reynol

Agência FAPESP – O olho é revestido pela superfície mais especializada do corpo humano. Essa superfície é composta pelos epitélios da córnea, limbo e conjuntiva e necessita da lubrificação do filme lacrimal para manter sua função.

No limbo residem células-tronco que regeneram o epitélio compacto e transparente da córnea. O epitélio, por sua vez, é considerado o tecido mais ricamente inervado do ser humano. Na conjuntiva residem células produtoras de mucina e células do sistema imune, fundamentais para a defesa do olho.

Projeto Temático conduzido na Unifesp desenvolve técnicas de recuperação da superfície dos olhos, considerada a mais especializada do corpo humano (fotos: pesquisa)

Essa superfície altamente diferenciada e complexa pode ser alvo de diferentes tipos de agressões físicas, químicas e biológicas, que repercutem diretamente na função visual e qualidade de vida.

Estudar as estruturas envolvidas e desenvolver técnicas para contornar e evitar as chamadas doenças que acometem essa área nobre do corpo humano foi o objetivo da pesquisa “Reconstrução da superfície ocular: aspectos básicos, clínicos e cirúrgicos”, coordenada pelo professor Rubens Belfort Mattos Júnior, do Departamento de Oftalmologia da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), e apoiada pela FAPESP por meio da modalidade Auxílio à Pesquisa – Projeto Temático.

“A superfície ocular é muito importante em inúmeros aspectos. Procuramos abordar nesse projeto os aspectos básicos, clínicos e cirúrgicos dos problemas que afetam esse tecido”, disse Belfort à Agência FAPESP.

Uma das técnicas desenvolvidas no âmbito do projeto foi o transplante de membrana amniótica para a reparação da superfície ocular. Esse tecido, que é obtido da placenta, possui propriedades cicatrizantes e antiinflamatórias, além de ser considerado imunologicamente inerte. Pode ser conservado congelada em meio de cultura por meses, o que facilita a sua aplicação terapêutica.

A membrana amniótica se mostrou eficaz no tratamento da superfície ocular no caso de queimaduras, na síndrome de Stevens Johnson (forma grave de eritema bolhoso), no pterígio (espessamento vascularizado da conjuntiva) e na reparação dos afinamentos da córnea.

Outro estudo envolveu a aplicação de células-tronco do limbo na regeneração da superfície da córnea. “Não temos a necessidade de uma célula com pluripotencialidade, o que nos interessa são as funções ligadas ao olho nas quais a aplicação das células-tronco adultas do limbo apresentam bons resultados”, disse Belfort.

Segundo ele, as células-tronco límbicas podem ser transplantadas de um olho saudável para o outro comprometido em um mesmo paciente ou ainda serem recebidas de outra pessoa.

Outra vertente do Temático incluiu o cultivo em laboratório e o transplante das células-tronco do limbo para reparar a superfície ocular danificada, o que colocou a equipe da Unifesp em pé de igualdade com os grupos mais avançados nesse tipo de pesquisa, segundo Belfort.

“No mundo, poucos países estão no mesmo patamar. Itália, Alemanha, Inglaterra, Japão, Cingapura e Índia – e agora o Brasil – são os mais importantes”, afirmou.

Novo laboratório

Além do limbo, outras possíveis fontes de células-tronco são células da conjuntiva e dentes de leite. Um trabalho feito em parceria entre pesquisadores da Unifesp e do Instituto Butantan está experimentando células-tronco extraídas da polpa desses dentes também na reconstrução da superfície ocular.

A técnica de aplicação sobre a córnea é similar: o novo tecido cultivado em laboratório é aplicado sobre o olho, seguido de enxerto de membrana amniótica para proteger as células transplantadas.

Belfort destaca que o Projeto Temático possibilitou a criação do Laboratório de Biologia Celular em Oftalmologia da Unifesp, unidade especializada no cultivo de células-tronco epiteliais da superfície ocular, cujos equipamentos foram adquiridos com apoio da FAPESP.

A pesquisa ainda recebeu apoio do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e do Instituto de Visão, instituição filantrópica ligada ao Departamento de Oftalmologia da Unifesp.

“Um dos grandes méritos desse Temático foi consolidar um núcleo de pesquisa e formar novos talentos, como José Álvaro Pereira Gomes, que foi co-coordenador do projeto”, disse Belfort. Gomes defendeu sua livre-docência durante o projeto e atualmente também é professor do Departamento de Oftalmologia da Unifesp.

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.

Evolução em ação diante de nossos olhos: ameaça global de extinção de plantas

Ameaça global

29/9/2010

Agência FAPESP – As plantas são tão ameaçadas pelo risco de extinção como os mamíferos, de acordo com uma análise global realizada por instituições europeias. O estudo revelou que uma em cada cinco espécies de plantas no mundo corre risco de extinção.

A Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas de Extinção, com os resultados da análise realizada pelo Royal Botanic Gardens de Kew e pelo Museu de História Natural de Londres, no Reino Unido, e pela União Internacional para a Conservação da Natureza (IUCN, na sigla em inglês), foi divulgada nesta terça-feira (28/9), na capital inglesa.

Uma em cada cinco espécies de plantas no mundo está sob o risco de extinção, de acordo com novaLista Vermelha elaborada por instituições internacionais (foto: RBG Kew)

O estudo, considerado uma das principais bases para a conservação, revelou a verdadeira extensão da ameaça às plantas do mundo, estimadas em cerca de 380 mil espécies.

Cientistas das três instituições realizaram avaliações a partir de uma amostra representativa de plantas de todo o mundo, em resposta ao Ano Internacional da Biodiversidade das Nações Unidas e às Metas de Biodiversidade – 2010.

Os resultados anunciados deverão ser considerados na Cúpula da Biodiversidade das Nações Unidas, que reunirá governos em meados de outubro em Nagoia, no Japão, com o objetivo de estabelecer novas metas.

O trabalho teve apoio principalmente na ampla base de informações botânicas do Herbário, Biblioteca, Arte e Arquivos de Kew – que inclui cerca de 8 milhões de espécimes preservadas de plantas e fungos –, nos 6 milhões de espécimes do herbário do Museu de História Natural, em dados digitais de outras fontes e nas bases de informação da rede de parceiros dos Royal Botanic Gardens em todo o mundo.

“O estudo confirma o que já suspeitávamos: as plantas estão sob ameaça e a principal causa é a degradação induzida por humanos em seus habitats”, disse Stephen Hopper, diretor dos Royal Botanic Gardens de Kew.

“Pela primeira vez temos um retrato global claro do risco de extinção das plantas mais conhecidas no mundo. Esse relatório mostra as ameaças mais urgentes e indica as regiões mais ameaçadas”, afirmou.

Segundo Hopper, existem questões cruciais para serem respondidas, como qual a velocidade e a causa da perda de espécies e o que pode ser feito com relação a isso. [NOTA DESTE BLOGGER: Por que interferir no processo evolutivo? Afinal de contas, o mais apto sobrevive...]

“Para responder a essas questões, precisamos estabelecer uma base a partir da qual possamos medir as transformações. A Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas de Extinção faz exatamente isso, avaliando uma ampla amostra de espécies vegetais que são coletivamente representativas de todas as plantas do mundo”, disse.

O cientista acrescentou que as Metas de Biodiversidade para 2020, que serão discutidas em Nagoia, são ambiciosas. Mas um aumento de escala nos esforços se faz necessário em um momento de perda pronunciada da biodiversidade. “As plantas são o fundamento da biodiversidade e sua relevância para as incertezas climáticas, econômicas e políticas tem sido negligenciada por muito tempo”, afirmou.

“Não podemos ficar de braços cruzados olhando as espécies vegetais desaparecer – as plantas são a base de toda a vida na Terra, fornecendo ar limpo, água, comida e combustível. A vida de todo animal e ave depende delas, assim como a nossa. [NOTA DESTE BLOGGER: Interferir nesta situação ecológica é impedir que a evolução tenha seu livre curso, e nós humanos a oportunidade de evoluir sabe-se lá em que. Neste sentido, sou estritatamente darwinista: que o mais apto sobreviva, e o resto que se dane!!!] Obter as ferramentas e o conhecimento necessários para reverter a perda de biodiversidade é agora mais importante que nunca. A Lista Vermelha dá essa ferramenta aos cientistas e conservacionistas”, destacou.

Alguns dos dados revelados pelo estudo: 

Cerca de um terço das espécies (33%) da amostra é conhecida em grau insuficiente para permitir uma avaliação de conservação. Isso demonstra a escala da tarefa de conservação que será enfrentada por botânicos e cientistas – muitas plantas são tão pouco conhecidas que não é possível saber se estão ou não em perigo. 

De quase 4 mil espécies que foram cuidadosamente avaliadas, mais de um quinto (22%) foi classificado como ameaçado. 

Plantas são mais ameaçadas que aves, tão ameaçadas como mamíferos e menos ameaçadas que anfíbios e corais.

 

Gimnospermas – o grupo vegetal que inclui as coníferas – são o grupo mais ameaçado. 

O habitat mais ameaçado são as florestas tropicais, como a Amazônia. 

A maior parte das plantas ameaçadas é encontrada nos trópicos. 

O processo mais ameaçador é a perda de habitat induzida pelo homem, em especial a conversão de habitats naturais para uso da agricultura.

[NOTA DESTE BLOGGER: O que me deixa louco da vida é que, em detrimento a Darwin, o homem que teve a maior ideia que toda a humanidade já teve -- o mais apto sobrevive, a Nomenklatura científica, em flagrante ofensa epistêmica evolucionária, toma partido e defesa em prol da conservação impedindo assim a maior oportunidade de constatação da evolução em ação diante de nossos olhos. 

Soy contra, y a favor de Darwin: que o mais apto sobreviva!!!]

Mais informações

+++++

Vote neste blog para o prêmio TOPBLOG 2010.