Hatikva - Hino de Israel

sexta-feira, abril 23, 2010

Hatikva-The National Anthem of Israel




Yom Azmaut Sameax
Yom Atsma'ut Same'ax!
Happy Independence Day!
Feliz Dia da Independência!

A implausibilidade dos ciclos metabólicos na Terra pré-biótica: o Mysterium tremendum continua Mysterium tremendum

The Implausibility of Metabolic Cycles on the Prebiotic Earth

Leslie E. Orgel†


Citation: Orgel LE (2008) The Implausibility of Metabolic Cycles on the Prebiotic Earth. PLoS Biol 6(1): e18. doi:10.1371/journal.pbio.0060018

Published: January 22, 2008

Copyright: © 2008 Leslie E. Orgel. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Leslie E. Orgel, The Salk Institute for Biological Studies, San Diego, California, United States of America. This paper was submitted on behalf of Leslie Orgel, after his death on 27 October 2007, by Gerald Joyce, The Scripps Research Institute, La Jolla, California, United States of America. E-mail: gjoyce@scripps.edu

† Deceased.

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FREE PDF GRÁTIS [OPEN ACCESS]

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ALGUMAS CITAÇÕES SOBRE A QUESTÃO DA ORIGEM DA VIDA:

Paul Davies, God and the New Physics (New York: Simon & Schuster, 1983), 68: "The origin of life remains one of the great scientific mysteries. The central conundrum is the threshold problem. Only when organic molecules achieve a certain very high level of complexity can they be considered as 'living', in the sense that they encode a huge amount of information in a stable form and not only display the capability of storing the blueprint for replication but also the means to implement that replication. The problem is to understand how this threshold could have been crossed by ordinary physical and chemical processes without the help of some supernatural agency."

Paul Davies, Cosmic Blueprint: New Discoveries in Nature's Creative Ability to Order the Universe (West Conshohocken, PA: Templeton Foundation Press, 2004 [original: Houghton and Mifflin, 1988]), 115: "It should be stated at the outset that the origin of life remains a deep mystery. There are no lack of theories, of course, but the divergence of opinion among scientists on this topic is probably greater than for any other topic in biology... The essential problem in explaining how life arose is that even the simplest living things are stupendously complex. The replicative machinery of life is based on the DNA molecule, which is itself as structurally complicated and intricately arranged as an automobile assembly line. If replication requires such a high threshold of complexity in the first place how can any replicative system have arisen spontaneously?"

Armand Delsemme, Our Cosmic Origins: From the Big Bang to the Emergence of Life and Intelligence (New York: Cambridge University Press, 1998), 160: "The origin of life remains an immense problem and the gaps in our knowledge are countless."

Christopher P. McKay, "Astrobiology: The Search for Life Beyond the Earth" in Steven J. Dick, ed., Many Worlds (Radnor, PA: Templeton Foundation Press, 2000), 49: "The origin of life remains a scientific mystery. Despite impressive advances in the abiological synthesis of important biomolecules since the early work of Miller, the processes that lead to life have not been duplicated in the laboratory. The record of the events on Earth have been destroyed and there is a scarcity of data. There is, however, an abundance of theories."

Stanley L. Miller and H. James Cleaves, "Prebiotic Chemistry on the Primitive Earth" in Isidore Rigoutsos and Gregroy Stephanopoulos, eds., Systems Biology Volume 1: Genomics (New York: Oxford University Press, 2007), 3: "The origin of life remains one of the humankind's last great unanswered questions, as well as one of the most experimentally challenging research areas... Despite recent progress in the field, a single definitive description of the events leading up to the origin of life on Earth some 3.5 billion years ago remains elusive."

Paul Davies, Cosmic Jackpot: Why Our Universe Is Just Right for Life (New York: Houghton Mifflin, 2007), 197: "It has to be admitted that the origin of life remains a deep mystery."

Grazyna Stochel, Malgorzata Brindell, Wojcieck Macyk, Zofia Stasicka, and Konrad Szacilowski, Bioinorganic Photochemistry(West Sussex, England: John Wiley & Sons, 2009), 109: "Most of the (bio)chemical processes found within all the living organisms are well understood at the molecular level, whereas the origin of life remains one of the most vexing issues in chemistry, biology, and philosophy."

Thomas Nagel, Secular Philosophy and the Religious Temperament: Essays 2002-2008 (New York: Oxford University Press, 2010), 24-25: "Dawkins is not a chemist or a physicist. Neither am I, but general expositions of research on the origin of life indicate that no one has a theory that would support anything remotely near such a high probability as one in a billion billion. Naturally, there is speculation about possible nonbiological chemical precursors of DNA or RNA. But at this point the origin of life remains, in light of what is known about the huge size, the extreme specificity, and the exquisite functional precision of the genetic material, a mystery -- an event that could not have occurred by chance and to which no significant probability can be assigned on the basis of what we know of the laws of physics and chemistry."

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COMENTÁRIO DESTE BLOGGER:

Antes de morrer, com este artigo, Leslie E. Orgel, o maior especialista sobre a origem da vida, deixou bem claro: o Mysterium tremendum continua Mysterium tremendum. Traduzindo em graúdos: nós sabemos muito sobre as implausibilidades de cada cenário sobre a evolução química. Traduzindo em miúdos: os cientistas não sabem realmente nada sobre a origem da vida.

E os nossos livros-texto de Biologia do ensino médio aprovados pelo MEC/SEMTEC/PNLEM continuam engabelando nossos alunos com as 'just-so stories' [estórias da carochinha da evolução química]. Não informar objetivamente o status epistêmico sobre a origem da vida no contexto de justificação teórica é 171 epistêmico.

Algum Promotor Público lê este blog? Se há, por favor, faça alguma coisa, pois já entregamos no MEC duas análises críticas sobre a abordagem da evolução química e biológica em 2003 e 2005 e nada foi feito.

Ciência e mentira não podem andar de mãos dadas!

Uma abordagem comparativa para investigar o processamento de informação biológica: 100% Design Inteligente


A comparative approach for the investigation of biological information processing: An examination of the structure and function of computer hard drives and DNA

David J D'Onofrio1,2 and Gary An3

1 College of Arts and Science, Math Department, University of Phoenix, 5480 Corporate Drive, Suite 240, Troy, Michigan, 48098, USA

2 Control Systems Modeling and Simulation, General Dynamics, 38500 Mound Rd, Sterling Heights, MI,48310, USA

3 Department of Surgery, Northwestern University Feinberg School of Medicine, 676 North St Clair, Suite 650, Chicago, IL 60611, USA

 author email corresponding author email

Theoretical Biology and Medical Modelling 2010, 7:3doi:10.1186/1742-4682-7-3

The electronic version of this article is the complete one and can be found online at: http://www.tbiomed.com/content/7/1/3
Received: 13 August 2008
Accepted: 21 January 2010
Published: 21 January 2010

© 2010 D'Onofrio and An; licensee BioMed Central Ltd.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Abstract

Background

The robust storage, updating and utilization of information are necessary for the maintenance and perpetuation of dynamic systems. These systems can exist as constructs of metal-oxide semiconductors and silicon, as in a digital computer, or in the "wetware" of organic compounds, proteins and nucleic acids that make up biological organisms. We propose that there are essential functional properties of centralized information-processing systems; for digital computers these properties reside in the computer's hard drive, and for eukaryotic cells they are manifest in the DNA and associated structures.

Methods

Presented herein is a descriptive framework that compares DNA and its associated proteins and sub-nuclear structure with the structure and function of the computer hard drive. We identify four essential properties of information for a centralized storage and processing system: (1) orthogonal uniqueness, (2) low level formatting, (3) high level formatting and (4) translation of stored to usable form. The corresponding aspects of the DNA complex and a computer hard drive are categorized using this classification. This is intended to demonstrate a functional equivalence between the components of the two systems, and thus the systems themselves.

Results

Both the DNA complex and the computer hard drive contain components that fulfill the essential properties of a centralized information storage and processing system. The functional equivalence of these components provides insight into both the design process of engineered systems and the evolved solutions addressing similar system requirements. However, there are points where the comparison breaks down, particularly when there are externally imposed information-organizing structures on the computer hard drive. A specific example of this is the imposition of the File Allocation Table (FAT) during high level formatting of the computer hard drive and the subsequent loading of an operating system (OS). Biological systems do not have an external source for a map of their stored information or for an operational instruction set; rather, they must contain an organizational template conserved within their intra-nuclear architecture that "manipulates" the laws of chemistry and physics into a highly robust instruction set. We propose that the epigenetic structure of the intra-nuclear environment and the non-coding RNA may play the roles of a Biological File Allocation Table (BFAT) and biological operating system (Bio-OS) in eukaryotic cells.

Conclusions

The comparison of functional and structural characteristics of the DNA complex and the computer hard drive leads to a new descriptive paradigm that identifies the DNA as a dynamic storage system of biological information. This system is embodied in an autonomous operating system that inductively follows organizational structures, data hierarchy and executable operations that are well understood in the computer science industry. Characterizing the "DNA hard drive" in this fashion can lead to insights arising from discrepancies in the descriptive framework, particularly with respect to positing the role of epigenetic processes in an information-processing context. Further expansions arising from this comparison include the view of cells as parallel computing machines and a new approach towards characterizing cellular control systems.

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Primeiro Congresso Brasileiro de Design Inteligente - 2010

O que? I Congresso Brasileiro de Design Inteligente

Onde? The Royal Palm Plaza - Campinas - SP


Quando? 11-12 de dezembro de 2010

Palestrantes já confirmados:

1. Dr. Marcos Nogueira Eberlin - Unicamp

2. Ms. Enézio E. de Almeida Filho - História da Ciência pela PUC-SP

Outros palestrantes ainda não confirmados.

Valor? Ainda a ser definido.

Contamos com sua presença para este evento que dará novos rumos ao Design Inteligente no Brasil.

Climategate: Coincidências independentes


Do  "FINANCIAL TIMES":

O chefe do IPCC (Painel Intergovernamental sobre Mudança Climática) foi inocentado de denúncias de conflito de interesse por uma auditoria independente.
A consultoria KPMG examinou as finanças pessoais de Rajendra Pachauri depois que a imprensa sugeriu, no fim do ano passado, que ele recebeu dinheiro para assessorar várias empresas, como a Toyota e o Crédit Suisse. A investigação concluiu que todo o dinheiro foi pago à organização sem fins lucrativos indiana Teri (The Energy and Resources Institute), que encomendou o trabalho.

Rajendra Pachauri. Tipo suspeito, comprando credibilidade de fonte também suspeita
Pachauri disse que ele espera que uma outra auditoria encomendada por ele, para examinar as práticas do painel do clima e a ciência contida em seu último relatório, de 2007, também elimine acusações de falhas na climatologia. Os resultados dessa investigação só serão publicados em outubro.

Fonte:
http://www.linearclipping.com.br/ibama/detalhe_noticia.asp?cd_sistema=8&codnot=1092272
Comentários do M@M:

Interessante, não? Em primeiro lugar, é preciso saber o que é a TERI. Segundo, a imprensa não sugeriu: parte da imprensa revelou as antigas e atuais ligações do guru Pachauri com empresas que já lucram no mercado de créditos de carbono.

Entenda o contexto aqui: 
http://www.midiaamais.com.br/ambientalismo/2259-o-guru-a-boca-e-a-botija

Em terceiro lugar, é mesmo uma grande coincidência que a “auditoria independente” tenha sido feita pela empresa KPMG, a mesma que contratou Yvo de Boer, alto funcionário da ONU e presidente da COP-15 (Conferência das Partes – 15, em Copenhague), para o seu braço consultivo, na área de “clima e sustentabilidade”. O anúncio foi feito em 18/02/2010. Yvo de Boer assume sua nova e independente função em julho.

Leia mais aqui: 
http://online.wsj.com/article/SB10001424052748703315004575072952846950296.html?mod=djemalertNEWS  e aqui:
http://noticias.ambientebrasil.com.br/noticia/?id=51951

Outra coincidência: a própria KPMG já esteve envolvida em vários casos onde foi acusada de abusar da confiança do público, tendo sido investigada pelo Senado americano por fraudes contra acionistas de várias empresas.

Leia mais aqui: 
http://www.cheatingculture.com/kpmg.htm

Aqui: 
http://www.guardian.co.uk/business/2002/jul/01/5

Ceticismo climático não "pega" no Brasil: também pudera - a Grande Mídia sonega a informação objetiva e doura a pílula de cientistas bandidos

JC e-mail 3994, de 22 de Abril de 2010.

16. Ceticismo climático não "pega" no Brasil

Três quartos dos brasileiros dizem que homem contribui "muito" para aquecimento global, mostra pesquisa Datafolha

O ceticismo climático, como é conhecida a corrente de pensamento que nega a existência do aquecimento global ou, pelo menos, o papel do homem nesse fenômeno, não "pegou" no Brasil, indica nova pesquisa Datafolha. Mais de 90% dos brasileiros aceitam que o aquecimento é real e, para 75% dos entrevistados, as atividades humanas contribuem "muito" para as mudanças climáticas.

Os dados, obtidos após entrevistas com 2.600 pessoas em 144 municípios de todas as regiões do país, contrastam com os ataques sofridos pela ciência da mudança climática desde o fim do ano passado - ataques que, em países como os EUA e o Reino Unido, fortaleceram o ceticismo sobre o aquecimento global entre a população.

Os céticos ou negacionistas climáticos, como também são conhecidos, nunca tiveram tanto espaço nos meios de comunicação mundo afora quanto nos últimos meses. A ofensiva desses grupos começou com o chamado "Climagate", como ficou conhecido o vazamento de e-mails dos servidores da Universidade de East Anglia (Reino Unido).

Cientistas do IPCC, oops macaco com a mão na cumbuca. Fonte: Armário da Tina [Linda mulher!]


As mensagens documentavam anos de correspondência entre alguns dos principais climatologistas do mundo, e os negacionistas viram nelas indícios de que esses pesquisadores teriam tentado manipular dados, ocultá-los de seus opositores ou impedir que eles publicassem visões "alternativas" do tema em revistas científicas respeitadas.

Gelo

Nenhuma dessas acusações mostrou ter substância, mas a credibilidade da ciência do clima sofreu novos golpes quando, por exemplo, veio a público que os dados apresentados pelo IPCC (o painel climático das Nações Unidas) sobre o fim das geleiras do Himalaia em 2035 não eram resultado de análises científicas, mas tinham vindo originalmente de uma reportagem. As escorregadas levaram à criação de um painel independente para revisar os "padrões de qualidade" do IPCC.

Nada disso parece ter abalado a confiança do público brasileiro. Só 5% dos ouvidos pelo Datafolha acham que a humanidade não tem nada a ver com o aquecimento global, enquanto cerca de metade dos americanos têm essa opinião. Quanto maior a escolaridade, maior a aceitação do aquecimento global causado pelo homem: 96% entre os que têm ensino superior, contra 87% dos que só cursaram o ensino fundamental.

"Os números são impressionantes mesmo quando comparados com os dos EUA e do Reino Unido, ainda mais depois das controvérsias recentes envolvendo o IPCC", diz Myanna Lahsen, especialista em estudos ambientais e políticas públicas do Inpe (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais).

Para Lahsen, a análise do que os meios de comunicação publicam sobre o tema no Brasil indica "grande uniformidade" em favor das causas humanas do aquecimento, o que explica, em parte, a posição da sociedade. "Eu até diria que é saudável ter debates, mas nos EUA [grande centro do ceticismo climático] isso é muito problemático, na medida em que a discussão é criada por elites e interesses financeiros, os quais usam métodos muito manipuladores", afirma ela.

Outro fator importante no país, diz Lahsen, é a importância econômica relativamente pequena das indústrias baseadas em combustíveis fósseis no Brasil. São elas as que mais têm a perder com os cortes de gases do aquecimento global, como ocorre no caso americano.

(Reinaldo José Lopes)

(Folha de SP, 21/4)

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Por que será que o ceticismo climático não pegou no Brasil? A Grande Mídia Tupiniquim [GMT] é a maior responsável por isso, pois não foi e nem é objetiva no relato desta questão científica controversa e polêmica: são mais de 30.000 cientistas 'negacionistas' que por aqui não foram 'ouvidos'.

E se os entrevistados fossem assim perguntados:

"Quando o IPCC faz bonito sobre o aquecimento global, a GMT mostra. Quando o IPCC sonega e frauda evidências e sonega informações sobre o aquecimento, prende e arrebenta os cientistas céticos do aquecimento global ser antropogenicamente causado, a GMT esconde e doura a pílula dos atos criminosos do IPCC." [é a famosa síndrome ricuperiana na sua versão mais moderna do Marcelo Leite, FSP - não damos espaço!!!]

Então, cara-pálida, qual seria o percentual de céticos no Brasil que tem uma das Grandes Mídias mais podre do mundo na cobertura de alguns temas científicos, e que nunca ouve o outro lado, e quando ouve é somente para demonizá-los no resto dos artigos e reportagens???

Priorizando a educação em ciência: livre debate das ideias e teorias científicas

Science 23 April 2010:
Vol. 328. no. 5977, p. 405
DOI: 10.1126/science.1190788



COVER Children learning science, like these 7-year-olds tackling nuclear physics in 1948, must work through their mistakes and misconceptions. The route to science literacy involves reading, debate, presentation, and writing. See the special section beginning on page 447. Photo: Nina Leen/Time Life Pictures/Getty Images 

EDITORIAL

Prioritizing Science Education
Bruce Alberts

In this Special Issue on education, Science focuses on the connection between learning science in school and the acquisition of language and communication skills, emphasizing the benefits of teaching science and literacy in the same classrooms whenever possible. In the United States, this would be viewed as a radical proposal. Unfortunately, the great majority of Americans are accustomed to science classrooms where students memorize facts about the natural world and, if they are lucky, perform an experiment or two; in language arts classes, students generally read fictional literature and write about it in fossilized formats such as "compare and contrast."

Bruce Alberts is Editor-in-Chief of Science
...

Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este editorial do Bruce Alberts e a edição especial da Science sobre educação e de mais 22.440 publicações científicas. 

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

A revista Science, da AAAS [a SBPC dos gringos] está atrasada na proposição de como deve ser uma aula de ciências. Há muito tempo os teóricos e proponentes do Design Inteligente somos a favor de que the route to science literacy involves reading, debate, presentation, and writing.

Alô MEC/SEMTEC/PNLEM: a rota para a alfabetização em ciência envolve LEITURA, DEBATE, APRESENTAÇÃO E TRABALHOS ESCRITOS!!!

Fui, nem sei por que, sonhando com o dia quando isso se dará em nossas aulas de Biologia evolutiva: Os alunos que já têm acesso às informações sobre o estado epistêmico roto da atual teoria da evolução - o Neodarwinismo, oops, o Claudio Angelo, da Folha de São Paulo, prefere Síntese Evolutiva Moderna, encostando seus professores de Biologia contra a parede, e eles envergonhados pelo desnudamento que sofrerá Darwin em nossas aulas de ciência. Ah, isso é bom demais para ser verdade.

Livre debate das ideias e teorias científicas em salas de aula de ciências? Ouvir o outro lado que o Marcelo Leite, da FSP, e a Grande Mídia tupiniquim não dão espaço e quando dão é somente para demonizar os críticos e oponentes de Darwin! Haja objetividade científica e jornalística! Duvido que isso ocorra, pois eles não têm cojones educacionais para aprovar isso! Vai ser um Deus, oops um Darwin que nos acuda!

Como corroborar a macroevolução (um Australopithecus afarensis se transmutar em antropólogo amazonense) no contexto de justificação teórica? Como corroborar a evolução química de 4.5 bilhões de anos atrás? Como corroborar a evolução molecular? Existe mesmo um relógio molecular que não atrasa e sempre dá as horas biológicas certas? Sem atraso? Nem erro? Y otras cositas mais! Quem viver, verá!!!

A ciência é a busca pela verdade, e os cientistas devem seguir as evidências (e não as teorias) aonde quer que elas nos levarem. Ciência e mentira não podem andar de mãos dadas: Bruce Alberts (ex-presidente da U.S. National Academy of Science): 'A ciência e a mentira não podem co-existir'; e Shimon Peres: 'Você não tem uma mentira científica, e você não pode mentir cientificamente. A ciência é basicamente a busca da verdade'.

Utopia de um historiador de ciência realista que disse adeus a Darwin em 1998 sem medo de ser feliz!

Darwin morreu, gente!!! Viva Darwin, gente!!!

Por que Lula é a favor do Holocausto 2? Solução Imposta



Isaque: Você me atou os pés e as mãos, e agora você quer me matar como um sacrifício?!! Eu sou seu filho!! De onde você tirou esta ideia?!!

Lula, oops Obama: Deus me disse!!!

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Authorized Use/Uso autorizado: Yaakov Kirschen - The Dry Bones Blog

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NOTA DESTE BLOGGER:

Recentemente o Brasil tem tomado decisões 100% a favor do Irã e 100% contra o povo de Israel porque o nosso Grande Timoneiro e o seu Ministro de Relações Exteriores são antissemitas. Quantos dias faltam para esta malta deixar o poder???

A nova filogenia animal: credibilidade e implicações

quinta-feira, abril 22, 2010

The new animal phylogeny: Reliability and implications

André Adoutte*, Guillaume Balavoine, Nicolas Lartillot, Olivier Lespinet, Benjamin Prud'homme, and Renaud de Rosa

-Author Affiliations
Centre de Génétique Moléculaire, Centre National de la Recherche Scientifique, Bâtiment 26, 91198 Gif-sur-Yvette Cedex, France

Abstract

DNA sequence analysis dictates new interpretation of phylogenic trees. Taxa that were once thought to represent successive grades of complexity at the base of the metazoan tree are being displaced to much higher positions inside the tree. This leaves no evolutionary “intermediates” and forces us to rethink the genesis of bilaterian complexity.

Footnotes

↵ * E-mail: adoutte@cgm.cnrs-gif.fr.
Copyright © 2000, The National Academy of Sciences

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PDF gratuito deste artigo aqui.

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NOTA DESTE BLOGGER:

Se há 10 anos a situação era assim, imagine hoje em 2010...

Uma visão fantástica do Sol - o Astro rei

Source/Fonte: NASA

Transporte de membrana em células primitivas

Membrane Transport in Primitive Cells

Sheref S. Mansy

-Author Affiliations
Armenise-Harvard Laboratory of Synthetic and Reconstructive Biology, Centre for Integrative Biology (CIBIO), University of Trento, Italy

Correspondence:mansy@science.unitn.it

Abstract

Although model protocellular membranes consisting of monoacyl lipids are similar to membranes composed of contemporary diacyl lipids, they differ in at least one important aspect. Model protocellular membranes allow for the passage of polar solutes and thus can potentially support cell-to functions without the aid of transport machinery. The ability to transport polar molecules likely stems from increased lipid dynamics. Selectively permeable vesicle membranes composed of monoacyl lipids allow for many lifelike processes to emerge from a remarkably small set of molecules.

Copyright © 2010 Cold Spring Harbor Laboratory Press; all rights reserved

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Deixando o mundo RNA para trás: o ancestral darwiniano inicial

Getting Past the RNA World: The Initial Darwinian Ancestor

Michael Yarus

-Author Affiliations
Department of Molecular, Cellular, and Developmental Biology, University of Colorado, Boulder, Colorado 80309-0347
Correspondence:yarus@colorado.edu

SUMMARY

A little-noted result of the confirmation of multiple premises of the RNA-world hypothesis is that we now know something about the dawn organisms that followed the origin of life, perhaps over 4 billion years ago. We are therefore in an improved position to reason about the biota just before RNA times, during the era of the first replicators, the first Darwinian creatures on Earth. An RNA congener still prominent in modern biology is a plausible descendent of these first replicators.

Copyright © 2010 Cold Spring Harbor Laboratory Press; all rights reserved

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NOTA DESTE BLOGGER:

Todas as teorias históricas têm um baita problema epistêmico no contexto de justificação teórica: elas são teorias de longo alcance, e fica muito difícil saber exatamente como que mais de 4 bilhões de anos de história evolutiva se sucedeu. Mas, imaginar como tudo isso ocoorreu é válido hoje e passa como se fosse ciência das boas...

Eu não fiquei nem um pouco impressionado com o artigo do Yarus.

Explicação da homoquiralidade???

'Ancestral Eve' Crystal May Explain Origin of Life's Left-Handedness

ScienceDaily (Apr. 21, 2010) — Scientists are reporting discovery of what may be the "ancestral Eve" crystal that billions of years ago gave life on Earth its curious and exclusive preference for so-called left-handed amino acids. Those building blocks of proteins come in two forms -- left- and right-handed -- that mirror each other like a pair of hands.


Molecules of aspartic acid with a left-handed orientation, shown in crystal form, could be the "ancestral Eve" of all amino acids -- the building blocks of proteins -- in life on Earth. (Credit: American Chemical Society)

Their study, which may help resolve one of the most perplexing mysteries about the origin of life, is in ACS'Crystal Growth & Design, a bi-monthly journal.

Tu Lee and Yu Kun Lin point out that conditions on the primordial Earth held an equal chance of forming the same amounts of left-handed and right-handed amino acids.
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Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

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The Origin of Life and the Crystallization of Aspartic Acid in Water
Tu Lee* and Yu Kun Lin
Department of Chemical and Materials Engineering, National Central University, 300 Jhong-Da Road, Jhong-Li City 320, Taiwan, R.O.C.
Cryst. Growth Des., 2010, 10 (4), pp 1652–1660
DOI: 10.1021/cg901219f
Publication Date (Web): February 27, 2010
Copyright © 2010 American Chemical Society
*Corresponding author. Telephone: +886-3-422-7151 ext. 34204. Fax: +886-3-425-2296. E-mail:tulee@cc.ncu.edu.tw.


Abstract


The unusual molecular complexation of the enantiomers of aspartic acid in water was discovered and proven by a solubility test, solution freezing point, crystallization kinetics, and the incubation time change. The transformation of a “conglomerate solution” (CS) to a “racemic compound solution” (RCS) was dependent on both temperature and time. The CS was the solution phase which produced conglomerate crystals, and the RCS was the solution phase which gave a racemic compound. Fourier transformed infrared spectroscopy and powder X-ray diffraction were used to characterize aspartic acid solids crystallized from those complex solution phases and to distinguish conglomerate crystals from a racemic compound. We found that it took more than 36 h at 25 °C and 5 h at 45 °C just to complete the solution phase transformation of the CS of aspartic acid to the RCS of aspartic acid. However, the presence of an equimolar of succinic acid could hinder the solution phase transformation of the CS of aspartic acid to the RCS of aspartic acid for up to at least 8 h at 60 °C. This leeway of hours had provided an opportunity for the thermodynamically stable racemic aspartic acid to convert into the metastable conglomerate in water first by either a rapid acid−base reaction or the addition of an antisolvent with the temperature drop, without being concerned by its back conversion later to a racemic compound thermodynamically for quite some time. As a result, enantioseparation of aspartic acid by preferential crystallization in a large scale would have been very common and easy to occur on the primitive earth.

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo do Crystal Growth and Design e de mais 22.440 publicações científicas.

Neanderthais podem ter 'transado' com humanos

quarta-feira, abril 21, 2010

Published online 20 April 2010 | Nature | doi:10.1038/news.2010.194

News
Neanderthals may have interbred with humans

Genetic data points to ancient liaisons between species.

Rex Dalton

Archaic humans such as Neanderthals may be gone but they're not forgotten — at least not in the human genome. A genetic analysis of nearly 2,000 people from around the world indicates that such extinct species interbred with the ancestors of modern humans twice, leaving their genes within the DNA of people today.

The discovery, presented at the annual meeting of the American Association of Physical Anthropologists in Albuquerque, New Mexico, on 17 April, adds important new details to the evolutionary history of the human species. And it may help explain the fate of the Neanderthals, who vanished from the fossil record about 30,000 years ago. "It means Neanderthals didn't completely disappear," says Jeffrey Long, a genetic anthropologist at the University of New Mexico, whose group conducted the analysis. There is a little bit of Neanderthal leftover in almost all humans, he says.

An interspecies love child? - Christoph P.E. Zollikofer

The researchers arrived at that conclusion by studying genetic data from 1,983 individuals from 99 populations in Africa, Europe, Asia, Oceania and the Americas. Sarah Joyce, a doctoral student working with Long, analyzed 614 microsatellite positions, which are sections of the genome that can be used like fingerprints. She then created an evolutionary tree to explain the observed genetic variation in microsatellites. The best way to explain that variation was if there were two periods of interbreeding between humans and an archaic species, such as Homo neanderthalensis or H. heidelbergensis.
...

Read more here/Leia mais aqui: Nature

Novos métodos identificam a ausência de milhares de novas sequências de DNA do Mapa de Referência do Genoma Humano

New Methods Identify Thousands of New DNA Sequences Missing from the Human Genome Reference Map

ScienceDaily (Apr. 20, 2010) — Researchers have discovered 2,363 new DNA sequences corresponding to 730 regions on the human genome by using new approaches. These sequences represent segments of the genome that were not charted in the reference map of the human genome.

"A large portion of those sequences are either missing, fragmented or misaligned when compared to results from next-generation sequencing genome assemblies on the same samples," said Dr. Evan Eichler, senior author on the findings published April 19 in the advanced online edition of Nature Methods. Eichler is a University of Washington (UW) professor of genome sciences and an investigator with the Howard Hughes Medical Institute. "These findings suggest that new genome assemblies based solely on next-generation sequencing might miss many of these sites."


Dr. Jeffrey M. Kidd was lead author of the article, which described the new techniques the research team used to find some of the missing sequences.

Kidd headed the study while earning his Ph.D. at the University of Washington in the Eichler lab. Kidd is now a postdoctoral fellow at Stanford University.

"Over the past several years, the extent to which the structure of the genome varies among humans has become clearer. This variation suggested that there must be portions of the human genome where DNA sequences had yet to be discovered, annotated and characterized," he said "We hope that these sequences ultimately will be included as part of future releases of the reference human genome sequence."

The reference genome is a yardstick -- or standard for comparison -- for studies of human genetics.

The human reference genome was first created in 2001 and is updated every couple of years, Kidd explained. It's a mosaic of DNA sequences derived from several individuals. He went on to say that about 80 percent of the reference genome came from eight people. One of them actually accounts for more than 66 percent of the total.
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Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

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Nature Methods
Published online: 18 April 2010 | doi:10.1038/nmeth.1451

Characterization of missing human genome sequences and copy-number polymorphic insertions

Jeffrey M Kidd1, Nick Sampas2, Francesca Antonacci1, Tina Graves3, Robert Fulton3, Hillary S Hayden1, Can Alkan1, Maika Malig1, Mario Ventura4, Giuliana Giannuzzi4, Joelle Kallicki3, Paige Anderson2, Anya Tsalenko2, N Alice Yamada2, Peter Tsang2, Rajinder Kaul1, Richard K Wilson3, Laurakay Bruhn2 & Evan E Eichler1,5

Abstract

The extent of human genomic structural variation suggests that there must be portions of the genome yet to be discovered, annotated and characterized at the sequence level. We present a resource and analysis of 2,363 new insertion sequences corresponding to 720 genomic loci. We found that a substantial fraction of these sequences are either missing, fragmented or misassigned when compared to recent de novo sequence assemblies from short-read next-generation sequence data. We determined that 18–37% of these new insertions are copy-number polymorphic, including loci that show extensive population stratification among Europeans, Asians and Africans. Complete sequencing of 156 of these insertions identified new exons and conserved noncoding sequences not yet represented in the reference genome. We developed a method to accurately genotype these new insertions by mapping next-generation sequencing datasets to the breakpoint, thereby providing a means to characterize copy-number status for regions previously inaccessible to single-nucleotide polymorphism microarrays.


Department of Genome Sciences, University of Washington School of Medicine, Seattle, Washington, USA.
Agilent Laboratories, Santa Clara, California, USA.
Washington University Genome Sequencing Center, School of Medicine, St. Louis, Missouri, USA.
Department of Genetics and Microbiology, University of Bari, Bari, Italy.
Howard Hughes Medical Institute, Seattle, Washington, USA.

Correspondence to: Evan E Eichler1,5 e-mail: eee@gs.washington.edu

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Afinal de contas, a evolução é darwiniana e/ou lamarckiana?


Is evolution Darwinian or/and Lamarckian?

Eugene V Koonin and Yuri I Wolf

National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20894, USA

 author email corresponding author email

Biology Direct 2009, 4:42doi:10.1186/1745-6150-4-42

The electronic version of this article is the complete one and can be found online at:

Received: 2 November 2009
Accepted: 11 November 2009
Published: 11 November 2009
© 2009 Koonin and Wolf; licensee BioMed Central Ltd.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Abstract

Background

The year 2009 is the 200th anniversary of the publication of Jean-Bapteste Lamarck's Philosophie Zoologique and the 150th anniversary of Charles Darwin's On the Origin of Species. Lamarck believed that evolution is driven primarily by non-randomly acquired, beneficial phenotypic changes, in particular, those directly affected by the use of organs, which Lamarck believed to be inheritable. In contrast, Darwin assigned a greater importance to random, undirected change that provided material for natural selection.

The concept

The classic Lamarckian scheme appears untenable owing to the non-existence of mechanisms for direct reverse engineering of adaptive phenotypic characters acquired by an individual during its life span into the genome. However, various evolutionary phenomena that came to fore in the last few years, seem to fit a more broadly interpreted (quasi)Lamarckian paradigm. The prokaryotic CRISPR-Cas system of defense against mobile elements seems to function via a bona fide Lamarckian mechanism, namely, by integrating small segments of viral or plasmid DNA into specific loci in the host prokaryote genome and then utilizing the respective transcripts to destroy the cognate mobile element DNA (or RNA). A similar principle seems to be employed in the piRNA branch of RNA interference which is involved in defense against transposable elements in the animal germ line. Horizontal gene transfer (HGT), a dominant evolutionary process, at least, in prokaryotes, appears to be a form of (quasi)Lamarckian inheritance. The rate of HGT and the nature of acquired genes depend on the environment of the recipient organism and, in some cases, the transferred genes confer a selective advantage for growth in that environment, meeting the Lamarckian criteria. Various forms of stress-induced mutagenesis are tightly regulated and comprise a universal adaptive response to environmental stress in cellular life forms. Stress-induced mutagenesis can be construed as a quasi-Lamarckian phenomenon because the induced genomic changes, although random, are triggered by environmental factors and are beneficial to the organism.

Conclusion

Both Darwinian and Lamarckian modalities of evolution appear to be important, and reflect different aspects of the interaction between populations and the environment.

Reviewers

this article was reviewed by Juergen Brosius, Valerian Dolja, and Martijn Huynen. For complete reports, see the Reviewers' reportssection.

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Uma teoria de quatro colunas par a origem do código genético: traçando os caminhos evolutivos que deram origem a um código otimizado

A four-column theory for the origin of the genetic code: tracing the evolutionary pathways that gave rise to an optimized code

Paul G Higgs

Dept of Physics and Astronomy, McMaster University, Hamilton, Ontario L8S 4M1, Canada

 author email corresponding author email

Biology Direct 2009, 4:16doi:10.1186/1745-6150-4-16

The electronic version of this article is the complete one and can be found online at: 
http://www.biology-direct.com/content/4/1/16
Received: 31 March 2009
Accepted: 24 April 2009
Published: 24 April 2009

© 2009 Higgs; licensee BioMed Central Ltd.

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Abstract

Background

The arrangement of the amino acids in the genetic code is such that neighbouring codons are assigned to amino acids with similar physical properties. Hence, the effects of translational error are minimized with respect to randomly reshuffled codes. Further inspection reveals that it is amino acids in the same column of the code (i.e. same second base) that are similar, whereas those in the same row show no particular similarity. We propose a 'four-column' theory for the origin of the code that explains how the action of selection during the build-up of the code leads to a final code that has the observed properties.

Results

The theory makes the following propositions. (i) The earliest amino acids in the code were those that are easiest to synthesize non-biologically, namely Gly, Ala, Asp, Glu and Val. (ii) These amino acids are assigned to codons with G at first position. Therefore the first code may have used only these codons. (iii) The code rapidly developed into a four-column code where all codons in the same column coded for the same amino acid: NUN = Val, NCN = Ala, NAN = Asp and/or Glu, and NGN = Gly. (iv) Later amino acids were added sequentially to the code by a process of subdivision of codon blocks in which a subset of the codons assigned to an early amino acid were reassigned to a later amino acid. (v) Later amino acids were added into positions formerly occupied by amino acids with similar properties because this can occur with minimal disruption to the proteins already encoded by the earlier code. As a result, the properties of the amino acids in the final code retain a four-column pattern that is a relic of the earliest stages of code evolution.

Conclusion

The driving force during this process is not the minimization of translational error, but positive selection for the increased diversity and functionality of the proteins that can be made with a larger amino acid alphabet. Nevertheless, the code that results is one in which translational error is minimized. We define a cost function with which we can compare the fitness of codes with varying numbers of amino acids, and a barrier function, which measures the change in cost immediately after addition of a new amino acid. We show that the barrier is positive if an amino acid is added into a column with dissimilar properties, but negative if an amino acid is added into a column with similar physical properties. Thus, natural selection favours the assignment of amino acids to the positions that they occupy in the final code.

Reviewers

This article was reviewed by David Ardell, Eugene Koonin and Stephen Freeland (nominated by Laurence Hurst)

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Árvores e redes antes e depois de Darwin

Trees and networks before and after Darwin

Mark A Ragan

The University of Queensland, Institute for Molecular Bioscience and Australian Research Council Centre of Excellence in Bioinformatics, 306 Carmody Rd, St Lucia, Brisbane, Queensland 4072, Australia

 author email corresponding author email

Biology Direct 2009, 4:43doi:10.1186/1745-6150-4-43

Published: 16 November 2009

Abstract

It is well-known that Charles Darwin sketched abstract trees of relationship in his 1837 notebook, and depicted a tree in the Origin of Species (1859). Here I attempt to place Darwin's trees in historical context. By the mid-Eighteenth century the Great Chain of Being was increasingly seen to be an inadequate description of order in nature, and by about 1780 it had been largely abandoned without a satisfactory alternative having been agreed upon. In 1750 Donati described aquatic and terrestrial organisms as forming a network, and a few years later Buffon depicted a network of genealogical relationships among breeds of dogs. In 1764 Bonnet asked whether the Chain might actually branch at certain points, and in 1766 Pallas proposed that the gradations among organisms resemble a tree with a compound trunk, perhaps not unlike the tree of animal life later depicted by Eichwald. Other trees were presented by Augier in 1801 and by Lamarck in 1809 and 1815, the latter two assuming a transmutation of species over time. Elaborate networks of affinities among plants and among animals were depicted in the late Eighteenth and very early Nineteenth centuries. In the two decades immediately prior to 1837, so-called affinities and/or analogies among organisms were represented by diverse geometric figures. Series of plant and animal fossils in successive geological strata were represented as trees in a popular textbook from 1840, while in 1858 Bronn presented a system of animals, as evidenced by the fossil record, in a form of a tree. Darwin's 1859 tree and its subsequent elaborations by Haeckel came to be accepted in many but not all areas of biological sciences, while network diagrams were used in others. Beginning in the early 1960s trees were inferred from protein and nucleic acid sequences, but networks were re-introduced in the mid-1990s to represent lateral genetic transfer, increasingly regarded as a fundamental mode of evolution at least for bacteria and archaea. In historical context, then, the Network of Life preceded the Tree of Life and might again supersede it.

Reviewers

This article was reviewed by Eric Bapteste, Patrick Forterre and Dan Graur.

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A evolução e o câncer: uma abordagem de biologia matemática

Evolution and cancer: a mathematical biology approach

Marek Kimmel

Biology Direct 2010, 5:29doi:10.1186/1745-6150-5-29

Published: 20 April 2010

Abstract (provisional)

This thematic series is concerned with various ways Evolution is intertwined with cancer. A group of cancer researchers and mathematical modelers, with an interest in the subject, was invited to contribute papers on topics ranging from carcinogenesis through progression of cancer through therapy. The resulting collection of ten papers is briefly introduced below. Publication of the series was planned to coincide with Darwin's Year, 2009, however various obstacles delayed publication. Mathematical modeling of processes related to cancer evolution has come of age. What used to be a mathematical metaphor or speculation, has become progressively more infused with genetic and biological details and is reconcilable with epidemiology of a given cancer. The seminal biological discoveries, which lead to paradigm changes in modeling, include the concept of cancerization field, which puts into question the clonal carcinogenesis. Another set of discoveries includes genes with key roles in the regulation of DNA repair and genome expression that are often mutated in cancers, such as BRCA1, BRCA2 or P53, and understanding signaling pathways disrupted by mutations in these genes. Still another category of findings concerns tumor metabolism, which includes cell functioning under anoxic conditions. Finally, the understanding of structural issues such as vascularization of solid tumors, mechanisms of metastasis and invasion and emergence of resistance brought a totally different perspective on modeling of cancer growth and progression. In all these processes, well-known evolutionary forces such as mutation and selection play major roles. They are modulated and channeled both by the natural environment in which tumors exist, but also by medical intervention. A review of current work on modeling of the role evolution plays in cancer is the subject of the Thematic Series. We briefly review the papers, assigning them idiosyncratically to 3 different categories.

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Nomenclatura e filogenia de mamíferos placentários

Nomenclature and placental mammal phylogeny

Robert J Asher and Kristofer M Helgen

BMC Evolutionary Biology 2010, 10:102doi:10.1186/1471-2148-10-102

Published: 20 April 2010

Abstract (provisional)

An issue arising from recent progress in establishing the placental mammal Tree of Life concerns the nomenclature of high-level clades. Fortunately, there are now several well-supported clades among extant mammals that require unambiguous, stable names. Although the International Code of Zoological Nomenclature does not apply above the Linnean rank of family, and while consensus on the adoption of competing systems of nomenclature does not yet exist, there is a clear, historical basis upon which to arbitrate among competing names for high-level mammalian clades. Here, we recommend application of the principles of priority and stability, as laid down by G.G. Simpson in 1945, to discriminate among proposed names for high-level taxa. We apply these principles to specific cases among placental mammals with broad relevance for taxonomy, and close with particular emphasis on the Afrotherian family Tenrecidae. We conclude that no matter how reconstructions of the Tree of Life change in years to come, systematists should apply new names reluctantly, deferring to those already published and maximizing consistency with existing nomenclature.

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A relação entre qualidade de artigos, ensino e carreira científica

terça-feira, abril 20, 2010

JC e-mail 3993, de 20 de Abril de 2010.

4. A relação entre qualidade de artigos, ensino e carreira científica

Para que o país se torne mais competitivo, será necessária uma revisão no ensino e na prática científica no Brasil, de modo a fortalecer uma cultura científica entre os futuros cientistas, dizem especialistas

O Brasil tem se destacado nos últimos anos com o crescimento da sua participação na produção científica mundial, hoje em 2,12%. Há dez anos, ela não passava de 1%. Atualmente, a maior preocupação é em relação à qualidade dessa produção, refletida tanto pelo baixo número de citações de artigos brasileiros quanto pelo maior volume de publicações em periódicos com baixo fator de impacto.

Na última quinta-feira (15/4), médicos, cientistas e editores de periódicos se reuniram no Instituto de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, durante o I Colóquio Brasileiro sobre Pesquisa e Publicações Científicas de Alto Impacto, para debater as principais razões que levam o país a ter uma performance científica aquém da desejada.

Embora um dos principais argumentos para a pouca penetração brasileira em periódicos considerados de alta qualidade seja normalmente atribuída às dificuldades na comunicação científica feita em inglês, essa parece ser a questão mais simples a ser solucionada. O problema, no caso brasileiro, é mais complexo.

"Muitos erros conceituais estão sendo multiplicados nos periódicos de menor impacto", afirmou Gilson Volpato, professor do Instituto de Biociências da Universidade Estadual Paulista (Unesp) de Botucatu, que tem se dedicado a cursos para melhorar a redação científica.

Erros que, segundo ele, se referem, sobretudo, à base empírica das pesquisas - argumentos que sustentem os dados, ou poucos dados para construir teorias, por exemplo -, ao excesso de informações e ao modo de se pensar o fazer científico. Sua análise aponta para falhas nos cursos de graduação, que deveriam ensinar as perguntas importantes para se pensar a ciência, ao invés de focar apenas no conteúdo.

"O importante no curso de biologia é saber dissecar um sapo. Fomos ensinados a ser técnicos, mas não cientistas", concordou Márcia Triunfol, consultora para cientistas escreverem artigos para periódicos de alto impacto e doutora em biologia molecular pela Universidade Federal Fluminense (UFF).

Em sua fala, Triunfol reforçou que, além do país não ter tradição científica forte, há dificuldades que contribuem para tornar os cientistas menos competitivos. Entre elas a conhecida falta de agilidade para comprar e receber insumos necessários para os experimentos.

"Dinheiro não é problema, mas sim como ele é distribuído, gerenciado", afirmou, apontando que a dificuldade de planejamento no Brasil compromete o processo de inovação e descoberta. Diante de tantas dificuldades, os cientistas brasileiros, acredita a especialista, não se arriscam e preferem fazer pesquisas que são variações de estudos já existentes, além de não conseguirem realizar trabalhos experimentais completos, e assim, acabam publicando o trabalho em partes, em periódicos de menor impacto.

Mas as razões para a baixa qualidade da produção brasileira não param por aí. Martha Sorenson, do Departamento de Bioquímica Médica da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), investigou as razões que levam as pesquisas nacionais a conquistarem baixo impacto em relação à média mundial.

Segundo ela, enquanto os artigos de física, uma das áreas de pesquisa de maior impacto internacional do país, recebem 14% menos citações do que a média internacional, a biologia e bioquímica estão atrás em 57%.

Para entender essa discrepância, a bióloga comparou a qualidade da produção científica de cientistas brasileiros com os norte-americanos, ambos com indicadores de alto nível de produção. No caso nacional, todos os especialistas recebem bolsa produtividade em pesquisa níveis 1A ou 1B do CNPq, incluindo alguns membros da Academia Brasileira de Ciências, em várias áreas de atuação da bioquímica.

Comparativamente os brasileiros, embora publiquem em periódicos de alto impacto, recebem, em média, menos citações por artigo que os colegas norte-americanos. Isso ocorre, segundo ela, porque os cientistas brasileiros estão envolvidos em inúmeras atividades extra-pesquisa, consideradas altamente dispersivas, a saber: atividades que deveriam ser exercida por técnicos e secretários, grande número de orientação de graduandos e pós-graduandos, poucos pós-doutores, e a burocracia típica dos projetos que coordenam.

Há também, afirma, baixa competitividade entre os brasileiros. "A estabilidade ocorre muito cedo na carreira dos professores e professores associados". Todos esses fatores, segundo Márcia Triunfol, fazem com que os brasileiros se sintam intimidados. Muitas vezes, se produz pesquisas de qualidade, mas seus autores não se julgam capazes de ter um trabalho aceito em periódicos de alto impacto ou aceitam o parecer negativo de seu artigo passivamente.

Ao que tudo indica, para que o país se torne mais competitivo será preciso uma revisão no ensino e na prática científica no Brasil, de modo a fortalecer uma cultura científica entre os futuros cientistas. A 4ª Conferência Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação, que ocorre em maio em Brasília, terá como desafio estabelecer estratégias de atuação para alavancar o impacto e a qualidade da ciência brasileira. Em 2008, o país formou cerca de 10.700 doutores, com planos de chegar a 16 mil neste ano.

(Revista ComCiência, 19/4)

O que podemos aprender com editores de periódicos de alto impacto?

JC e-mail 3993, de 20 de Abril de 2010.

5. O que podemos aprender com editores de periódicos de alto impacto?

Publicações de excelência têm taxas de rejeição superiores a 90%, rápido processo de avaliação e busca por artigos com equilíbrio entre forma e conteúdo

Nas dependências de um hospital de primeiro mundo, no coração da maior metrópole brasileira, se reuniram, na quarta-feira (14/4), editores de periódicos científicos internacionais de alto impacto.

Meta de publicação para uns, sonho distante para outros, os periódicos Science, The Lancet Infetious Diseases, Journal of the American Medical Association (Jama) e o Journal of Clinical Investigation (JCI) têm muitas coisas em comum: taxas de rejeição superiores a 90%, rápido processo de avaliação, busca por artigos com equilíbrio entre forma e conteúdo, além de defenderem um processo de avaliação igualitário, focado na qualidade científica.

O I Colóquio Brasileiro sobre Pesquisa e Publicações Científicas de Alto Impacto realizou-se até sexta-feira (16/4) nas dependências do Instituto Israelita de Ensino e Pesquisa Albert Einstein, em São Paulo, buscando diagnosticar as dificuldades que impedem o Brasil de publicar mais e melhor e definir formas de conquistar mais visibilidade internacional.

Dentre os ideais de publicações apresentados pelos editores estão a busca por artigos de qualidade, compactos, originais e interessantes, que apontem novas formas de pensar, tragam a resolução de dificuldades antigas nas áreas de conhecimento, e sejam definidores de novas questões ou técnicas. Até aí, nenhuma novidade. Mas os editores presentes deixaram claro que a dedicação dos autores não deve ficar restrita ao corpo do artigo.

"O resumo é absolutamente crucial", enfatizou John McConnell, editor da Lancet Infectious Diseases. Junto com a carta de apresentação do artigo, constituem materiais que podem definir uma rejeição imediata. Por sua relevância, Ushma Neill, editora da JCI, lembrou que os editores ficam à disposição de futuros autores para pré-avaliar um resumo de um trabalho, antes mesmo da submissão do artigo completo, uma forma de minimizar esforços diante de uma forte concorrência. A Science recebe cerca de 25 mil artigos por ano, enquanto na Lancet esse número é de 11.750, e no Jama, de quase seis mil.

As principais razões para a rejeição de artigos vão desde, simplesmente, não fazer parte do escopo da publicação, até má qualidade, estudos meramente confirmatórios de resultados anteriores, sem contribuir para novos insights, resultados muito preliminares, pouca relevância, discussões e conclusões pouco convincentes, entre outras.

Por trás do complexo processo de avaliação de artigos - há um exército de pareceristas (peer reviewers) voluntários ao redor do mundo, que são constantemente recrutados. McConnell afirma que prefere os pesquisadores jovens, por eles produzirem pareceres, normalmente, mais detalhados e, portanto, de melhor qualidade.

No entanto, a dificuldade é identificar esses especialistas, já que ainda têm baixa produção acadêmica. Portanto, a sugestão colocada pelos editores é que os autores sugiram nomes de possíveis pareceristas, além de apontar aqueles que não devem participar do processo, por haver conflito de interesses. No entanto, Robert Golub, editor-sênior do Jama, deixou claro que "os pareceristas são apenas consultores dos editores, mas não definem sobre o destino da publicação".

Neutralidade de tratamento?

Uma das questões frequentes no debate sobre a participação brasileira em publicações de alto impacto não passou despercebida no Colóquio: existe diferença na avaliação de artigos escritos por autores cuja língua materna não é o inglês, sobretudo de países pobres? A resposta de Pamela Hines, da Science, foi consensual entre os editores: "Para nós, não importa o país, a instituição ou quem é o autor. Nos importamos com o conteúdo intelectual do artigo".

Embora o discurso esteja dentro da tradicional visão da ciência universal, isenta de valores socioculturais, Márcia Triunfol, consultora de publicações científicas da empresa Publicase e organizadora do evento, lembrou o fato dos revisores de periódicos de alto impacto usualmente solicitarem que artigos de brasileiros - e o mesmo poderia ser dito para outros países - sejam revisados por nativos da língua inglesa.

"Nunca poderemos atender a essa exigência, porque teríamos que nascer de novo", lamentou, "seremos sempre dependentes". Triunfol acredita que está na hora dos editores darem outro tratamento aos autores de países que não são falantes nativos do inglês.

O evento é voltado apenas para a comunidade do Albert Einstein, que contou com participantes que preencheram pouco mais da metade da capacidade do auditório. Mas, certamente, trata-se de uma importante iniciativa para fomentar o debate de um ponto que o Brasil precisa enfrentar: apesar da conquista recente de um 13º lugar no ranking de produção mundial de ciência - segundo dados referentes a 2008 no banco de dados da Web of Science (WoS) - , o país ainda precisa melhorar os números de citações que seus artigos recebem.

Segundo Rogério Meneghini, um dos fundadores da biblioteca virtual SciELO - terceiro maior banco de artigos científicos de acesso aberto do mundo -, atual coordenador científico da instituição e palestrante do Colóquio, embora a participação brasileira na produção científica mundial tenha tido o maior incremento entre as nações no ano de 2008 - mesmo considerando a entrada de nada menos do que 32 novos periódicos no sistema de indexação internacional WoS -, o número de citações por artigo ainda é baixa, em média 2,58, semelhante à Índia, mas inferior à China (3,73).

Dentre os exemplos citados por Meneghini estão as publicações no campo de saúde pública, nas quais o Brasil se destaca como terceiro no ranking de produção de artigos, muito embora o número médio de citações que cada artigo receba seja inferior a 1 (0,95, no ano de 2008).

A expectativa do evento, segundo Luiz Vicente Rizzo, um dos organizadores e superintendente do Instituto de Ensino e Pesquisa do Albert Einstein, é melhorar a performance brasileira nas publicações internacionais, otimizando o potencial que a ciência nacional já possui. "Não tenha medo de ter um artigo rejeitado na Science, você estará em boa companhia", brincou Pamela, lembrando que o periódico rejeitou cerca de 94% dos artigos recebidos em 2008.

(Revista ComCiência, 15/4)

Desenvolvendo um CEP vascular

20/4/2010

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – O casal de cientistas brasileiros Renata Pasqualini e Wadih Arap desenvolveu, nos Estados Unidos, uma tecnologia de mapeamento de marcadores moleculares que proporciona o direcionamento de medicamentos exclusivamente a células-alvo do organismo. Em maio de 2009, tiveram início os testes clínicos de uma droga baseada no sistema inovador para o tratamento de câncer de próstata.

Nesta segunda-feira (19/4), em São Paulo, Renata apresentou a cerca de 120 estudantes e pesquisadores brasileiros e estrangeiros os passos do longo caminho entre as pesquisas iniciais e os testes clínicos realizados no Laboratório Arap-Pasqualini no M.D. Anderson Cancer Center da Universidade do Texas, Estados Unidos.


Na ESPCA de Ciência Translacional, brasileira do M.D. Anderson Cancer Center conta como seu grupo desenvolveu técnica de mapeamento de marcadores moleculares que possibilitou desenvolvimento de medicamento para câncer de próstata, atualmente em testes clínicos (foto: V Foundation)

A conferência apresentada por Renata abriu a 1st São Paulo School of Translational Science (1ª Escola São Paulo de Ciência Translacional), primeiro curso organizado no âmbito da Escola São Paulo de Ciência Avançada (ESPCA), nova modalidade de fomento da FAPESP. O evento, realizado pelo Hospital A.C. Camargo, prosseguirá até o dia 30 de abril.

De acordo com Renata, o processo caracterizou um típico exemplo de medicina translacional – um ramo da pesquisa médica que procura conectar diretamente a investigação científica ao tratamento dos pacientes.

“Os testes clínicos começaram em março de 2009 e já tratamos cinco doentes. Ainda não podemos comentar os resultados, porque haveria conflito de interesse, já que somos detentores de patentes. Mas estamos torcendo para que o conceito do sistema seja validado”, disse Renata à Agência FAPESP.

Segundo ela, os testes clínicos estão na fase 1, que tem foco na segurança do medicamento. As fases seguintes testarão a eficácia do produto. “O sistema de direcionamento precisa ser realmente validado, comprovando que a droga é direcionada apenas ao local desejado e a nenhum outro. A eficácia propriamente dita só será testada na fase seguinte”, disse.

Renata explica que a tecnologia mapeia marcadores moleculares específicos dos vasos localizados em órgãos, tumores ou mesmo em gordura. “Para qualquer tecido que se avalie, em geral, teremos marcadores muito seletivos. Então, usamos um peptídeo para direcionar terapias ou fatores com finalidades específicas, como recuperar ou destruir o tecido”, disse.

O sistema utiliza vírus bacteriófagos para ser desenvolvido. Com base neles, a tecnologia ficou conhecida como zip code, ou código de endereçamento postal (CEP).

Os cientistas descobriram que tecidos como tumores e vasos danificados possuem moléculas únicas na superfície de suas células e procuraram montar, nos fagos, moléculas complementares a esses receptores. Quando os fagos são injetados no organismo, só se acoplam às células que reconheçam o código.

“As bibliotecas de fagos foram criadas em 1985. Os peptídeos foram produzidos e o funcionamento foi verificado. Mas o trabalho era todo feito in vitro, com proteínas, mapeando os peptídeos que se ligavam em receptores”, contou Renata, que se graduou em 1990 em biologia pela Universidade de São Paulo.

“Em 1996, publicamos na Nature um artigo que descrevia como injetamos a coleção de fagos e recuperamos especificamente os que iam para o cérebro e para o rim. Esse artigo despertou grande interesse”, disse.

A partir daí, o grupo começou a fazer o mapeamento em tumores. Em 1998, Renata e Arap publicaram na Science um artigo em que descreviam que quando o direcionamento é bem-sucedido se consegue utilizar muito menos droga, com menos efeitos colaterais e mais eficiência.

“Até aí, só tínhamos acesso a modelos animais. Quando mudamos para o M.D. Anderson, em 1999, pudemos começar a trabalhar em outro nível”, disse a cientista. O centro no Texas é um dos primeiros no mundo em pesquisa de câncer, com 14 mil funcionários e cerca de 1,5 mil professores, médicos e cientistas.

“Ali, começamos a estabelecer um protocolo para fazer a seleção em doentes com câncer e iniciamos efetivamente o trabalho em medicina translacional. Em 2001, começamos a trabalhar com pacientes. O processo foi muito interessante, porque há um forte componente ético – utilizamos uma população de doentes terminais e fazemos o mapeamento diretamente neles. A primeira droga, que está agora em estudo clínico, foi derivada do primeiro paciente que estudamos”, disse Renata.

Para trazer a droga para a aplicação clínica, o grupo recebeu uma doação de um empresário norte-americano que se interessou pelo estudo. Nos Estados Unidos, doações do tipo geralmente vão para a construção de prédios e infraestrutura. “Mas esse empresário queria que o dinheiro fosse para o projeto do nosso grupo, para desenvolvimento da droga”, disse.

O trabalho envolveu mais de 60 pessoas e gerou um relatório de 2 mil páginas. “Foi essencialmente interdisciplinar: veterinários fizeram a toxicologia, biólogos atuaram no laboratório, os médicos escreveram o protocolo e assim por diante. Foi interessante ter uma visão global do processo, da descoberta até chegar ao paciente”, contou.

Os estudos sobre o sistema de “endereçamento postal” continuam e três artigos estão em preparação, segundo Renata. “Continuamos fazendo o mapeamento e, graças às novas tecnologias de sequenciamento, podemos estudar autópsias. Literalmente qualquer tecido no corpo pode ser mapeado”, disse.

“Ao unirmos as tecnologias de sequenciamento às ferramentas estatísticas da bioinformática – necessárias para analisar a imensa quantidade de dados gerada –, podemos ver agora perfeitamente como os peptídeos se distribuem de forma específica. Talvez cada célula do vaso sanguíneo possa ter um endereço particular”, disse.

Mais informações sobre a 1st São Paulo School of Translational Science: www.schoolscienceaccamargo.org.br

Mais informações sobre a ESPCA: www.fapesp.br/espca

A educação e o nosso futuro

JC e-mail 3993, de 20 de Abril de 2010.

6. A educação e o nosso futuro, artigo de Eloi Garcia

"A educação é um paciente; se o médico não atende a tempo ele piora, o tratamento fica mais dispendioso e, o pior, a doença pode virar crônica"

Eloi Garcia é pesquisador do Instituto Oswaldo Cruz e ex-presidente da Fiocruz, assessor da presidência do Inmetro e membro da Academia Brasileira de Ciências. Artigo enviado pelo autor ao "JC e-mail":

Algumas semanas atrás a Academia Brasileira de Ciências debateu temas importantes a serem discutido na 4ª. Conferência Nacional de Ciência, Tecnologia e Inovação, de 26 a 28 de maio, em Brasília. Um dos pontos mais sensíveis debatidos foi o sistema educacional brasileiro. Ficou nítido que devem ocorrer profundas e inovadoras transformações nos modelos de aprendizagem e criatividade e que estes devem ser revisados constantemente para abarcar e tentar resolver as perguntas que nos cercam em nosso dia a dia.

É tempo de utopia da educação e esta utopia deve se revestir e se recobrir de ciência. Ciência e educação são duas faces da mesma moeda, uma complementando e reforçando o papel da outra no desenvolvimento do país. A ciência e educação devem entender problemas passados para pensar o presente e formar recursos humanos qualificados para o nosso futuro. O investimento nas duas é uma chance promissora para o país, porém, os resultados não são de curto prazo. São os investimentos nas crianças que nos trarão um futuro melhor.

Investimento em educação não significa apenas dinheiro, mas a adoção de novos modelos de aprendizagem que levem em conta as motivações, experiências e singularidades dos alunos. Os estudantes estão interessados em aprender o que está à sua volta e não somente o que alguns professores infelizmente repetem, anualmente, em sala de aula. Eles são motivados a aprender algo útil e conectado às suas vidas e à sociedade, que tão aceleradamente tem se reinventado nos últimos anos. Quando encarar esta realidade?

Confúcio, em uma sentença, diz: "Quando me contaram, esqueci; quando vi, entendi; quando fiz, aprendi". Estudos mostram que os estudantes retêm somente 10% do que lêem, cerca de 20% do que ouvem e 30% do que vêem. Quando fazem, a capacidade de aprendizagem dos alunos sobe para um patamar de 90%. Precisamos urgentemente incrementar no ensino e na educação em ciência a vertente experimental.

No Brasil, há um enorme déficit de uma educação de ciência de bancada, com os alunos utilizando a experimentação para dirimir suas questões e ajudá-los a se perguntarem por outras dúvidas. No modelo atual, há muita teoria e pouca prática no ensino.

A educação é um paciente; se o médico não atende a tempo ele piora, o tratamento fica mais dispendioso e, o pior, a doença pode virar crônica. Não "tratar" das dificuldades de um aluno do nível fundamental relacionadas a português, ciência, história, geografia e matemática pode resultar no mal crônico de sua aprendizagem.

Nosso novo sistema educacional deve estimular a criatividade e desenvolver a inteligência dos estudantes, com metodologias de aprendizagem que expandam nos jovens o horizonte do conhecimento e os tornem mais criativos e inovadores para enfrentar os desafios que os confrontarão na sociedade contemporânea.

Dizia Albert Einstein sobre aprendizagem: "A educação é o que sobra depois que esqueci o que aprendi na escola". Ou como frisava Winston Churchill: "Sempre gostei de aprender, o que não gosto é o que me ensinam na escola".

Se nos próximos 20 anos formos capazes de prover uma aprendizagem de qualidade para nossos jovens, em todos os níveis, transformaremos o país. Temos que formar recursos humanos de alto padrão no campo da biologia, medicina, engenharias, física, matemática e aumentar o percentual de crianças indo para o ensino fundamental, do fundamental para o ensino médio e técnico de qualidade e destes para uma universidade de excelência.

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PERGUNTA IMPERTINENTE DESTE BLOGGER:

Que tal impedir que livros-texto de Biologia do ensino médio aprovados pelo MEC/SEMTEC/PNLEM deixem de conter duas fraudes e distorções de evidências científicas para corroborar o fato, Fato, FATO da evolução. 

O nome disso é desonestidade acadêmica - 171 epistêmico, e ninguém nesse evento falou nada disso que muita gente já sabe??? O nome disso é esprit de corps...

Butantan na Amazônia

20/4/2010

Por Fábio Reynol

Agência FAPESP – Responsável por cerca de 90% das vacinas consumidas no Brasil, o Instituto Butantan (IB), de São Paulo, mantém há alguns anos atividades de pesquisa na Amazônia com a finalidade de prospectar novas substâncias farmacêuticas, auxiliar a população e cooperar com instituições de pesquisa locais.

Trabalhos do instituto paulista na região foram apresentados no seminário “As perspectivas do projeto Butantan-Amazônia para a indústria brasileira”, realizado nesta segunda-feira (19/4) na sede da Federação das Indústrias do Estado de São Paulo (Fiesp), na capital paulista.


Seminário expõe oportunidades e perpectivas para a indústria brasileira do projeto conduzido pelo instituto na região (foto: F.Reynol)

Pesquisadores do Butantan e empresários do setor farmacêutico trocaram informações a fim de estabelecer novas parcerias entre a pesquisa pública e a iniciativa privada.

Foram apresentados casos de produtos desenvolvidos pelo instituto e experiências da indústria em projetos de cooperação com instituições públicas de pesquisa e foram discutidos potenciais da região amazônica para o setor farmacêutico.

“A Amazônia é fundamental para o Butantan em vários aspectos. Só para citar um exemplo, é o único lugar no país em que coexistem os quatro principais grupos de serpentes peçonhentas”, disse Otávio Azevedo Mercadante, diretor-geral do instituto.

Mercadante contou que o Butantan está investindo em um centro de pesquisas em Belterra (PA). O instituto auxiliará na formação de doutores por meio de parcerias com universidades que trabalharão em projetos utilizando a biodiversidade local como material de pesquisa.

Faz parte do projeto Butantan-Amazônia a recuperação da arquitetura local herdada da Fordlândia, vila fundada pela Ford no início do século 20 com características norte-americanas.

O Butantan também distribui panfletos para mais de 100 povoados ribeirinhos, com informações sobre o risco de acidentes com animais peçonhentos. Trata-se da região no país com maior incidência de acidentes do tipo.

No seminário, o diretor executivo da Recepta Biopharma, José Fernando Perez, apresentou o histórico da empresa da qual é cofundador e desafios enfrentados em sua área de pesquisa. A Biopharma é especializada no desenvolvimento de anticorpos monoclonais para o tratamento do câncer.

“O Brasil tem várias vantagens para esse tipo de pesquisa, custos operacionais vantajosos, pessoal qualificado, diversidade genética, entre outros”, destacou Perez, diretor científico da FAPESP de 1993 a 2004.

A Biopharma mantém parceria com o Butantan para a produção de linhagens de células necessárias ao desenvolvimento dos anticorpos monoclonais.

No entanto, Perez lamenta ainda não existirem no país instalações voltadas para a produção dos anticorpos. “Já produzimos em escala piloto, mas a escala industrial ainda não pode ser feita no Brasil, pelo menos, por enquanto”, disse.

Spartaco Astolfi Filho, professor da Universidade Federal do Amazonas (Ufam), falou da falta de pessoal especializado no Norte do país para se trabalhar com pesquisas de biotecnologia e convidou o Butantan a participar da Rede de Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal (Rede Bionorte), que procura formar doutores dessas áreas nos nove Estados que participam da Amazônia Legal.

“Formar doutores locais é uma tarefa das mais importantes. Os doutores criam e lideram grupos de pesquisa, abrem empresas e interagem com a iniciativa privada”, disse. Astolfi, que também é consultor da farmacêutica Cristália, apresentou o departamento de pesquisa da empresa que também tem parceria com o Instituto Butantan.

Patentes de produtos naturais

Trabalhos conduzidos no Centro de Toxinologia Aplicada (CAT) – um dos Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (Cepid) da FAPESP, localizado no Instituto Butantan – com o objetivo de desenvolver compostos que atuem no tratamento de problemas de homeostasia ou coagulação sanguínea foram apresentados por Ana Marisa Chudzinski Tavassi.

A pesquisadora destacou se tratar de um tema de interesse mundial. “Pesquisas em diversos países estão procurando por novos anticoagulantes”, disse. Para isso, a equipe do CAT procura substâncias naturais em animais que se alimentam de sangue.

Entre as fontes dessas substâncias estão sanguessugas e carrapatos. “Para poder se alimentar de sangue, esses animais possuem anticoagulantes presentes na saliva”, disse Ana Marisa.

Também foram isoladas substâncias da toxina da Lonomia obliqua, uma taturana encontrada em várias regiões do Brasil. Esse animal foi selecionado porque suas toxinas apresentam efeitos hemorrágicos nas vítimas.

A partir das substâncias encontradas em carrapatos, sanguessugas e taturanas, a equipe do Butantan sintetizou moléculas por meio do método de recombinação. Entre os resultados da pesquisa estão cinco patentes, uma advinda do trabalho com o carrapato e as outras quatro da taturana.

A procura por moléculas naturais com efeito analgésico foi o tema da apresentação da pesquisadora Gisele Picolo, do Laboratório Especial de Dor e Sinalização do Butantan.

Gisele ressaltou a importância de se descobrir novos tipos de analgésicos de origem natural, os quais se dividem hoje em dois grandes grupos, os oriundos da papoula, como a morfina, e o ácido acetilsalicílico, extraído do salgueiro.

Entre as inúmeras fontes potenciais naturais de analgésicos, Gisele citou animais peçonhentos como aranhas, escorpiões e serpentes, além de anfíbios e, mais recentemente, animais marinhos, considerados de grande potencial.

Ao levantar a história desse tipo de trabalho no Brasil, a pesquisadora lembrou da pesquisa de Vital Brazil, fundador do Instituto Butantan e desenvolvedor do soro antiofídico. Inspirado em um estudo francês, que utilizou veneno da serpente naja para fins analgésicos, Brazil atenuou o veneno da cascavel e o enviou para testes clínicos em pacientes que apresentaram resultados tão bons como os franceses.

Um trabalho de grande destaque do Butantan e do CAT nessa área foi o desenvolvimento do peptídeo crotalfina, extraído do veneno da serpente Crotalus durissus terrificus.

Mais vacinas com custo menor

Paulo Lee Ho, diretor do Centro de Biotecnologia do Butantan, apresentou o desenvolvimento de adjuvantes de vacinas. Substâncias que potencializam a resposta imune do organismo, os adjuvantes permitem a utilização de doses bem menores do antígeno, o princípio ativo da vacina, reduzindo o preço do medicamento e aumentando a produtividade.

Lee Ho destacou o trabalho realizado pelo Butantan em conjunto com o Laboratório de Cristalografia da Universidade de São Paulo (USP) que desenvolveu um complexo imunológico de antígenos encapsulados em sílica. Esse material permite que a vacina seja utilizada por meio de via oral, dispensando o uso de agulha.

Outro exemplo de sucesso apresentado pelo pesquisador foi o adjuvante monofosforil lipídio (MPLA) obtido da vacina pertussis contra a coqueluche. Graças a ele, a dose da vacina contra a gripe influenza H1N1 pôde ser reduzida de 15 microgramas para 3,75 microgramas sem prejudicar sua ação imunizadora. “Isso multiplicou por quatro a produção da vacina e reduziu os custos”, disse Lee Ho, que destacou o baixo preço do adjuvante produzido no Butantan.

Osvaldo Brazil Esteves Sant’Anna, diretor do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Toxinas – apoiado pela FAPESP e pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) –, acentuou a importância da aproximação da pesquisa pública com o setor privado e elogiou o trabalho conjunto das instituições públicas de apoio à pesquisa.

Bisneto de Vital Brazil, Sant’Anna apontou que o desenvolvimento deveria seguir o modelo do francês Louis Pasteur. “Ele não foi 100% acadêmico nem 100% empreendedor, mas soube usar um pouco de cada mundo para expandir o conhecimento e aplicá-lo em benefício público”, disse.