USP inicia operação de cluster para pesquisas em astronomia

sexta-feira, janeiro 27, 2012


27/01/2012

Por Elton Alisson

Agência FAPESP – Nos próximos dias deverá entrar em operação no Departamento de Astronomia do Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas (IAG) da Universidade de São Paulo (USP) um dos maiores e mais potentes clusters – aglomerado de computadores –, voltado exclusivamente para pesquisas astronômicas no mundo.

Avaliado em mais de US$ 1 milhão, o equipamento foi adquirido com apoio da FAPESP por meio do Programa Equipamentos Multiusuários, em projeto do IAG-USP e do Núcleo de Astrofísica Teórica (NAT) da Unicsul.




Aglomerado de computadores é um dos maiores e mais potentes do mundo voltado exclusivamente para pesquisas astronômicas (Foto: IAG-USP)

Composto por três torres, do tamanho de geladeiras domésticas que juntas pesam três toneladas, o conjunto de computadores possui 2,3 mil núcleos de processamento. O sistema possibilitará um aumento de 60 vezes na escala de processamento do Departamento de Astronomia da USP. O cluster utilizado anteriormente pela instituição possuía 40 núcleos de processamento.

“Não conhecemos nenhum departamento de astronomia no mundo com essa capacidade computacional. Existem universidades e consórcios entre instituições de pesquisa com clustersmuito maiores, mas o tempo de processamento é dividido entre várias áreas e não são dedicados totalmente à astronomia”, disse Alex Carciofi, professor da USP e responsável pela implementação do projeto à Agência FAPESP.

De acordo com ele, o aglomerado de computadores possibilitará aumentar o grau de realismo físico e rodar mais modelos matemáticos (simulações numéricas) utilizados para estudar os sistemas astronômicos, como estrelas, galáxias e meio interestelares.

Considerados simulações da natureza, quanto mais processos físicos são incorporados aos modelos numéricos para torná-los mais realistas, mais “pesados” computacionalmente eles se tornam e demandam mais tempo para serem processados.

“Com um equipamento desse porte é possível aumentar a escala do problema que pretendemos estudar, mantendo um tempo de processamento razoável, de modo que nós consigamos processar um maior número de modelos em tempo hábil para realizar nossas pesquisas”, explicou Carciofi.

O equipamento também permitirá ao pesquisadores do Departamento de Astronomia da USP ingressar em nossas fronteiras do conhecimento na área, como a astrofísica computacional.

A exemplo do que está ocorrendo em outros campos da ciência, a nova área é resultado da fusão de disciplinas que anteriormente eram distintas e seguiam separadas, como a astrofísica e a ciência da computação.

O que se deve, entre outros fatores, ao fato de que instrumentos astronômicos modernos – como telescópios robóticos que operam automaticamente – estão gerando um grande volume de dados que precisam ser analisados. “É preciso desenvolver novas técnicas para obter resultados a partir desse grande volume de dados”, disse Carciofi.

Em um primeiro momento, o cluster atenderá 150 usuários, entre estudantes de pós-graduação, docentes e pós-doutorandos do IAG. Mas também estará disponível para ser utilizado por pesquisadores de outras instituições científicas.

Por meio do equipamento também será possível atrair cientistas de outros estados e países, que necessitam de uma grande capacidade de processamento computacional para realizar suas pesquisas.

“Os pesquisadores de fora podem escolher vir para o IAG para realizar um pós-doutorado, por exemplo, justamente porque a instituição dispõe de um cluster como esse”, disse Carciofi.

O pesquisador estima que até o fim de janeiro começarão a realizar os primeiros cálculos numéricos massivos (chamados number crunching) no novo equipamento, a fim de alcançar modelos reais de fenômenos nas áreas de astrofísica, cosmologia e astronomia galáctica.

O supercomputador foi desenvolvido pela empresa GSI e é baseado em uma plataforma Blade Altix ICE 8400 com um processador AMD Opteron 6172, com 4,6 terabytes de memória.

O direito de Israel existir como nação: antissemitismo nunca mais!



+++++


Para, por e com Israel, sempre! Apesar de [preencher as lacunas]

A lógica por trás da estatística - Livro de Gilson Volpato e Rodrigo Barreto


27/01/2012

Por Karina Toledo

Agência FAPESP – Oferecer, de forma simples e clara, conhecimentos básicos sobre estatística, sem os quais não é possível desenvolver ou interpretar pesquisas quantitativas. Essa é a proposta do livro Estatística sem dor!, lançado recentemente pela editora Best Writing.

A obra é de autoria de Gilson Volpato e Rodrigo Barreto, ambos biólogos e professores do Instituto de Biociências da Universidade Estadual Paulista (Unesp), em Botucatu.



Novo livro de Gilson Volpato e Rodrigo Barreto promete ensinar "sem dor" conceitos fundamentais para a realização de pesquisas quantitativas

“Cerca de 90% da estatística usada em artigos científicos é muito simples e foi isso que nós colocamos no livro. Não há contas”, disse Volpato à Agência FAPESP.

Os autores abordam temas como o uso de softwares em estatística e explicam conceitos básicos como variáveis, réplicas, delineamentos, população e amostra. Descrevem diferentes situações de pesquisa, apontam qual teste é mais adequado em cada caso e como interpretar seus resultados.

“Quando o pesquisador faz um trabalho e não sabe analisar os dados, acaba tendo de recorrer a um estatístico, que muitas vezes entra como coautor da pesquisa”, afirmou Volpato.

Mesmo nesses casos, completou, é preciso entender o mínimo sobre o tema para poder levar ao estatístico um problema bem montado. “A obra pode ajudar até no planejamento do experimento, pois oferece uma noção lógica sobre a estrutura da pesquisa científica”, disse.

Mesmo quem trabalha apenas com pesquisas qualitativas pode se beneficiar com o conteúdo, segundo Volpato. “Ele vai precisar ler artigos de outros pesquisadores, muitos com abordagem quantitativa. É preciso entender a estatística usada nos trabalhos para julgar se as conclusões são válidas”, disse.

O autor ressalta ainda que o livro é voltado para pesquisadores de todas as áreas do conhecimento e traz conteúdos que muitas vezes não são encontrados nos livros mais tradicionais de estatística. “Ensina o básico do básico, que todo mundo deveria saber sobre estatística, mas muita gente não sabe”, afirmou.

Especialista em redação e publicação científica, Volpato também é autor dos livros Método lógico para a redação científica, Bases teóricas da redação científica, Por que seu artigo foi negado,Pérolas da redação científica, Dicas para redação científica e Lógica da redação científica.

O professor também divulga seu trabalho no site www.gilsonvolpato.com.br, que oferece artigos, dicas e reflexões sobre redação científica, educação e ética na ciência.

O site também dá acesso a aulas on-line do curso “Bases Teóricas para Redação Científica”, apresentado por Volpato na Unesp.

Estatística sem dor! 
Autores: Gilson Volpato e Rodrigo Barreto 
Lançamento: dezembro de 2011 
Preço: R$ 30 
Páginas: 64

Mais informações: www.bestwriting.com.br

Os peptídeos terapêuticos antimicrobianos podem comprometer a imunização natural

Therapeutic antimicrobial peptides may compromise natural immunity

Michelle G. J. L. Habets and Michael A. Brockhurst*

Author Affiliations

Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, Crown Street, Liverpool L69 7ZB, UK

*Author for correspondence (brock@liv.ac.uk).

Abstract

Antimicrobial peptides (AMPs) have been proposed as a promising new class of antimicrobials despite warnings that therapeutic use could drive the evolution of pathogens resistant to our own immunity peptides. Using experimental evolution, we demonstrate that Staphylococcus aureus rapidly evolved resistance to pexiganan, a drug-candidate for diabetic leg ulcer infections. Evolved resistance was costly in terms of impaired growth rate, but costs-of-resistance were completely ameliorated by compensatory adaptation. Crucially, we show that, in some populations, experimentally evolved resistance to pexiganan provided S. aureus with cross-resistance to human-neutrophil-defensin-1, a key component of the innate immune response to infection. This unintended consequence of therapeutic use could drastically undermine our innate immune system's ability to control and clear microbial infections. Our results therefore highlight grave potential risks of AMP therapies, with implications for their development.

antibiotic resistance, antimicrobial peptide, compensatory adaptation, cost-of-resistance, experimental evolution, innate immunity

Received December 8, 2011.
Accepted January 5, 2012.

This journal is © 2012 The Royal Society

+++++

Disputa pelas mudanças nas constantes físicas chega a um impasse

Fight over changing constants reaches stalemate

10:46 26 January 2012 by Stuart Clark

It's time to declare a ceasefire in the fight to find out whether the constants of nature vary. What was supposed to be a new superweapon in the battle has turned into something of a damp squib.

Some observations of how hydrogen gas in space absorbs light at ultraviolet wavelengths have hinted that the fine structure constant, responsible for the strength of electromagnetism, is not the same throughout the universe. That would point to exotic new physics, including the existence of extra dimensions and universes other than our own.


Constantly changing? (Image: ESA/Hubble and NASA)

But the measurement is tricky, and researchers had hoped that studying how hydroxyl molecules emit and absorb light at radio wavelengths would give a more precise, independent measurement of the effect.

In theory, radio instruments can measure wavelengths 50 to 100 times more accurately than those that detect hydrogen absorption, says Nissim Kanekar at the National Centre for Radio Astrophysics in Pune, India.

But he and colleagues discovered the reality is more complicated. They observed the emission and absorption of radio waves from hydroxyl molecules in a gas cloud 6.7 billion light years from Earth that was absorbing light from a more distant galaxy.
...

Read more here/Leia mais aqui: New Scientist

+++++

Journal reference/Referência da publicação científica: 

Livro aborda múltiplos aspectos da relação entre saúde e atividade física

quinta-feira, janeiro 26, 2012


26/01/2012

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – A prática de atividade física é considerada uma das mais importantes estratégias atuais para a promoção da saúde da população. No entanto, no Brasil, só nos últimos dez anos o assunto começou a ser explorado do ponto de vista científico.

O livro Epidemiologia da atividade física, lançado recentemente, reúne ensaios de especialistas que abordam o estudo da prática de atividade física, incluindo aspectos históricos, critérios de mensuração e recomendações de prática de atividades físicas, as melhores práticas atuais de intervenção para promoção dessas atividades no Brasil e no mundo e sua importância na prevenção de doenças crônicas, entre outros temas.


Epidemiologia da atividade física apresenta avanços científicos sobre o fenômeno populacional da atividade física

Organizado por Alex Antonio Florindo, professor da Escola de Artes, Ciências e Humanidades (EACH) da Universidade de São Paulo (USP), e Pedro Curi Hallal, professor da Universidade Federal de Pelotas (UFPel), o livro foi lançado durante o Congresso Brasileiro de Atividade Física e Saúde, realizado na cidade de Gramado (RS) em novembro de 2011.

Florindo, que atua no curso de Ciências da Atividade Física da EACH-USP e na pós-graduação da Faculdade de Saúde Pública da USP, coordena atualmente o projeto “Estudo de intervenções para a promoção das atividades físicas no Sistema Único de Saúde pela Estratégia de Saúde da Família”, apoiado pela FAPESP na modalidade Auxílio à Pesquisa – Regular. Hallal atua na Escola de Educação Física da UFPel e na pós-graduação do Centro de Epidemiologia da mesma instituição.

Segundo Florindo, o livro tem o objetivo geral de descrever o fenômeno populacional da prática de atividade fisica. “Nós propusemos a temática porque, no Brasil, não temos um livro que reúna os conhecimentos adquiridos nessa área com essa profundidade. Convidamos colaboradores de diferentes partes do país para estudar de forma detalhada esse fenômeno da prática de atividade física na população”, disse Florindo à Agência FAPESP.

Florindo explicou que, depois de seu mestrado e doutorado – ambos concluídos na FSP-USP com bolsas da FAPESP –, coordenou o projeto “Atividade física e sua relação com variáveis individuais e ambientais na população idosa do distrito de Ermelino Matarazzo da Zona Leste do município de São Paulo”.

Vários dos estudantes de iniciação científica e pós-graduação que participaram do projeto, com bolsas da FAPESP, tornaram-se pesquisadores da área e contribuíram com ensaios no livro.

“Aquele projeto tinha o objetivo de verificar quais eram os fatores ambientais associados à atividade física na população adulta no bairro de Ermelino Matarazzo, onde se localiza a EACH-USP. Trabalhamos com várias temáticas, como validação de métodos para avaliar atividade física na população e os impactos dessas atividades na prevenção de doenças crônicas. Mais recentemente, a FAPESP apoiou outro projeto que nos permitiu estudar a promoção da atividade física. O livro segue essas linhas de pesquisa”, explicou.

Perspectiva brasileira

Segundo Florindo, a área de atividade física e saúde cresce no Brasil e no exterior, à medida que se confirma sua contribuição para a prevenção de diversas doenças e melhora da qualidade de vida, em um contexto mundial de epidemia de obesidade e doenças cardiovasculares e metabólicas.

“O número de pesquisadores na área tem aumentado e no Brasil tivemos grandes avanços nos últimos dez anos, com a formação de vários doutores nesse campo. Foi o caso de diversos dos nossos colaboradores. Os benefícios à saúde já foram comprovados, mas agora é fundamental continuar estudando, principalmente para aprimorar nossas estratégias de promoção da atividade física junto à população”, disse.

Segundo ele, é fundamental desenvolver pesquisas brasileiras nessa área. Os estudos relacionados aos aspectos biológicos da relação entre a atividade física e a saúde nem sempre podem ser extrapolados para todos os países.

“Quando se trata de promoção da atividade física, a necessidade de elaborar estudos no Brasil é ainda maior, porque essa promoção envolve fatores culturais e sociais que mudam de acordo com o ambiente. Então, é muito difícil aplicar no Brasil as estratégias de promoção desenvolvidas nos Estados Unidos ou na Europa”, disse.

O primeiro capítulo da obra introduz a terminologia, a conceituação e o histórico do estudo da atividade física do ponto de vista populacional, especificando também terminologias da epidemiologia descritiva e analítica.

“O segundo capítulo traça um histórico da atividade física e saúde, desde sua origem no século 20. O terceiro capítulo trata da mensuração da atividade física na população e, o quarto, de recomendações para as práticas de atividade física nos casos específicos de crianças, adolescentes, adultos e idosos. O quinto capítulo descreve a prevalência da atividade física no Brasil e no mundo, em cada categoria populacional”, disse Florindo.

O sexto capítulo trata das barreiras relacionadas à atividade física, identificando os fatores que impedem os indivíduos de iniciar ou manter a atividade física. O sétimo debate o tema “Atividade física e ambiente”, descrevendo o ambiente físico e social propício para as práticas.

O oitavo capítulo aborda o estudo da prática da atividade física ao longo da vida. O nono discute o conhecimento da população sobre os benefícios da atividade física e o quanto isso influencia a prática.

“No décimo capítulo falamos da atenção básica, ou seja, como a atividade física vem sendo desenvolvida no contexto do SUS. No capítulo 11 discutimos atividade física e prevenção de doenças crônicas não transmissíveis. No capítulo 12 falamos das intervenções de promoção de atividade física no Brasil e, no capítulo 13, lançamos um olhar para o futuro da epidemiologia da atividade física”, disse.

Epidemiologia da Atividade Física
 
Organizadores: Pedro Curi Hallal e Alex Antonio Florindo
 
Lançamento: 2011

Preço: R$ 48,45

Páginas: 240

Mais informações: www.atheneu.com.br

A evolução da especialização funcional e a divisão de trabalho

Evolution of functional specialization and division of labor

Claus Rueffler a,1, Joachim Hermisson a,b, and Günter P. Wagner c

Author Affiliations

aMathematics and Biosciences Group, Department of Mathematics, University of Vienna, 1090 Vienna, Austria;
bMax F. Perutz Laboratories, 1030 Vienna, Austria; and
cDepartment of Ecology and Evolutionary Biology and Yale Systems Biology Institute, Yale University, New Haven, CT 06520-8106

Edited by Michael Doebeli, University of British Columbia, Vancouver, BC, Canada, and accepted by the Editorial Board December 15, 2011 (received for review July 1, 2011)

Abstract

Division of labor among functionally specialized modules occurs at all levels of biological organization in both animals and plants. Well-known examples include the evolution of specialized enzymes after gene duplication, the evolution of specialized cell types, limb diversification in arthropods, and the evolution of specialized colony members in many taxa of marine invertebrates and social insects. Here, we identify conditions favoring the evolution of division of labor by means of a general mathematical model. Our starting point is the assumption that modules contribute to two different biological tasks and that the potential of modules to contribute to these tasks is traded off. Our results are phrased in terms of properties of performance functions that map the phenotype of modules to measures of performance. We show that division of labor is favored by three factors: positional effects that predispose modules for one of the tasks, accelerating performance functions, and synergistic interactions between modules. If modules can be lost or damaged, selection for robustness can counteract selection for functional specialization. To illustrate our theory we apply it to the evolution of specialized enzymes coded by duplicated genes.

complexity, fitness landscape, saddle point

Footnotes

1To whom correspondence should be addressed. E-mail:claus.rueffler@univie.ac.at.

Author contributions: C.R., J.H., and G.P.W. designed research; C.R. performed research; and C.R., J.H., and G.P.W. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

This article is a PNAS Direct Submission. M.D. is a guest editor invited by the Editorial Board.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/lookup/suppl/doi:10.1073/pnas.1110521109/-/DCSupplemental.

Freely available online through the PNAS open access option.

+++++

Marcelo Gleiser ‘falou e disse’: Vade mecum [Sigam-me]!!!

quarta-feira, janeiro 25, 2012

Domingo, Janeiro 22, 2012
O artigo Por que duvidam da evolução?, de Marcelo Gleiser, publicado na Folha de São Paulo, em 22/01/12, [acesso integral para assinantes da FSP ou UOL] *, artigo original em inglês Why do so many have trouble believing in evolution, repete, ad nauseam, o antigo mantra darwiniano de polarizar uma questão científica extremamente importante como sendo ciência (racionalidade) versus religião (irracionalidade). 






Algumas vezes o registro fóssil vem com dentes: Mapusaurus roseae sendo exibido na exposição “Dinosauros de Gondwana”, no Museu Nacional da Natureza e Ciência, Tóquio, 2009. 

Nada mais falso na apologética de Gleiser, e o pior, ele e a Nomenklatura científica sabem disso, mas fingem não saber: a questão hoje em dia é científica – como que as especulações transformistas de Darwin são corroboradas no contexto de justificação teórica? 

Para dar um verniz de respeitabilidade científica ao seu artigo, Gleiser menciona uma pesquisa de opinião Gallup feita nos Estados Unidos, e dramatiza para causar impacto nos leitores, ao mencionar que a pesquisa foi feita “na véspera do aniversário de 200 anos do nascimento de Charles Darwin, no dia 12 de fevereiro de 2009”, onde as pessoas mais religiosas nos EUA disseram se opor mais à teoria da evolução: somente 39% dos americanos “acreditam na teoria da evolução”. 

Pasmem os leitores – na ausência de “dados semelhantes no Brasil”, Gleiser apela, nota bene, apela para a imaginação de “que os números sejam semelhantes ou piores”. Aqui ele deixou de ser o cientista objetivo, racional, que exige evidências para a aceitação de um fato, deu lugar à imaginação subjetiva de que no Brasil a situação deve ser pior. Quase deixei de ler seu artigo. 

Uma variável naquela pesquisa Gallup relacionou o nível educacional dos respondentes: 

21% das pessoas com ensino médio completo ou menos acreditam na evolução, 53% nos graduados e 74% de pós-graduados. 

Outra variável investigada dos que acreditam na evolução foi a frequência à igreja: 

24% vão a igreja semanalmente, 30% ao menos uma vez por mês e 55% nunca vão. 

QEDE [Que era de esperar], quanto mais crente, maior a desconfiança em relação à teoria de Darwin. 

Destaco aqui uma falha na pesquisa Gallup, e que Gleiser sequer pensou a respeito (não lhe convém): eles deixaram de fora a variável sobre os ateus, agnósticos e céticos nos EUA que não acreditam na evolução. Eu conheço vários, e por razões estritamente científicas! Gleiser também conhece, mas finge desconhecer. 

Gleiser afirma que a evidência em favor da evolução é indiscutível. Para isso ele mencionou o registro fóssil e a resistência das bactérias aos antibióticos. A primeira evidência tem alvo direcionado intencionalmente: os criacionistas da Terra jovem (entre 6 a 10.000 anos atrás), pois a datação usando a emissão de partículas de núcleos atômicos radioativos vai revelar que os dinossauros desapareceram há 65 milhões de anos. 

Gleiser sabe, mas finge não saber: o registro fóssil testemunha o tendão de Aquiles de Darwin – a Explosão Cambriana. Nem ele e muito menos a Nomenklatura científica ousam abordar as implicações disso para Darwin, pois a especulação transformacionista de ancestralidade comum colapsa no contexto de justificação teórica. O nome disso, Gleiser, é desonestidade acadêmica, pois você sabe disso, mas nunca abordou em suas colunas! Por que? Porque é preciso ter cojones e enfrentar o discurso único da Nomenklatura científica. Ousar ser cientista, aquele que segue as evidências aonde elas forem dar. Mas isso é para poucos, muito poucos! 

A outra evidência que Gleiser trouxe a favor da evolução foi a “resistência que bactérias podem desenvolver contra antibióticos”. Isso ocorre quando antibióticos são usados, e as mutações gerarem bactérias resistentes. Mas qual evolução está ocorrendo aqui? Macroevolução ou microevolução? Gleiser não especificou aos seus leitores. Será que ele sabe essa diferença? A evolução não é um processo cego? Como a mutação pode antever [teleologia] resistência para as bactérias? Darwin, me desculpe, mas a Lógica Darwiniana 101 é complicada... 

Embora esse tipo de adaptação por pressão seletiva seja investigado no laboratório, sujeitando populações de bactérias a certas drogas e monitorando modificações no seu código genético, o que temos aqui é um exemplo de microevolução – mudanças dentro de uma espécie. 

Assim sendo, a resistência a antibióticos envolve, tipicamente, uma mutação minima que altera levemente a estrutura do alvo do antibiótico de tal modo que ele não é mais eficiente. A evolução que ocorreu aqui, não é a que Gleiser tentou engabelar os leitores – a macroevolução, a que envolve grandes mudanças funcionais, mas meramente uma pequena mudança ou até perda de informação genética. 


O que Gleiser apresentou como sendo uma evidência a favor da evolução, é na verdade uma evidência contra o fato, Fato, FATO da evolução, pois os processos por detrás da resistência a antibióticos não envolve a criação de nova informação significante, e não deve ser extrapolada como fornecendo evidência para a ideia que o leitor leigo tem sobre a evolução, pois não ocorreu mudança macroevolucionária. Pesquisa recente - Therapeutic antimicrobial peptides may compromise natural immunity , de Michelle G. J. L. Habets e Michael A. Brockhurst, publicado no Biology Letters, esclarece muito a questão. PDF gratuito aqui.


Tendo arrazoado com exemplos tão contraditórios e epistemicamemente rasos para o estabelecimento do fato, Fato, FATO da evolução, as perguntas de Gleiser sobre “por que a evolução causa tanto problema para tanta gente” e de que seria “tão ofensivo assim termos tido um ancestral em comum com outros primatas, como os chimpanzés” ficam vazias. Quer origem mais humilde do que a atribuída pela visão judaico-cristã de que somos pó? Mas esta explicação não é considerada científica.

A afirmação de Gleiser de que a nossa descendência é ainda muito mais dramática, se formos recuar mais para o passado, onde todos os animais que existem descenderam de um único ancestral, o Último Ancestral Universal Comum (na sigla Luca, em inglês), provavelmente era um ser unicelular, revela desatualização na literatura especializada. Por favor, alguém aí da Nomenklatura científica avise ao Gleiser que a Árvore da Vida de Darwin já caiu em desgraça diante da comunidade científica. O LUCA é apenas uma projeção mental, aceita a priori, pelos cientistas de que realmente o fato, Fato, FATO da evolução é assim. As montanhas de evidências encontradas na natureza dizem NÃO! 

Não é desconfiança do conhecimento científico que leva muitas pessoas a não acreditar na evolução, e nem está ligado “Deus-dos-Vãos” [sic, Deus das Lacunas], nem tampouco a noção de que quanto mais aprendemos sobre o mundo, menos Deus é necessário – é Darwin das lacunas que tem provocado este ceticismo salutar contra o fato, Fato, FATO da evolução. 

Pode até ser que os “que interpretam a Bíblia literalmente” vejam nisso “uma perda de rumo”, mas são muito mais as descobertas científicas que revelam cada vez mais a complexidade e diversidade das formas biológicas que a teoria da evolução de Darwin não consegue explicar, a responsável pela incredulidades dos crentes. 

Não sei por que Gleiser trouxe Deus, Adão e Eva, a nossa mortalidade após a "queda do Paraíso", e o fato de as pessoas não saberem lidar com a morte, num artigo sobre a rejeição de uma teoria científica: são valores subjetivos, não são posicionamentos científicos, e sim ideológicos. 

Pensei que não fosse concordar com Gleiser na minha catilinária, mas “uma teologia que insiste em contrapor a fé ao conhecimento científico só leva a um maior obscurantismo”. Não consegui entender, todavia, como que Gleiser, um ateu-ainda-no-armário imagine existir “outras formas de encontrar Deus ou outros caminhos em busca de uma espiritualidade maior na vida” se Deus não existe?

Desculpe, Gleiser, mas o moto da Royal Society em Londres é Nullius in verba [Não aceitar a palavra de ninguém], e não Vade mecum [Sigam-me] como você quis. Vai ver por isso os americanos resistem mais à teoria da evolução de Darwin.

Não sei qual seria o número aqui no Brasil, mas, seguindo a Gleiser, imagino que deva ser muito, inclusive entre os professores das universidades públicas e privadas que, amordaçados pela Nomenklatura científica, não podem seguir as evidências aonde elas forem dar. 

Da próxima vez, Gleiser, consulte este blog aqui para não escrever bobagens como evidências a favor do fato, Fato, FATO da evolução. 

Alô Suzana Singer, ombudsman da Folha de São Paulo [Email: ombudsman@uol.com.br No Twitter: @folha_ombudsman] seus leitores merecem coisa melhor em termos de divulgação científica. O artigo de Gleiser é panfletagem ideológica que posa como se fosse ciência. E panfletagem bem rastaquera!!!

+++++



* O texto integral do artigo de Gleiser pode ser lido no blog Pavablog.

Alfred Rusell Wallace, co-descobridor da seleção natural, propunha o design inteligente?

Prof. John C. Walton sobre a origem da vida: mero acaso, fortuita necessidade ou design inteligente???


The Origin of Life from Phil Holden on Vimeo.

Prof. John C. Walton, dois doutorados, Professor Pesquisador de Química na St. Andrews University, e Fellow da Royal Society of Chemistry e da Royal Society of Edinburgh.

Uso do ocre vermelho pelos Neandertais primitivos

terça-feira, janeiro 24, 2012

Use of red ochre by early Neandertals

Wil Roebroeks a,1, Mark J. Sier a,b,cTrine Kellberg Nielsen aDimitri De Loecker aJosep Maria Parés bCharles E. S. Arps d, and Herman J. Mücher e,2

Author Affiliations

aFaculty of Archaeology, Leiden University, 2300 RA, Leiden, The Netherlands;
bCentro Nacional de Investigación Sobre la Evolución Humana, 09002 Burgos, Spain;
cPaleomagnetic Laboratory Fort Hoofddijk, Department of Earth Sciences, Faculty of Geosciences, Utrecht University, 3584 CD, Utrecht, The Netherlands;
dNCB Naturalis, 2300 RA, Leiden, The Netherlands; and
eUniversity of Amsterdam, 6301 VK, Valkenburg, The Netherlands

Edited by Richard G. Klein, Stanford University, Stanford, CA, and approved December 20, 2011 (received for review July 27, 2011)

Abstract

The use of manganese and iron oxides by late Neandertals is well documented in Europe, especially for the period 60–40 kya. Such finds often have been interpreted as pigments even though their exact function is largely unknown. Here we report significantly older iron oxide finds that constitute the earliest documented use of red ochre by Neandertals. These finds were small concentrates of red material retrieved during excavations at Maastricht-Belvédère, The Netherlands. The excavations exposed a series of well-preserved flint artifact (and occasionally bone) scatters, formed in a river valley setting during a late Middle Pleistocene full interglacial period. Samples of the reddish material were submitted to various forms of analyses to study their physical properties. All analyses identified the red material as hematite. This is a nonlocal material that was imported to the site, possibly over dozens of kilometers. Identification of the Maastricht-Belvédère finds as hematite pushes the use of red ochre by (early) Neandertals back in time significantly, to minimally 200–250 kya (i.e., to the same time range as the early ochre use in the African record).

human evolution, paleolithic archeology, Middle Paleolithic, mineral pigments

Footnotes

1To whom correspondence should be addressed. E-mail: w.roebroeks@arch.leidenuniv.nl.

2Retired.

Author contributions: W.R. and T.K.N. designed research; W.R., M.J.S., D.D.L., J.M.P., C.E.S.A., and H.J.M. performed research; W.R., M.J.S., J.M.P., C.E.S.A., and H.J.M. analyzed data; and W.R., M.J.S., and T.K.N. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

This article is a PNAS Direct Submission.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/lookup/suppl/doi:10.1073/pnas.1112261109/-/DCSupplemental.

Freely available online through the PNAS open access option.

+++++

Entre a ordem e o caos

segunda-feira, janeiro 23, 2012


Between order and chaos

James P. Crutchfield

Nature Physics 8, 17–24 (2012)

doi:10.1038/nphys2190

Received 28 October 2011 
Accepted 30 November 2011 
Published online 22 December 2011

Abstract

What is a pattern? How do we come to recognize patterns never seen before? Quantifying the notion of pattern and formalizing the process of pattern discovery go right to the heart of physical science. Over the past few decades physics’ view of nature’s lack of structure—its unpredictability—underwent a major renovation with the discovery of deterministic chaos, overthrowing two centuries of Laplace’s strict determinism in classical physics. Behind the veil of apparent randomness, though, many processes are highly ordered, following simple rules. Tools adapted from the theories of information and computation have brought physical science to the brink of automatically discovering hidden patterns and quantifying their structural complexity.


Subject terms: Statistical physics, thermodynamics and nonlinear dynamics, Information theory and computation

+++++



A tomada do poder da rede

The network takeover

Albert-László Barabási

Nature Physics 8, 14–16 (2012) doi:10.1038/nphys2188

Published online 22 December 2011

Reductionism, as a paradigm, is expired, and complexity, as a field, is tired. Data-based mathematical models of complex systems are offering a fresh perspective, rapidly developing into a new discipline: network science.

Reports of the death of reductionism are greatly exaggerated. It is so ingrained in our thinking that if one day some magical force should make us all forget it, we would promptly have to reinvent it. The real worry is not with reductionism, which, as a paradigm and tool, is rather useful. It is necessary, but no longer sufficient. But, weighing up better ideas, it became a burden.

“You never want a serious crisis to go to waste,” Ralph Emmanuel, at that time Obama's chief of staff, famously proclaimed in November 2008, at the height of the financial meltdown. Indeed, forced by an imminent need to go beyond reductionism, a new network-based paradigm is emerging that is taking science by storm. It relies on datasets that are inherently incomplete and noisy. It builds on a set of sharp tools, developed during the past decade, that seem to be just as useful in search engines as in cell biology. It is making a real impact from science to industry. Along the way it points to a new way to handle a century-old problem: complexity.

A better understanding of the pieces cannot solve the difficulties that many research fields currently face, from cell biology to software design. There is no 'cancer gene'. A typical cancer patient has mutations in a few dozen of about 300 genes, an elusive combinatorial problem whose complexity is increasingly a worry to the medical community. No single regulation can legislate away the economic malady that is slowly eating at our wealth. It is the web of diverging financial and political interests that makes policy so difficult to implement. Consciousness cannot be reduced to a single neuron. It is an emergent property that engages billions of synapses. In fact, the more we know about the workings of individual genes, banks or neurons, the less we understand the system as a whole. Consequently, an increasing number of the big questions of contemporary science are rooted in the same problem: we hit the limits of reductionism. No need to mount a defence of it. Instead, we need to tackle the real question in front of us: complexity.

The complexity argument is by no means new. It has re-emerged repeatedly during the past decades. The fact that it is still fresh underlines the lack of progress achieved so far. It also stays with us for good reason: complexity research is a thorny undertaking. First, its goals are easily confusing to the outsider. What does it aim to address — the origins of social order, biological complexity or economic interconnectedness? Second, decades of research on complexity were driven by big, sweeping theoretical ideas, inspired by toy models and differential equations that ultimately failed to deliver. Think synergetics and its slave modes; think chaos theory, ultimately telling us more about unpredictability than how to predict nonlinear systems; think self-organized criticality, a sweeping collection of scaling ideas squeezed into a sand pile; think fractals, hailed once as the source of all answers to the problems of pattern formation. We learned a lot, but achieved little: our tools failed to keep up with the shifting challenges that complex systems pose. Third, there is a looming methodological question: what should a theory of complexity deliver? A new Maxwellian formula, condensing into a set of elegant equations every ill that science faces today? Or a new uncertainty principle, encoding what we can and what we can't do in complex systems? Finally, who owns the science of complexity? Physics? Engineering? Biology, mathematics, computer science? All of the above? Anyone?

These questions have resisted answers for decades. Yet something has changed in the past few years. The driving force behind this change can be condensed into a single word: data. Fuelled by cheap sensors and high-throughput technologies, the data explosion that we witness today, from social media to cell biology, is offering unparalleled opportunities to document the inner workings of many complex systems. Microarray and proteomic tools offer us the simultaneous activity of all human genes and proteins; mobile-phone records capture the communication and mobility patterns of whole countries1; import–export and stock data condense economic activity into easily accessible databases2. As scientists sift through these mountains of data, we are witnessing an increasing awareness that if we are to tackle complexity, the tools to do so are being born right now, in front of our eyes. The field that benefited most from this data windfall is often called network theory, and it is fundamentally reshaping our approach to complexity.

...

Complexidade

Complexity

Andreas Trabesinger

Nature Physics 8, 13 (2012) doi:10.1038/nphys2198

Published online 22 December 2011


A formal definition of what constitutes a complex system is not easy to devise; equally difficult is the delineation of which fields of study fall within the bounds of 'complexity'. An appealing approach — but only one of several possibilities — is to play on the 'more is different' theme, declaring that the properties of a complex system as a whole cannot be understood from the study of its individual constituents. There are many examples, from neurons in the brain, to transport users in traffic networks, to data packages in the Internet.

Large datasets — collected, for example, in proteomic studies, or captured in records of mobile-phone users and Internet traffic — now provide an unprecedented level of information about these systems. Indeed, the availability of these detailed datasets has led to an explosion of activity in the modelling of complex systems. Data-based models can not only provide an understanding of the properties and behaviours of individual systems, but also, beyond that, might lead to the discovery of common properties between seemingly disparate systems.

Much of the progress made during the past decade or so comes under the banner of 'network science'. The representation of complex systems as networks, or graphs, has proved to be a tremendously useful abstraction, and has led to an understanding of how many real-world systems are structured, what kinds of dynamic processes they support and how they interact with each other. This Nature Physics Insight is therefore admittedly inclined towards research in complex networks. As Albert-László Barabási argues in his Commentary, the past decade has indeed witnessed a 'network takeover'. On the other hand, James Crutchfield, in his review of the tools for discovering patterns and quantifying their structural complexity, demonstrates beautifully how fundamental theories of information and computation have led to a deeper understanding of just what 'complex systems' are.

For a topic as broad as complexity, it is impossible to do justice to all of the recent developments. The field has been shaped over decades by advances in physics, engineering, computer science, biology and sociology, and its ramifications are equally diverse. But a selection had to be made, and we hope that this Insight will prove inspiring, and a showcase for the pivotal role that physicists are playing — and are bound to play — in the inherently multidisciplinary endeavour of making sense of complexity.

+++++


NOTA DESTE BLOGGER:

A teoria do Design Inteligente propõe a complexidade irredutível em sistemas biológicos e a informação complexa especificada como sendo sinais de inteligência que podem ser detectados na natureza.

Livro e site resgatam a história da divulgação científica brasileira

sexta-feira, janeiro 20, 2012


20/01/2012

Agência FAPESP – A versão digital do livro Um gesto ameno para acordar o país – A ciência no Jornal do Commercio (1958-1962) já está disponível no site www.museudavida.fiocruz.br/

A obra de 74 páginas relembra a história da seção dominical de ciência do jornal carioca, criada em 1958. De sua equipe, participou o então estudante Leopoldo de Meis, hoje cientista da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ).


Versão digital da obra que narra a rotina de produção do antigo suplemento de ciência do Jornal do Commercio já está disponível

O livro foi organizado pelo próprio Meis, em parceria com as jornalistas Luisa Massarani e Claudia Jurberg. O time localizou a coleção quase completa do suplemento de ciência. O último exemplar encontrado foi de 12 de agosto de 1962.

Cinco textos integram a publicação. O primeiro, de Maurício Dinepi, diretor-presidente do Jornal do Commercio, traz um histórico do periódico. Em seguida, Meis conta detalhes da rotina de produção do suplemento em entrevista a Marina Verjovsky e Claudia Jurberg.

Bernardo Esteves enumera algumas das iniciativas de divulgação científica de que se tem notícia na imprensa brasileira entre a segunda metade da década de 1940 e o início dos anos 1960, com destaque para o suplemento dominical Ciência para Todos, publicado no jornal carioca A Manhãentre 1948 e 1953.

Ildeu de Castro Moreira e Luisa Massarani, por sua vez, analisam a página dominical do Jornal do Commercio à luz do contexto político da época. Marina Verjovsky, Tainá Rêgo e Claudia Jurberg dedicam-se a analisar todas as notícias de saúde publicadas pelo periódico nesse período.

No evento de lançamento do livro, realizado em novembro, também foi divulgado o site Brasiliana, que busca reconstruir a história da divulgação científica no Brasil e reunir as diversas iniciativas nesse campo desde o século 19 até os dias de hoje.

Os trilobitas já tinham visão complexa há mais de 550 milhões de anos

O paradoxo de Fermi, sondas auto-replicantes, e a largura de banda do transporte interestelar

The Fermi Paradox, Self-Replicating Probes, and the Interstellar Transportation Bandwidth

Keith B. Wiley

(Submitted on 26 Nov 2011)

It has been widely acknowledged that self-replicating space-probes (SRPs) could explore the galaxy very quickly relative to the age of the galaxy. An obvious implication is that SRPs produced by extraterrestrial civilizations should have arrived in our solar system millions of years ago, and furthermore, that new probes from an ever-arising supply of civilizations ought to be arriving on a constant basis. The lack of observations of such probes underlies a frequently cited variation of the Fermi Paradox. We believe that a predilection for ETI-optimistic theories has deterred consideration of incompatible theories. Notably, SRPs have virtually disappeared from the literature. In this paper, we consider the most common arguments against SRPs and find those arguments lacking. By extension, we find recent models of galactic exploration which explicitly exclude SRPs to be unfairly handicapped and unlikely to represent natural scenarios. 
We also consider several other models that seek to explain the Fermi Paradox, most notably percolation theory and two societal-collapse theories. In the former case, we find that it imposes unnatural assumptions which likely render it unrealistic. In the latter case, we present a new theory of interstellar transportation bandwidth which calls into question the validity of societal-collapse theories. 
Finally, we offer our thoughts on how to design future SETI programs which take the conclusions of this paper into account to maximize the chance of detection.

Comments: 13 pages, 5 figures, submitted to Icarus, this version incorporates a few minor updates that differ from the version currently under review and which will presumably be included in a published version

Subjects: Popular Physics (physics.pop-ph); Earth and Planetary Astrophysics (astro-ph.EP)

Cite as: arXiv:1111.6131v1 [physics.pop-ph]

Submission historyFrom: Keith Wiley [view email
[v1] Sat, 26 Nov 2011 02:45:00 GMT (144kb,D)

+++++

O que aconteceu antes do Big Bang? A nova filosofia da cosmologia

What Happened Before the Big Bang? The New Philosophy of Cosmology

Ross Andersen is a writer living in Washington, D.C. You can follow him on Twitter at @andersen

JAN 19 2012, 11:49 AM ET 52

What existed before the big bang? What is the nature of time? Is our universe one of many? On the big questions science cannot (yet?) answer, a new crop of philosophers are trying to provide answers.




Last May, Stephen Hawking gave a talk at Google's Zeitgeist Conference in which he declared philosophy to be dead. In his book The Grand Design, Hawking went even further. "How can we understand the world in which we find ourselves? How does the universe behave? What is the nature of reality? Where did all this come from? Traditionally these were questions for philosophy, but philosophy is dead," Hawking wrote. "Philosophy has not kept up with modern developments in science, particularly physics."

In December, a group of professors from America's top philosophy departments, including Columbia, Yale, and NYU, set out to establish the philosophy of cosmology as a new field of study within the philosophy of physics. The group aims to bring a philosophical approach to the basic questions at the heart of physics, including those concerning the nature, age and fate of the universe. This past week, a second group of scholars from Oxford and Cambridge announced their intention to launch a similar project in the United Kingdom.

One of the founding members of the American group, Tim Maudlin, was recently hired by New York University, the top ranked philosophy department in the English-speaking world. Maudlin is a philosopher of physics whose interests range from the foundations of physics, to topics more firmly within the domain of philosophy, like metaphysics and logic.

Yesterday I spoke with Maudlin by phone about cosmology, multiple universes, the nature of time, the odds of extraterrestrial life, and why Stephen Hawking is wrong about philosophy.


Your group has identified the central goal of the philosophy of cosmology to be the pursuit of outstanding conceptual problems at the foundations of cosmology. As you see it, what are the most striking of those problems?

Maudlin: So, I guess I would divide that into two classes. There are foundational problems and interpretational problems in physics, generally --say, in quantum theory, or in space-time theory, or in trying to come up with a quantum theory of gravity-- that people will worry about even if they're not doing what you would call the philosophy of cosmology. But sometimes those problems manifest themselves in striking ways when you look at them on a cosmological scale. So some of this is just a different window on what we would think of as foundational problems in physics, generally.

Then there are problems that are fairly specific to cosmology. Standard cosmology, or what was considered standard cosmology twenty years ago, led people to the conclude that the universe that we see around us began in a big bang, or put another way, in some very hot, very dense state. And if you think about the characteristics of that state, in order to explain the evolution of the universe, that state had to be a very low entropy state, and there's a line of thought that says that anything that is very low entropy is in some sense very improbable or unlikely. And if you carry that line of thought forward, you then say "Well gee, you're telling me the universe began in some extremely unlikely or improbable state" and you wonder is there any explanation for that. Is there any principle that you can use to account for the big bang state?

This question of accounting for what we call the "big bang state" -- the search for a physical explanation of it -- is probably the most important question within the philosophy of cosmology, and there are a couple different lines of thought about it. One that's becoming more and more prevalent in the physics community is the idea that the big bang state itself arose out of some previous condition, and that therefore there might be an explanation of it in terms of the previously existing dynamics by which it came about. There are other ideas, for instance that maybe there might be special sorts of laws, or special sorts of explanatory principles, that would apply uniquely to the initial state of the universe.

One common strategy for thinking about this is to suggest that what we used to call the whole universe is just a small part of everything there is, and that we live in a kind of bubble universe, a small region of something much larger. And the beginning of this region, what we call the big bang, came about by some physical process, from something before it, and that we happen to find ourselves in this region because this is a region that can support life. The idea being that there are lots of these bubble universes, maybe an infinite number of bubble universes, all very different from one another. Part of the explanation of what's called the anthropic principle says, "Well now, if that's the case, we as living beings will certainly find ourselves in one of those bubbles that happens to support living beings." That gives you a kind of account for why the universe we see around us has certain properties. 
...

Read more here/Leia mais aqui: The Atlantic