Contradição fundamental na teoria da evolução: necessária revisão ou simples descarte!!!

sábado, janeiro 07, 2012


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The Open Evolution Journal, 2011, 5, 1-4 1

1874-4044/11 2011 Bentham Open

Open Access

The Evolutionary Dynamics of Digital and Nucleotide Codes: A Mutation Protection Perspective

William DeJong*,1 and Hans Degens2

1INI-Research, innovation and change inquiry, P.O. Box 1073, 2600 BB Delft, The Netherlands

2Institute for Biomedical Research, into Human Movement and Health, Manchester Metropolitan University, John

Dalton Building, Oxford Road, Manchester M1 5GD, UK

Abstract: Both digital codes in computers and nucleotide codes in cells are protected against mutations. Here we explore how mutation protection affects the random change and selection of digital and nucleotide codes. We illustrate our findings with a computer simulation of the evolution of a population of self replicating digital amoebae. We show that evolutionary programming of digital codes is a valid model for the evolution of nucleotide codes by random change within the boundaries of mutation protection, not for evolution by unbounded random change. Our mutation protection perspective enhances the understanding of the evolutionary dynamics of digital and nucleotide codes and its limitations, and reveals a paradox between the necessity of dysfunctioning mutation protection for evolution and its disadvantage for survival. Our mutation protection perspective suggests new directions for research into mutational robustness.

Keywords: Evolutionary change, evolutionary dynamics, evolutionary programming, mutation protection, mutational robustness.

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Os vínculos ligando rochas e registros fósseis e por que eles são importantes para estudos da paleobiodiversidade

The ties linking rock and fossil records and why they are important for palaeobiodiversity studies

Andrew B. Smith1,* and Alistair J. McGowan2

Author Affiliations

1Natural History Museum, Cromwell Road, London SW7 5BD, UK

2School of Geographical and Earth Sciences, University of Glasgow, Glasgow, G12 8QQ, UK

*Corresponding author (e-mail: a.smith@nhm.ac.uk)

Abstract

A correlation exists between the quality of the rock record and the diversity of fossils recorded from that rock record but what drives that correlation, and how consistent that correlation is across different environments, remain to be determined. Palaeontologists wishing to investigate past diversity patterns need to first address issues of geological bias in their data.

© The Geological Society of London 2011

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Avaliando a qualidade do registro fóssil: insights de vertebrados

Assessing the quality of the fossil record: insights from vertebrates

Michael J. Benton1,*, Alexander M. Dunhill1Graeme T. Lloyd2  and Felix G. Marx1,3

Author Affiliations

1School of Earth Sciences, University of Bristol, Wills Memorial Building, Queen's Road, Bristol, BS8 1RJ, UK
2Department of Palaeontology, The Natural History Museum, Cromwell Road, London, SW7 5BD, UK
3Department of Geology, University of Otago, PO Box 56, Dunedin 9054, New Zealand

*Corresponding author (e-mail: mike.benton@bristol.ac.uk)

Abstract

Assessing the quality of the fossil record is notoriously hard, and many recent attempts have used sampling proxies that can be questioned. For example, counts of geological formations and estimated outcrop areas might not be defensible as reliable sampling proxies: geological formations are units of enormously variable dimensions that depend on rock heterogeneity and fossil content (and so are not independent of the fossil record), and outcrop areas are not always proportional to rock exposure, probably a closer indicator of rock availability. It is shown that in many cases formation counts will always correlate with fossil counts, whatever the degree of sampling. It is not clear, in any case, that these proxies provide a good estimate of what is missing in the gap between the known fossil record and reality; rather they largely explore the gap between known and potential fossil records. Further, using simple, single numerical metrics to correct global-scale raw data, or to model sampling-driven patterns may be premature. There are perhaps four approaches to exploring the incompleteness of the fossil record, (1) regional-scale studies of geological completeness; (2) regional- or clade-scale studies of sampling completeness using comprehensive measures of sampling, such as numbers of localities or specimens or fossil quality; (3) phylogenetic and gap-counting methods; and (4) model-based approaches that compare sampling as one of several explanatory variables with measures of environmental change, singly and in combination. We suggest that palaeontologists, like other scientists, should accept that their data are patchy and incomplete, and use appropriate methods to deal with this issue in each analysis. All that matters is whether the data are adequate for a designated study or not. A single answer to the question of whether the fossil record is driven by macroevolution or megabias is unlikely ever to emerge because of temporal, geographical, and taxonomic variance in the data.

© The Geological Society of London 2011

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Comparando os registros geológico e fóssil: as implicações para os estudos de biodiversidade


Comparing the Geological and Fossil Records: Implications for Biodiversity Studies

Abstract

The past decade has witnessed a major revival in attempts to separate biodiversity signals from biases imposed by sampling and the architecture of the rock record. How large a problem this poses to our understanding of biodiversity patterns remains debatable, and new approaches are being developed to investigate this question. Here palaeobiologists with widely differing approaches and interests explore the problems of extracting reliable information on biodiversity change from an imperfect geological record. Topics covered range from the application of information-theoretic approaches that identify directional causal relationships to an in-depth study of how geological biases could influence our understanding of dinosaur evolution. A wide range of new insights into the links between the land, shallow-marine and deep-sea rock and fossil records are presented, making this volume invaluable to anyone in the Earth or life sciences who wishes to remain abreast of this dynamic and rapidly evolving research area.

© The Geological Society of London 2011

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A qualidade do registro fóssil e a exatidão das inferências filogenéticas sobre amostragem e diversidade

The Quality of the Fossil Record and the Accuracy of Phylogenetic Inferences about Sampling and Diversity

Peter J. Wagner

Author Affiliations
Department of Geology, Field Museum of Natural History Roosevelt Road at Lake Shore Drive, Chicago, Illinois, 60605–2496, USA
Received May 6, 1997.
Accepted August 15, 1998.

Abstract

Because phylogenies can be estimated without stratigraphic data and because estimated phylogenies also infer gaps in sampling, some workers have used phylogeny estimates as templates for evaluating sampling from the fossil record and for “correcting” historical diversity patterns. However, it is not known how sampling intensity (the probability of sampling taxa per unit time) and completeness (the proportion of taxa sampled) affect the accuracy of phylogenetic inferences, nor how phylogenetically inferred estimates of sampling and diversity respond to inaccurate estimates of phylogeny. Both issues are addressed with a series of simulations using simple models of character evolution, varying speciation patterns, and various rates of speciation, extinction, character change, and preservation. Parsimony estimates of simulated phylogenies become less accurate as sampling decreases, and inaccurate trees chronically underestimate sampling. Biotic factors such as rates of morphologic change and extinction both affect the accuracy of phylogenetic estimates and thus affect estimated gaps in sampling, indicating that differences in implied sampling need not reflect actual differences in sampling. Errors in inferred diversity are concentrated early in the history of a clade. This, coupled with failure to account for true extinction times (i.e., the Signor–Lipps effect), inflates relative diversity levels early in clade histories. Because factors other than differences in sampling predict differences in the numbers of gaps implied by phylogeny estimates, inferred phylogenies can be misleading templates for evaluating sampling or historical diversity patterns.

Key words

Diversity patterns, fossils, parsimony, simulations, taxon sampling

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Controvérsias em biologia evolucionária moderna: o imperativo para detecção de erro e controle de qualidade

sexta-feira, janeiro 06, 2012

Controversies in modern evolutionary biology: the imperative for error detection and quality control

Francisco Prosdocimi, Benjamin Linard, Pierre Pontarotti, Olivier Poch and Julie D Thompson

BMC Genomics 2012, 13:5 
doi:10.1186/1471-2164-13-5
Published: 4 January 2012 

Abstract (Provisional)

Background

The data from high throughput genomics technologies provide unique opportunities for studies of complex biological systems, but also pose many new challenges. The shift to the genome scale in evolutionary biology, for example, has led to many interesting, but often controversial studies. It has been suggested that part of the conflict may be due to errors in the initial sequences. Most gene sequences are predicted by bioinformatics programs and a number of quality issues have been raised, concerning DNA sequencing errors or badly predicted coding regions, particularly in eukaryotes.

Results

We investigated the impact of these errors on evolutionary studies and specifically on the identification of important genetic events. We focused on the detection of asymmetric evolution after duplication, which has been the subject of controversy recently. Using the human genome as a reference, we established a reliable set of 688 duplicated genes in 13 complete vertebrate genomes, where significantly different evolutionary rates are observed. We estimated the rates at which protein sequence errors occur and are accumulated in the higher-level analyses. We showed that the majority of the detected events (57%) are in fact artifacts due to the putative erroneous sequences and that these artifacts are sufficient to mask the true functional significance of the events.

Conclusions

Initial errors are accumulated throughout the evolutionary analysis, generating artificially high rates of event predictions and leading to substantial uncertainty in the conclusions. This study emphasizes the urgent need for error detection and quality control strategies in order to efficiently extract knowledge from the new genome data.

The complete article is available as a provisional PDF. The fully formatted PDF and HTML versions are in production.

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Francisco Prosdocimi é do Departamento de Bioquímica Médica da Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Primatas quiméricos são reproduzidos por cientistas


06/01/2012

Agência FAPESP – Cientistas conseguiram reproduzir os primeiros primatas quiméricos. Os animais são compostos de uma mistura de células de seis genomas distintos e, segundo os pesquisadores responsáveis pela novidade, estão saudáveis.

Em zoologia, quimerismo ocorre quanto um animal tem duas ou mais populações de células geneticamente distintas com origem em diferentes zigotos. É extremamente raro em humanos. O termo deriva da mitologia grega, na qual quimera é uma figura mítica caracterizada por uma aparência híbrida de dois ou mais animais.

A reprodução foi obtida por cientistas de instituições de pesquisa no Oregon, Estados Unidos, e descrita nesta quinta-feira (05/01) em um artigo no site da revista Cell – sairá como capa na edição de 20 de janeiro da publicação.


Pesquisadores conseguem obter os primeiros primatas com células formadas a partir da mistura de células de genomas diferentes (divulgação)

Segundo os autores, os resultados do estudo abrem caminho para muitas novas pesquisas com animais. Até então, apenas camundongos e alguns outros quiméricos, como coelhos e ovelhas, haviam sido reproduzidos.

Os primatas quiméricos nasceram após os cientistas terem reunido células de embriões de diferentes macacos-rhesus e aplicado a mistura em fêmeas. As células foram misturadas em embriões em estágio inicial, quando cada célula embriônica é totipotente.

Totipotência é a capacidade de uma única célula, geralmente uma célula-tronco, dividir-se e produzir todas as células diferenciadas no organismo, incluindo os tecidos extraembrionários. As células pluripotentes podem se diferenciar em qualquer tecido, mas não em tecidos extraembrionários nem em organismos inteiros.

“As células não se fundem, mas se mantêm juntas e funcionam conjuntamente de modo a formar tecidos e órgãos. Os resultados abrem possibilidades científicas enormes”, disse Shoukhrat Mitalipov, do Centro de Pesquisa em Primatas da Oregon Health & Science University, que coordenou a pesquisa.

Tentativas anteriores do grupo de Mitalipov de obter macacos quiméricos por meio da introdução de células-tronco embrionárias cultivadas em embriões – um método estabelecido em camundongos – falharam.

Segundo Mitalipov, aparentemente os embriões dos primatas evitam que as células-tronco embrionárias se integrem, como ocorre em camundongos. De acordo com o cientista, a pesquisa indica que células-tronco humanas e de outros primatas mantidas in vitro podem não ser tão potentes como as encontradas em um embrião vivo.

“Precisamos voltar aos fundamentos. Temos que estudar não apenas células-tronco embrionárias em cultura, mas também em embriões. Ainda é muito cedo para fechar o capítulo nessas células”, disse.

“Não podemos modelar tudo em camundongos. Se queremos passar terapias em células-tronco do laboratório para as clínicas e de camundongos para humanos, precisamos compreender o que essas células nos primatas podem ou não fazer”, afirmou.

“Precisamos estudá-las em humanos, inclusive em embriões humanos”, disse Mitalipov, ressaltando que não tem qualquer intenção de produzir quimeras humanas.

O artigo Totipotent but not pluripotent primate embryonic cells contribute to chimeras(doi:10.1016/j.cell.2011.12.007), de Mitalipov e outros, pode ser lido por assinantes da Cell em www.cell.com.

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Professores, pesquisadores e alunos de universidades públicas e privadas com acesso ao site CAPES/Periódicos podem ler gratuitamente este artigo da Cell e de mais 22.440 publicações científicas.

Alunos da USP produzem vídeos sobre alimentação saudável


06/01/2012

Agência FAPESP – Alunos da Faculdade de Saúde Pública (FSP) da Universidade de São Paulo (USP) produziram vídeos com mensagens relacionadas à educação nutricional.

A atividade faz parte do conteúdo da disciplina Educação Nutricional, ministrada por Ana Maria Cervato Mancuso e Ana Maria Dianezzi Gambardella, professoras do Departamento de Nutrição da FSP.

Os vídeos começaram a ser produzidos no início de 2008 em parceria com o Núcleo de Comunicação e Educação da USP e contaram com a participação do professor Ismar de Oliveira Soares e da jornalista Izabel Leão. Um dos vídeos, produzido em 2010, contou com o apoio dos coordenadores da disciplina de Telemedicina da FSP.


Produções foram realizadas por estudantes da Faculdade de Saúde Pública em parceria com o Núcleo de Comunicação e Educação da universidade

Uma parceria com a TV USP também resultou em duas séries de vídeos produzidos com apoio técnico e profissional da TV, que foram exibidos na grade de programação da USP no Canal Universitário.


Mais informações: jessica.dias@usp.br

A evolução da audição dos insetos ocorreu 17 vezes. Faça as contas...

quinta-feira, janeiro 05, 2012

Ciência

03/01/2012 - 17:01

Evolução

Fósseis de 50 milhões de anos ajudam a entender evolução da audição nos insetos

Insetos desenvolveram ouvidos antes do surgimento dos morcegos, segundo uma nova pesquisa, e não em resposta à perseguição dos mamíferos voadores


Fóssil de inseto de 50 milhões de anos excepcionalmente preservado: animais já escutavam bem antes do surgimento dos morcegos (Dena Smith)

O sonar dos morcegos é um dos sistemas de navegação mais sofisticados entre os seres vivos. Durante o voo, o animal emite sons em frequências ultrassônicas — inaudíveis para a grande maioria das espécies, inclusive humanos — e escuta o eco. Com isso, sabe exatamente onde estão obstáculos e também pequenas presas, como insetos, tamanha a precisão do instrumento. Mas os insetos que servem de comida para os morcegos também não ficaram parados em termos de evolução. Os cientistas sempre acreditaram que os insetos desenvolveram a audição para escapar desse poderoso predador, mas novas evidências indicam que os ouvidos já estavam presentes antes do aparecimento dos mamíferos voadores. Na verdade, afirmam os cientistas, os ouvidos dos insetos apenas se adaptaram depois do surgimento dos morcegos. 

Uma das características bizarras dos insetos é o posicionamento dos ouvidos: ficam em diversas partes do corpo, como nas asas e no abdome. Nos grilos e gafanhotos, estão nas patas dianteiras, logo abaixo dos joelhos. E foram os ancestrais desses animais que deixaram pistas segundo as quais, ao contrário do que se pensava, ouviam bem antes da chegada dos morcegos. 

...


"O próximo passo é olhar os ouvidos de outros grupos de insetos", completa Dena . Isso porque esses animais desenvolveram a audição de maneira independente ao menos 17 vezes em outras linhagens. O objetivo da pesquisa e descobrir qual foi o papel dos predadores nessa adaptação e entender melhor as razões que levam à evolução das espécies.


Leia o texto completo aqui: VEJA


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CITATION/CITAÇÃO: Plotnick, R. and D. Smith (2012). "Exceptionally preserved fossil insect ears from the Eocene Green River Formation of Colorado." Journal of Paleontology 86(1): 19-24.

Esta pesquisa foi destacada no website Eureka Alert, em 3 de janeiro de 2012.


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PERGUNTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:


A probabilidade de a audição ter evoluído nesses animais é de 1 em 10 elevado a potência 150. Um número nada desprezível. Dena disse que a evolução da audição ocorreu em 17 linhagens diferentes. A chance disso ter ocorrido na história evolucionária desse animais de 1 chance em 10 elevado a potência 150 vezes 17. Um número nada desprezível de ser considerado, mas a VEJA sequer se deu ao trabalho de calcular e colocar no artigo!

Cientistas exploram conexões entre astronomia e biologia


04/01/2012

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – Os mais de 160 pesquisadores, docentes e estudantes que participaram da São Paulo Advanced School of Astrobiology – Making Connections (SPASA 2011), entre os dias 11 e 20 de dezembro de 2011, puderam debater os avanços mais recentes da astrobiologia, uma nova área que busca respostas para algumas das mais complexas questões científicas da atualidade.

Interface entre a astronomia e a biologia, a astrobiologia é uma área essencialmente multidisciplinar que aborda questões como a formação e detecção de moléculas pré-bióticas em planetas e no meio interestelar, a influência de eventos astrofísicos no surgimento e na manutenção da vida na Terra e a análise das condições de viabilidade da vida em outros planetas ou satélites – em especial a vida microbiana.


Escola São Paulo de Ciência Avançada reuniu 160 cientistas e estudantes do Brasil e do exterior para debater os mais recentes avanços do conhecimento no campo emergente da astrobiologia

O evento, realizado na capital paulista no âmbito da Escola São Paulo de Ciência Avançada (ESPCA) – modalidade de apoio da FAPESP –, foi organizado pelo Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas (IAG) da Universidade de São Paulo (USP), sob a coordenação do professor Jorge Horvath.

O comitê local responsável pelo evento foi coordenado pelos pesquisadores em astrobiologia Douglas Galante, Roberto Costa (IAG-USP) e Ramachrisna Teixeira (IAG-USP), do IAG-USP, Fabio Rodrigues, do Instituto de Química da USP, Rubens Duarte, do Instituto Oceanográfico da USP, Laura Paulucci, da Universidade Federal do ABC (UFABC) e Ivan Glaucio Paulino-Lima, da Nasa Ames. 

De acordo com Galante, o evento contou com 33 palestrantes do Brasil, Estados Unidos, Reino Unido, Chile, Colômbia, México, Alemanha e Rússia. Entre os estudantes, participaram 130 astrônomos, biólogos, geólogos, químicos, físicos e engenheiros de 26 países diferentes, sendo 80 deles com financiamento completo da ESPCA, 20 com financiamento parcial e 30 como ouvintes.

“Foi um evento muito intenso e proveitoso, que entusiasmou tanto os alunos como os palestrantes. O objetivo central da escola era fornecer uma visão geral da astrobiologia e enfatizar a necessidade de estabelecer interconexões – entre as diversas áreas do conhecimento, mas também entre pessoas de diversas formações – para que se possa tratar de questões tão complexas como a origem da vida”, disse Galante à Agência FAPESP.

As palestras de abertura do evento foram apresentadas pelo brasileiro Marcelo Gleiser, do Dartmouth College (Estados Unidos), e por Steven Dick, professor aposentado de astrofísica do Museu Nacional de História Natural do Instituto Smithsonian (Estados Unidos), que atuou como historiador-chefe da Nasa, a agência espacial norte-americana.

“Gleiser falou sobre a ligação entre a astrobiologia e a cosmologia, ciência que estuda a origem e a evolução do Universo. Dick apresentou um panorama da perspectiva norte-americana do desenvolvimento da astrobiologia”, disse Galante.

Nos outros dias do evento, durante as manhãs, os diferentes conteúdos foram desenvolvidos em minicursos com perspectivas amplas sobre astronomia, geologia, química e biologia.

“Procuramos fazer com que os palestrantes mostrassem as interconexões entre essas áreas. Por exemplo, a formação dos planetas foi explicada a partir do ponto de vista da astronomia, depois foi mostrado como os planetas se desenvolveram na perspectiva da geologia e em seguida foi mostrado como se produziam as condições químicas para a origem da vida”, contou.

[NOTA DESTE BLOGGER:
 Qual o papel do RNA na origem e evolução da vida: NÃO SABEMOS Mysterium tremendum continua Mysterium tremendum.]

A ideia era que os estudantes percebessem que todos os temas tinham uma unidade e que a complexidade dos temas envolvidos com a origem da vida só pode ser abordada a partir das conexões entre diferentes disciplinas e entre pessoas das várias áreas.

“Durante as tardes, tivemos palestras sobre tópicos mais específicos – cada professor falou sobre aspectos mais pontuais de seus estudos. Assim, os alunos puderam aplicar, à tarde, em tópicos específicos, o conhecimento discutido a partir do panorama mais geral apresentado pela manhã”, explicou Galante.

Grupos focais de pesquisa

Além dos minicursos e palestras, os alunos participaram de outra atividade: os grupos focais de pesquisa. Os estudantes foram divididos em grupos interdisciplinares de oito ou nove pessoas, que deveriam apresentar, no fim da semana, um projeto de pesquisa completo. O resultado deveria ser apresentado em 10 minutos e os próprios alunos foram encarregados de eleger os melhores trabalhos.

“Cada grupo deveria desenvolver todo o projeto, desde a escolha do tema até a redação e a apresentação, incluindo a proposta de um cronograma de trabalho e uma previsão de custos”, disse Galante.

“A ideia é que os alunos de diversas áreas fizessem um exercício de integração multidisciplinar e ao mesmo tempo tivessem um treinamento em redação, apresentação e julgamento de um projeto de pesquisa – que é algo que eles deverão fazer durante toda a sua vida profissional”, disse.

Os três primeiros colocados no concurso terão seus projetos transformados em artigos científicos que serão publicados na revista Astrobiology. Os palestrantes, por sua vez, deverão transformar suas apresentações em artigos científicos que irão compor uma edição especial do International Journal of Astrobiology.

“Durante a escola também tivemos apresentações de pôsteres. Os alunos tiveram a oportunidade de ver seus trabalhos comentados e avaliados por alguns dos principais pesquisadores da área”, relatou Galante.

O evento contou também com uma visita ao Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS), em Campinas (SP). Segundo Galante, os palestrantes se impressionaram com as instalações do acelerador de partículas e vários participantes se interessaram por fazer ali seus pós-doutorados.

A programação contou ainda com uma palestra sobre o futuro do programa espacial brasileiro, apresentada por Thyrso Villela, pesquisador da Divisão de Astrofísica do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe) e diretor de Satélites, Aplicações e Desenvolvimento da Agência Espacial Brasileira (AEB).

Os participantes fizeram também uma visita ao Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira (Petar), no sul do Estado de São Paulo, onde foram apresentadas palestras sobre a vida e a geologia das cavernas do local, segundo Galante. “A previsão é que façamos uma nova escola dentre de dois anos”, disse.

Mais informações: www.astro.iag.usp.br

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UMA INQUIETAÇÃO DESTE BLOGGER:

Quando a questão é definir o que é vida - especialmente no que diz respeito à posição de determinados cientistas favorecendo o aborto (em quaisquer circunstâncias) - a resposta dada é que os cientistas AINDA NÃO SABEM DEFINIR O QUE É VIDA.



Por favor, alguém me belisque - quer dizer então que a Biologia é a ciência que pesquisa AQUILO QUE NÃO SABEMOS DEFINIR? Ora, se a Biologia é isso, e estamos fazendo esta ciência há pelo menos 150 anos, e não sabemos definir o seu OBJETO DE PESQUISA, o que dizer então da astrobiologia? Uma ciência que NÃO TEM OBJETO DE PESQUISA?


Pereça tal pensamento. Pano rápido. Fechem as cortinas... 

Qual o papel do RNA na origem e evolução da vida? NÃO SABEMOS!!!

quarta-feira, janeiro 04, 2012

Setting the Stage: The History,Chemistry, and Geobiology behind RNA 

Steven A. Benner, Hyo-Joong Kim and Zunyi Yang

Author Affiliations

Foundation for Applied Molecular Evolution, Gainesville, Florida 32601

Correspondence: sbenner@ffame.org


Abstract

No community-accepted scientific methods are available today to guide studies on what role RNA played in the origin and early evolution of life on Earth. Further, a definition-theory for life is needed to develop hypotheses relating to the “RNA First” model for the origin of life. Four approaches are currently at various stages of development of such a definition-theory to guide these studies. These are (a) paleogenetics, in which inferences about the structure of past life are drawn from the structure of present life; (b) prebiotic chemistry, in which hypotheses with experimental support are sought that get RNA from organic and inorganic species possibly present on early Earth; (c) exploration, hoping to encounter life independent of terran life, which might contain RNA; and (d) synthetic biology, in which laboratories attempt to reproduce biological behavior with unnatural chemical systems.

Copyright © 2012 Cold Spring Harbor Laboratory Press; all rights reserved.

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NOTA DESTE BLOGGER:

O Mysterium tremendum continua Mysterium tremendum!!! Em que pese décadas de pesquisas, no que diz respeito à origem e evolução da vida, seja de um mundo DNA ou mundo RNA, a ciência está em completa ignorância!


La crisis latente del Darwinismo/A crise latente do darwinismo

terça-feira, janeiro 03, 2012

Asclepio, Vol 58, No 1 (2006):43-94 

La crisis latente del Darwinismo

Maurício Abdalla

Resumen

El presente artículo analiza el paradigma darwinista en las ciencias biológicas a partir de la pregunta sobre su capacidad de explicar satisfactoriamente los nuevos datos obtenidos de la bioquímica, la microbiología y la genética. El objetivo general del análisis es contribuir con una discusión acerca del estado de las teorías científicas y el objetivo específico es reflexionar sobre una posible crisis del paradigma darwinista, lo que corroboraría la concepción de las teorías científicas como algo históricamente transitorio y no como descubrimientos definitivos.

Palabras clave

Darwinismo; selección natural; evolución; teoría sintética; endosimbiosis;Michael Behe; Lynn Margulis; Máximo Sandín

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A explosão Cambriana 'detonou' a teoria da evolução de Darwin, mas a Nomenklatura científica não quer que você saiba!!!

Raman spectra of a Lower Cambrian ctenophore embryo from southwestern Shaanxi, China

Jun-Yuan Chen * , † , J. William Schopf , , § , , David J. Bottjer **Chen-Yu Zhang *Anatoliy B. Kudryavtsev § , Abhishek B. Tripathi , § Xiu-Qiang Wang *Yong-Hua Yang *Xiang Gao *, and Ying Yang *

Author Affiliations

*Nanjing Institute of Geology and Palaeontology, Institute of Evo/Developmental Biology, and State Key Laboratory of Pharmaceutical Biotechnology, Nanjing University, Nanjing 210093, China;
‡Department of Earth and Space Sciences,
§Center for the Study of Evolution and the Origin of Life (Institute of Geophysics and Planetary Physics),
¶Molecular Biology Institute, and
‖National Aeronautics and Space Administration Astrobiology Institute, University of California, Los Angeles, CA 90095; and
**Department of Earth Sciences, University of Southern California, Los Angeles, CA 90089

Contributed by J. William Schopf, February 22, 2007 (received for review December 9, 2006)



Abstract

The Early Cambrian (≈540 million years old) Meishucun fossil assemblage of Ningqiang County (Shaanxi Province), China, contains the oldest complex skeletonized organisms known in the geological record. We here report the finding in this assemblage of an exquisitely preserved late-stage embryo of a ctenophore (“comb jelly”), its fine structure documented by confocal laser scanning microscopy and shown by Raman spectroscopy to be composed of carbonaceous kerogen permineralized in apatite. In its spheroidal morphology, the presence of eight comb rows and the absence of tentacles, this embryo resembles an adult ctenophore (Maotianoascus octonarius) known from the immediately younger Chengjiang fauna of Yunnan, China. The oldest ctenophore and the only embryonic comb jelly known from the fossil record, this exceptionally well preserved specimen provides important clues about the early evolution of the phylum Ctenophora and of metazoans in general.

comb jelly, confocal laser scanning microscopy, Meishucun fossil assemblage, Ningqiang fossil fauna

Footnotes

†To whom correspondence may be addressed. E-mail: chenjy@nju.edu.cn or schopf@ess.ucla.edu

Author contributions: J.-Y.C., J.W.S., and D.J.B. designed research; J.-Y.C., J.W.S., D.J.B., C.-Y.Z., A.B.K., A.B.T., X.-Q.W., Y.-H.Y., X.G., and Y.Y. performed research; J.W.S. contributed new reagents/analytic tools; J.-Y.C., J.W.S., D.J.B., A.B.K., and A.B.T. analyzed data; and J.-Y.C., J.W.S., and D.J.B. wrote the paper.

The authors declare no conflict of interest.

This article contains supporting information online at www.pnas.org/cgi/content/full/0701246104/DC1.

Abbreviation:CLSM,confocal laser scanning microscopy.

Freely available online through the PNAS open access option.
© 2007 by The National Academy of Sciences of the USA

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NOTA CAUSTICANTE DESTE BLOGGER:

Desde o tempo de Darwin - ele mesmo reconheceu isso no Origem das Espécies - a EXPLOSÃO CAMBRIANA era um entrave terrível para a corroboração das especulações transformistas de Darwin no contexto de justificação teórica.

De 1859 até hoje - 2012, nada mudou, e só fez piorar cada vez mais, pois a explosão Cambriana - o Big Bang da vida - ocorreu numa pequena janela geológica de uns 10 milhões de anos. Tempo insuficiente para explicar a informação genética necessária para o surgimento desses filos completamente funcionais e sem elos transicionais.

A explosão Cambriana, assunto importante da Biologia evolucionária, quando aparece em alguns livros didáticos de Biologia do ensino médio, todos aprovados pelo MEC/SEMTEC/PNLEM, aparece como nota de rodapé.

Os alunos não são informados sobre as dificuldades que a explosão Cambriana trás para a confirmação das especulações transformistas de Darwin. O nome disso é desonestidade acadêmica, 171 epistêmico.

Ainda estou por ver um autor de livro didático, HONESTO e CORAJOSO para abordar esta questão. Adianto, NÃO EXISTE, pois para fazer isso é PRECISO TER COJONES para enfrentar a Nomenklatura científica. E isso, nenhum deles tem.

Por que não têm? Porque eu denuncio esta desonestidade acadêmica há mais de uma década, e nenhum deles me processa por danos morais e materiais. Por que não me processam? Porque sabem que Darwin vai junto comigo para o banco dos réus. Simples assim...

NOTA DESTE BLOGGER PARA OS ESTUDANTES:

Coloquem seus professores de Biologia contra a parede e perguntem por que eles não ensinam sobre a Explosão Cambriana e o que isso significa para a corroboração das especulações transformistas de Darwin no contexto de justificação teórica.

Perguntem também se existem mais dificuldades teóricas fundamentais que os atuais mandarins da Nomenklatura científica não querem que vocês saibam. OCCUPY DARWIN NOW!!!

Ideias tem consequências: De Darwin a Hitler

segunda-feira, janeiro 02, 2012



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Duration/Duração: 58:05

Mary Midgley 'falou e disse': a evolução é uma 'metáfora egoísta'


A ‘metáfora egoísta’ 

“O problema com as metáforas é que elas não somente espelham crenças científicas, elas também as modelam. Nossa figura de retórica não é apenas pintura de superfície, ela expressa, promove e fortalece as nossas interpretações preferidas. Geralmente ela também carrega um preconceito inconsciente da era que nós vivemos – e isso pode ser complicado de se livrar não importa quão falho seja.... A evolução tem sido o exemplo mais gritante do uso impensado de metáfora ao longo desses últimos 30 anos"...— Mary Midgley, “The selfish metaphor,” New Scientist, 1/31/2011

Mary Midgley

"The trouble with metaphors is that they don’t just mirror scientific beliefs, they also shape them. Our imagery is never just surface paint, it expresses, advertises and strengthens our preferred interpretations. It also usually carries unconscious bias from the age we live in – and this can be tricky to ditch no matter how faulty.... Evolution has been the most glaring example of the thoughtless use of metaphor over the past 30 years...— Mary Midgley, “The selfish metaphor,” New Scientist, 1/31/2011.

Coluna da ombudsman da Folha de São Paulo: A síndrome do "ninguém jamais deu isso"

domingo, janeiro 01, 2012

OMBUDSMAN 

SUZAN STINGER


A síndrome do "ninguém jamais deu isso" 


Folha nada noticia sobre o status epistêmico da teoria da evolução de Darwin, porque “a informação não foi publicada pela Grande Mídia há mais de uma década” 

"Ninguém jamais deu isso." Quem trabalha na chefia da Redação de ciência da Folha de São Paulo ouve essa frase centenas de vezes. É a resposta clássica dada por quem é cobrado por algum furo (informação publicada na concorrência). 

Nas reuniões de pauta, acontece mais ou menos assim: 

Chefia: Por que não publicamos uma crítica da teoria da evolução de Darwin no contexto de justificação teórica? 

Editor: Ninguém jamais deu isso. 

Chefia: Não? 

Editor: Esta informação não foi publicada pela Grande Mídia há mais de uma década, apesar desta editoria de Ciência da Folha de São Paulo ter conhecimento. 

ou 

Chefia: Por que blogs na internet trazem que a teoria da evolução de Darwin não resiste ao rigor do contexto de justificação teórica? E que ele pode cair. 

Editor: Ninguém jamais deu isso. 

Chefia: Verdade. Não me lembro de alguém ter dado... 

Editor: Sai apenas nesses blogs há mais de uma década, e no início do século 21. Mando links desses blogs para você. Adianto este aqui, Desafiando a Nomenklatura Científica, que é o mais ousado contra a Nomenklatura científica e como a Grande Mídia se relaciona com dela.

Os diálogos não são pura ficção. As Redações funcionam, especialmente a de ciência, em alguns momentos, como espaçonaves em órbita, com lógica própria, descoladas da realidade, e em relação incestuosa com a Nomenklatura científica. 

O que adianta publicar, depois desses blogs, a crítica de uma teoria científica nos seus estertores epistêmicos, e não dizer nada que uma nova teoria da evolução – a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, que não será selecionista e deve incorporar alguns aspectos lamarckista, será anunciada pela Nomenklatura científica somente em 2020?

Quem se lembra da trigésima denúncia de dificuldades fundamentais da teoria, a não ser quando Darwin está sob fogo cerrado? 

A síndrome do “ninguém jamais deu isso” baixou na Folha há mais de um década. O jornal nunca noticiou uma linha sequer sobre a previsão de que uma iminente e eminente mudança paradigmática em biologia evolucionária está para acontecer. A única reportagem feita, “Visões extremas da evolução” falava mais da robustez do darwinismo e tocou en passant sobre a teoria do Design Inteligente, sem nenhum quadro crítico do que é reportado nas publicações científicas. 

A justificativa: “ninguém jamais deu isso”. De fato, nem Folha e nem outro veículo da Grande Mídia publicou artigos desses cientistas que apontavam a possibilidade do surgimento de uma nova teoria geral da evolução. Esses artigos, contudo, são do conhecimento das redações de ciência, porque eles são anunciados nos press releases e facilmente encontrados numa busca no Google – mas somente esses blogs na internet é que dão essa informação. 

Na hora do "buzz", não faz sentido se calar e apostar que as pessoas vão lembrar-se de uma notícia dada há mais de uma década atrás. O leitor da Folha não vive em uma bolha alimentado apenas pelas suas páginas. Ele vê TV, navega na rede e, nos casos importantes, espera que o impresso analise e contextualize o fato. 

A Redação da Folha não vê erro de avaliação no caso de não ter noticiado sobre a falência epistêmica da teoria da evolução de Darwin através da seleção natural e n mecanismos evolucionários, falência essa demonstrada pelo contexto de justificação teórica. "A notícia é muito velha, pois Stephen Jay Gould já tinha publicado algo em 1980". 

A Redação realçou que os artigos críticos desses blogs só ganhou destaque “por causa da profusão de artigos científicos contestando algum aspecto da teoria de Darwin", contudo, elas são as chamadas de “ninharias midiatizadas” na “leseira noticiosa de finais de século”. 

Pode até ser, mas a Redação dedicou apenas uma reportagem especial, explicando ao leitor a relevância de a teoria da evolução ser a única teoria que explica a origem e evolução da complexidade e diversidade das formas biológicas. Não fez o que se espera do jornal, que ignorou o assunto sobre a falência epistêmica da teoria da evolução de Darwin, porque, afinal, “ninguém jamais deu isso”.

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Postagem real baseada em artigo A síndrome do 'já demos isso', da ombudsman Suzana Singer, da Folha de São Paulo, 01/01/2012.

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Alguns links ainda serão postados neste artigo.

A vida é especial???

Life 2012, 2(1), 106-134
doi:10.3390/life2010106

Review

Is Life Unique?

David L. Abel 

Department of ProtoBioCybernetics and ProtoBioSemiotics, Origin of Life Science Foundation, Inc., 113-120 Hedgewood Drive, Greenbelt, MD 20770, USA

Received: 17 November 2011; in revised form: 16 December 2011 / Accepted: 19 December 2011 / Published: 30 December 2011

Abstract

Is life physicochemically unique? No. Is life unique? Yes. Life manifests innumerable formalisms that cannot be generated or explained by physicodynamics alone. Life pursues thousands of biofunctional goals, not the least of which is staying alive. Neither physicodynamics, nor evolution, pursue goals. Life is largely directed by linear digital programming and by the Prescriptive Information (PI) instantiated particularly into physicodynamically indeterminate nucleotide sequencing. Epigenomic controls only compound the sophistication of these formalisms. Life employs representationalism through the use of symbol systems. Life manifests autonomy, homeostasis far from equilibrium in the harshest of environments, positive and negative feedback mechanisms, prevention and correction of its own errors, and organization of its components into Sustained Functional Systems (SFS). Chance and necessity—heat agitation and the cause-and-effect determinism of nature’s orderliness—cannot spawn formalisms such as mathematics, language, symbol systems, coding, decoding, logic, organization (not to be confused with mere self-ordering), integration of circuits, computational success, and the pursuit of functionality. All of these characteristics of life are formal, not physical.

Keywords: formalism; prescriptive information (PI); sustained functional systems (SFS); functional sequence complexity (FSC); the law of organizational and cybernetic decline (The OCD Law); the formalism > physicality (F > P) principle; choice-contingent causation and control (CCCC); the cybernetic cut; the configurable switch (CS) bridge; the organization (O) principle

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Diversidade de "cabeça primeiro" mostra a unidade da evolução dos vertebrados

'Head-First' Diversity Shown to Drive Vertebrate Evolution

ScienceDaily (Dec. 21, 2011) — The history of evolution is periodically marked by explosions in biodiversity, as groups of species try out a wide range of shapes and sizes. With a new analysis of two such adaptive radiations in the fossil record, researchers have discovered that these diversifications proceeded head-first.


Fossil fish. A new study of fish fossil records near extinction events contradicts previous models. (Credit: © psamtik / Fotolia)

By analyzing the physical features of fossil fish that diversified around the time of two separate extinction events, scientists from the University of Chicago and the University of Oxford found that head features diversified before body shapes and types. The discovery disputes previous models of adaptive radiations and suggests that feeding-related evolutionary pressures are the initial drivers of diversification.

"It seems like resources, feeding and diet are the most important factors at the initial stage," said lead author Lauren Sallan, graduate student in the Department of Organismal Biology and Anatomy at the University of Chicago. "Strange heads show up first -- crushing jaws, animals with big teeth, with long jaws -- but they're all pretty much attached to the same body."

Adaptive radiations underlie the evolution of dominant and diverse groups. After a major disruption, such as an extinction event, surviving species diversify into a myriad variety of forms. Modern examples of this diversity are the fish family of cichlids, with more than 1,000 documented species, or "Darwin's finches" of the Galapagos Islands, which exhibit many different beak types.

Evolutionary biologists have used these living species to propose at least two models of how adaptive radiations work. One model proposes a single "burst" of divergence followed by a long period of relative stability. Another, sometimes known as the "general vertebrate model," introduced the idea of staged divergences, with habitat-driven changes in body type preceding diversification of head types.
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Read more here/Leia mais aqui: Science Daily

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Heads or tails: staged diversification in vertebrate evolutionary radiations

Lauren Cole Sallan1,* and Matt Friedman2

Author Affiliations

1Department of Organismal Biology and Anatomy, University of Chicago, Chicago, IL 60637, USA
2Department of Earth Sciences, University of Oxford, South Parks Road, Oxford OX1 3AN, UK

*Author for correspondence (laurensallan@gmail.com).

Abstract

Adaptive radiations, bouts of morphological divergence coupled with taxonomic proliferation, underpin biodiversity. The most widespread model of radiations assumes a single round, or ‘early burst’, of elevated phenotypic divergence followed by a decline in rates of change or even stasis. A vertebrate-specific model proposes separate stages: initial divergence in postcranial traits related to habitat use, followed by diversification in cranial morphology linked to trophic demands. However, there is little empirical evidence for either hypothesis. Here, we show that, contrary to both models, separate large-scale radiations of actinopterygian fishes proceeded through distinct cranial and later postcranial stages of morphological diversification. Early actinopterygians and acanthomorph teleosts dispersed in cranial morphospace immediately following the end-Devonian extinction and the Cretaceous origin of the acanthomorph clade, respectively. Significant increases in postcranial morphological variation do not occur until one interval after cranial diversification commenced. Therefore, our results question the universality of the ‘general vertebrate model’. Based on the results of model-fitting exercises and application of the divergence order test, we find little evidence that the early onset of cranial diversification in these two radiations is due to elevated rates of cranial change relative to postcranial change early in their evolutionary histories. Instead, postcranial and cranial patterns are best fit by an Ornstein–Uhlenbeck model, which is characterized by constant evolutionary rates coupled with a strong central tendency. Other groups have been reported to show early saturation of cranial morphospace or tropic roles early in their histories, but it is unclear whether these patterns are attributable to dynamics similar to those inferred for our two model radiations.

Actinopterygii, ecomorphology, cladogenesis, biodiversity, disparity, mass extinction

Received November 22, 2011.
Accepted December 1, 2011.

This journal is © 2011 The Royal Society

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