Herança suave (Lamarck) desafiando a Síntese Moderna

terça-feira, julho 31, 2012

Genetics and Molecular Biology, 31, 2, 389-395 (2008)

Copyright © 2008, Sociedade Brasileira de Genética

Soft inheritance: Challenging the Modern Synthesis


Eva Jablonka and Marion J. Lamb 2


The Cohn Institute for the History and Philosophy of Science and Ideas, Tel-Aviv University, Tel-Aviv, Israel.


11 Fernwood, Clarence Road, London, United Kingdom

Abstract

This paper presents some of the recent challenges to the Modern Synthesis of evolutionary theory, which has dominated evolutionary thinking for the last sixty years. The focus of the paper is the challenge of soft inheritance - the idea that variations that arise during development can be inherited. There is ample evidence showing that phenotypic variations that are independent of variations in DNA sequence, and targeted DNA changes that are guided by epigenetic control systems, are important sources of hereditary variation, and hence can contribute to evolutionary changes. Furthermore, under certain conditions, the mechanisms underlying epigenetic inheritance can also lead to saltational changes that reorganize the epigenome. These discoveries are clearly incompatible with the tenets of the Modern Synthesis, which denied any significant role for Lamarckian and saltational processes. In view of the data that support soft inheritance, as well as other challenges to the Modern Synthesis, it is concluded that that synthesis no longer offers a satisfactory theoretical framework for evolutionary biology.  

Key words: epigenetic inheritance, hereditary variation, Lamarckism, macroevolution, microevolution.

Received: March 18, 2008; Accepted: March 19, 2008


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NOTA DESTE BLOGGER: 

A SBG - Sociedade Brasileira de Genética, que publicou recentemente o Manifesto - Ciência e Criacionismo, uma verdadeira "estudantanda", também publicou este artigo sobre a falência heurística da Síntese Evolutiva Moderna! 

Traduzindo em miúdos - Darwin kaput no contexto de justificação teórica.

Observação de uma nova partícula na busca pelo Higgs Bóson do Modelo Padrão com o Detector ATLAS no LHC


Observation of a New Particle in the Search for the Standard Model Higgs Boson with the ATLAS Detector at the LHC

The ATLAS Collaboration



This paper is dedicated to the memory of our ATLAS colleagues who did not live to see the full impact and significance of their contributions to the experiment.

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The latest article/O artigo mais recente

Eloi S. Garcia 'falou e disse': a ciência é mais perguntas do que respostas!!!

JC e-mail 4550, de 30 de Julho de 2012.


Eloi S. Garcia é pesquisador da Fiocruz e do Inmetro, e membro da Academia Brasileira de Ciências. Artigo enviado ao JC Email pelo autor.

A ciência e tecnologia têm enfrentado, muitas vezes, a incompreensão e desconfiança da população, sobretudo devido ao financiamento dessas atividades relacionadas ao conhecimento e que é fundamental para o desenvolvimento social. Muitas das vezes os descobrimentos científicos demoram a ter impacto social visível e ser notados pela população, por não saber quando eles serão relevantes no futuro.

A sociedade almeja mais o futuro do que se acredita. Nos próximos 50 anos a expectativa de vida de um cidadão será muito maior do que hoje e isto se deverá ao aumento do conhecimento científico básico, que tem um impacto enorme na vida, bem como na luta contra a ignorância e a favor da educação.

A ciência e tecnologia é uma forma de conhecer a realidade da vida. Nelas se encontram a arte, na busca da beleza oculta da natureza, e o conhecimento objetivo, inteligente, que é totalmente imprescindível para a humanidade.


[NOTA DESTE BLOGGER 1: O Eloi S. Garcia, um membro da Academia Brasileira de Ciências, afirma que a ciência é uma forma de conhecer a realidade da vida! Existem outras formas de conhecer a realidade? Será que a Nomenklatura científica vai emitir um Manifesto, vai enviar uma carta ao Presidente da Academia Brasileira de Ciências deplorando esta afirmação subjetiva de Eloi S. Garcia sobre a realidade de a ciência ser apenas uma forma de conhecer a realidade? Quais são as outras? Ele não elaborou... Ciência? Não existe ciência! Existem ciências! Método científico? Não existe método científico. Existem métodos científicos, pois cada ciência tem seus métodos de inquirição peculiares! Acho que o Eloi anda lendo os teóricos do Design Inteligente...]

É muito triste não ver a beleza da ciência, não compreender a natureza, pois ciência mais que as respostas são as perguntas realizadas.

[NOTA DO BLOGGER 2: Será que o Francisco Salzano, Sergio Danilo Junho Pena et al vão escrever uma carta ao Presidente da Academia Brasileira de Ciências contra a afirmação do Eloi S. Garcia de a ciência ter limites heurísticos assim como fizeram com o Prof. Dr. Marcos Nogueira Eberlin, Unicamp???]

A população deve ver na educação e na ciência recursos enormes de imaginação, curiosidade e espírito crítico, fontes de novas ideias, visões e formas de resolver os problemas, analisar situações do dia a dia. 

[NOTA DO BLOGGER 3: Será que a Sociedade Brasileira de Genética vai escrever outro Manifesto (chamei aqui de "estudantada") porque o Eloi S. Garcia afirmou que a imaginação, curiosidade e espírito crítico são fontes de novas ideias científicas? Quer ideia científica mais revolucionária do que sinais de inteligência são detectados na natureza? Por que proibir sua investigação??? É por que vai revelar a falência fragorosa dos atuais paradigmas defendidos com unhas e dentes pela Nomenklatura científica???]

Mas é necessário que cada vez mais os pesquisadores e cientistas revelem a relação entre o que fazem no laboratório e os benefícios futuros que serão aproveitados pela população.

O cientista deve se aproximar mais da sociedade que o financia e paga seu salário. É importante demonstrar a importância de atividade científica para bem-estar, desenvolvimento e riqueza de um país.

* A equipe do Jornal da Ciência esclarece que o conteúdo e opiniões expressas nos artigos assinados são de responsabilidade do autor e não refletem necessariamente a opinião do jornal.

Animação de pouso da sonda espacial de Marte

segunda-feira, julho 30, 2012

Craig Venter nega a hipótese de ancestralidade comum e deixa Richard Dawkins incrédulo com a posição dele

domingo, julho 29, 2012



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The Great Debate: What's life? Feb. 12, 2011 42 minutes


NOTA DESTE BLOGGER:


A partir de 09:00:00 Veja a negação de Craig Venter sobre a existência de uma Árvore da Vida - "There's no tree of life" [Não existe uma árvore da vida], e a reação de incredulidade de Richard Dawkins com este questionamento!!! Aos 11:00 houve uns estalos estranhos quando Dawkins vai rebater Venter!!! Não existe apenas um código genético!!! Demais, Venter!!!


Alô Francisco Salzano, Sergio Danilo Junho Pena et al, vocês vão escrever uma carta para quem agora??? Alô Sociedade Brasileira de Genética, vocês vão escrever um manifesto contra o Venter? 


Fui, nem sei por que, feliz da vida e rindo dessa "estudantada" toda pelos nossos maiores luminares científicos que, alguns em fim de vida, poderiam ficar sem ter passado por esse papel juvenil! Ciência, senhores, se faz com evidências, e elas não estão corroborando as especulações transformistas de Darwin no contexto de justificação teórica, e isso é mantido mais pela camisa-de-força imposta sobre os cientistas para que não contrariem Darwin, o homem que teve a maior ideia que toda a humanidade já teve.

Será que foi realmente a maior ideia que toda a humanidade já teve, ou a ideia de Darwin não é assim uma Brastemp no contexto de justificação teórica???

A pré-história genética do sul da África

The genetic prehistory of southern Africa

Joseph K. Pickrell, Nick Patterson, Chiara Barbieri, Falko Berthold, Linda Gerlach, Mark Lipson, Po-Ru Loh, Tom Güldemann, Blesswell Kure, Sununguko Wata Mpoloka, Hirosi Nakagawa, Christfried Naumann, Joanna L. Mountain, Carlos D. Bustamante, Bonnie Berger, Brenna M. Henn, Mark Stoneking, David Reich, Brigitte Pakendorf

(Submitted on 23 Jul 2012)

The hunter-gatherer populations of southern and eastern Africa are known to harbor some of the most ancient human lineages, but their historical relationships are poorly understood. We report data from 22 populations analyzed at over half a million single nucleotide polymorphisms (SNPs), using a genome-wide array designed for studies of history. The southern Africans-here called Khoisan- fall into two groups, loosely corresponding to the northwestern and southeastern Kalahari, which we show separated within the last 30,000 years. All individuals derive at least a few percent of their genomes from admixture with non-Khoisan populations that began 1,200 years ago. In addition, the Hadza, an east African hunter-gatherer population that speaks a language with click consonants, derive about a quarter of their ancestry from admixture with a population related to the Khoisan, implying an ancient genetic link between southern and eastern Africa.

Comments: 58 pages, 25 figures

Subjects: Populations and Evolution (q-bio.PE)

Cite as: arXiv:1207.5552v1 [q-bio.PE]

Submission history

From: Joseph Pickrell [view email] 

[v1] Mon, 23 Jul 2012 22:35:16 GMT (1539kb,D)

Dados genéticos e evidências fósseis contam estórias diferentes sobre as origens humanas

quinta-feira, julho 26, 2012

Genetic Data and Fossil Evidence Tell Differing Tales of Human Origins

By NICHOLAS WADE

Published: July 26, 2012

After decades of digging, paleoanthropologists looking for fossilized human bones have established a reasonably clear picture: Modern humans arose in Africa some 200,000 years ago and all archaic species of humans then disappeared, surviving only outside Africa, as did the Neanderthals in Europe. Geneticists studying DNA now say that, to the contrary, a previously unknown archaic species of human, a cousin of the Neanderthals, may have lingered in Africa until perhaps 25,000 years ago, coexisting with the modern humans and on occasion interbreeding with them.

The geneticists reached this conclusion, reported on Thursday in the journal Cell, after decoding the entire genome of three isolated hunter-gatherer peoples in Africa, hoping to cast light on the origins of modern human evolution. But the finding is regarded skeptically by some paleoanthropologists because of the absence in the fossil record of anything that would support the geneticists’ statistical calculations.

Two of the hunter-gatherers in the study, the Hadza and Sandawe of Tanzania, speak click languages and carry ancient DNA lineages that trace to the earliest branchings of the human family tree. The third group is that of the forest-dwelling pygmies of Cameroon, who also have ancient lineages and unusual blood types.

The geneticists, led by Joseph Lachance and Sarah A. Tishkoff of the University of Pennsylvania, decoded the entire genomes of five men from each of these groups. The costs of whole-genome sequencing have fallen so much that the technique can now be applied to populations for the first time, said Dr. Tishkoff, who paid the company Complete Genomics around $10,000 for each of the 15 genomes.

Among the DNA sequences special to pygmies, Dr. Tishkoff and colleagues found a variant of the usual gene that controls development of the pituitary gland, the source of the hormones that control reproduction and growth. This could be the cause of the pygmies’ short stature and early age of reproduction, the researchers say.

The genomes of the pygmies and the Hadza and Sandawe click-speakers contained many short stretches of DNA with highly unusual sequences. Through mutation, the genomes of species that once had a common ancestor grow increasingly unlike one another. Dr. Tishkoff’s team interprets these divergent DNA sequences as genetic remnants of an interbreeding with an archaic species of human. Genetic calculations suggest the interbreeding took place between 20,000 and 80,000 years ago.
...

Read more here/Leia mais aqui: The New York Times

See video/Veja vídeo: 
http://nyti.ms/O2aSFy

Acetilação de proteína bacteriana: o surgimento de uma nova era científica: complexidade em cima de complexidade que Darwin não explica!!!

Bacterial protein acetylation: the dawning of a new age

Linda I. Hu, Bruno P. Lima, Alan J. Wolfe*

Article first published online: 12 MAY 2010

DOI: 10.1111/j.1365-2958.2010.07204.x

Molecular Microbiology

Summary

Protein acetylation has historically been considered a predominantly eukaryotic phenomenon. Recent evidence, however, supports the hypothesis that acetylation broadly impacts bacterial physiology. To explore more rapidly the impact of protein acetylation in bacteria, microbiologists can benefit from the strong foundation established by investigators of protein acetylation in eukaryotes. To help advance this learning process, we will summarize the current understanding of protein acetylation in eukaryotes, discuss the emerging link between acetylation and metabolism and highlight the best-studied examples of protein acetylation in bacteria.

Volume 77, Issue 1, pages 15–21, July 2010

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CONCLUSION/CONCLUSÃO:

"Bacteria have long been considered simple relatives of eukaryotes. Obviously, this misperception must be modified. From the presence of a cytoskeleton to the packaging of DNA to the existence of multiple post-translational modifications, bacteria clearly implement highly sophisticated mechanisms to regulate diverse cellular processes precisely."

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NOTA DESTE BLOGGER:

Querer explicar a diversidade e complexidade das formas biológicas através do mero acaso, fortuita necessidade, mutações filtradas pela seleção natural e n mecanismos evolucionários darwinianos precisa de uma dose maior de ceticismo salutar e a sujeição científica do que o contexto de justificação teórica diz.

A literatura especializada aponta para continuidades e rupturas no paradigma evolucionário darwinista. Vem aí, gente, uma nova teoria geral da evolução - a SÍNTESE EVOLUTIVA AMPLIADA, que não será e nem pode ser, selecionista, e deve incorporar aspectos teóricos lamarckistas. Enquanto ela não vem - será anunciada pela Nomenklatura científica somente em 2020, os que praticam ciência normal estão fazendo biologia evolucionária como? Búzios? Tarô? Bola de cristal???

Fui, feliz da vida, porque a própria ciência está desnudando Darwin. Reajam! Não com cartas e manifestos, mas como homens de ciência, sigam as evidências encontradas na natureza aonde elas forem dar!!!

Nobel de Química relata saga para o reconhecimento dos quasicristais

Nobel de Química relata saga para o reconhecimento dos quasicristais

26/07/2012

Elton Alisson, de São Luís (MA)

Agência FAPESP – Uma das mais importantes descobertas na química nas últimas décadas – com aplicações nas mais diversas áreas, como a de engenharia de materiais – enfrentou o ceticismo de boa parte da comunidade científica até ser aceita após mais de uma década. Aceitação que culminou com o prêmio Nobel.


Descoberta de cristais inusitados, em 1982, enfrentou o ceticismo da comunidade científica até ser aceita após mais de uma década, contou o israelense Daniel Shechtman em conferência na 64ª Reunião Anual da SBPC (foto:E.Alisson)

A saga do reconhecimento e afirmação dos quasicristais – formas estruturais ordenadas, como os cristais, mas em padrões que não se repetem – foi relatada por Daniel Shechtman, pesquisador do Instituto de Tecnologia de Israel (Technion) e ganhador do Nobel de Química em 2011 pela descoberta, em conferência na 64ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC), em São Luís (MA).

Em abril de 1982, enquanto examinava uma liga de alumínio e manganês em um microscópio de transmissão eletrônica, Shechtman deparou com uma imagem que contradizia as leis da natureza.

[Nota do blogger 1: o conceito de ciência demarcacionista naturalista - somente as leis da natureza físico-químicas explicarem a realidade - foi violado aqui.

QED: O atual conceito de ciência, especialmente em ciências duras - não é o caso da biologia que só tem princípios, precisa ser revisto, pois, justamente em biologia, uma ciência fraca, a metodologia naturalista é aplicada e defendida com unhas e dentes!!!

A complexidade irredutível de sistemas biológicos e a informação complexa especificada também são fenômenos físico-químicos que contradizem, não as leis da natureza, mas o ethos filosófico materialista da maioria dos biólogos.] 

Até então, acreditava-se que em toda matéria sólida os átomos se agrupavam dentro de cristais em padrões simétricos repetidos de forma periódica e constante e que essa repetição era fundamental para se obter um cristal, como um diamante.

Porém, a imagem observada por Shechtman mostrava que os átomos em um cristal poderiam ser agrupados em um padrão que simplesmente não se repetiria jamais.

Ao discutir a descoberta com colegas no laboratório, as reações variaram do encorajamento para publicar os resultados à rejeição total da ideia. “O chefe do laboratório em que eu trabalhava colocou um livro sobre difração na minha mesa e disse que eu devia lê-lo, porque o que eu dizia ia contra tudo o que já tinha sido publicado. Segundo ele, o que eu estava propondo simplesmente não existia. Tempos depois, fui convidado por meu chefe a deixar o grupo, o que acabei fazendo”, contou.

[Nota do blogger 2: aqui fica patente uma das formas destacada por Dale Sullivan no artigo Keeping the rhetoric orthodox: Forum control in Science sobre o controle de fórum - a observância da ortodoxia em ciência através de atos retóricos não públicos e público, neste caso aqui a ridicularização de Shechtman - é ignorante e precisa aprender, e o negar o fórum ao impedir sua participação em grupos científicos de pesquisas.

Nós teóricos e proponentes da teoria do Design Inteligente sabemos muito bem o que o controle de fórum há mais de uma década].

O primeiro artigo submetido em 1983 por Shechtman a um periódico da área de química, descrevendo a descoberta, foi rejeitado pelos pareceristas.  

[Nota do blogger 3: Sullivan chama a revisão por pares de ato retórico não público de negar o fórum. Aqui minha opinião: muitas vezes os pareceristas funcionam como guarda-cancelas protetores dos paradigmas consensuais da Academia impedindo a livre circulação de ideias, hipóteses e teorias científicas, e impedindo o avanço da ciência. Lembram do DNA lixo? Em 1998, teóricos do Design Inteligente afirmavam que eles teriam funcionalidade dentro do genoma. Não fomos ouvidos, e o paradigma evolutivo que descrevia o DNA lixo como resquício evolucionário, impediu o avanço da ciência por uma década.]

Esses sugeriram que os resultados da pesquisa fossem publicados em uma revista de metalurgia, o que acabou sendo feito por Shechtman e seus colaboradores.

Em 1984, uma versão resumida do primeiro artigo original sobre os quasicristais foi submetida e aceita pela prestigiosa Physical Review Letters, o que contribuiu para a maior aceitação da descoberta.

Entretanto, mesmo com essa publicação, a rejeição aos quasicristais não acabou. “A partir da publicação do artigo, comecei a receber diversas ligações de cientistas de diferentes áreas comunicando que estavam descobrindo outros quasicristais, mas parte da comunidade científica ainda não havia se convencido da importância da descoberta”, relembrou.

De acordo com Shechtman, um dos cientistas que mais duvidaram e detrataram os quasicristais foi nada menos que o norte-americano Linus Pauling (1901-1994), o único na história a ganhar sozinho o Nobel em duas áreas diferentes – Química e Paz.

Ganhador do Nobel de Química em 1954, por estudos sobre a natureza das ligações químicas, Pauling disse que não existiam quasicristais ou quasimateriais, mas sim “quasicientistas”, em um trocadilho jocoso com a descoberta. “Pauling era um cientista brilhante, mas que não tinha humildade e achava que sabia de tudo”, disse Shechtman.

[Nota deste blogger 3: Sullivan chama isso de atos retóricos públicos de censura e ridicularização públicas. Nós do Design Inteligente somos jocosamente chamados de IDiotas!]

Apesar das divergências em relação aos quasicristais, Shechtman conta que concordava em vários outros assuntos com Pauling, com quem se encontrou esporadicamente e manteve contato por um longo tempo.

Certa vez, Pauling lhe enviou uma carta propondo que publicassem um artigo científico juntos, ao que Shechtman respondeu afirmativamente, desde que Pauling aceitasse a existência dos quasicristais.

Pauling treplicou que, então, seria preciso esperar mais tempo para que se comprovasse a existência dos quasicristais e pudessem concretizar a ideia de escreverem um artigo científico juntos. “Quando ele morreu, a quaseperiodicidade dos cristais já estava quase que totalmente aceita”, disse Shechtman.

Comprovação definitiva

Segundo Shechtman, uma pesquisa que realizou em 1987 juntamente com pesquisadores da França e do Japão, em que analisaram a estrutura de um cristal maior do que os inicialmente estudados, contribuiu para a comprovação definitiva da existência dos quasicristais, utilizados hoje no desenvolvimento de materiais que vão de aços inoxidáveis mais resistentes a isolantes elétricos e térmicos.

[Nota do blogger 4: a existência da complexidade irredutível de Behe e a informação especificada de Dembski ainda não foi comprovada definitivamente pela comunidade biológica, mais pela resistência ideológica do que sujeição ao(s) método(s) científico(s): não falsificaram essas proposições do Design Inteligente, e nem explicaram como isso se deu gradualisticamente em termos evolucionários darwinianos.]

Os resultados da pesquisa de 1987 foram apresentados em um congresso internacional de cristalografia, no mesmo ano na Austrália. Em função disso, foi criada uma comissão científica para avaliar os quasicristais. Finalmente, em 1992, a União Internacional de Cristalografia mudou a definição de cristal para incluir os quasicristais.

“Por muito tempo, ordem era sinônimo de periodicidade. Hoje, sabemos que a ordem pode ser periódica ou quase periódica”, disse Shechtman.

O cientista israelense conta que os quasicristais só foram descobertos em 1982 porque até então não havia sido desenvolvido o microscópio eletrônico de transmissão, que permite estudar as estruturas dos materiais com maior nível de detalhe.

“Muitos pesquisadores só usam esse tipo de microscópio como uma espécie de lupa, para obter imagens maravilhosas, mas é preciso ser um perito no uso dessa técnica para explorar toda sua potencialidade”, disse Shechtman, dirigindo-se a uma plateia de estudantes e pesquisadores que lotaram o auditório na Universidade Federal do Maranhão onde foi realizada sua conferência.

Investimento em ciência

Em sua segunda visita ao Brasil, como parte de uma missão organizada pelo Ministério das Relações Exteriores de Israel, Shechtman disse ter ficado impressionado com a qualidade da ciência que vem sendo realizada no Brasil.

“Um país com uma biodiversidade tão grande deve realizar, principalmente no âmbito da Amazônia, grandes investimentos em ciências biológicas para realização de pesquisas integradas com pesquisadores da área de química, por exemplo”, disse.

Shechtman é o segundo israelense a ganhar o prêmio Nobel de Química em um intervalo de apenas dois anos e o quarto em uma década. Em 2009, Ada Yonath também recebeu o prêmio, juntamente com Venkatraman Ramakrishnan e Thomas Steitz, por pesquisas sobre a estrutura do ribossoma, também na área de cristalografia.

“Isso se deve aos investimentos que estão sendo feitos em Israel em todas as áreas da ciência”, disse Shechtman à Agência FAPESP, ao ser perguntado por que o país está se tornando um celeiro de prêmios Nobel.

Shechtman também contou que realiza em Haifa um projeto de educação de ciências, voltado para crianças ainda no jardim da infância, em que são realizados experimentos científicos, juntamente com os professores e os pais, visando estimular desde cedo o interesse e o engajamento científico.

FONTE: Agência FAPESP

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NOTA DESTE BLOGGER: Com este exemplo de Shechtman fica mais fácil entender por que este blogger usa o termo Nomenklatura científica para explicar esse controle de fórum.

Fui, nem sei por que, cada vez mais convencido de que ainda falta muito para a ciência qua ciência seja praticada. O que temos é uma ditadura epistemológica que coloca camisas de força nos que ousam pensar fora do paradigma.

Triste ciência!!! Mas ainda há esperança - quem sabe um dia quando a comunidade científica se render à proposição de que sinais de inteligência são detectados na natureza (e até nos cientistas!!!) isso tudo culmine no primeiro Prêmio Nobel em Biologia???

EXTRA! EXTRA! A Nomenklatura científica reconhece que Darwin 3.0 é mais do que necessário

quarta-feira, julho 25, 2012

JC e-mail 4547, de 25 de Julho de 2012.

6. Conferência analisa continuidades e rupturas da teoria da evolução

Guillermo Folguera afirma que nos últimos quinze anos houve uma aceleração na discussão sobre as modificações teóricas, incluindo o questionamento da exclusividade do gene como unidade de hereditariedade.

Ele é considerado a unidade fundamental da hereditariedade na genética clássica, mas o gene pode ganhar a companhia de outros fatores, como o comportamental e a influência epigenética na explicação da herança, de acordo com Guillermo Folguera, da Faculdade de Ciências Exatas e Naturais e da Faculdade de Filosofia e Letras da Universidade de Buenos Aires, que proferiu ontem (24) a palestra 'Continuidades y Rupturas en la Teoría de la Evolución' na 64ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência (SBPC).

"O gene foi considerado durante décadas a única unidade de hereditariedade, mas hoje quer se aliar à epigenética, aos estudos comportamentais de aprendizagem social e à linguística, esta última no caso do homem", afirma Folguera. "Não se está apenas criticando a exclusividade do gene como unidade de hereditariedade. O que ocorre há quatro décadas é que se está tirando a relevância dele em muitos aspectos no âmbito genético", detalha Folguera ao Jornal da Ciência.

Nesse sentido, entra a mudança dele como unidade de hereditariedade exclusiva, e também a "complexa relação fenótipo-genótipo"' o que, segundo o pesquisador, "nos faz pensar a vida em diferentes níveis, onde o genético seja só um deles" e que cada vez que se tenha que descrever um fenômeno biológico seja necessário levar em conta um determinado conjunto de níveis.

Jogo de interesses - No entanto, a ideia é ainda muito discutida porque envolve distintos interesses. "Por exemplo, para onde destinar o dinheiro de pesquisas sobre o câncer? Para estudos genéticos, estudos celulares, estudos organímicos? Há grandes implicações de ordem ética, política e econômica", alega Folguera.

O pesquisador também afirma que há resistências à ideia da quebra da exclusividade também por "dificuldades epistêmicas". "Uma ideia de que o fenótipo se herda se aproxima muito mais ao lamarckiano que darwiniano, como no caso, por exemplo, da indução ambiental, quando o ambiente gera a mudança do fenótipo. Mas os biólogos odeiam a palavra lamarckiano, por toda oposição que Darwin teve com Lamarck", relata.

As referências profissionais de Folguera citadas já dão uma ideia de sua trajetória, que une biologia e filosofia, disciplinas nas quais ele não só se especializou, mas estabeleceu conexões. "Aos poucos ele se tornou um biólogo filósofo e encontrou campo fértil na teoria da evolução. Longe de ser contínua, a evolução encontra percalços, discussões e rupturas", conta o professor Ennio Candotti, vice-presidente da SBPC, apresentador da palestra de Folguera.

Histórico das teorias - Durante a conferência, o pesquisador argentino analisou as continuidades e descontinuidades da teoria da evolução nas últimas cinco décadas, indagando os efeitos epistemológicos, metodológicos e ontológicos das mudanças na teoria.

Ele explicou a composição do "núcleo duro" da genética, formado pela genética clássica, genética das populações e ecologia evolutiva, consideradas disciplinas "que explicam". Paleontologia e anatomia comparada, por outra parte, apresentam dados e fenômenos para serem explicados. Folguera se focou nos conjuntos das genéticas clássica e de populações, relacionando a primeira às origens das variações genotípicas e fenotípicas e à EvoDevo e a segunda a mecanismos microevolutivos, paleontologia e hierarquias seletivas.

"A genética clássica e a genética de populações cumpriram, durante o século 20, com as expectativas metodológicas, epistemológicas e ontológicas de biólogos e filósofos da tradição do empirismo lógico. A genética de populações logrou cumprir as expectativas de ser uma ciência propriamente, tendo a física como disciplina exemplo. Ela tem um funcionamento como o da física", compara, citando texto que produziu com o brasileiro Melender de Araújo.

Após falar das bases e da diversidade de propostas nos séculos 18 e 19, e da predominância da síntese biológica entre os anos 1930 e 1960, Folguera focou nos anos 1970, quando houve o que ele chama de "primeira onda" de críticas, expansões e alterações da síntese biológica.

A "segunda onda", de acordo com o Folguera, surgiu a partir de 1995, quando começou uma aceleração nas discussões, que vem se intensificando com temas como a quebra da exclusividade do gene como unidade de hereditariedade. "Foram registradas grandes modificações na teoria da evolução na última década e isso foi se acelerando. Hoje estamos discutindo mudanças muito importantes", destaca.

(Clarissa Vasconcellos - Jornal da Ciência)

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NOTA DESTE BLOGGER:

Algumas vezes publiquei textos no JC E-Mail apontando as dificuldades fundamentais da Síntese Evolutiva Moderna no contexto de justificação teórica. Tive bons interlocutores, mas TODOS rechaçaram minhas colocações e desdenharam do então "simples professorzinho do ensino médio". A História da Ciência está mostrando que os próprios darwinistas honestos estão corroborando as minhas afirmações no JC E-Mail e nas editorias de ciências da Grande Mídia tupiniquim.

Fui, nem sei por que, rindo da cara de alguns mandarins da Nomenklatura científica afeitos a cartas e manifestos contra os críticos e oponentes de Darwin, porque nós estamos sendo vindicados por cientistas honestos, enquanto eles vão passar a vergonha de serem juvenis demais e, pior de tudo, de se revelarem ignorantes do status epistêmico da teoria evolutiva que eles se julgam os porta-vozes, arautos ínclitos! Nada mais falso e mais abjeto. Sejam honestos para com o público que paga seus salários e para com os alunos!!!

Darwin kaput! Darwin morreu! Viva Darwin!!!

Stephen Jay Gould, quem diria - enlameou a reputação de um cientista!!!

terça-feira, julho 24, 2012

The Mismeasure of Science: Stephen Jay Gould versus Samuel George Morton on Skulls and Bias

Jason E. Lewis1*, David DeGusta2, Marc R. Meyer3, Janet M. Monge4, Alan E. Mann5, Ralph L. Holloway6

1 Department of Anthropology, Stanford University, Stanford, California, United States of America, 2 Paleoanthropology Institute, Oakland, California, United States of America, 3 Department of Anthropology, Chaffey College, Rancho Cucamonga, California, United States of America, 4 Department of Anthropology and Museum of Archaeology and Anthropology, University of Pennsylvania, Philadelphia, Pennsylvania, United States of America, 5 Department of Anthropology, Princeton University, Princeton, New Jersey, United States of America, 6 Department of Anthropology, Columbia University, New York, New York, United States of America

Citation: Lewis JE, DeGusta D, Meyer MR, Monge JM, Mann AE, et al. (2011) The Mismeasure of Science: Stephen Jay Gould versus Samuel George Morton on Skulls and Bias. PLoS Biol 9(6): e1001071. doi:10.1371/journal.pbio.1001071

Published: June 7, 2011

Copyright: © 2011 Lewis et al. This is an open-access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

Funding: This research was funded by the University of Pennsylvania University Research Foundation and the Nassau Research Fund. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.

Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.

Abbreviations: in3, cubic inches

* E-mail: lewisjas@stanford.edu

Stephen Jay Gould, the prominent evolutionary biologist and science historian, argued that “unconscious manipulation of data may be a scientific norm” because “scientists are human beings rooted in cultural contexts, not automatons directed toward external truth [1], a view now popular in social studies of science [2]–[4]. In support of his argument Gould presented the case of Samuel George Morton, a 19th-century physician and physical anthropologist famous for his measurements of human skulls. Morton was considered the objectivist of his era, but Gould reanalyzed Morton's data and in his prize-winning book The Mismeasure of Man [5] argued that Morton skewed his data to fit his preconceptions about human variation. Morton is now viewed as a canonical example of scientific misconduct. But did Morton really fudge his data? Are studies of human variation inevitably biased, as per Gould, or are objective accounts attainable, as Morton attempted? We investigated these questions by remeasuring Morton's skulls and reexamining both Morton's and Gould's analyses. Our results resolve this historical controversy, demonstrating that Morton did not manipulate data to support his preconceptions, contra Gould. In fact, the Morton case provides an example of how the scientific method can shield results from cultural biases.

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Jacques Monod 'falou e disse' errado: o que vale para uma bactéria não vale para um elefante e muito menos para outra cepa de bactéria

segunda-feira, julho 23, 2012

Escherichia Coli: From Genome Sequences to Consequences (or “Ceci n’est pas un éléphant…”)

Mark Pallen, MA MBBS MD PhD FRCPath

Mark Pallen, School of Medicine, University of Birmingham, Birmingham, United Kingdom;

Correspondence and reprints: Dr Mark Pallen, School of Medicine, University of Birmingham, Room ELG41, Division of Immunity and Infection, Birmingham B15 2TT, United Kingdom. Telephone 0121-414-7163, fax 0121-414-3454, e-mail m.pallen@bham.ac.uk

Abstract

The present article summarizes a presentation given by Professor Mark Pallen of the School of Medicine at the University of Birmingham (Birmingham, United Kingdom) for the Fourth Stanier Lecture held in Regina, Saskatchewan, on November 9, 2004. Professor Pallen’s lecture, entitled ‘Escherichia coli: From genome sequences to consequences’, provides a summary of the important discoveries of his team of research scientists in the area of genetic sequencing and variations in phenotypic expression.

Key Words: Comparative genomics, Darwin, Genetic sequencing, Genomics, Phenotypic expression, Proteomics, Stanier


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EXCERPT FROM THE CONCLUSION/EXCERTO DA CONCLUSÃO


Darwin Versus Monod In The Postgenomic Era

One of Roger Stanier’s final publications, in 1977, was the obituary of the Nobel laureate Jacques Monod (8). A few years earlier, in December 1972, long before the genomic era, Monod made a memorable Delphic utterance, “Tout ce qui est vrai pour le Colibacille est vrai pour l’éléphant” (9), which translates roughly into English as “All that is true for E coli, is true for the elephant”. By contrast, in the postgenomic era, our bioinformatics and laboratory-based studies lead us to conclude that what is true of one strain of E coli is not even true of another strain from within the same species!



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Os fantasmas de Darwin: plagiou a ideia de evolução de outros autores além de Alfred Rusell Wallace

domingo, julho 22, 2012


Darwin's Ghosts: The Secret History of Evolution


Rebecca Stott

Book Description

Publication Date: June 12, 2012

Christmas, 1859. Just one month after the publication of On the Origin of Species, Charles Darwin received an unsettling letter. He had expected criticism; in fact, letters were arriving daily, most expressing outrage and accusations of heresy. But this letter was different. It accused him of failing to acknowledge his predecessors, of taking credit for a theory that had already been discovered by others. Darwin realized that he had made an error in omitting from Origin of Species any mention of his intellectual forebears. Yet when he tried to trace all of the natural philosophers who had laid the groundwork for his theory, he found that history had already forgotten many of them.


Darwin’s Ghosts tells the story of the collective discovery of evolution, from Aristotle, walking the shores of Lesbos with his pupils, to Al-Jahiz, an Arab writer in the first century, from Leonardo da Vinci, searching for fossils in the mine shafts of the Tuscan hills, to Denis Diderot in Paris, exploring the origins of species while under the surveillance of the secret police, and the brilliant naturalists of the Jardin de Plantes, finding evidence for evolutionary change in the natural history collections stolen during the Napoleonic wars. Evolution was not discovered single-handedly, Rebecca Stott argues, contrary to what has become standard lore, but is an idea that emerged over many centuries, advanced by daring individuals across the globe who had the imagination to speculate on nature’s extraordinary ways, and who had the courage to articulate such speculations at a time when to do so was often considered heresy.


With each chapter focusing on an early evolutionary thinker, Darwin’s Ghosts is a fascinating account of a diverse group of individuals who, despite the very real dangers of challenging a system in which everything was presumed to have been created perfectly by God, felt compelled to understand where we came from. Ultimately, Stott demonstrates, ideas—including evolution itself—evolve just as animals and plants do, by intermingling, toppling weaker notions, and developing over stretches of time. Darwin’s Ghosts presents a groundbreaking new theory of an idea that has changed our very understanding of who we are.

Editorial Reviews

Review

“Absorbing…Stott’s narrative flows easily across continents and centuries…her portraits evoke vividly realized and memorable characters…Stott captures the breathless excitement of an investigation on the cusp of the unknown…[a] lively, original book. Darwin’s Ghosts unfolds like an enjoyable and informative TV series, each episode devoted to a fascinating character who provides a window into the world of ideas of his time….it [helps] us see the necessity of bold and ambitious thinking. And right here, right now, it has additional value. Stott reminds us that even if evolution is currently fought over more brutally in the United States than elsewhere, this fight has a long and stubborn ancestry, one that is by no means peculiarly American or entirely modern.”—The New York Times Book Review

"Stott gives personality to her historical characters, introducing their families, their monetary concerns, their qualms about publishing so-called heretical theories, and the obsessions that kept them up at night. She also brings her settings and secondary characters to life, from the deformed sponge divers Aristotle consulted in ancient Lesbos to the exotic animals in the caliphate’s garden that inspired Jahiz in medieval Basra to lost seashells found by Maillet in the deserts outside 18th-century Cairo. Stott’s focus on her settings makes her narrative compellingly readable, and it also reminds us that even as animal species are shaped by their environment, so intellectuals are shaped by their societies….Stott’s book is a reminder that scientific discoveries do not happen in a vacuum, that they often stem from incorrect or pseudo-scientific inquiries, and that they are constantly changing, mutable concepts as they meander towards something that might eventually be called the truth.”—Christian Science Monitor

“Mesmerizing, colorful, and often moving…richly drawn…This many-threaded story of intellectual development – of different discoveries and enquiries into fossils and polyps, of tropical birds and the curious properties of sponge, of men scouring seashores and caves, and trying to work new ideas around the fixed, immovable pillars of religion – is hypnotic….The subject is science, but Stott has a novelist’s confidence, and there are vivid tableaux…This is a sympathetic examination of the innate human qualities of curiosity and inquiry, the helpless compulsion every generation has to probe further and further into the structures of creation.”—The Telegraph (UK)

“This extraordinarily wide-ranging and engaging book rediscovers evolutionary insights across a great span of time, from the famous, such as Aristotle and the Islamic scholar Al-Jahiz, to the 16th-century potter Palissy, the 18th-century merman-believer Maillet and the transformist poet and botanist, Rafinesque – as well as from Diderot, Lamarck, Darwin’s grandfather Erasmus and his contemporary Wallace. And these are just a few of the figures who emerge from the dark into the glow of Stott’s attention. Each of them is evoked with an intimacy that is also clearheaded about the way ideas get stuck, or prove wrong-headed, but can’t be parted with. Stott can make the nuances of ideas emerge in descriptions that suddenly bring the person close…. Gripping as well as fair-minded… Darwin’s Ghosts is a book that enriches our understanding of how the struggle to think new thoughts is shared across time and space and people.”—The Sunday Telegraph (UK)

“Stott's research is broad and unerring; her book is wonderful…. An exhilarating romp through 2,000 years of fascinating scientific history.”—Nature

“Impressively researched... A gripping and ambitious history of science which gives a vivid sense of just how many forebears Darwin had.”—The Times (UK)

“[Stott] has revealed an extraordinary batch of free thinkers who dared to consider mutability during times when such ideas might still cost the thinker his head….Every character that Stott introduces has a riveting story to tell, and all their histories are told with style and historical nous….Stott has done a wonderful job in showing just how many extraordinary people had speculated on where we came from before the great theorist dispelled all doubts.”—The Guardian (UK)

“A fascinating history of an idea that is crucial to our understanding of life on earth.” —The Independent (UK)

“Beautifully written and compelling…These mavericks and heretics put their lives on the line. Finally, they are getting the credit they deserve.”—The Independent on Sunday (UK)

"Stott provides the lucid intellectual genealogy of evolution that the great man could not."—New Scientist (UK)

“Stott does a superb job of setting the scene for her protagonists, whether on the island of Lesbos, 18th-century Cairo, or revolutionary Paris. But her real strength lies in intellectual history. She demonstrates conclusively that evolutionary ideas were circulating among intellectuals for many centuries and that, for most of that time, those who promoted these ideas found themselves under attack by religious and political leaders. Darwin’s scientific breakthrough, therefore, did not occur in a vacuum, but rather provided the most fully conceptualized theory. Stott has produced a colorful, skillfully written, and thoughtful examination of the evolution of one of our most important scientific theories.”—Publishers Weekly (starred review)

“A lively account of the ‘pathfinders, iconoclasts, and innovators’ who were Darwin's spiritual kin…. Stott masterfully shows how Darwin, by discovering the mechanism of natural selection, made a unique contribution, but he did not stand alone—nor did he claim to.”—Kirkus Reviews (starred review)

“The history of science comes alive as a drama of vibrant personalities wrestling with a dangerous idea.”—Booklist

“Charles Darwin provided the mechanism for the evolution of the exquisite adaptations found in plants and animals, but the awareness that species can change had been growing long before him. With wonderful clarity Rebecca Stott traces how ideas about biological evolution themselves evolved in the minds of great biologists from Aristotle onward. Darwin would have loved this brilliant book—and so do I.”—Sir Patrick Bateson, president of the Zoological Society of London

“Clever, compassionate, and compellingly written, Darwin’s Ghosts interweaves history and science to enchanting effect. The evolution of the theory of evolution is a brilliant idea for a book, and Rebecca Stott has realized it wonderfully.”—Tom Holland, author of Rubicon: The Triumph and Tragedy of the Roman Republic

“From Aristotle onward, evolutionists have—thank God—always been a quarrelsome lot, and not much has changed. Rebecca Stott shows how dispute, prejudice, and rage have accompanied their science from the very beginning. Darwin’s Ghosts is a gripping history of the history of life and of those who have studied it, with plenty of lessons for today—perhaps for today’s biologists most of all.”—Steve Jones, author of Darwin’s Ghost: The Origin of Species Updated

“The concept of evolution was not created fully formed and placed in the garden one day for our delight and terror but, as Rebecca Stott demonstrates in her inspiring book, evolved as much as we did. Darwin’s Ghosts is a beautiful tribute to the buried tradition of curious, courageous observers who, before Darwin explained how evolution worked, witnessed the mutability of species for themselves and recorded what they saw.”—Jonathan Rosen, author of The Life of the Skies: Birding at the End of Nature


About the Author

Rebecca Stott is a professor of English literature and creative writing at the University of East Anglia and an affiliated scholar at the department of the history and philosophy of science at Cambridge University. She is the author of several books, including Darwin and the Barnacle and the novels Ghostwalk and The Coral Thief. She lives in Cambridge, England.

Você não sabe o que é um gene? Não fique envergonhado, pois nem os cientistas sabem...

sábado, julho 21, 2012

What is a gene, post-ENCODE? History and updated definition

Mark B. Gerstein1,2,3,9, Can Bruce2,4, Joel S. Rozowsky2, Deyou Zheng2, Jiang Du3, Jan O. Korbel2,5, Olof Emanuelsson6, Zhengdong D. Zhang2, Sherman Weissman7, and Michael Snyder2,8

- Author Affiliations

1 Program in Computational Biology & Bioinformatics, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA;

2 Molecular Biophysics & Biochemistry Department, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA;

3 Computer Science Department, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA;

4 Center for Medical Informatics, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA;

5 European Molecular Biology Laboratory, 69117 Heidelberg, Germany;

6 Stockholm Bioinformatics Center, Albanova University Center, Stockholm University, SE-10691 Stockholm, Sweden;

7 Genetics Department, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA;

8 Molecular, Cellular, & Developmental Biology Department, Yale University, New Haven, Connecticut 06511, USA

Abstract

While sequencing of the human genome surprised us with how many protein-coding genes there are, it did not fundamentally change our perspective on what a gene is. In contrast, the complex patterns of dispersed regulation and pervasive transcription uncovered by the ENCODE project, together with non-genic conservation and the abundance of noncoding RNA genes, have challenged the notion of the gene. To illustrate this, we review the evolution of operational definitions of a gene over the past century—from the abstract elements of heredity of Mendel and Morgan to the present-day ORFs enumerated in the sequence databanks. We then summarize the current ENCODE findings and provide a computational metaphor for the complexity. Finally, we propose a tentative update to the definition of a gene: A gene is a union of genomic sequences encoding a coherent set of potentially overlapping functional products. Our definition sidesteps the complexities of regulation and transcription by removing the former altogether from the definition and arguing that final, functional gene products (rather than intermediate transcripts) should be used to group together entities associated with a single gene. It also manifests how integral the concept of biological function is in defining genes.

Introduction

The classical view of a gene as a discrete element in the genome has been shaken by ENCODE

The ENCODE consortium recently completed its characterization of 1% of the human genome by various high-throughput experimental and computational techniques designed to characterize functional elements (The ENCODE Project Consortium 2007). This project represents a major milestone in the characterization of the human genome, and the current findings show a striking picture of complex molecular activity. While the landmark human genome sequencing surprised many with the small number (relative to simpler organisms) of protein-coding genes that sequence annotators could identify (∼21,000, according to the latest estimate [see www.ensembl.org]), ENCODE highlighted the number and complexity of the RNA transcripts that the genome produces. In this regard, ENCODE has changed our view of “what is a gene” considerably more than the sequencing of the Haemophilus influenza and human genomes did (Fleischmann et al. 1995; Lander et al. 2001; Venter et al. 2001). The discrepancy between our previous protein-centric view of the gene and one that is revealed by the extensive transcriptional activity of the genome prompts us to reconsider now what a gene is. Here, we review how the concept of the gene has changed over the past century, summarize the current thinking based on the latest ENCODE findings, and propose a new updated gene definition that takes these findings into account.

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